Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Mowshowitz, Abbe ; Ilić, Aleksandar ; Chen, Zengqiang ; Yu, Guihai ; Feng, Lihua ; Ghorbani, Modjtaba ; Varmuza, Kurt ; Tao, Jin. / Relations and bounds for the zeros of graph polynomials using vertex orbits. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2020 ; Vuosikerta 380.

Yin, Qian ; Wang, Zhishuang ; Xia, Chengyi ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Jin, Zhen. / A novel epidemic model considering demographics and intercity commuting on complex dynamical networks. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2020 ; Vuosikerta 386.

Singh, Arun Kumar ; Ahonen, Andrei ; Ghabcheloo, Reza ; Mueller, Andreas. / Introducing Multi-Convexity in Path Constrained Trajectory Optimization for Mobile Manipulators. European Control Conference 2020, ECC 2020. IEEE, 2020. Sivut 1178-1185

Gusrialdi, Azwirman ; Xu, Ying ; Qu, Zhihua ; Simaan, Marwan A. / Resilient Cooperative Voltage Control for Distribution Network with High Penetration Distributed Energy Resources. European Control Conference 2020, ECC 2020. IEEE, 2020. Sivut 1533-1539

Ghorbani, Modjtaba ; Dehmer, Matthias ; Maimani, Hamidreza ; Maddah, Sheyda ; Roozbayani, Maryam ; Emmert-Streib, Frank. / The watching system as a generalization of identifying code. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2020 ; Vuosikerta 380.

Wan, Pengfei ; Tu, Jianhua ; Dehmer, Matthias ; Zhang, Shenggui ; Emmert-Streib, Frank. / Graph entropy based on the number of spanning forests of c-cyclic graphs. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2019 ; Vuosikerta 363.

Dehmer, Matthias ; Chen, Zengqiang ; Shi, Yongtang ; Zhang, Y. ; Tripathi, Shailesh ; Ghorbani, Modjtaba ; Mowshowitz, Abbe ; Emmert-Streib, F. / On efficient network similarity measures. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2019 ; Vuosikerta 362.

Hella, Lauri ; Kuusisto, Antti ; Meier, Arne ; Vollmer, Heribert. / Satisfiability of modal inclusion logic : Lax and strict semantics. Julkaisussa: ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL LOGIC. 2019 ; Vuosikerta 21, Nro 1.

Yang, Dan ; Qian, Yanlin ; Cai, Dingding ; Yan, Song ; Kämäräinen, Joni-Kristian ; Chen, Ke. / Visibility-Aware Part Coding for Vehicle Viewing Angle Estimation. 9th International Conference on Information Science and Technology, ICIST 2019. IEEE, 2019. Sivut 65-70

Mesaros, Annamaria ; Diment, Aleksandr ; Elizalde, Benjamin ; Heittola, Toni ; Vincent, Emmanuel ; Raj, Bhiksha ; Virtanen, Tuomas. / Sound Event Detection in the DCASE 2017 Challenge. Julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Audio Speech and Language Processing. 2019 ; Vuosikerta 27, Nro 6. Sivut 992-1006.

Guzmán Adán, Alí ; Orelma, Heikki ; Sommen, Franciscus. / Hypermonogenic solutions and plane waves of the Dirac operator in Rp×Rq. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2019 ; Vuosikerta 346. Sivut 1-14.

Kuang, Ye ; Ma, Shubin ; Ukkonen, Leena ; Virkki, Johanna ; Björninen, Toni. / Circularly Polarized Textile Tag Antenna for Wearable Passive UHF RFID Systems. 2018 International Applied Computational Electromagnetics Society Symposium in China, ACES-China 2018. IEEE, 2019.

Ma, Shubin ; Ukkonen, Leena ; Sydänheimo, Lauri ; Björninen, Toni. / Comparison of Human Head Phantoms with Different Complexities for Implantable Antenna Development. 2018 International Applied Computational Electromagnetics Society (ACES) Symposium: 29 July-1 Aug. 2018, China. IEEE, 2019.

Levämäki, H. ; Tian, L.-Y. ; Vitos, L. ; Ropo, M. / An automated algorithm for reliable equation of state fitting of magnetic systems. Julkaisussa: Computational Materials Science. 2019 ; Vuosikerta 156. Sivut 121-128.

Stockrahm, Alex ; Lahtinen, Valtteri ; Kangas, Jari J.J. ; Kotiuga, P. Robert. / Cuts for 3-D magnetic scalar potentials : Visualizing unintuitive surfaces arising from trivial knots. Julkaisussa: Computers and Mathematics with Applications. 2019.

Kuva, J. ; Voutilainen, M. ; Mattila, K. / Modeling mass transfer in fracture flows with the time domain-random walk method. Julkaisussa: COMPUTATIONAL GEOSCIENCES. 2019.

