Tienaho, Jenni ; Poikulainen, Emmi ; Sarjala, Tytti ; Muilu-Mäkelä, Riina ; Santala, Ville ; Karp, Matti. / A Bioscreening Technique for Ultraviolet Irradiation Protective Natural Substances. Julkaisussa: Photochemistry and Photobiology. 2018 ; Vuosikerta 94, Nro 6. Sivut 1273-1280.

Sharma, Vivek ; Khurana, Simran ; Kubben, Nard ; Abdelmohsen, Kotb ; Oberdoerffer, Philipp ; Gorospe, Myriam ; Misteli, Tom. / A BRCA1-interacting lncRNA regulates homologous recombination. Julkaisussa: EMBO REPORTS. 2015 ; Vuosikerta 16, Nro 11. Sivut 1520-1534.

Holmstedt, Suvi ; Candeias, Nuno R. / A concise synthesis of carbasugars isolated from Streptomyces lincolnensis. Julkaisussa: Tetrahedron. 2020.

Pirhonen, Mikko ; Peltokangas, Mikko ; Vehkaoja, Antti. / Acquiring respiration rate from photoplethysmographic signal by recursive bayesian tracking of intrinsic modes in time-frequency spectra. Julkaisussa: Sensors. 2018 ; Vuosikerta 18, Nro 6.

Kerst, Thomas ; Malmbeck, Rikard ; lal Banik, Nidhu L. ; Toivonen, Juha. / Alpha radiation-induced luminescence by am-241 in aqueous nitric acid solution. Julkaisussa: Sensors (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 7.

Calderón-Garcidueñas, Lilian ; González-Maciel, Angélica ; Reynoso-Robles, Rafael ; Kulesza, Randy J. ; Mukherjee, Partha S. ; Torres-Jardón, Ricardo ; Rönkkö, Topi ; Doty, Richard L. / Alzheimer's disease and alpha-synuclein pathology in the olfactory bulbs of infants, children, teens and adults ≤ 40 years in Metropolitan Mexico City. APOE4 carriers at higher risk of suicide accelerate their olfactory bulb pathology. Julkaisussa: Environmental Research. 2018 ; Vuosikerta 166. Sivut 348-362.

Mehrang, Saeed ; Pietilä, Julia ; Korhonen, Ilkka. / An activity recognition framework deploying the random forest classifier and a single optical heart rate monitoring and triaxial accelerometer wrist-band. Julkaisussa: Sensors. 2018 ; Vuosikerta 18, Nro 2.

Häkkinen, Merja R. ; Roine, Antti ; Auriola, Seppo ; Tuokko, Antti ; Veskimäe, Erik ; Keinänen, Tuomo A. ; Lehtimäki, Terho ; Oksala, Niku ; Vepsäläinen, Jouko. / Analysis of free, mono- and diacetylated polyamines from human urine by LC-MS/MS. Julkaisussa: JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY B: ANALYTICAL TECHNOLOGIES IN THE BIOMEDICAL AND LIFE SCIENCES. 2013 ; Vuosikerta 941. Sivut 81-89.

Jackson, T. ; Shenkin, A. ; Moore, J. ; Bunce, A. ; van Emmerik, T. ; Kane, B. ; Burcham, D. ; James, K. ; Selker, J. ; Calders, K. ; Origo, N. ; Disney, M. ; Burt, A. ; Wilkes, P. ; Raumonen, P. ; Gonzalez de Tanago Menaca, J. ; Lau, A. ; Herold, M. ; Goodman, R. C. ; Fourcaud, T. ; Malhi, Y. / An architectural understanding of natural sway frequencies in trees. Julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface. 2019 ; Vuosikerta 16, Nro 155.

Li, Shiqian ; Prasanna, Xavier ; Salo, Veijo T. ; Vattulainen, Ilpo ; Ikonen, Elina. / An efficient auxin-inducible degron system with low basal degradation in human cells. Julkaisussa: Nature Methods. 2019 ; Vuosikerta 16, Nro 9. Sivut 866-869.

Ji, Junfeng ; Sharma, Vivek ; Qi, Suxia ; Guarch, Meritxell Espino ; Zhao, Ping ; Luo, Zhiwei ; Fan, Wenxia ; Wang, Yu ; Mbabaali, Faridah ; Neculai, Dante ; Esteban, Miguel Angel ; McPherson, John D. ; Batada, Nizar N. / Antioxidant supplementation reduces genomic aberrations in human induced pluripotent stem cells. Julkaisussa: Stem Cell Reports. 2014 ; Vuosikerta 2, Nro 1. Sivut 44-51.

Nguyen, Su Duy ; Javanainen, Matti ; Rissanen, Sami ; Zhao, Hongxia ; Huusko, Jenni ; Kivelä, Annukka M. ; Ylä-Herttuala, Seppo ; Navab, Mohamad ; Fogelman, Alan M. ; Vattulainen, Ilpo ; Kovanen, Petri T. ; Öörni, Katariina. / Apolipoprotein A-I mimetic peptide 4F blocks sphingomyelinase-induced LDL aggregation. Julkaisussa: Journal of Lipid Research. 2015 ; Vuosikerta 56, Nro 6. Sivut 1206-1221.

Rodrigues, Paulo C. ; Monteiro, Andreia ; Lourenço, Vanda M. / A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 32, Nro 1. Sivut 58-66.

Kokkola, Tarja ; Suuronen, Tiina ; Molnár, Ferdinand ; Määttä, Juha ; Salminen, Antero ; Jarho, Elina M. ; Lahtela-Kakkonen, Maija. / AROS has a context-dependent effect on SIRT1. Julkaisussa: FEBS Letters. 2014 ; Vuosikerta 588, Nro 9. Sivut 1523-1528.

Euro, Liliya ; Haapanen, Outi ; Róg, Tomasz ; Vattulainen, Ilpo ; Suomalainen, Anu ; Sharma, Vivek. / Atomistic Molecular Dynamics Simulations of Mitochondrial DNA Polymerase γ : Novel Mechanisms of Function and Pathogenesis. Julkaisussa: Biochemistry. 2017 ; Vuosikerta 56, Nro 9. Sivut 1227-1238.

Fedele, Chiara ; De Gregorio, Maria ; Netti, Paolo A. ; Cavalli, Silvia ; Attanasio, Chiara. / Azopolymer photopatterning for directional control of angiogenesis. Julkaisussa: Acta Biomaterialia. 2017 ; Vuosikerta 63. Sivut 317-325.

Yu, Guoqiang ; Zhang, Bai ; Bova, G. Steven ; Xu, Jianfeng ; Shih, Ie Ming ; Wang, Yue. / BACOM : In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2011 ; Vuosikerta 27, Nro 11. Sivut 1473-1480.

Poojari, Chetan ; Wilkosz, Natalia ; Lira, Rafael B. ; Dimova, Rumiana ; Jurkiewicz, Piotr ; Petka, Rafał ; Kepczynski, Mariusz ; Róg, Tomasz. / Behavior of the DPH fluorescence probe in membranes perturbed by drugs. Julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids. 2019 ; Vuosikerta 223.

Ojansivu, M. ; Wang, X. ; Hyväri, L. ; Kellomäki, M. ; Hupa, L. ; Vanhatupa, S. ; Miettinen, S. / Bioactive glass induced osteogenic differentiation of human adipose stem cells is dependent on cell attachment mechanism and mitogen-activated protein kinases. Julkaisussa: European Cells and Materials. 2018 ; Vuosikerta 35. Sivut 53-71.

