BACOM : In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data. / Yu, Guoqiang; Zhang, Bai; Bova, G. Steven; Xu, Jianfeng; Shih, Ie Ming; Wang, Yue.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 27, Nro 11, btr183, 06.2011, s. 1473-1480.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Two models for hydraulic cylinders in flexible multibody simulations. / Ylinen, Antti; Mäkinen, Jari; Kouhia, Reijo.

Computational Methods for Solids and Fluids: Multiscale Analysis, Probability Aspects and Model Reduction. Springer, 2016. s. 463-493 (Computational Methods in Applied Sciences; Vuosikerta 41).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A novel epidemic model considering demographics and intercity commuting on complex dynamical networks. / Yin, Qian; Wang, Zhishuang; Xia, Chengyi; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Jin, Zhen.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 386, 125517, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Visibility-Aware Part Coding for Vehicle Viewing Angle Estimation. / Yang, Dan; Qian, Yanlin; Cai, Dingding; Yan, Song; Kämäräinen, Joni-Kristian; Chen, Ke.

9th International Conference on Information Science and Technology, ICIST 2019. IEEE, 2019. s. 65-70.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A full-potential linearized augmented plane wave study of the interaction of CO2 with α-Pu (020) surface nanolayers. / Wang, Jianguang; Ray, Asok K.

julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, Vuosikerta 11, Nro 7, 2014, s. 1710-1717.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Graph entropy based on the number of spanning forests of c-cyclic graphs. / Wan, Pengfei; Tu, Jianhua; Dehmer, Matthias; Zhang, Shenggui; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 363, 124616, 15.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Integral kernels for k-hypermonogenic functions. / Vuojamo, Vesa; Eriksson, Sirkka-Liisa.

julkaisussa: Complex Variables and Elliptic Equations, Vuosikerta 62, Nro 9, 2017, s. 1-12.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Melting of copper clusters. / Valkealahti, S.; Manninen, M.

julkaisussa: Computational Materials Science, Vuosikerta 1, Nro 2, 01.01.1993, s. 123-134.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Machine learning : How it can help nanocomputing. / Uusitalo, Mikko A.; Peltonen, Jaakko; Ryhänen, Tapani.

julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, Vuosikerta 8, Nro 8, 08.2011, s. 1347-1363.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. / Tripathi, Shailesh; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 19, 02.04.2014, s. 2834-2836.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. / Stupnikov, Alexey; Tripathi, Shailesh; De Matos Simoes, Ricardo; McArt, Darragh; Salto-Tellez, Manuel; Glazko, Galina; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 21, 01.11.2016, s. 3345-3347.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cuts for 3-D magnetic scalar potentials : Visualizing unintuitive surfaces arising from trivial knots. / Stockrahm, Alex; Lahtinen, Valtteri; Kangas, Jari J.J.; Kotiuga, P. Robert.

julkaisussa: Computers and Mathematics with Applications, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Introducing Multi-Convexity in Path Constrained Trajectory Optimization for Mobile Manipulators. / Singh, Arun Kumar; Ahonen, Andrei; Ghabcheloo, Reza; Mueller, Andreas.

European Control Conference 2020, ECC 2020. IEEE, 2020. s. 1178-1185.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. / Rodrigues, Paulo C.; Monteiro, Andreia; Lourenço, Vanda M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 1, 01.07.2015, s. 58-66.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 3, 01.02.2014, s. 360-368.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. / Rahmatallah, Y.; Emmert-Streib, F.; Glazko, G.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 28, Nro 23, 12.2012, s. 3073-3080.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Homogeneous (α,k)-Polynomial Solutions of the Fractional Riesz System in Hyperbolic Space. / Orelma, H.; Vieira, N.

julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory, Vuosikerta 11, Nro 5, 2017, s. 1253–1267.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sound Event Detection in the DCASE 2017 Challenge. / Mesaros, Annamaria; Diment, Aleksandr; Elizalde, Benjamin; Heittola, Toni; Vincent, Emmanuel; Raj, Bhiksha; Virtanen, Tuomas.

julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Audio Speech and Language Processing, Vuosikerta 27, Nro 6, 01.06.2019, s. 992-1006.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SCIP : a single-cell image processor toolbox. / Martins, Leonardo; Neeli-Venkata, Ramakanth; Oliveira, Samuel M.D.; Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.; Fonseca, José M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 24, 15.12.2018, s. 4318-4320.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Growth behavior and magnetic properties of spherical uranium oxide nanoclusters. / Ma, Li; Ray, Asok K.

julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience, Vuosikerta 10, Nro 2, 02.2013, s. 334-340.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Density functional theory study of FePdn (n = 2-14) clusters and interactions with small molecules. / Ma, Li; Wang, Jianguang; Hao, Yuanyuan; Wang, Guanghou.

julkaisussa: Computational Materials Science, Vuosikerta 68, 02.2013, s. 166-173.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of Human Head Phantoms with Different Complexities for Implantable Antenna Development. / Ma, Shubin; Ukkonen, Leena; Sydänheimo, Lauri; Björninen, Toni.