Batty, Charles ; Paunonen, Lassi ; Seifert, David. / Optimal energy decay for the wave-heat system on a rectangular domain. Julkaisussa: SIAM JOURNAL ON MATHEMATICAL ANALYSIS. 2019 ; Vuosikerta 51, Nro 2. Sivut 808-819.

Martins, Leonardo ; Neeli-Venkata, Ramakanth ; Oliveira, Samuel M.D. ; Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. ; Fonseca, José M. / SCIP : a single-cell image processor toolbox. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 24. Sivut 4318-4320.

Kartasalo, Kimmo ; Latonen, Leena ; Vihinen, Jorma ; Visakorpi, Tapio ; Nykter, Matti ; Ruusuvuori, Pekka. / Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 17. Sivut 3013-3021.

Carabias Orti, Julio Jose ; Nikunen, Joonas ; Virtanen, Tuomas ; Vera-Candeas, Pedro. / Multichannel Blind Sound Source Separation using Spatial Covariance Model with Level and Time Differences and Non-Negative Matrix Factorization. Julkaisussa: IEEE/ACM Transactions on Audio Speech and Language Processing. 2018 ; Vuosikerta 26, Nro 9. Sivut 1512-1527.

Eriksson, S. L. ; Orelma, H. ; Vieira, N. / Hypermonogenic Functions of Two Vector Variables. Julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory. 2018 ; Vuosikerta 12, Nro 2. Sivut 555–570.

Dong, Guoqing ; Shen, Yizhu ; He, Han ; Virkki, Johanna ; Hu, Sanming. / Chipless graphene tag and dual-CP reader for Internet of Things. 2017 International Applied Computational Electromagnetics Society Symposium in China, ACES-China 2017. IEEE, 2017.

Orelma, H. ; Vieira, N. / Homogeneous (α,k)-Polynomial Solutions of the Fractional Riesz System in Hyperbolic Space. Julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory. 2017 ; Vuosikerta 11, Nro 5. Sivut 1253–1267.

Vuojamo, Vesa ; Eriksson, Sirkka-Liisa. / Integral kernels for k-hypermonogenic functions. Julkaisussa: Complex Variables and Elliptic Equations. 2017 ; Vuosikerta 62, Nro 9. Sivut 1-12.

Stupnikov, Alexey ; Tripathi, Shailesh ; De Matos Simoes, Ricardo ; McArt, Darragh ; Salto-Tellez, Manuel ; Glazko, Galina ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 21. Sivut 3345-3347.

Luukko, P. J. J. ; Helske, J. ; Räsänen, E. / Introducing libeemd : a program package for performing the ensemble empirical mode decomposition. Julkaisussa: Computational Statistics. 2016 ; Vuosikerta 31, Nro 2. Sivut 545-557.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 9. Sivut 1346-1352.

Dumitrescu, Bogdan ; Şicleru, Bogdan C. ; Avram, Florin. / Modeling probability densities with sums of exponentials via polynomial approximation. Julkaisussa: Journal of Computational and Applied Mathematics. 2016 ; Vuosikerta 292. Sivut 513–525.

Eriksson, Sirkka-Liisa ; Orelma, Heikki. / On k-Hypermonogenic Functions and Their Mean Value Properties. Julkaisussa: Complex Analysis and Operator Theory. 2016 ; Vuosikerta 10, Nro 2. Sivut 311-325.

Ylinen, Antti ; Mäkinen, Jari ; Kouhia, Reijo. / Two models for hydraulic cylinders in flexible multibody simulations. Computational Methods for Solids and Fluids: Multiscale Analysis, Probability Aspects and Model Reduction. Springer, 2016. Sivut 463-493 (Computational Methods in Applied Sciences).

Rodrigues, Paulo C. ; Monteiro, Andreia ; Lourenço, Vanda M. / A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 32, Nro 1. Sivut 58-66.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Shi, Yongtang. / Graph distance measures based on topological indices revisited. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2015 ; Vuosikerta 266. Sivut 623-633.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 31, Nro 1. Sivut 69-75.

Karilainen, Topi ; Cramariuc, Oana ; Kuisma, Mikael ; Tappura, Kirsi ; Hukka, Terttu I. / Van der Waals interactions are critical in Car-Parrinello molecular dynamics simulations of porphyrin-fullerene dyads. Julkaisussa: Journal of Computational Chemistry. 2015 ; Vuosikerta 36, Nro 9. Sivut 612-621.

Chen, Zengqiang ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Shi, Yongtang. / Entropy bounds for dendrimers. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2014 ; Vuosikerta 242. Sivut 462-472.

Tripathi, Shailesh ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 19. Sivut 2834-2836.

Rahmatallah, Yasir ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 3. Sivut 360-368.

Wang, Jianguang ; Ray, Asok K. / A full-potential linearized augmented plane wave study of the interaction of CO2 with α-Pu (020) surface nanolayers. Julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2014 ; Vuosikerta 11, Nro 7. Sivut 1710-1717.

Enkavi, Giray ; Li, Jing ; Wen, Pochao ; Thangapandian, Sundarapandian ; Moradi, Mahmoud ; Jiang, Tao ; Han, Wei ; Tajkhorshid, Emad. / A microscopic view of the mechanisms of active transport across the cellular membrane. Julkaisussa: Annual Reports in Computational Chemistry. 2014 ; Vuosikerta 10. Sivut 77-125.

Airiskallio, E. ; Nurmi, E. ; Väyrynen, I. J. ; Kokko, K. ; Ropo, M. ; Punkkinen, M. P J ; Johansson, B. ; Vitos, L. / Magnetic origin of the chemical balance in alloyed Fe-Cr stainless steels : First-principles and Ising model study. Julkaisussa: Computational Materials Science. 2014 ; Vuosikerta 92. Sivut 135-140.

Dehmer, Matthias ; Grabner, Martin ; Mowshowitz, Abbe ; Emmert-Streib, Frank. / An efficient heuristic approach to detecting graph isomorphism based on combinations of highly discriminating invariants. Julkaisussa: Advances in Computational Mathematics. 2013 ; Vuosikerta 39, Nro 2. Sivut 311-325.

Ma, Li ; Wang, Jianguang ; Hao, Yuanyuan ; Wang, Guanghou. / Density functional theory study of FePdn (n = 2-14) clusters and interactions with small molecules. Julkaisussa: Computational Materials Science. 2013 ; Vuosikerta 68. Sivut 166-173.

Ma, Li ; Ray, Asok K. / Growth behavior and magnetic properties of spherical uranium oxide nanoclusters. Julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2013 ; Vuosikerta 10, Nro 2. Sivut 334-340.

Rahmatallah, Y. ; Emmert-Streib, F. ; Glazko, G. / Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. Julkaisussa: Bioinformatics. 2012 ; Vuosikerta 28, Nro 23. Sivut 3073-3080.

Emmert-Streib, Frank. / Universal construction mechanism for networks from one-dimensional symbol sequences. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2012 ; Vuosikerta 219, Nro 3. Sivut 1020-1030.

Emmert-Streib, Frank. / Evolutionary dynamics of the spatial Prisoner's Dilemma with self-inhibition. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2012 ; Vuosikerta 218, Nro 11. Sivut 6482-6488.

Uusitalo, Mikko A. ; Peltonen, Jaakko ; Ryhänen, Tapani. / Machine learning : How it can help nanocomputing. Julkaisussa: Journal of Computational and Theoretical Nanoscience. 2011 ; Vuosikerta 8, Nro 8. Sivut 1347-1363.

Yu, Guoqiang ; Zhang, Bai ; Bova, G. Steven ; Xu, Jianfeng ; Shih, Ie Ming ; Wang, Yue. / BACOM : In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2011 ; Vuosikerta 27, Nro 11. Sivut 1473-1480.

Belahcen, A. ; Kouhia, R. ; Fonteyn, K. / The different levels of magneto-mechanical coupling in energy conversion machines and devices. Proceedings of the 4th International Conference on Computational Methods for Coupled Problems in Science and Engineering, COUPLED PROBLEMS 2011. 2011. Sivut 472-483

Altay, Gökmen ; Emmert-Streib, Frank. / Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods. Julkaisussa: Bioinformatics. 2010 ; Vuosikerta 26, Nro 14. Sivut 1738-1744.

Glazko, Galina V. ; Emmert-Streib, Frank. / Unite and conquer : Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2009 ; Vuosikerta 25, Nro 18. Sivut 2348-2354.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Gesell, Tanja. / A comparative analysis of multidimensional features of objects resembling sets of graphs. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2008 ; Vuosikerta 196, Nro 1. Sivut 221-235.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / Structural similarity of directed universal hierarchical graphs : A low computational complexity approach. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2007 ; Vuosikerta 194, Nro 1. Sivut 7-20.

Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Information theoretic measures of UHG graphs with low computational complexity. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2007 ; Vuosikerta 190, Nro 2. Sivut 1783-1794.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / Comparing large graphs efficiently by margins of feature vectors. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2007 ; Vuosikerta 188, Nro 2. Sivut 1699-1710.

Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Topological mappings between graphs, trees and generalized trees. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2007 ; Vuosikerta 186, Nro 2. Sivut 1326-1333.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank ; Kilian, Jürgen. / A similarity measure for graphs with low computational complexity. Julkaisussa: Applied Mathematics and Computation. 2006 ; Vuosikerta 182, Nro 1. Sivut 447-459.

Emmert-Streib, Frank. / Algorithmic computation of knot polynomials of secondary structure elements of proteins. Julkaisussa: Journal of Computational Biology. 2006 ; Vuosikerta 13, Nro 8. Sivut 1503-1512.

Valkealahti, S. ; Manninen, M. / Melting of copper clusters. Julkaisussa: Computational Materials Science. 1993 ; Vuosikerta 1, Nro 2. Sivut 123-134.