Ojansivu, Miina ; Vanhatupa, Sari ; Björkvik, Leena ; Häkkänen, Heikki ; Kellomäki, Minna ; Autio, Reija ; Ihalainen, Janne A. ; Hupa, Leena ; Miettinen, Susanna. / Bioactive glass ions as strong enhancers of osteogenic differentiation in human adipose stem cells. Julkaisussa: Acta Biomaterialia. 2015 ; Vuosikerta 21. Sivut 190-203.

Kekonen, Atte ; Bergelin, Mikael ; Johansson, Max ; Kumar Joon, Narender ; Bobacka, Johan ; Viik, Jari. / Bioimpedance Sensor Array for Long-Term Monitoring of Wound Healing from Beneath the Primary Dressings and Controlled Formation of H2O2 Using Low-Intensity Direct Current. Julkaisussa: Sensors. 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 11.

Raitoharju, Emma ; Seppälä, Ilkka ; Oksala, Niku ; Lyytikäinen, Leo Pekka ; Raitakari, Olli ; Viikari, Jorma ; Ala-Korpela, Mika ; Soininen, Pasi ; Kangas, Antti J. ; Waldenberger, Melanie ; Klopp, Norman ; Illig, Thomas ; Leiviskä, Jaana ; Loo, Britt Marie ; Hutri-Kähönen, Nina ; Kähönen, Mika ; Laaksonen, Reijo ; Lehtimäki, Terho. / Blood microRNA profile associates with the levels of serum lipids and metabolites associated with glucose metabolism and insulin resistance and pinpoints pathways underlying metabolic syndrome. The cardiovascular risk in Young Finns Study. Julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology. 2014 ; Vuosikerta 391, Nro 1-2. Sivut 41-49.

Mokkila, Sini ; Postila, Pekka A. ; Rissanen, Sami ; Juhola, Hanna ; Vattulainen, Ilpo ; Róg, Tomasz. / Calcium Assists Dopamine Release by Preventing Aggregation on the Inner Leaflet of Presynaptic Vesicles. Julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience. 2017 ; Vuosikerta 8, Nro 6. Sivut 1242-1250.

Bilkova, Eva ; Pleskot, Roman ; Rissanen, Sami ; Sun, Simou ; Czogalla, Aleksander ; Cwiklik, Lukasz ; Róg, Tomasz ; Vattulainen, Ilpo ; Cremer, Paul S. ; Jungwirth, Pavel ; Coskun, Ünal. / Calcium Directly Regulates Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Headgroup Conformation and Recognition. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2017 ; Vuosikerta 139, Nro 11. Sivut 4019-4024.

Spencer, C. Ian ; Baba, Shiro ; Nakamura, Kenta ; Hua, Ethan A. ; Sears, Marie A F ; Fu, Chi Cheng ; Zhang, Jianhua ; Balijepalli, Sadguna ; Tomoda, Kiichiro ; Hayashi, Yohei ; Lizarraga, Paweena ; Wojciak, Julianne ; Scheinman, Melvin M. ; Aalto-Setälä, Katriina ; Makielski, Jonathan C. ; January, Craig T. ; Healy, Kevin E. ; Kamp, Timothy J. ; Yamanaka, Shinya ; Conklin, Bruce R. / Calcium transients closely reflect prolonged action potentials in iPSC models of inherited cardiac arrhythmia. Julkaisussa: Stem Cell Reports. 2014 ; Vuosikerta 3, Nro 2. Sivut 269-281.

Ryödi, Essi ; Metso, Saara ; Jaatinen, Pia ; Huhtala, Heini ; Saaristo, Rauni ; Välimäki, Matti ; Auvinen, Anssi. / Cancer incidence and mortality in patients treated either with RAI or thyroidectomy for hyperthyroidism. Julkaisussa: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 2015 ; Vuosikerta 100, Nro 10. Sivut 3710-3717.

Pitkänen, S. ; Paakinaho, K. ; Pihlman, H. ; Ahola, N. ; Hannula, M. ; Asikainen, S. ; Manninen, M. ; Morelius, M. ; Keränen, P. ; Hyttinen, J. ; Kellomäki, M. ; Laitinen-Vapaavuori, O. ; Miettinen, S. / Characterisation and in vitro and in vivo evaluation of supercritical-CO2-foamed β-TCP/PLCL composites for bone applications. Julkaisussa: European cells & materials. 2019 ; Vuosikerta 38. Sivut 35-50.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 9. Sivut 1346-1352.

Kulig, Waldemar ; Cwiklik, Lukasz ; Jurkiewicz, Piotr ; Rog, Tomasz ; Vattulainen, Ilpo. / Cholesterol oxidation products and their biological importance. Julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids. 2016 ; Vuosikerta 199. Sivut 144-160.

Kulig, Waldemar ; Olzyńska, Agnieszka ; Jurkiewicz, Piotr ; Kantola, Anu M. ; Komulainen, Sanna ; Manna, Moutusi ; Pourmousa, Mohsen ; Vazdar, Mario ; Cwiklik, Lukasz ; Rog, Tomasz ; Khelashvili, George ; Harries, Daniel ; Telkki, Ville Veikko ; Hof, Martin ; Vattulainen, Ilpo ; Jungwirth, Pavel. / Cholesterol under oxidative stress : How lipid membranes sense oxidation as cholesterol is being replaced by oxysterols. Julkaisussa: Free Radical Biology and Medicine. 2015 ; Vuosikerta 84. Sivut 30-41.

Rebelo Calejo, Teresa ; Vuorenpää, Hanna ; Vuorimaa-Laukkanen, Elina ; Kallio, Pasi ; Aalto-Setälä, Katriina ; Miettinen, Susanna ; Skottman, Heli ; Kellomäki, Minna ; Juuti-Uusitalo, Kati. / Co-culture of human induced pluripotent stem cell-derived retinal pigment epithelial cells and endothelial cells on double collagen-coated honeycomb films. Julkaisussa: Acta Biomaterialia. 2020 ; Vuosikerta 101. Sivut 327-343.

Kartasalo, Kimmo ; Latonen, Leena ; Vihinen, Jorma ; Visakorpi, Tapio ; Nykter, Matti ; Ruusuvuori, Pekka. / Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 17. Sivut 3013-3021.

Rahmatallah, Yasir ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 15, Nro 1.

Ferreira, Ana R.V. ; Haapanen, Janne ; Mäkelä, Jyrki M. ; Bratvold, Jon E. ; Nilsen, Ola ; Tuominen, Mikko ; Alves, Vítor D. ; Coelhoso, Isabel M. / Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films. Julkaisussa: International Journal of Biological Macromolecules. 2017 ; Vuosikerta 103. Sivut 268-274.

Takala, Heikki ; Lehtivuori, Heli ; Hammarén, Henrik ; Hytönen, Vesa P. ; Ihalainen, Janne A. / Connection between absorption properties and conformational changes in Deinococcus radiodurans phytochrome. Julkaisussa: Biochemistry. 2014 ; Vuosikerta 53, Nro 45. Sivut 7076-7085.

Habib, Mohsin ; Serebryannikov, Andriy E. ; Caglayan, Humeyra ; Vandenbosch, Guy A.E. ; Ozbay, Ekmel. / Connection of Collimation, Asymmetric Beaming, and Independent Transmission-Reflection Processes in Concentric-Groove Gratings Supporting Spoof Surface Plasmons. Julkaisussa: Plasmonics. 2019 ; Vuosikerta 14, Nro 3. Sivut 721-729.