2018 International Applied Computational Electromagnetics Society (ACES) Symposium: 29 July-1 Aug. 2018, China. IEEE, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Introducing libeemd : a program package for performing the ensemble empirical mode decomposition. / Luukko, P. J. J.; Helske, J.; Räsänen, E.

julkaisussa: Computational Statistics, Vuosikerta 31, Nro 2, 01.06.2016, s. 545-557.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An automated algorithm for reliable equation of state fitting of magnetic systems. / Levämäki, H.; Tian, L.-Y.; Vitos, L.; Ropo, M.

julkaisussa: Computational Materials Science, Vuosikerta 156, 2019, s. 121-128.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Modeling mass transfer in fracture flows with the time domain-random walk method. / Kuva, J.; Voutilainen, M.; Mattila, K.

julkaisussa: COMPUTATIONAL GEOSCIENCES, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Circularly Polarized Textile Tag Antenna for Wearable Passive UHF RFID Systems. / Kuang, Ye; Ma, Shubin; Ukkonen, Leena; Virkki, Johanna; Björninen, Toni.

2018 International Applied Computational Electromagnetics Society Symposium in China, ACES-China 2018. IEEE, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. / Kartasalo, Kimmo; Latonen, Leena; Vihinen, Jorma; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 17, 01.09.2018, s. 3013-3021.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Van der Waals interactions are critical in Car-Parrinello molecular dynamics simulations of porphyrin-fullerene dyads. / Karilainen, Topi; Cramariuc, Oana; Kuisma, Mikael; Tappura, Kirsi; Hukka, Terttu I.

julkaisussa: Journal of Computational Chemistry, Vuosikerta 36, Nro 9, 2015, s. 612-621.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Satisfiability of modal inclusion logic : Lax and strict semantics. / Hella, Lauri; Kuusisto, Antti; Meier, Arne; Vollmer, Heribert.

julkaisussa: ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL LOGIC, Vuosikerta 21, Nro 1, 7, 01.10.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 31, Nro 1, 01.01.2015, s. 69-75.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 9, 01.05.2016, s. 1346-1352.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hypermonogenic solutions and plane waves of the Dirac operator in Rp×Rq. / Guzmán Adán, Alí; Orelma, Heikki; Sommen, Franciscus.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 346, 01.04.2019, s. 1-14.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Resilient Cooperative Voltage Control for Distribution Network with High Penetration Distributed Energy Resources. / Gusrialdi, Azwirman; Xu, Ying; Qu, Zhihua; Simaan, Marwan A.

European Control Conference 2020, ECC 2020. IEEE, 2020. s. 1533-1539.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Unite and conquer : Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets. / Glazko, Galina V.; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 25, Nro 18, 09.2009, s. 2348-2354.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The watching system as a generalization of identifying code. / Ghorbani, Modjtaba; Dehmer, Matthias; Maimani, Hamidreza; Maddah, Sheyda; Roozbayani, Maryam; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 380, 125302, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

On k-Hypermonogenic Functions and Their Mean Value Properties. / Eriksson, Sirkka-Liisa; Orelma, Heikki.

julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory, Vuosikerta 10, Nro 2, 2016, s. 311-325.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hypermonogenic Functions of Two Vector Variables. / Eriksson, S. L.; Orelma, H.; Vieira, N.

julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory, Vuosikerta 12, Nro 2, 2018, s. 555–570.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A microscopic view of the mechanisms of active transport across the cellular membrane. / Enkavi, Giray; Li, Jing; Wen, Pochao; Thangapandian, Sundarapandian; Moradi, Mahmoud; Jiang, Tao; Han, Wei; Tajkhorshid, Emad.