Saegusa, Toshiyuki ; Sakai, Hayato ; Nagashima, Hiroki ; Kobori, Yasuhiro ; Tkachenko, Nikolai V. ; Hasobe, Taku. / Controlled Orientations of Neighboring Tetracene Units by Mixed Self-Assembled Monolayers on Gold Nanoclusters for High-Yield and Long-Lived Triplet Excited States through Singlet Fission. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2019 ; Vuosikerta 141, Nro 37. Sivut 14720-14727.

Wernersson, Erik ; Heyda, Jan ; Kubíčková, Anna ; Křížek, Tomáš ; Coufal, Pavel ; Jungwirth, Pavel. / Counterion condensation in short cationic peptides : Limiting mobilities beyond the Onsager-Fuoss theory. Julkaisussa: ELECTROPHORESIS. 2012 ; Vuosikerta 33, Nro 6. Sivut 981-989.

Auer, Sanna ; Nirschl, Martin ; Schreiter, Matthias ; Vikholm-Lundin, Inger. / Detection of DNA hybridisation in a diluted serum matrix by surface plasmon resonance and film bulk acoustic resonators. Julkaisussa: Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2011 ; Vuosikerta 400, Nro 5. Sivut 1387-1396.

Diban, Nazely ; Haimi, Suvi ; Bolhuis-Versteeg, Lydia ; Teixeira, Sandra ; Miettinen, Susanna ; Poot, André ; Grijpma, Dirk ; Stamatialis, Dimitrios. / Development and characterization of poly(ε-caprolactone) hollow fiber membranes for vascular tissue engineering. Julkaisussa: Journal of Membrane Science. 2013 ; Vuosikerta 438. Sivut 29-37.

Palma, Cristina S.D. ; Kandavalli, Vinodh ; Bahrudeen, Mohamed N.M. ; Minoia, Marco ; Chauhan, Vatsala ; Dash, Suchintak ; Ribeiro, Andre S. / Dissecting the in vivo dynamics of transcription locking due to positive supercoiling buildup. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 2020 ; Vuosikerta 1863, Nro 5.

Kaurola, Petri ; Sharma, Vivek ; Vonk, Amanda ; Vattulainen, Ilpo ; Róg, Tomasz. / Distribution and dynamics of quinones in the lipid bilayer mimicking the inner membrane of mitochondria. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 1858, Nro 9. Sivut 2116-2122.

Grabon, Aby ; Orłowski, Adam ; Tripathi, Ashutosh ; Vuorio, Joni ; Javanainen, Matti ; Róg, Tomasz ; Lönnfors, Max ; McDermott, Mark I. ; Siebert, Garland ; Somerharju, Pentti ; Vattulainen, Ilpo ; Bankaitis, Vytas A. / Dynamics and energetics of the mammalian phosphatidylinositol transfer protein phospholipid exchange cycle. Julkaisussa: Journal of Biological Chemistry. 2017 ; Vuosikerta 292, Nro 35. Sivut 14438-14455.

Nogueira, Idelfonso B.R. ; Ribeiro, Ana M. ; Martins, Márcio A.F. ; Rodrigues, Alírio E. ; Koivisto, Hannu ; Loureiro, José M. / Dynamics of a True Moving Bed separation process : Linear model identification and advanced process control. Julkaisussa: Journal of Chromatography A. 2017 ; Vuosikerta 1504.

Khanongnuch, Ramita ; Di Capua, Francesco ; Lakaniemi, Aino-Maija ; Rene, Eldon R. ; Lens, Piet N.L. / Effect of N/S ratio on anoxic thiosulfate oxidation in a fluidized bed reactor : Experimental and artificial neural network model analysis. Julkaisussa: Process Biochemistry. 2018 ; Vuosikerta 68. Sivut 171-181.

Kandavalli, Vinodh K. ; Tran, Huy ; Ribeiro, Andre S. / Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms. 2016 ; Vuosikerta 1859, Nro 10. Sivut 1281-1288.

Javanainen, Matti ; Martinez-Seara, Hector. / Efficient preparation and analysis of membrane and membrane protein systems. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 1858, Nro 10. Sivut 2468-2482.

Lehtonen, Soili I. ; Taskinen, Barbara ; Ojala, Elina ; Kukkurainen, Sampo ; Rahikainen, Rolle ; Riihimäki, Tiina A. ; Laitinen, Olli H. ; Kulomaa, Markku S. ; Hytönen, Vesa P. / Efficient preparation of shuffled DNA libraries through recombination (Gateway) cloning. Julkaisussa: Protein Engineering Design and Selection. 2015 ; Vuosikerta 28, Nro 1. Sivut 23-28.

Dantelle, G. ; Slablab, A. ; Rondin, L. ; Lainé, F. ; Carrel, F. ; Bergonzo, Ph. ; Perruchas, S. ; Gacoin, T. ; Treussart, F. ; Roch, J. F. / Efficient production of NV colour centres in nanodiamonds using high-energy electron irradiation. Julkaisussa: Journal of Luminescence. 2010 ; Vuosikerta 130, Nro 9. Sivut 1655-1658.

Křížek, Tomáš ; Kubíčková, Anna ; Hladílková, Jana ; Coufal, Pavel ; Heyda, Jan ; Jungwirth, Pavel. / Electrophoretic mobilities of neutral analytes and electroosmotic flow markers in aqueous solutions of Hofmeister salts. Julkaisussa: ELECTROPHORESIS. 2014 ; Vuosikerta 35, Nro 5. Sivut 617-624.

Ometov, Aleksandr ; Bezzateev, Sergey ; Voloshina, Natalia ; Masek, Pavel ; Komarov, Mikhail. / Environmental monitoring with distributed mesh networks : An overview and practical implementation perspective for urban scenario. Julkaisussa: Sensors (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 24.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 31, Nro 1. Sivut 69-75.

Virtanen, Juhani ; Somppi, Sanni ; Törnqvist, Heini ; Jeyhani, Vala ; Fiedler, Patrique ; Gizatdinova, Yulia ; Majaranta, Päivi ; Väätäjä, Heli ; Cardó, Anna Valldeoriola ; Lekkala, Jukka ; Tuukkanen, Sampo ; Surakka, Veikko ; Vainio, Outi ; Vehkaoja, Antti. / Evaluation of dry electrodes in canine heart rate monitoring. Julkaisussa: Sensors. 2018 ; Vuosikerta 18, Nro 6.

Palmroth, Aleksi ; Pitkänen, Sanna ; Hannula, Markus ; Paakinaho, Kaarlo ; Hyttinen, Jari ; Miettinen, Susanna ; Kellomäki, Minna. / Evaluation of scaffold microstructure and comparison of cell seeding methods using micro-computed tomography-based tools. Julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface. 2020 ; Vuosikerta 17, Nro 165.

Kulig, Waldemar ; Jurkiewicz, Piotr ; Olzyńska, Agnieszka ; Tynkkynen, Joona ; Javanainen, Matti ; Manna, Moutusi ; Rog, Tomasz ; Hof, Martin ; Vattulainen, Ilpo ; Jungwirth, Pavel. / Experimental determination and computational interpretation of biophysical properties of lipid bilayers enriched by cholesteryl hemisuccinate. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2015 ; Vuosikerta 1848, Nro 2. Sivut 422-432.

Emmert-Streib, Frank ; de Matos Simoes, Ricardo ; Glazko, Galina ; McDade, Simon ; Haibe-Kains, Benjamin ; Holzinger, Andreas ; Dehmer, Matthias ; Campbell, Frederick. / Functional and genetic analysis of the colon cancer network. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 15, Nro Suppl 6.

Kepczynski, Mariusz ; Róg, Tomasz. / Functionalized lipids and surfactants for specific applications. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 1858, Nro 10. Sivut 2362-2379.

Jia, Li ; Sun, Zhonghe ; Wu, Xiaolin ; Misteli, Tom ; Sharma, Vivek. / Gene expression analysis upon lncRNA DDSR1 knockdown in human fibroblasts. Julkaisussa: Genomics Data. 2015 ; Vuosikerta 6. Sivut 277-279.

Rahmatallah, Y. ; Emmert-Streib, F. ; Glazko, G. / Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. Julkaisussa: Bioinformatics. 2012 ; Vuosikerta 28, Nro 23. Sivut 3073-3080.

Rahmatallah, Yasir ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 3. Sivut 360-368.

Deng, Yang ; Alicea-Velázquez, Nilda L. ; Bannwarth, Ludovic ; Lehtonen, Soili I. ; Boggon, Titus J. ; Cheng, Heung Chin ; Hytönen, Vesa P. ; Turk, Benjamin E. / Global analysis of human nonreceptor tyrosine kinase specificity using high-density peptide microarrays. Julkaisussa: Journal of Proteome Research. 2014 ; Vuosikerta 13, Nro 10. Sivut 4339-4346.

Rokade, Shalaka S. ; Joshi, Komal A. ; Mahajan, Ketakee ; Patil, Saniya ; Tomar, Geetanjali ; Dubal, Dnyanesh S. ; Parihar, Vijay Singh ; Kitture, Rohini ; Bellare, Jayesh R. ; Ghosh, Sougata. / Gloriosa superba Mediated Synthesis of Platinum and Palladium Nanoparticles for Induction of Apoptosis in Breast Cancer. Julkaisussa: Bioinorganic Chemistry and Applications. 2018 ; Vuosikerta 2018.

Rahmatallah, Yasir ; Zybailov, Boris ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / GSAR : Bioconductor package for Gene Set analysis in R. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro 1.

Higashino, Tomohiro ; Nakatsuji, Hirotaka ; Fukuda, Ryosuke ; Okamoto, Haruki ; Imai, Hirohiko ; Matsuda, Tetsuya ; Tochio, Hidehito ; Shirakawa, Masahiro ; Tkachenko, Nikolai V. ; Hashida, Mitsuru ; Murakami, Tatsuya ; Imahori, Hiroshi. / Hexaphyrin as a Potential Theranostic Dye for Photothermal Therapy and 19F Magnetic Resonance Imaging. Julkaisussa: ChemBioChem. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro 10. Sivut 951-959.

Milani, Roberto ; Houbenov, Nikolay ; Fernandez-Palacio, Francisco ; Cavallo, Gabriella ; Luzio, Alessandro ; Haataja, Johannes ; Giancane, Gabriele ; Saccone, Marco ; Priimägi, Arri ; Metrangolo, Pierangelo ; Ikkala, Olli. / Hierarchical Self-Assembly of Halogen-Bonded Block Copolymer Complexes into Upright Cylindrical Domains. Julkaisussa: CheM. 2017 ; Vuosikerta 2, Nro 3. Sivut 417-426.

Vanharanta, Lauri ; Peränen, Johan ; Pfisterer, Simon G. ; Enkavi, Giray ; Vattulainen, Ilpo ; Ikonen, Elina. / High-content imaging and structure-based predictions reveal functional differences between Niemann-Pick C1 variants. Julkaisussa: Traffic. 2020 ; Vuosikerta 21, Nro 5. Sivut 386-397.

Jääskeläinen, Tiina ; Makkonen, Harri ; Visakorpi, Tapio ; Kim, Jaehoon ; Roeder, Robert G. ; Palvimo, Jorma J. / Histone H2B ubiquitin ligases RNF20 and RNF40 in androgen signaling and prostate cancer cell growth. Julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology. 2012 ; Vuosikerta 350, Nro 1. Sivut 87-98.

Diban, Nazely ; Haimi, Suvi ; Bolhuis-Versteeg, Lydia ; Teixeira, Sandra ; Miettinen, Susanna ; Poot, André ; Grijpma, Dirk ; Stamatialis, Dimitrios. / Hollow fibers of poly(lactide-co-glycolide) and poly(ε-caprolactone) blends for vascular tissue engineering applications. Julkaisussa: Acta Biomaterialia. 2013 ; Vuosikerta 9, Nro 5. Sivut 6450-6458.

Poojari, Chetan ; Kukol, Andreas ; Strodel, Birgit. / How the amyloid-β peptide and membranes affect each other : An extensive simulation study. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2013 ; Vuosikerta 1828, Nro 2. Sivut 327-339.

Mobarak, Edouard ; Javanainen, Matti ; Kulig, Waldemar ; Honigmann, Alf ; Sezgin, Erdinc ; Aho, Noora ; Eggeling, Christian ; Rog, Tomasz ; Vattulainen, Ilpo. / How to minimize dye-induced perturbations while studying biomembrane structure and dynamics : PEG linkers as a rational alternative. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018 ; Vuosikerta 1860, Nro 11. Sivut 2436-2445.

Vuornos, Kaisa ; Björninen, Miina ; Talvitie, Elina ; Paakinaho, Kaarlo ; Kellomäki, Minna ; Huhtala, Heini ; Miettinen, Susanna ; Seppänen-Kaijansinkko, Riitta ; Haimi, Suvi. / Human Adipose Stem Cells Differentiated on Braided Polylactide Scaffolds is a Potential Approach for Tendon Tissue Engineering. Julkaisussa: Tissue Engineering Part A. 2016 ; Vuosikerta 22, Nro 5-6. Sivut 513-523.

Sarkanen, Jertta Riina ; Kaila, Ville ; Mannerström, Bettina ; Räty, Sari ; Kuokkanen, Hannu ; Miettinen, Susanna ; Ylikomi, Timo. / Human adipose tissue extract induces angiogenesis and adipogenesis in vitro. Julkaisussa: Tissue Engineering Part A. 2012 ; Vuosikerta 18, Nro 1-2. Sivut 17-25.

Chen, Jing ; Xi, Jiefeng ; Tian, Yuan ; Bova, George Steven ; Zhang, Hui. / Identification, prioritization, and evaluation of glycoproteins for aggressive prostate cancer using quantitative glycoproteomics and antibody-based assays on tissue specimens. Julkaisussa: Proteomics. 2013 ; Vuosikerta 13, Nro 15. Sivut 2268-2277.

Kuleta, Patryk ; Sarewicz, Marcin ; Postila, Pekka ; Róg, Tomasz ; Osyczka, Artur. / Identifying involvement of Lys251/Asp252 pair in electron transfer and associated proton transfer at the quinone reduction site of Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 2016 ; Vuosikerta 1857, Nro 10. Sivut 1661-1668.

Inha, Laura M. ; Katko, Tapio S. ; Rajala, Riikka P. / Improved water services cooperation through clarification of rules and roles. Julkaisussa: Water (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 11, Nro 10.

Wang, Shujiang ; Nawale, Ganesh N. ; Oommen, Oommen P. ; Hilborn, Jöns ; Varghese, Oommen P. / Influence of ions to modulate hydrazone and oxime reaction kinetics to obtain dynamically cross-linked hyaluronic acid hydrogels. Julkaisussa: Polymer Chemistry. 2019 ; Vuosikerta 10, Nro 31. Sivut 4322-4327.

Sciacca, Michele F.M. ; Romanucci, Valeria ; Zarrelli, Armando ; Monaco, Irene ; Lolicato, Fabio ; Spinella, Natalia ; Galati, Clelia ; Grasso, Giuseppe ; D'Urso, Luisa ; Romeo, Margherita ; Diomede, Luisa ; Salmona, Mario ; Bongiorno, Corrado ; Di Fabio, Giovanni ; La Rosa, Carmelo ; Milardi, Danilo. / Inhibition of Aβ Amyloid Growth and Toxicity by Silybins : The Crucial Role of Stereochemistry. Julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience. 2017 ; Vuosikerta 8, Nro 8. Sivut 1767-1778.

Akimova, A. V. ; Rychkov, G. N. ; Grin, M. A. ; Filippova, N. A. ; Golovina, G. V. ; Durandin, N. A. ; Vinogradov, A. M. ; Kokrashvili, T. A. ; Mironov, A. F. ; Shtil, A. A. ; Kuzmin, V. A. / Interaction with serum albumin as a factor of the photodynamic efficacy of novel bacteriopurpurinimide derivatives. Julkaisussa: ACTA NATURAE. 2015 ; Vuosikerta 7, Nro 1. Sivut 109-116.

Liimatainen, Kaisa ; Kananen, Lauri ; Latonen, Leena ; Ruusuvuori, Pekka. / Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2019 ; Vuosikerta 20, Nro 1.

Näreoja, Tuomas ; Ebner, Andreas ; Gruber, Hermann J. ; Taskinen, Barbara ; Kienberger, Ferry ; Hänninen, Pekka E. ; Hytönen, Vesa P. ; Hinterdorfer, Peter ; Härmä, Harri. / Kinetics of bioconjugate nanoparticle label binding in a sandwich-type immunoassay. Julkaisussa: Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2014 ; Vuosikerta 406, Nro 2. Sivut 493-503.

Heger, Michal ; Salles, Isabelle I. ; Bezemer, Rick ; Cloos, Martijn A. ; Mordon, Serge R. ; Bégu, Sylvie ; Deckmyn, Hans ; Beek, Johan F. / Laser-induced primary and secondary hemostasis dynamics and mechanisms in relation to selective photothermolysis of port wine stains. Julkaisussa: JOURNAL OF DERMATOLOGICAL SCIENCE. 2011 ; Vuosikerta 63, Nro 3. Sivut 139-147.

Koskela, Jenni E. ; Liljeström, Ville ; Lim, Jongdoo ; Simanek, Eric E. ; Ras, Robin H A ; Priimagi, Arri ; Kostiainen, Mauri A. / Light-fuelled transport of large dendrimers and proteins. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2014 ; Vuosikerta 136, Nro 19. Sivut 6850-6853.

Manna, Moutusi ; Javanainen, Matti ; Martinez-Seara Monne, Hector ; Gabius, Hans-Joachim ; Rog, Tomasz ; Vattulainen, Ilpo. / Long-chain GM1 gangliosides alter transmembrane domain registration through interdigitation. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2017 ; Vuosikerta 1859, Nro 5. Sivut 870-878.

Rinne, Jukka ; Keskinen, Jari ; Berger, Paul R. ; Lupo, Donald ; Valkama, Mikko. / M2M Communication Assessment in Energy-Harvesting and Wake-Up Radio Assisted Scenarios Using Practical Components. Julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland). 2018 ; Vuosikerta 18, Nro 11.

Stirnemann, Guillaume ; Wernersson, Erik ; Jungwirth, Pavel ; Laage, Damien. / Mechanisms of acceleration and retardation of water dynamics by ions. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2013 ; Vuosikerta 135, Nro 32. Sivut 11824-11831.

Lolicato, Fabio ; Juhola, Hanna ; Zak, Agata ; Postila, Pekka A. ; Saukko, Annina ; Rissanen, Sami ; Enkavi, Giray ; Vattulainen, Ilpo ; Kepczynski, Mariusz ; Róg, Tomasz. / Membrane-Dependent Binding and Entry Mechanism of Dopamine into Its Receptor. Julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience. 2020.

Ali, Ihtisham ; Suominen, Olli ; Gotchev, Atanas ; Morales, Emilio Ruiz. / Methods for simultaneous robot-world-hand–eye calibration : A comparative study. Julkaisussa: Sensors (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 12.

Lokshina, L. Y. ; Vavilin, V. A. ; Salminen, E. ; Rintala, J. / Modeling of anaerobic degradation of solid slaughterhouse waste : Inhibition effects of long-chain fatty acids or ammonia. Julkaisussa: Applied Biochemistry and Biotechnology. 2003 ; Vuosikerta 109, Nro 1-3. Sivut 15-32.

Hakala, Markku ; Kalimeri, Maria ; Enkavi, Giray ; Vattulainen, Ilpo ; Lappalainen, Pekka. / Molecular mechanism for inhibition of twinfilin by phosphoinositides. Julkaisussa: Journal of Biological Chemistry. 2018 ; Vuosikerta 293, Nro 13. Sivut 4818-4829.

Ylilauri, Mikko ; Mattila, Elina ; Nurminen, Elisa M. ; Käpylä, Jarmo ; Niinivehmas, Sanna P. ; Määttä, Juha A. ; Pentikäinen, Ulla ; Ivaska, Johanna ; Pentikäinen, Olli T. / Molecular mechanism of T-cell protein tyrosine phosphatase (TCPTP) activation by mitoxantrone. Julkaisussa: Biochimica et biophysica acta: proteins and proteomics. 2013 ; Vuosikerta 1834, Nro 10. Sivut 1988-1997.

Rembert, Kelvin B. ; Paterová, Jana ; Heyda, Jan ; Hilty, Christian ; Jungwirth, Pavel ; Cremer, Paul S. / Molecular mechanisms of ion-specific effects on proteins. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2012 ; Vuosikerta 134, Nro 24. Sivut 10039-10046.

Chevrier, Daniel M. ; Raich, Lluís ; Rovira, Carme ; Das, Anindita ; Luo, Zhentao ; Yao, Qiaofeng ; Chatt, Amares ; Xie, Jianping ; Jin, Rongchao ; Akola, Jaakko ; Zhang, Peng. / Molecular-Scale Ligand Effects in Small Gold-Thiolate Nanoclusters. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2018 ; Vuosikerta 140, Nro 45. Sivut 15430-15436.

Teppola, Heidi ; Sarkanen, Jertta Riina ; Jalonen, Tuula O. ; Linne, Marja-Leena. / Morphological Differentiation Towards Neuronal Phenotype of SH-SY5Y Neuroblastoma Cells by Estradiol, Retinoic Acid and Cholesterol. Julkaisussa: Neurochemical Research. 2016 ; Vuosikerta 41, Nro 4. Sivut 731-747.

Potapov, Ilya ; Zhurov, Boris ; Volkov, Evgeny. / Multi-stable dynamics of the non-adiabatic repressilator. Julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface. 2015 ; Vuosikerta 12, Nro 104.

Oksala, Niku K J ; Ekmekçi, F. Güler ; Özsoy, Ergi ; Kirankaya, Şerife ; Kokkola, Tarja ; Emecen, Güzin ; Lappalainen, Jani ; Kaarniranta, Kai ; Atalay, Mustafa. / Natural thermal adaptation increases heat shock protein levels and decreases oxidative stress. Julkaisussa: REDOX BIOLOGY. 2014 ; Vuosikerta 3. Sivut 25-28.

Tripathi, Shailesh ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 19. Sivut 2834-2836.

Sharma, Vivek ; Bala, Ashu ; Deshmukh, Rahul ; Bedi, K. L. ; Sharma, P. L. / Neuroprotective effect of RO-20-1724-a phosphodiesterase4 inhibitor against intracerebroventricular streptozotocin induced cognitive deficit and oxidative stress in rats. Julkaisussa: PHARMACOLOGY BIOCHEMISTRY AND BEHAVIOR. 2012 ; Vuosikerta 101, Nro 2. Sivut 239-245.

Åkerblom, Markku ; Raumonen, Pasi ; Casella, Eric ; Disney, Mathias I. ; Danson, F. Mark ; Gaulton, Rachel ; Schofield, Lucy A. ; Kaasalainen, Mikko. / Non-intersecting leaf insertion algorithm for tree structure models. Julkaisussa: Interface Focus. 2018 ; Vuosikerta 8, Nro 2.

Akimova, A. V. ; Grin, M. A. ; Golovina, G. V. ; Kokrashvili, T. A. ; Vinogradov, A. M. ; Mironov, A. F. ; Rychkov, G. N. ; Shtil, A. A. ; Kuzmin, V. A. ; Durandin, N. A. / Novel derivatives of bacteriochlorophyll a : Complex formation with albumin and the mechanism of tumor cell photodamage. Julkaisussa: DOKLADY BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS. 2014 ; Vuosikerta 454, Nro 1. Sivut 17-20.

Tirkkonen, L. ; Haimi, Suvi ; Huttunen, S. ; Wolff, J. ; Pirhonen, E. ; Sándor, G. K. ; Miettinen, S. / Osteogenic medium is superior to growth factors in differentiation of human adipose stem cells towards boneforming cells in 3D culture. Julkaisussa: European Cells and Materials. 2012 ; Vuosikerta 25. Sivut 144-158.

Schroeder, Christi A. ; Pluharová, Eva ; Seidel, Robert ; Schroeder, William P. ; Faubel, Manfred ; Slavíçek, Petr ; Winter, Bernd ; Jungwirth, Pavel ; Bradforth, Stephen E. / Oxidation half-reaction of aqueous nucleosides and nucleotides via photoelectron spectroscopy augmented by ab initio calculations. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2015 ; Vuosikerta 137, Nro 1. Sivut 201-209.

Eerola, Sini K. ; Santio, Niina M. ; Rinne, Sanni ; Kouvonen, Petri ; Corthals, Garry L. ; Scaravilli, Mauro ; Scala, Giovanni ; Serra, Angela ; Greco, Dario ; Ruusuvuori, Pekka ; Latonen, Leena ; Rainio, Eeva Marja ; Visakorpi, Tapio ; Koskinen, Päivi J. / Phosphorylation of NFATC1 at PIM1 target sites is essential for its ability to promote prostate cancer cell migration and invasion. Julkaisussa: CELL COMMUNICATION AND SIGNALING. 2019 ; Vuosikerta 17, Nro 1.

George, Lijo ; Hiltunen, Arto ; Santala, Ville ; Efimov, Alexander. / Photo-antimicrobial efficacy of zinc complexes of porphyrin and phthalocyanine activated by inexpensive consumer LED lamp. Julkaisussa: Journal of Inorganic Biochemistry. 2018 ; Vuosikerta 183. Sivut 94-100.

Owen, Michael C. ; Kulig, Waldemar ; Poojari, Chetan ; Rog, Tomasz ; Strodel, Birgit. / Physiologically-relevant levels of sphingomyelin, but not GM1, induces a β-sheet-rich structure in the amyloid-β(1-42) monomer. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018 ; Vuosikerta 1860, Nro 9. Sivut 1709-1720.

Balanta, M. A G ; Orsi Gordo, V. ; Carvalho, A. R H ; Puustinen, J. ; Alghamdi, H. M. ; Henini, M. ; Galeti, H. V A ; Guina, M. ; Galvão Gobato, Y. / Polarization resolved photoluminescence in GaAs1−xBix/GaAs quantum wells. Julkaisussa: Journal of Luminescence. 2017 ; Vuosikerta 182. Sivut 49-52.

Ometov, Aleksandr ; Bezzateev, Sergey ; Davydov, Vadim ; Shchesniak, Anna ; Masek, Pavel ; Lohan, Elena Simona ; Koucheryavy, Yevgeni. / Positioning information privacy in intelligent transportation systems : An overview and future perspective. Julkaisussa: Sensors. 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 7.

Tois, Jan ; Franzén, Robert ; Aitio, Olli ; Huikko, Katri ; Taskinen, Jyrki. / Preparation of 5-substituted 2-carboxyindoles on solid support. Julkaisussa: Tetrahedron Letters. 2000 ; Vuosikerta 41, Nro 14. Sivut 2443-2446.

Usvalampi, Anne ; Turunen, Ossi ; Valjakka, Jarkko ; Pastinen, Ossi ; Leisola, Matti ; Nyyssölä, Antti. / Production of l-xylose from l-xylulose using Escherichia coli l-fucose isomerase. Julkaisussa: ENZYME AND MICROBIAL TECHNOLOGY. 2012 ; Vuosikerta 50, Nro 1. Sivut 71-76.

Hakala, Tommi ; Sand, Juhani ; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa ; Huhtala, Heini ; Leinonen, Rauha ; Kholová, Ivana. / Recurrent thyroid cancers have more peritumoural lymphatic vasculature than nonrecurrent thyroid cancers. Julkaisussa: European Journal of Clinical Investigation. 2014 ; Vuosikerta 44, Nro 9. Sivut 825-832.

Startceva, Sofia ; Kandavalli, Vinodh K. ; Visa, Ari ; Ribeiro, Andre S. / Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 2019 ; Vuosikerta 1862, Nro 2. Sivut 119-128.

Emmert-Streib, Frank ; Zhang, Shu Dong ; Hamilton, Peter. / Report from the 2nd Summer School in Computational Biology organized by the Queen's University of Belfast. Julkaisussa: Genomics Data. 2014 ; Vuosikerta 2. Sivut 37-39.

Tossavainen, Helena ; Helppolainen, Satu H. ; Määttä, Juha A E ; Pihlajamaa, Tero ; Hytönen, Vesa P. ; Kulomaa, Markku S. ; Permi, Perttu. / Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms. Julkaisussa: BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS. 2013 ; Vuosikerta 7, Nro 1. Sivut 35-38.

Einola, Juha Kalle M ; Kettunen, Riitta H. ; Rintala, Jukka A. / Responses of methane oxidation to temperature and water content in cover soil of a boreal landfill. Julkaisussa: Soil Biology and Biochemistry. 2007 ; Vuosikerta 39, Nro 5. Sivut 1156-1164.

Altay, Gökmen ; Emmert-Streib, Frank. / Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods. Julkaisussa: Bioinformatics. 2010 ; Vuosikerta 26, Nro 14. Sivut 1738-1744.

Razavi, Alireza ; Valkama, Mikko ; Lohan, Elena Simona. / Robust statistical approaches for RSS-based floor detection in indoor localization. Julkaisussa: Sensors. 2016 ; Vuosikerta 16, Nro 6.

Pöyry, Sanja ; Vattulainen, Ilpo. / Role of charged lipids in membrane structures : Insight given by simulations. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Sivut 2322–2333.

Sharma, Vivek ; Ala-Vannesluoma, Pauliina ; Vattulainen, Ilpo ; Wikström, Mårten ; Róg, Tomasz. / Role of subunit III and its lipids in the molecular mechanism of cytochrome c oxidase. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 2015 ; Vuosikerta 1847, Nro 8. Sivut 690-697.

Stupnikov, Alexey ; Tripathi, Shailesh ; De Matos Simoes, Ricardo ; McArt, Darragh ; Salto-Tellez, Manuel ; Glazko, Galina ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 21. Sivut 3345-3347.

Martins, Leonardo ; Neeli-Venkata, Ramakanth ; Oliveira, Samuel M.D. ; Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. ; Fonseca, José M. / SCIP : a single-cell image processor toolbox. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 24. Sivut 4318-4320.

Viljanen, Jan ; Kalmankoski, Kim ; Contreras, Victor ; Sarin, Jaakko K. ; Sorvajärvi, Tapio ; Kinnunen, Hanna ; Enestam, Sonja ; Toivonen, Juha. / Sequential Collinear Photofragmentation and Atomic Absorption Spectroscopy for Online Laser Monitoring of Triatomic Metal Species. Julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland). 2020 ; Vuosikerta 20, Nro 2.

Tripathi, Shailesh ; Lloyd-Price, Jason ; Ribeiro, Andre ; Yli-Harja, Olli ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / sgnesR : An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro 1.

Maria Cherian, Reeja ; Gaunitz, Stefan ; Nilsson, Anki ; Liu, Jining ; Karlsson, Niclas G. ; Holgersson, Jan. / Shiga-like toxin binds with high avidity to multivalent O-linked blood group P1 determinants on mucin-type fusion proteins. Julkaisussa: GLYCOBIOLOGY. 2014 ; Vuosikerta 24, Nro 1. Sivut 26-38.

Mikhailova, Alexandra ; Ilmarinen, Tanja ; Uusitalo, Hannu ; Skottman, Heli. / Small-molecule induction promotes corneal epithelial cell differentiation from human induced pluripotent stem cells. Julkaisussa: Stem Cell Reports. 2014 ; Vuosikerta 2, Nro 2. Sivut 219-231.

Karvinen, Jennika ; Joki, Tiina ; Ylä-Outinen, Laura ; Koivisto, Janne T. ; Narkilahti, Susanna ; Kellomäki, Minna. / Soft hydrazone crosslinked hyaluronan- and alginate-based hydrogels as 3D supportive matrices for human pluripotent stem cell-derived neuronal cells. Julkaisussa: Reactive and Functional Polymers. 2018 ; Vuosikerta 124. Sivut 29-39.

Annila, Arto ; Lehtimäki, Jaana ; Mattila, Kimmo ; Eriksson, John E. ; Sivonen, Kaarina ; Rantala, Tapio T. ; Drakenberg, Torbjörn. / Solution structure of nodularin : An inhibitor of serine/threonine- specific protein phosphatases. Julkaisussa: Journal of Biological Chemistry. 1996 ; Vuosikerta 271, Nro 28. Sivut 16695-16702.

Shevkunov, Igor ; Katkovnik, Vladimir ; Claus, Daniel ; Pedrini, Giancarlo ; Petrov, Nikolay V. ; Egiazarian, Karen. / Spectral object recognition in hyperspectral holography with complex-domain denoising. Julkaisussa: Sensors (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 23.

Sharma, Vivek ; Wikström, Mårten ; Kaila, Ville R I. / Stabilization of the peroxy intermediate in the oxygen splitting reaction of cytochrome cbb3. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 2011 ; Vuosikerta 1807, Nro 7. Sivut 813-818.

Tomkowski, Robert ; Sorsa, Aki ; Santa-Aho, Suvi ; Lundin, Per ; Vippola, Minnamari. / Statistical evaluation of barkhausen noise testing (BNT) for ground samples. Julkaisussa: Sensors (Switzerland). 2019 ; Vuosikerta 19, Nro 21.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / Structural information content of networks : Graph entropy based on local vertex functionals. Julkaisussa: Computational Biology and Chemistry. 2008 ; Vuosikerta 32, Nro 2. Sivut 131-138.

Mueller, Laurin A. J. ; Kugler, Karl G. ; Graber, Armin ; Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Structural Measures for Network Biology Using QuACN. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2011 ; Vuosikerta 12, Nro 1.

Sorkio, Anni ; Hongisto, Heidi ; Kaarniranta, Kai ; Uusitalo, Hannu ; Juuti-Uusitalo, Kati ; Skottman, Heli. / Structure and barrier properties of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells are affected by extracellular matrix protein coating. Julkaisussa: Tissue Engineering Part A. 2014 ; Vuosikerta 20, Nro 3-4. Sivut 622-634.

Grönholm, Juha ; Vanhatupa, Sari ; Ungureanu, Daniela ; Väliaho, Jouni ; Laitinen, Tuomo ; Valjakka, Jarkko ; Silvennoinen, Olli. / Structure-function analysis indicates that sumoylation modulates DNA-binding activity of STAT1. Julkaisussa: BMC BIOCHEMISTRY. 2012 ; Vuosikerta 13, Nro 1.

Vapaavuori, Jaana ; Laventure, Audrey ; Bazuin, C. Geraldine ; Lebel, Olivier ; Pellerin, Christian. / Submolecular Plasticization Induced by Photons in Azobenzene Materials. Julkaisussa: Journal of the American Chemical Society. 2015 ; Vuosikerta 137, Nro 42. Sivut 13510-13517.

Sorkio, Anni ; Porter, Patrick J. ; Juuti-Uusitalo, Kati ; Meenan, Brian J. ; Skottman, Heli ; Burke, George A. / Surface Modified Biodegradable Electrospun Membranes as a Carrier for Human Embryonic Stem Cell-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells. Julkaisussa: Tissue Engineering Part A. 2015 ; Vuosikerta 21, Nro 17-18. Sivut 2301-2314.

Kanninen, L. ; Jokinen, N. ; Lahtonen, K. ; Jussila, P. ; Ali-Löytty, H. ; Hirsimäki, M. ; Leppiniemi, J. ; Hytönen, V. ; Kulomaa, M. ; Ahola, N. ; Paakinaho, K. ; Kellomäki, M. ; Valden, M. / Surface science analysis and surface modification methods for biomaterials research. Julkaisussa: European Cells and Materials. 2010 ; Vuosikerta 20, Nro SUPPL. 3. Sivut 133.

Franzén, Robert ; Kronberg, Leif. / Synthesis of chlorinated 5-hydroxy 4-methyl-2(5H)-furanones and mucochloric acid. Julkaisussa: Tetrahedron Letters. 1995 ; Vuosikerta 36, Nro 22. Sivut 3905-3908.

Lahbib, Ikram ; Valkonen, Arto ; Rzaigui, Mohamed ; Smirani, Wajda. / Synthesis, Structural Characterization, Hirshfeld Surface and Antioxidant Activity Analysis of a Novel Organic Cation Antimonate Complex. Julkaisussa: Journal of Cluster Science. 2017 ; Vuosikerta 28, Nro 4. Sivut 2239–2252.

Rog, Tomasz ; Koivuniemi, Artturi. / The biophysical properties of ethanolamine plasmalogens revealed by atomistic molecular dynamics simulations. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 1858, Nro 1. Sivut 97-103.

Leppiniemi, Jenni ; Meir, Amit ; Kahkonen, Niklas ; Kukkurainen, Sampo ; Maatta, Juha A. ; Ojanen, Markus ; Janis, Janne ; Kulomaa, Markku S. ; Livnah, Oded ; Hytonen, Vesa P. / The highly dynamic oligomeric structure of bradavidin II is unique among avidin proteins. Julkaisussa: PROTEIN SCIENCE. 2013 ; Vuosikerta 22, Nro 7. Sivut 980-994.

Kaila, Ville R I ; Sharma, Vivek ; Wikström, Mårten. / The identity of the transient proton loading site of the proton-pumping mechanism of cytochrome c oxidase. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 2011 ; Vuosikerta 1807, Nro 1. Sivut 80-84.

Sharma, Vivek ; Wikström, Mårten. / The role of the K-channel and the active-site tyrosine in the catalytic mechanism of cytochrome c oxidase. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 2016 ; Vuosikerta 1857, Nro 8. Sivut 1111-1115.

Häkkinen, Antti ; Oliveira, Samuel M.D. ; Neeli-Venkata, Ramakanth ; Ribeiro, Andre S. / Transcription closed and open complex formation coordinate expression of genes with a shared promoter region. Julkaisussa: Journal of the Royal Society Interface. 2019 ; Vuosikerta 16, Nro 161.

Heikkilä, Eija ; Ristola, Mervi ; Havana, Marika ; Jones, Nina ; Holthöfer, Harry ; Lehtonen, Sanna. / Trans-interaction of nephrin and Neph1/Neph3 induces cell adhesion that associates with decreased tyrosine phosphorylation of nephrin. Julkaisussa: BIOCHEMICAL JOURNAL. 2011 ; Vuosikerta 435, Nro 3. Sivut 619-628.

Kahraman, Mehmet ; Ozbay, Ayse ; Yuksel, Handan ; Solmaz, Ramazan ; Demir, Baran ; Caglayan, Humeyra. / Tunable Plasmonic Silver Nanodomes for Surface-Enhanced Raman Scattering. Julkaisussa: Plasmonics. 2017 ; Sivut 1-11.

Ravi, Aruna ; Luthra, Antriksh ; Teixeira, Fernando L. ; Berger, Paul R. ; Coe, James V. / Tuning the Plasmonic Extinction Resonances of Hexagonal Arrays of Ag Nanoparticles. Julkaisussa: Plasmonics. 2015 ; Vuosikerta 10, Nro 6. Sivut 1505-1512.

Kaasalainen, Sanna ; Åkerblom, Markku ; Nevalainen, Olli ; Hakala, Teemu ; Kaasalainen, Mikko. / Uncertainty in multispectral lidar signals caused by incidence angle effects. Julkaisussa: Interface Focus. 2018 ; Vuosikerta 8, Nro 2.

Glazko, Galina V. ; Emmert-Streib, Frank. / Unite and conquer : Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2009 ; Vuosikerta 25, Nro 18. Sivut 2348-2354.

Olsen, Catharina ; Fleming, Kathleen ; Prendergast, Niall ; Rubio, Renee ; Emmert-Streib, Frank ; Bontempi, Gianluca ; Quackenbush, John ; Haibe-Kains, Benjamin. / Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks. Julkaisussa: Genomics Data. 2015 ; Vuosikerta 4. Sivut 123-126.

Unban, Kridsada ; Khanongnuch, Ramita ; Kanpiengjai, Apinun ; Shetty, Kalidas ; Khanongnuch, Chartchai. / Utilizing Gelatinized Starchy Waste from Rice Noodle Factory as Substrate for L(+)-Lactic Acid Production by Amylolytic Lactic Acid Bacterium Enterococcus faecium K-1. Julkaisussa: Applied Biochemistry and Biotechnology. 2020.

Shaikh, Saher A. ; Li, Jing ; Enkavi, Giray ; Wen, Po Chao ; Huang, Zhijian ; Tajkhorshid, Emad. / Visualizing functional motions of membrane transporters with molecular dynamics simulations. Julkaisussa: Biochemistry. 2013 ; Vuosikerta 52, Nro 4. Sivut 569-587.

Disney, M. I. ; Boni Vicari, M. ; Burt, A. ; Calders, K. ; Lewis, S. L. ; Raumonen, P. ; Wilkes, P. / Weighing trees with lasers : Advances, challenges and opportunities. Julkaisussa: Interface Focus. 2018 ; Vuosikerta 8, Nro 2.

Metzler, R. ; Jeon, J. H. ; Cherstvy, A. G. / Non-Brownian diffusion in lipid membranes : Experiments and simulations. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 215. Sivut 173–185.

Franzén, Robert G. / Utilization of Grignard reagents in solid-phase synthesis : A review of the literature. Julkaisussa: Tetrahedron. 2000 ; Vuosikerta 56, Nro 5. Sivut 685-691.

Vattulainen, Ilpo ; Róg, Tomasz. / Lipid membranes : Theory and simulations bridged to experiments. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2016 ; Vuosikerta 1858, Nro 10. Sivut 2251-2253.

Ylä-Outinen, Laura ; Tanskanen, Jarno M.A. ; Kapucu, Fikret E. ; Hyysalo, Anu ; Hyttinen, Jari A.K. ; Narkilahti, Susanna. / Advances in Human Stem Cell-Derived Neuronal Cell Culturing and Analysis. In Vitro Neuronal Networks: From Culturing Methods to Neuro-Technological Applications. Springer New York LLC, 2019. Sivut 299-329 (Advances in Neurobiology).

Jurkiewicz, Piotr ; Olzyńska, Agnieszka ; Cwiklik, Lukasz ; Conte, Elena ; Jungwirth, Pavel ; Megli, Francesco M. ; Hof, Martin. / Biophysics of lipid bilayers containing oxidatively modified phospholipids : Insights from fluorescence and EPR experiments and from MD simulations. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 2012 ; Vuosikerta 1818, Nro 10. Sivut 2388-2402.

Tammela, Teuvo L J. / Endocrine prevention and treatment of prostate cancer. Julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology. 2012 ; Vuosikerta 360, Nro 1-2. Sivut 59-67.

Jurkiewicz, P. ; Cwiklik, L. ; Jungwirth, P. ; Hof, M. / Lipid hydration and mobility : An interplay between fluorescence solvent relaxation experiments and molecular dynamics simulations. Julkaisussa: Biochimie. 2012 ; Vuosikerta 94, Nro 1. Sivut 26-32.

Tevyashova, Anna N. ; Shtil, Alexander A. ; Olsufyeva, Eugenia N. ; Luzikov, Yury N. ; Reznikova, Marina I. ; Dezhenkova, Lyubov G. ; Isakova, Elena B. ; Bukhman, Vladimir M. ; Durandin, Nikita A. ; Vinogradov, Alexander M. ; Kuzmin, Vladimir A. ; Preobrazhenskaya, Maria N. / Modification of olivomycin A at the side chain of the aglycon yields the derivative with perspective antitumor characteristics. Julkaisussa: BIOORGANIC AND MEDICINAL CHEMISTRY. 2011 ; Vuosikerta 19, Nro 24. Sivut 7387-7393.

Sharma, Vivek ; Misteli, Tom. / Non-coding RNAs in DNA damage and repair. Julkaisussa: FEBS Letters. 2013 ; Vuosikerta 587, Nro 13. Sivut 1832-1839.

Manna, Moutusi ; Nieminen, Tuomo ; Vattulainen, Ilpo. / Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes. Julkaisussa: ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS. 2019 ; Vuosikerta 48. Sivut 421-439.