julkaisussa: Annual Reports in Computational Chemistry, Vuosikerta 10, 2014, s. 77-125.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Universal construction mechanism for networks from one-dimensional symbol sequences. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 219, Nro 3, 15.10.2012, s. 1020-1030.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evolutionary dynamics of the spatial Prisoner's Dilemma with self-inhibition. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 218, Nro 11, 05.02.2012, s. 6482-6488.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Topological mappings between graphs, trees and generalized trees. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 186, Nro 2, 15.03.2007, s. 1326-1333.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Information theoretic measures of UHG graphs with low computational complexity. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 190, Nro 2, 15.07.2007, s. 1783-1794.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Algorithmic computation of knot polynomials of secondary structure elements of proteins. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Journal of Computational Biology, Vuosikerta 13, Nro 8, 01.10.2006, s. 1503-1512.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Modeling probability densities with sums of exponentials via polynomial approximation. / Dumitrescu, Bogdan; Şicleru, Bogdan C.; Avram, Florin.

julkaisussa: Journal of Computational and Applied Mathematics, Vuosikerta 292, 2016, s. 513–525.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Chipless graphene tag and dual-CP reader for Internet of Things. / Dong, Guoqing; Shen, Yizhu; He, Han; Virkki, Johanna; Hu, Sanming.

2017 International Applied Computational Electromagnetics Society Symposium in China, ACES-China 2017. IEEE, 2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Graph distance measures based on topological indices revisited. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Shi, Yongtang.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 266, 18.06.2015, s. 623-633.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A comparative analysis of multidimensional features of objects resembling sets of graphs. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Gesell, Tanja.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 196, Nro 1, 15.02.2008, s. 221-235.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An efficient heuristic approach to detecting graph isomorphism based on combinations of highly discriminating invariants. / Dehmer, Matthias; Grabner, Martin; Mowshowitz, Abbe; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Advances in Computational Mathematics, Vuosikerta 39, Nro 2, 08.2013, s. 311-325.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural similarity of directed universal hierarchical graphs : A low computational complexity approach. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 194, Nro 1, 01.12.2007, s. 7-20.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparing large graphs efficiently by margins of feature vectors. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 188, Nro 2, 15.05.2007, s. 1699-1710.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A similarity measure for graphs with low computational complexity. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Kilian, Jürgen.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 182, Nro 1, 01.11.2006, s. 447-459.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

On efficient network similarity measures. / Dehmer, Matthias; Chen, Zengqiang; Shi, Yongtang; Zhang, Y.; Tripathi, Shailesh; Ghorbani, Modjtaba; Mowshowitz, Abbe; Emmert-Streib, F.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 362, 124521, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Relations and bounds for the zeros of graph polynomials using vertex orbits. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Mowshowitz, Abbe; Ilić, Aleksandar; Chen, Zengqiang; Yu, Guihai; Feng, Lihua; Ghorbani, Modjtaba; Varmuza, Kurt; Tao, Jin.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 380, 125239, 01.09.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Entropy bounds for dendrimers. / Chen, Zengqiang; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Shi, Yongtang.

julkaisussa: Applied Mathematics and Computation, Vuosikerta 242, 01.09.2014, s. 462-472.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multichannel Blind Sound Source Separation using Spatial Covariance Model with Level and Time Differences and Non-Negative Matrix Factorization. / Carabias Orti, Julio Jose; Nikunen, Joonas; Virtanen, Tuomas; Vera-Candeas, Pedro.

julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Audio Speech and Language Processing, Vuosikerta 26, Nro 9, 09.2018, s. 1512-1527.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The different levels of magneto-mechanical coupling in energy conversion machines and devices. / Belahcen, A.; Kouhia, R.; Fonteyn, K.

Proceedings of the 4th International Conference on Computational Methods for Coupled Problems in Science and Engineering, COUPLED PROBLEMS 2011. 2011. s. 472-483.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Optimal energy decay for the wave-heat system on a rectangular domain. / Batty, Charles; Paunonen, Lassi; Seifert, David.

julkaisussa: SIAM JOURNAL ON MATHEMATICAL ANALYSIS, Vuosikerta 51, Nro 2, 2019, s. 808-819.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods. / Altay, Gökmen; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 26, Nro 14, btq259, 25.05.2010, s. 1738-1744.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Magnetic origin of the chemical balance in alloyed Fe-Cr stainless steels : First-principles and Ising model study. / Airiskallio, E.; Nurmi, E.; Väyrynen, I. J.; Kokko, K.; Ropo, M.; Punkkinen, M. P J; Johansson, B.; Vitos, L.

julkaisussa: Computational Materials Science, Vuosikerta 92, 2014, s. 135-140.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu