Dissecting the in vivo dynamics of transcription locking due to positive supercoiling buildup. / Palma, Cristina S.D.; Kandavalli, Vinodh; Bahrudeen, Mohamed N.M.; Minoia, Marco; Chauhan, Vatsala; Dash, Suchintak; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1863, Nro 5, 194515, 01.05.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Utilizing Gelatinized Starchy Waste from Rice Noodle Factory as Substrate for L(+)-Lactic Acid Production by Amylolytic Lactic Acid Bacterium Enterococcus faecium K-1. / Unban, Kridsada; Khanongnuch, Ramita; Kanpiengjai, Apinun; Shetty, Kalidas; Khanongnuch, Chartchai.

julkaisussa: Applied Biochemistry and Biotechnology, 05.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evaluation of scaffold microstructure and comparison of cell seeding methods using micro-computed tomography-based tools. / Palmroth, Aleksi; Pitkänen, Sanna; Hannula, Markus; Paakinaho, Kaarlo; Hyttinen, Jari; Miettinen, Susanna; Kellomäki, Minna.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 17, Nro 165, 20200102, 01.04.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sequential Collinear Photofragmentation and Atomic Absorption Spectroscopy for Online Laser Monitoring of Triatomic Metal Species. / Viljanen, Jan; Kalmankoski, Kim; Contreras, Victor; Sarin, Jaakko K.; Sorvajärvi, Tapio; Kinnunen, Hanna; Enestam, Sonja; Toivonen, Juha.

julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland), Vuosikerta 20, Nro 2, 533, 18.01.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Co-culture of human induced pluripotent stem cell-derived retinal pigment epithelial cells and endothelial cells on double collagen-coated honeycomb films. / Rebelo Calejo, Teresa; Vuorenpää, Hanna; Vuorimaa-Laukkanen, Elina; Kallio, Pasi; Aalto-Setälä, Katriina; Miettinen, Susanna; Skottman, Heli; Kellomäki, Minna; Juuti-Uusitalo, Kati.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 101, 2020, s. 327-343.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

High-content imaging and structure-based predictions reveal functional differences between Niemann-Pick C1 variants. / Vanharanta, Lauri; Peränen, Johan; Pfisterer, Simon G.; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Ikonen, Elina.

julkaisussa: Traffic, Vuosikerta 21, Nro 5, 2020, s. 386-397.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Membrane-Dependent Binding and Entry Mechanism of Dopamine into Its Receptor. / Lolicato, Fabio; Juhola, Hanna; Zak, Agata; Postila, Pekka A.; Saukko, Annina; Rissanen, Sami; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, Vuosikerta 11, Nro 13, 2020, s. 1914–1924.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A concise synthesis of carbasugars isolated from Streptomyces lincolnensis. / Holmstedt, Suvi; Candeias, Nuno R.

julkaisussa: Tetrahedron, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Environmental monitoring with distributed mesh networks : An overview and practical implementation perspective for urban scenario. / Ometov, Aleksandr; Bezzateev, Sergey; Voloshina, Natalia; Masek, Pavel; Komarov, Mikhail.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 24, 5548, 02.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Transcription closed and open complex formation coordinate expression of genes with a shared promoter region. / Häkkinen, Antti; Oliveira, Samuel M.D.; Neeli-Venkata, Ramakanth; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Journal of the Royal Society Interface, Vuosikerta 16, Nro 161, 20190507, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Spectral object recognition in hyperspectral holography with complex-domain denoising. / Shevkunov, Igor; Katkovnik, Vladimir; Claus, Daniel; Pedrini, Giancarlo; Petrov, Nikolay V.; Egiazarian, Karen.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 23, 5188, 26.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Phosphorylation of NFATC1 at PIM1 target sites is essential for its ability to promote prostate cancer cell migration and invasion. / Eerola, Sini K.; Santio, Niina M.; Rinne, Sanni; Kouvonen, Petri; Corthals, Garry L.; Scaravilli, Mauro; Scala, Giovanni; Serra, Angela; Greco, Dario; Ruusuvuori, Pekka; Latonen, Leena; Rainio, Eeva Marja; Visakorpi, Tapio; Koskinen, Päivi J.

julkaisussa: CELL COMMUNICATION AND SIGNALING, Vuosikerta 17, Nro 1, 148, 15.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Statistical evaluation of barkhausen noise testing (BNT) for ground samples. / Tomkowski, Robert; Sorsa, Aki; Santa-Aho, Suvi; Lundin, Per; Vippola, Minnamari.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 21, 4716, 01.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Improved water services cooperation through clarification of rules and roles. / Inha, Laura M.; Katko, Tapio S.; Rajala, Riikka P.

julkaisussa: Water (Switzerland), Vuosikerta 11, Nro 10, 2172, 19.10.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Controlled Orientations of Neighboring Tetracene Units by Mixed Self-Assembled Monolayers on Gold Nanoclusters for High-Yield and Long-Lived Triplet Excited States through Singlet Fission. / Saegusa, Toshiyuki; Sakai, Hayato; Nagashima, Hiroki; Kobori, Yasuhiro; Tkachenko, Nikolai V.; Hasobe, Taku.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 141, Nro 37, 18.09.2019, s. 14720-14727.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Behavior of the DPH fluorescence probe in membranes perturbed by drugs. / Poojari, Chetan; Wilkosz, Natalia; Lira, Rafael B.; Dimova, Rumiana; Jurkiewicz, Piotr; Petka, Rafał; Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids, Vuosikerta 223, 104784, 01.09.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An efficient auxin-inducible degron system with low basal degradation in human cells. / Li, Shiqian; Prasanna, Xavier; Salo, Veijo T.; Vattulainen, Ilpo; Ikonen, Elina.

julkaisussa: Nature Methods, Vuosikerta 16, Nro 9, 01.09.2019, s. 866-869.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Influence of ions to modulate hydrazone and oxime reaction kinetics to obtain dynamically cross-linked hyaluronic acid hydrogels. / Wang, Shujiang; Nawale, Ganesh N.; Oommen, Oommen P.; Hilborn, Jöns; Varghese, Oommen P.

julkaisussa: Polymer Chemistry, Vuosikerta 10, Nro 31, 21.08.2019, s. 4322-4327.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterisation and in vitro and in vivo evaluation of supercritical-CO2-foamed β-TCP/PLCL composites for bone applications. / Pitkänen, S.; Paakinaho, K.; Pihlman, H.; Ahola, N.; Hannula, M.; Asikainen, S.; Manninen, M.; Morelius, M.; Keränen, P.; Hyttinen, J.; Kellomäki, M.; Laitinen-Vapaavuori, O.; Miettinen, S.

julkaisussa: European cells & materials, Vuosikerta 38, 05.08.2019, s. 35-50.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An architectural understanding of natural sway frequencies in trees. / Jackson, T.; Shenkin, A.; Moore, J.; Bunce, A.; van Emmerik, T.; Kane, B.; Burcham, D.; James, K.; Selker, J.; Calders, K.; Origo, N.; Disney, M.; Burt, A.; Wilkes, P.; Raumonen, P.; Gonzalez de Tanago Menaca, J.; Lau, A.; Herold, M.; Goodman, R. C.; Fourcaud, T.; Malhi, Y.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 16, Nro 155, 28.06.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Methods for simultaneous robot-world-hand–eye calibration : A comparative study. / Ali, Ihtisham; Suominen, Olli; Gotchev, Atanas; Morales, Emilio Ruiz.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 12, 2837, 02.06.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Connection of Collimation, Asymmetric Beaming, and Independent Transmission-Reflection Processes in Concentric-Groove Gratings Supporting Spoof Surface Plasmons. / Habib, Mohsin; Serebryannikov, Andriy E.; Caglayan, Humeyra; Vandenbosch, Guy A.E.; Ozbay, Ekmel.

julkaisussa: Plasmonics, Vuosikerta 14, Nro 3, 06.2019, s. 721-729.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioimpedance Sensor Array for Long-Term Monitoring of Wound Healing from Beneath the Primary Dressings and Controlled Formation of H2O2 Using Low-Intensity Direct Current. / Kekonen, Atte; Bergelin, Mikael; Johansson, Max; Kumar Joon, Narender; Bobacka, Johan; Viik, Jari.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 19, Nro 11, 31.05.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Positioning information privacy in intelligent transportation systems : An overview and future perspective. / Ometov, Aleksandr; Bezzateev, Sergey; Davydov, Vadim; Shchesniak, Anna; Masek, Pavel; Lohan, Elena Simona; Koucheryavy, Yevgeni.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 19, Nro 7, 1603, 01.04.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Alpha radiation-induced luminescence by am-241 in aqueous nitric acid solution. / Kerst, Thomas; Malmbeck, Rikard; lal Banik, Nidhu L.; Toivonen, Juha.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 7, 1602, 01.04.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks. / Liimatainen, Kaisa; Kananen, Lauri; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 20, Nro 1, 80, 15.02.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression. / Startceva, Sofia; Kandavalli, Vinodh K.; Visa, Ari; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1862, Nro 2, 01.02.2019, s. 119-128.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SCIP : a single-cell image processor toolbox. / Martins, Leonardo; Neeli-Venkata, Ramakanth; Oliveira, Samuel M.D.; Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.; Fonseca, José M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 24, 15.12.2018, s. 4318-4320.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

M2M Communication Assessment in Energy-Harvesting and Wake-Up Radio Assisted Scenarios Using Practical Components. / Rinne, Jukka; Keskinen, Jari; Berger, Paul R.; Lupo, Donald; Valkama, Mikko.

julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland), Vuosikerta 18, Nro 11, 16.11.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular-Scale Ligand Effects in Small Gold-Thiolate Nanoclusters. / Chevrier, Daniel M.; Raich, Lluís; Rovira, Carme; Das, Anindita; Luo, Zhentao; Yao, Qiaofeng; Chatt, Amares; Xie, Jianping; Jin, Rongchao; Akola, Jaakko; Zhang, Peng.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 140, Nro 45, 14.11.2018, s. 15430-15436.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

How to minimize dye-induced perturbations while studying biomembrane structure and dynamics : PEG linkers as a rational alternative. / Mobarak, Edouard; Javanainen, Matti; Kulig, Waldemar; Honigmann, Alf; Sezgin, Erdinc; Aho, Noora; Eggeling, Christian; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, Vuosikerta 1860, Nro 11, 11.2018, s. 2436-2445.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Alzheimer's disease and alpha-synuclein pathology in the olfactory bulbs of infants, children, teens and adults ≤ 40 years in Metropolitan Mexico City. APOE4 carriers at higher risk of suicide accelerate their olfactory bulb pathology. / Calderón-Garcidueñas, Lilian; González-Maciel, Angélica; Reynoso-Robles, Rafael; Kulesza, Randy J.; Mukherjee, Partha S.; Torres-Jardón, Ricardo; Rönkkö, Topi; Doty, Richard L.

julkaisussa: Environmental Research, Vuosikerta 166, 01.10.2018, s. 348-362.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. / Kartasalo, Kimmo; Latonen, Leena; Vihinen, Jorma; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 17, 01.09.2018, s. 3013-3021.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Physiologically-relevant levels of sphingomyelin, but not GM1, induces a β-sheet-rich structure in the amyloid-β(1-42) monomer. / Owen, Michael C.; Kulig, Waldemar; Poojari, Chetan; Rog, Tomasz; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, Vuosikerta 1860, Nro 9, 09.2018, s. 1709-1720.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Photo-antimicrobial efficacy of zinc complexes of porphyrin and phthalocyanine activated by inexpensive consumer LED lamp. / George, Lijo; Hiltunen, Arto; Santala, Ville; Efimov, Alexander.

julkaisussa: Journal of Inorganic Biochemistry, Vuosikerta 183, 01.06.2018, s. 94-100.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Acquiring respiration rate from photoplethysmographic signal by recursive bayesian tracking of intrinsic modes in time-frequency spectra. / Pirhonen, Mikko; Peltokangas, Mikko; Vehkaoja, Antti.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 6, 1693, 01.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evaluation of dry electrodes in canine heart rate monitoring. / Virtanen, Juhani; Somppi, Sanni; Törnqvist, Heini; Jeyhani, Vala; Fiedler, Patrique; Gizatdinova, Yulia; Majaranta, Päivi; Väätäjä, Heli; Cardó, Anna Valldeoriola; Lekkala, Jukka; Tuukkanen, Sampo; Surakka, Veikko; Vainio, Outi; Vehkaoja, Antti.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 6, 1757, 01.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Uncertainty in multispectral lidar signals caused by incidence angle effects. / Kaasalainen, Sanna; Åkerblom, Markku; Nevalainen, Olli; Hakala, Teemu; Kaasalainen, Mikko.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170033, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-intersecting leaf insertion algorithm for tree structure models. / Åkerblom, Markku; Raumonen, Pasi; Casella, Eric; Disney, Mathias I.; Danson, F. Mark; Gaulton, Rachel; Schofield, Lucy A.; Kaasalainen, Mikko.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170045, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Weighing trees with lasers : Advances, challenges and opportunities. / Disney, M. I.; Boni Vicari, M.; Burt, A.; Calders, K.; Lewis, S. L.; Raumonen, P.; Wilkes, P.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170048, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Soft hydrazone crosslinked hyaluronan- and alginate-based hydrogels as 3D supportive matrices for human pluripotent stem cell-derived neuronal cells. / Karvinen, Jennika; Joki, Tiina; Ylä-Outinen, Laura; Koivisto, Janne T.; Narkilahti, Susanna; Kellomäki, Minna.

julkaisussa: Reactive and Functional Polymers, Vuosikerta 124, 01.03.2018, s. 29-39.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An activity recognition framework deploying the random forest classifier and a single optical heart rate monitoring and triaxial accelerometer wrist-band. / Mehrang, Saeed; Pietilä, Julia; Korhonen, Ilkka.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 2, 613, 22.02.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanism for inhibition of twinfilin by phosphoinositides. / Hakala, Markku; Kalimeri, Maria; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Lappalainen, Pekka.

julkaisussa: Journal of Biological Chemistry, Vuosikerta 293, Nro 13, 01.01.2018, s. 4818-4829.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of N/S ratio on anoxic thiosulfate oxidation in a fluidized bed reactor : Experimental and artificial neural network model analysis. / Khanongnuch, Ramita; Di Capua, Francesco; Lakaniemi, Aino-Maija; Rene, Eldon R.; Lens, Piet N.L.

julkaisussa: Process Biochemistry, Vuosikerta 68, 2018, s. 171-181.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gloriosa superba Mediated Synthesis of Platinum and Palladium Nanoparticles for Induction of Apoptosis in Breast Cancer. / Rokade, Shalaka S.; Joshi, Komal A.; Mahajan, Ketakee; Patil, Saniya; Tomar, Geetanjali; Dubal, Dnyanesh S.; Parihar, Vijay Singh; Kitture, Rohini; Bellare, Jayesh R.; Ghosh, Sougata.

julkaisussa: Bioinorganic Chemistry and Applications, Vuosikerta 2018, 4924186, 2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Bioscreening Technique for Ultraviolet Irradiation Protective Natural Substances. / Tienaho, Jenni; Poikulainen, Emmi; Sarjala, Tytti; Muilu-Mäkelä, Riina; Santala, Ville; Karp, Matti.

julkaisussa: Photochemistry and Photobiology, Vuosikerta 94, Nro 6, 2018, s. 1273-1280.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioactive glass induced osteogenic differentiation of human adipose stem cells is dependent on cell attachment mechanism and mitogen-activated protein kinases. / Ojansivu, M.; Wang, X.; Hyväri, L.; Kellomäki, M.; Hupa, L.; Vanhatupa, S.; Miettinen, S.

julkaisussa: European Cells and Materials, Vuosikerta 35, 2018, s. 53-71.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Azopolymer photopatterning for directional control of angiogenesis. / Fedele, Chiara; De Gregorio, Maria; Netti, Paolo A.; Cavalli, Silvia; Attanasio, Chiara.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 63, 01.11.2017, s. 317-325.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films. / Ferreira, Ana R.V.; Haapanen, Janne; Mäkelä, Jyrki M.; Bratvold, Jon E.; Nilsen, Ola; Tuominen, Mikko; Alves, Vítor D.; Coelhoso, Isabel M.

julkaisussa: International Journal of Biological Macromolecules, Vuosikerta 103, 01.10.2017, s. 268-274.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Inhibition of Aβ Amyloid Growth and Toxicity by Silybins : The Crucial Role of Stereochemistry. / Sciacca, Michele F.M.; Romanucci, Valeria; Zarrelli, Armando; Monaco, Irene; Lolicato, Fabio; Spinella, Natalia; Galati, Clelia; Grasso, Giuseppe; D'Urso, Luisa; Romeo, Margherita; Diomede, Luisa; Salmona, Mario; Bongiorno, Corrado; Di Fabio, Giovanni; La Rosa, Carmelo; Milardi, Danilo.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, Vuosikerta 8, Nro 8, 16.08.2017, s. 1767-1778.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

sgnesR : An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters. / Tripathi, Shailesh; Lloyd-Price, Jason; Ribeiro, Andre; Yli-Harja, Olli; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 325, 04.07.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics of a True Moving Bed separation process : Linear model identification and advanced process control. / Nogueira, Idelfonso B.R.; Ribeiro, Ana M.; Martins, Márcio A.F.; Rodrigues, Alírio E.; Koivisto, Hannu; Loureiro, José M.

julkaisussa: Journal of Chromatography A, Vuosikerta 1504, 30.06.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium Assists Dopamine Release by Preventing Aggregation on the Inner Leaflet of Presynaptic Vesicles. / Mokkila, Sini; Postila, Pekka A.; Rissanen, Sami; Juhola, Hanna; Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, Vuosikerta 8, Nro 6, 21.06.2017, s. 1242-1250.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Long-chain GM1 gangliosides alter transmembrane domain registration through interdigitation. / Manna, Moutusi; Javanainen, Matti; Martinez-Seara Monne, Hector; Gabius, Hans-Joachim; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1859, Nro 5, 01.05.2017, s. 870-878.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Tunable Plasmonic Silver Nanodomes for Surface-Enhanced Raman Scattering. / Kahraman, Mehmet; Ozbay, Ayse; Yuksel, Handan; Solmaz, Ramazan; Demir, Baran; Caglayan, Humeyra.

julkaisussa: Plasmonics, 05.04.2017, s. 1-11.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hexaphyrin as a Potential Theranostic Dye for Photothermal Therapy and 19F Magnetic Resonance Imaging. / Higashino, Tomohiro; Nakatsuji, Hirotaka; Fukuda, Ryosuke; Okamoto, Haruki; Imai, Hirohiko; Matsuda, Tetsuya; Tochio, Hidehito; Shirakawa, Masahiro; Tkachenko, Nikolai V.; Hashida, Mitsuru; Murakami, Tatsuya; Imahori, Hiroshi.

julkaisussa: ChemBioChem, Vuosikerta 18, Nro 10, 24.03.2017, s. 951-959.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium Directly Regulates Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Headgroup Conformation and Recognition. / Bilkova, Eva; Pleskot, Roman; Rissanen, Sami; Sun, Simou; Czogalla, Aleksander; Cwiklik, Lukasz; Róg, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Cremer, Paul S.; Jungwirth, Pavel; Coskun, Ünal.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 139, Nro 11, 22.03.2017, s. 4019-4024.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hierarchical Self-Assembly of Halogen-Bonded Block Copolymer Complexes into Upright Cylindrical Domains. / Milani, Roberto; Houbenov, Nikolay; Fernandez-Palacio, Francisco; Cavallo, Gabriella; Luzio, Alessandro; Haataja, Johannes; Giancane, Gabriele; Saccone, Marco; Priimägi, Arri; Metrangolo, Pierangelo; Ikkala, Olli.

julkaisussa: CheM, Vuosikerta 2, Nro 3, 09.03.2017, s. 417-426.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Atomistic Molecular Dynamics Simulations of Mitochondrial DNA Polymerase γ : Novel Mechanisms of Function and Pathogenesis. / Euro, Liliya; Haapanen, Outi; Róg, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Suomalainen, Anu; Sharma, Vivek.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 56, Nro 9, 07.03.2017, s. 1227-1238.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Polarization resolved photoluminescence in GaAs1−xBix/GaAs quantum wells. / Balanta, M. A G; Orsi Gordo, V.; Carvalho, A. R H; Puustinen, J.; Alghamdi, H. M.; Henini, M.; Galeti, H. V A; Guina, M.; Galvão Gobato, Y.

julkaisussa: Journal of Luminescence, Vuosikerta 182, 02.2017, s. 49-52.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

GSAR : Bioconductor package for Gene Set analysis in R. / Rahmatallah, Yasir; Zybailov, Boris; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 61, 24.01.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Synthesis, Structural Characterization, Hirshfeld Surface and Antioxidant Activity Analysis of a Novel Organic Cation Antimonate Complex. / Lahbib, Ikram; Valkonen, Arto; Rzaigui, Mohamed; Smirani, Wajda.

julkaisussa: Journal of Cluster Science, Vuosikerta 28, Nro 4, 2017, s. 2239–2252.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics and energetics of the mammalian phosphatidylinositol transfer protein phospholipid exchange cycle. / Grabon, Aby; Orłowski, Adam; Tripathi, Ashutosh; Vuorio, Joni; Javanainen, Matti; Róg, Tomasz; Lönnfors, Max; McDermott, Mark I.; Siebert, Garland; Somerharju, Pentti; Vattulainen, Ilpo; Bankaitis, Vytas A.

julkaisussa: Journal of Biological Chemistry, Vuosikerta 292, Nro 35, 2017, s. 14438-14455.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. / Stupnikov, Alexey; Tripathi, Shailesh; De Matos Simoes, Ricardo; McArt, Darragh; Salto-Tellez, Manuel; Glazko, Galina; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 21, 01.11.2016, s. 3345-3347.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent. / Kandavalli, Vinodh K.; Tran, Huy; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1859, Nro 10, 01.10.2016, s. 1281-1288.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identifying involvement of Lys251/Asp252 pair in electron transfer and associated proton transfer at the quinone reduction site of Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1. / Kuleta, Patryk; Sarewicz, Marcin; Postila, Pekka; Róg, Tomasz; Osyczka, Artur.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1857, Nro 10, 01.10.2016, s. 1661-1668.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Lipid membranes : Theory and simulations bridged to experiments. / Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 01.10.2016, s. 2251-2253.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functionalized lipids and surfactants for specific applications. / Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 10.2016, s. 2362-2379.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficient preparation and analysis of membrane and membrane protein systems. / Javanainen, Matti; Martinez-Seara, Hector.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 10.2016, s. 2468-2482.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Distribution and dynamics of quinones in the lipid bilayer mimicking the inner membrane of mitochondria. / Kaurola, Petri; Sharma, Vivek; Vonk, Amanda; Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 9, 01.09.2016, s. 2116-2122.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The role of the K-channel and the active-site tyrosine in the catalytic mechanism of cytochrome c oxidase. / Sharma, Vivek; Wikström, Mårten.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1857, Nro 8, 08.2016, s. 1111-1115.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Robust statistical approaches for RSS-based floor detection in indoor localization. / Razavi, Alireza; Valkama, Mikko; Lohan, Elena Simona.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 16, Nro 6, 793, 01.06.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 9, 01.05.2016, s. 1346-1352.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Human Adipose Stem Cells Differentiated on Braided Polylactide Scaffolds is a Potential Approach for Tendon Tissue Engineering. / Vuornos, Kaisa; Björninen, Miina; Talvitie, Elina; Paakinaho, Kaarlo; Kellomäki, Minna; Huhtala, Heini; Miettinen, Susanna; Seppänen-Kaijansinkko, Riitta; Haimi, Suvi.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 22, Nro 5-6, 01.03.2016, s. 513-523.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Morphological Differentiation Towards Neuronal Phenotype of SH-SY5Y Neuroblastoma Cells by Estradiol, Retinoic Acid and Cholesterol. / Teppola, Heidi; Sarkanen, Jertta Riina; Jalonen, Tuula O.; Linne, Marja-Leena.

julkaisussa: Neurochemical Research, Vuosikerta 41, Nro 4, 2016, s. 731-747.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The biophysical properties of ethanolamine plasmalogens revealed by atomistic molecular dynamics simulations. / Rog, Tomasz; Koivuniemi, Artturi.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 1, 2016, s. 97-103.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cholesterol oxidation products and their biological importance. / Kulig, Waldemar; Cwiklik, Lukasz; Jurkiewicz, Piotr; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids, Vuosikerta 199, 2016, s. 144-160.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Role of charged lipids in membrane structures : Insight given by simulations. / Pöyry, Sanja; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, 2016, s. 2322–2333.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Tuning the Plasmonic Extinction Resonances of Hexagonal Arrays of Ag Nanoparticles. / Ravi, Aruna; Luthra, Antriksh; Teixeira, Fernando L.; Berger, Paul R.; Coe, James V.

julkaisussa: Plasmonics, Vuosikerta 10, Nro 6, 01.12.2015, s. 1505-1512.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene expression analysis upon lncRNA DDSR1 knockdown in human fibroblasts. / Jia, Li; Sun, Zhonghe; Wu, Xiaolin; Misteli, Tom; Sharma, Vivek.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 6, 01.12.2015, s. 277-279.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A BRCA1-interacting lncRNA regulates homologous recombination. / Sharma, Vivek; Khurana, Simran; Kubben, Nard; Abdelmohsen, Kotb; Oberdoerffer, Philipp; Gorospe, Myriam; Misteli, Tom.

julkaisussa: EMBO REPORTS, Vuosikerta 16, Nro 11, 01.11.2015, s. 1520-1534.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Submolecular Plasticization Induced by Photons in Azobenzene Materials. / Vapaavuori, Jaana; Laventure, Audrey; Bazuin, C. Geraldine; Lebel, Olivier; Pellerin, Christian.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 137, Nro 42, 28.10.2015, s. 13510-13517.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cancer incidence and mortality in patients treated either with RAI or thyroidectomy for hyperthyroidism. / Ryödi, Essi; Metso, Saara; Jaatinen, Pia; Huhtala, Heini; Saaristo, Rauni; Välimäki, Matti; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, Vuosikerta 100, Nro 10, 01.10.2015, s. 3710-3717.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Surface Modified Biodegradable Electrospun Membranes as a Carrier for Human Embryonic Stem Cell-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells. / Sorkio, Anni; Porter, Patrick J.; Juuti-Uusitalo, Kati; Meenan, Brian J.; Skottman, Heli; Burke, George A.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 21, Nro 17-18, 01.09.2015, s. 2301-2314.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioactive glass ions as strong enhancers of osteogenic differentiation in human adipose stem cells. / Ojansivu, Miina; Vanhatupa, Sari; Björkvik, Leena; Häkkänen, Heikki; Kellomäki, Minna; Autio, Reija; Ihalainen, Janne A.; Hupa, Leena; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 21, 15.07.2015, s. 190-203.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cholesterol under oxidative stress : How lipid membranes sense oxidation as cholesterol is being replaced by oxysterols. / Kulig, Waldemar; Olzyńska, Agnieszka; Jurkiewicz, Piotr; Kantola, Anu M.; Komulainen, Sanna; Manna, Moutusi; Pourmousa, Mohsen; Vazdar, Mario; Cwiklik, Lukasz; Rog, Tomasz; Khelashvili, George; Harries, Daniel; Telkki, Ville Veikko; Hof, Martin; Vattulainen, Ilpo; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: Free Radical Biology and Medicine, Vuosikerta 84, 01.07.2015, s. 30-41.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. / Rodrigues, Paulo C.; Monteiro, Andreia; Lourenço, Vanda M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 1, 01.07.2015, s. 58-66.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks. / Olsen, Catharina; Fleming, Kathleen; Prendergast, Niall; Rubio, Renee; Emmert-Streib, Frank; Bontempi, Gianluca; Quackenbush, John; Haibe-Kains, Benjamin.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 4, 01.06.2015, s. 123-126.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Apolipoprotein A-I mimetic peptide 4F blocks sphingomyelinase-induced LDL aggregation. / Nguyen, Su Duy; Javanainen, Matti; Rissanen, Sami; Zhao, Hongxia; Huusko, Jenni; Kivelä, Annukka M.; Ylä-Herttuala, Seppo; Navab, Mohamad; Fogelman, Alan M.; Vattulainen, Ilpo; Kovanen, Petri T.; Öörni, Katariina.

julkaisussa: Journal of Lipid Research, Vuosikerta 56, Nro 6, 01.06.2015, s. 1206-1221.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Role of subunit III and its lipids in the molecular mechanism of cytochrome c oxidase. / Sharma, Vivek; Ala-Vannesluoma, Pauliina; Vattulainen, Ilpo; Wikström, Mårten; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1847, Nro 8, 17.04.2015, s. 690-697.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multi-stable dynamics of the non-adiabatic repressilator. / Potapov, Ilya; Zhurov, Boris; Volkov, Evgeny.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 12, Nro 104, 20141315, 06.03.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Oxidation half-reaction of aqueous nucleosides and nucleotides via photoelectron spectroscopy augmented by ab initio calculations. / Schroeder, Christi A.; Pluharová, Eva; Seidel, Robert; Schroeder, William P.; Faubel, Manfred; Slavíçek, Petr; Winter, Bernd; Jungwirth, Pavel; Bradforth, Stephen E.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 137, Nro 1, 14.01.2015, s. 201-209.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 31, Nro 1, 01.01.2015, s. 69-75.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Experimental determination and computational interpretation of biophysical properties of lipid bilayers enriched by cholesteryl hemisuccinate. / Kulig, Waldemar; Jurkiewicz, Piotr; Olzyńska, Agnieszka; Tynkkynen, Joona; Javanainen, Matti; Manna, Moutusi; Rog, Tomasz; Hof, Martin; Vattulainen, Ilpo; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1848, Nro 2, 2015, s. 422-432.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Interaction with serum albumin as a factor of the photodynamic efficacy of novel bacteriopurpurinimide derivatives. / Akimova, A. V.; Rychkov, G. N.; Grin, M. A.; Filippova, N. A.; Golovina, G. V.; Durandin, N. A.; Vinogradov, A. M.; Kokrashvili, T. A.; Mironov, A. F.; Shtil, A. A.; Kuzmin, V. A.

julkaisussa: ACTA NATURAE, Vuosikerta 7, Nro 1, 2015, s. 109-116.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficient preparation of shuffled DNA libraries through recombination (Gateway) cloning. / Lehtonen, Soili I.; Taskinen, Barbara; Ojala, Elina; Kukkurainen, Sampo; Rahikainen, Rolle; Riihimäki, Tiina A.; Laitinen, Olli H.; Kulomaa, Markku S.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: Protein Engineering Design and Selection, Vuosikerta 28, Nro 1, 2015, s. 23-28.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro 1, 397, 05.12.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Connection between absorption properties and conformational changes in Deinococcus radiodurans phytochrome. / Takala, Heikki; Lehtivuori, Heli; Hammarén, Henrik; Hytönen, Vesa P.; Ihalainen, Janne A.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 53, Nro 45, 18.11.2014, s. 7076-7085.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Global analysis of human nonreceptor tyrosine kinase specificity using high-density peptide microarrays. / Deng, Yang; Alicea-Velázquez, Nilda L.; Bannwarth, Ludovic; Lehtonen, Soili I.; Boggon, Titus J.; Cheng, Heung Chin; Hytönen, Vesa P.; Turk, Benjamin E.

julkaisussa: Journal of Proteome Research, Vuosikerta 13, Nro 10, 03.10.2014, s. 4339-4346.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium transients closely reflect prolonged action potentials in iPSC models of inherited cardiac arrhythmia. / Spencer, C. Ian; Baba, Shiro; Nakamura, Kenta; Hua, Ethan A.; Sears, Marie A F; Fu, Chi Cheng; Zhang, Jianhua; Balijepalli, Sadguna; Tomoda, Kiichiro; Hayashi, Yohei; Lizarraga, Paweena; Wojciak, Julianne; Scheinman, Melvin M.; Aalto-Setälä, Katriina; Makielski, Jonathan C.; January, Craig T.; Healy, Kevin E.; Kamp, Timothy J.; Yamanaka, Shinya; Conklin, Bruce R.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 3, Nro 2, 12.08.2014, s. 269-281.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Blood microRNA profile associates with the levels of serum lipids and metabolites associated with glucose metabolism and insulin resistance and pinpoints pathways underlying metabolic syndrome. The cardiovascular risk in Young Finns Study. / Raitoharju, Emma; Seppälä, Ilkka; Oksala, Niku; Lyytikäinen, Leo Pekka; Raitakari, Olli; Viikari, Jorma; Ala-Korpela, Mika; Soininen, Pasi; Kangas, Antti J.; Waldenberger, Melanie; Klopp, Norman; Illig, Thomas; Leiviskä, Jaana; Loo, Britt Marie; Hutri-Kähönen, Nina; Kähönen, Mika; Laaksonen, Reijo; Lehtimäki, Terho.

julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology, Vuosikerta 391, Nro 1-2, 25.06.2014, s. 41-49.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Light-fuelled transport of large dendrimers and proteins. / Koskela, Jenni E.; Liljeström, Ville; Lim, Jongdoo; Simanek, Eric E.; Ras, Robin H A; Priimagi, Arri; Kostiainen, Mauri A.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 136, Nro 19, 14.05.2014, s. 6850-6853.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

AROS has a context-dependent effect on SIRT1. / Kokkola, Tarja; Suuronen, Tiina; Molnár, Ferdinand; Määttä, Juha; Salminen, Antero; Jarho, Elina M.; Lahtela-Kakkonen, Maija.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 588, Nro 9, 02.05.2014, s. 1523-1528.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. / Tripathi, Shailesh; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 19, 02.04.2014, s. 2834-2836.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Small-molecule induction promotes corneal epithelial cell differentiation from human induced pluripotent stem cells. / Mikhailova, Alexandra; Ilmarinen, Tanja; Uusitalo, Hannu; Skottman, Heli.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 2, Nro 2, 11.02.2014, s. 219-231.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 3, 01.02.2014, s. 360-368.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure and barrier properties of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells are affected by extracellular matrix protein coating. / Sorkio, Anni; Hongisto, Heidi; Kaarniranta, Kai; Uusitalo, Hannu; Juuti-Uusitalo, Kati; Skottman, Heli.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 20, Nro 3-4, 01.02.2014, s. 622-634.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Antioxidant supplementation reduces genomic aberrations in human induced pluripotent stem cells. / Ji, Junfeng; Sharma, Vivek; Qi, Suxia; Guarch, Meritxell Espino; Zhao, Ping; Luo, Zhiwei; Fan, Wenxia; Wang, Yu; Mbabaali, Faridah; Neculai, Dante; Esteban, Miguel Angel; McPherson, John D.; Batada, Nizar N.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 2, Nro 1, 14.01.2014, s. 44-51.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Natural thermal adaptation increases heat shock protein levels and decreases oxidative stress. / Oksala, Niku K J; Ekmekçi, F. Güler; Özsoy, Ergi; Kirankaya, Şerife; Kokkola, Tarja; Emecen, Güzin; Lappalainen, Jani; Kaarniranta, Kai; Atalay, Mustafa.

julkaisussa: REDOX BIOLOGY, Vuosikerta 3, 01.01.2014, s. 25-28.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Shiga-like toxin binds with high avidity to multivalent O-linked blood group P1 determinants on mucin-type fusion proteins. / Maria Cherian, Reeja; Gaunitz, Stefan; Nilsson, Anki; Liu, Jining; Karlsson, Niclas G.; Holgersson, Jan.

julkaisussa: GLYCOBIOLOGY, Vuosikerta 24, Nro 1, 01.2014, s. 26-38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Report from the 2nd Summer School in Computational Biology organized by the Queen's University of Belfast. / Emmert-Streib, Frank; Zhang, Shu Dong; Hamilton, Peter.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 2, 2014, s. 37-39.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functional and genetic analysis of the colon cancer network. / Emmert-Streib, Frank; de Matos Simoes, Ricardo; Glazko, Galina; McDade, Simon; Haibe-Kains, Benjamin; Holzinger, Andreas; Dehmer, Matthias; Campbell, Frederick.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro Suppl 6, S6, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Electrophoretic mobilities of neutral analytes and electroosmotic flow markers in aqueous solutions of Hofmeister salts. / Křížek, Tomáš; Kubíčková, Anna; Hladílková, Jana; Coufal, Pavel; Heyda, Jan; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: ELECTROPHORESIS, Vuosikerta 35, Nro 5, 2014, s. 617-624.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel derivatives of bacteriochlorophyll a : Complex formation with albumin and the mechanism of tumor cell photodamage. / Akimova, A. V.; Grin, M. A.; Golovina, G. V.; Kokrashvili, T. A.; Vinogradov, A. M.; Mironov, A. F.; Rychkov, G. N.; Shtil, A. A.; Kuzmin, V. A.; Durandin, N. A.

julkaisussa: DOKLADY BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, Vuosikerta 454, Nro 1, 2014, s. 17-20.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Recurrent thyroid cancers have more peritumoural lymphatic vasculature than nonrecurrent thyroid cancers. / Hakala, Tommi; Sand, Juhani; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Huhtala, Heini; Leinonen, Rauha; Kholová, Ivana.

julkaisussa: European Journal of Clinical Investigation, Vuosikerta 44, Nro 9, 2014, s. 825-832.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Kinetics of bioconjugate nanoparticle label binding in a sandwich-type immunoassay. / Näreoja, Tuomas; Ebner, Andreas; Gruber, Hermann J.; Taskinen, Barbara; Kienberger, Ferry; Hänninen, Pekka E.; Hytönen, Vesa P.; Hinterdorfer, Peter; Härmä, Harri.

julkaisussa: Analytical and Bioanalytical Chemistry, Vuosikerta 406, Nro 2, 2014, s. 493-503.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Analysis of free, mono- and diacetylated polyamines from human urine by LC-MS/MS. / Häkkinen, Merja R.; Roine, Antti; Auriola, Seppo; Tuokko, Antti; Veskimäe, Erik; Keinänen, Tuomo A.; Lehtimäki, Terho; Oksala, Niku; Vepsäläinen, Jouko.

julkaisussa: JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY B: ANALYTICAL TECHNOLOGIES IN THE BIOMEDICAL AND LIFE SCIENCES, Vuosikerta 941, 15.12.2013, s. 81-89.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mechanisms of acceleration and retardation of water dynamics by ions. / Stirnemann, Guillaume; Wernersson, Erik; Jungwirth, Pavel; Laage, Damien.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 135, Nro 32, 14.08.2013, s. 11824-11831.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identification, prioritization, and evaluation of glycoproteins for aggressive prostate cancer using quantitative glycoproteomics and antibody-based assays on tissue specimens. / Chen, Jing; Xi, Jiefeng; Tian, Yuan; Bova, George Steven; Zhang, Hui.

julkaisussa: Proteomics, Vuosikerta 13, Nro 15, 08.2013, s. 2268-2277.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Development and characterization of poly(ε-caprolactone) hollow fiber membranes for vascular tissue engineering. / Diban, Nazely; Haimi, Suvi; Bolhuis-Versteeg, Lydia; Teixeira, Sandra; Miettinen, Susanna; Poot, André; Grijpma, Dirk; Stamatialis, Dimitrios.

julkaisussa: Journal of Membrane Science, Vuosikerta 438, 01.07.2013, s. 29-37.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The highly dynamic oligomeric structure of bradavidin II is unique among avidin proteins. / Leppiniemi, Jenni; Meir, Amit; Kahkonen, Niklas; Kukkurainen, Sampo; Maatta, Juha A.; Ojanen, Markus; Janis, Janne; Kulomaa, Markku S.; Livnah, Oded; Hytonen, Vesa P.

julkaisussa: PROTEIN SCIENCE, Vuosikerta 22, Nro 7, 07.2013, s. 980-994.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms. / Tossavainen, Helena; Helppolainen, Satu H.; Määttä, Juha A E; Pihlajamaa, Tero; Hytönen, Vesa P.; Kulomaa, Markku S.; Permi, Perttu.

julkaisussa: BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS, Vuosikerta 7, Nro 1, 04.2013, s. 35-38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

How the amyloid-β peptide and membranes affect each other : An extensive simulation study. / Poojari, Chetan; Kukol, Andreas; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1828, Nro 2, 02.2013, s. 327-339.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Visualizing functional motions of membrane transporters with molecular dynamics simulations. / Shaikh, Saher A.; Li, Jing; Enkavi, Giray; Wen, Po Chao; Huang, Zhijian; Tajkhorshid, Emad.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 52, Nro 4, 29.01.2013, s. 569-587.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hollow fibers of poly(lactide-co-glycolide) and poly(ε-caprolactone) blends for vascular tissue engineering applications. / Diban, Nazely; Haimi, Suvi; Bolhuis-Versteeg, Lydia; Teixeira, Sandra; Miettinen, Susanna; Poot, André; Grijpma, Dirk; Stamatialis, Dimitrios.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 9, Nro 5, 2013, s. 6450-6458.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanism of T-cell protein tyrosine phosphatase (TCPTP) activation by mitoxantrone. / Ylilauri, Mikko; Mattila, Elina; Nurminen, Elisa M.; Käpylä, Jarmo; Niinivehmas, Sanna P.; Määttä, Juha A.; Pentikäinen, Ulla; Ivaska, Johanna; Pentikäinen, Olli T.

julkaisussa: Biochimica et biophysica acta: proteins and proteomics, Vuosikerta 1834, Nro 10, 2013, s. 1988-1997.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. / Rahmatallah, Y.; Emmert-Streib, F.; Glazko, G.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 28, Nro 23, 12.2012, s. 3073-3080.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanisms of ion-specific effects on proteins. / Rembert, Kelvin B.; Paterová, Jana; Heyda, Jan; Hilty, Christian; Jungwirth, Pavel; Cremer, Paul S.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 134, Nro 24, 20.06.2012, s. 10039-10046.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Neuroprotective effect of RO-20-1724-a phosphodiesterase4 inhibitor against intracerebroventricular streptozotocin induced cognitive deficit and oxidative stress in rats. / Sharma, Vivek; Bala, Ashu; Deshmukh, Rahul; Bedi, K. L.; Sharma, P. L.

julkaisussa: PHARMACOLOGY BIOCHEMISTRY AND BEHAVIOR, Vuosikerta 101, Nro 2, 04.2012, s. 239-245.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Histone H2B ubiquitin ligases RNF20 and RNF40 in androgen signaling and prostate cancer cell growth. / Jääskeläinen, Tiina; Makkonen, Harri; Visakorpi, Tapio; Kim, Jaehoon; Roeder, Robert G.; Palvimo, Jorma J.

julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology, Vuosikerta 350, Nro 1, 05.03.2012, s. 87-98.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Counterion condensation in short cationic peptides : Limiting mobilities beyond the Onsager-Fuoss theory. / Wernersson, Erik; Heyda, Jan; Kubíčková, Anna; Křížek, Tomáš; Coufal, Pavel; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: ELECTROPHORESIS, Vuosikerta 33, Nro 6, 03.2012, s. 981-989.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Production of l-xylose from l-xylulose using Escherichia coli l-fucose isomerase. / Usvalampi, Anne; Turunen, Ossi; Valjakka, Jarkko; Pastinen, Ossi; Leisola, Matti; Nyyssölä, Antti.

julkaisussa: ENZYME AND MICROBIAL TECHNOLOGY, Vuosikerta 50, Nro 1, 05.01.2012, s. 71-76.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Human adipose tissue extract induces angiogenesis and adipogenesis in vitro. / Sarkanen, Jertta Riina; Kaila, Ville; Mannerström, Bettina; Räty, Sari; Kuokkanen, Hannu; Miettinen, Susanna; Ylikomi, Timo.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 18, Nro 1-2, 01.01.2012, s. 17-25.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Osteogenic medium is superior to growth factors in differentiation of human adipose stem cells towards boneforming cells in 3D culture. / Tirkkonen, L.; Haimi, Suvi; Huttunen, S.; Wolff, J.; Pirhonen, E.; Sándor, G. K.; Miettinen, S.

julkaisussa: European Cells and Materials, Vuosikerta 25, 2012, s. 144-158.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure-function analysis indicates that sumoylation modulates DNA-binding activity of STAT1. / Grönholm, Juha; Vanhatupa, Sari; Ungureanu, Daniela; Väliaho, Jouni; Laitinen, Tuomo; Valjakka, Jarkko; Silvennoinen, Olli.

julkaisussa: BMC BIOCHEMISTRY, Vuosikerta 13, Nro 1, 20, 2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural Measures for Network Biology Using QuACN. / Mueller, Laurin A. J.; Kugler, Karl G.; Graber, Armin; Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 12, Nro 1, 492, 24.12.2011.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Laser-induced primary and secondary hemostasis dynamics and mechanisms in relation to selective photothermolysis of port wine stains. / Heger, Michal; Salles, Isabelle I.; Bezemer, Rick; Cloos, Martijn A.; Mordon, Serge R.; Bégu, Sylvie; Deckmyn, Hans; Beek, Johan F.

julkaisussa: JOURNAL OF DERMATOLOGICAL SCIENCE, Vuosikerta 63, Nro 3, 09.2011, s. 139-147.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Stabilization of the peroxy intermediate in the oxygen splitting reaction of cytochrome cbb3. / Sharma, Vivek; Wikström, Mårten; Kaila, Ville R I.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1807, Nro 7, 07.2011, s. 813-818.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

BACOM : In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data. / Yu, Guoqiang; Zhang, Bai; Bova, G. Steven; Xu, Jianfeng; Shih, Ie Ming; Wang, Yue.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 27, Nro 11, btr183, 06.2011, s. 1473-1480.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Trans-interaction of nephrin and Neph1/Neph3 induces cell adhesion that associates with decreased tyrosine phosphorylation of nephrin. / Heikkilä, Eija; Ristola, Mervi; Havana, Marika; Jones, Nina; Holthöfer, Harry; Lehtonen, Sanna.

julkaisussa: BIOCHEMICAL JOURNAL, Vuosikerta 435, Nro 3, 01.05.2011, s. 619-628.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Detection of DNA hybridisation in a diluted serum matrix by surface plasmon resonance and film bulk acoustic resonators. / Auer, Sanna; Nirschl, Martin; Schreiter, Matthias; Vikholm-Lundin, Inger.

julkaisussa: Analytical and Bioanalytical Chemistry, Vuosikerta 400, Nro 5, 05.2011, s. 1387-1396.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The identity of the transient proton loading site of the proton-pumping mechanism of cytochrome c oxidase. / Kaila, Ville R I; Sharma, Vivek; Wikström, Mårten.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1807, Nro 1, 01.2011, s. 80-84.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficient production of NV colour centres in nanodiamonds using high-energy electron irradiation. / Dantelle, G.; Slablab, A.; Rondin, L.; Lainé, F.; Carrel, F.; Bergonzo, Ph.; Perruchas, S.; Gacoin, T.; Treussart, F.; Roch, J. F.

julkaisussa: Journal of Luminescence, Vuosikerta 130, Nro 9, 09.2010, s. 1655-1658.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods. / Altay, Gökmen; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 26, Nro 14, btq259, 25.05.2010, s. 1738-1744.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Surface science analysis and surface modification methods for biomaterials research. / Kanninen, L.; Jokinen, N.; Lahtonen, K.; Jussila, P.; Ali-Löytty, H.; Hirsimäki, M.; Leppiniemi, J.; Hytönen, V.; Kulomaa, M.; Ahola, N.; Paakinaho, K.; Kellomäki, M.; Valden, M.

julkaisussa: European Cells and Materials, Vuosikerta 20, Nro SUPPL. 3, 01.01.2010, s. 133.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Unite and conquer : Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets. / Glazko, Galina V.; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 25, Nro 18, 09.2009, s. 2348-2354.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural information content of networks : Graph entropy based on local vertex functionals. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Computational Biology and Chemistry, Vuosikerta 32, Nro 2, 04.2008, s. 131-138.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Responses of methane oxidation to temperature and water content in cover soil of a boreal landfill. / Einola, Juha Kalle M; Kettunen, Riitta H.; Rintala, Jukka A.

julkaisussa: Soil Biology and Biochemistry, Vuosikerta 39, Nro 5, 05.2007, s. 1156-1164.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Modeling of anaerobic degradation of solid slaughterhouse waste : Inhibition effects of long-chain fatty acids or ammonia. / Lokshina, L. Y.; Vavilin, V. A.; Salminen, E.; Rintala, J.

julkaisussa: Applied Biochemistry and Biotechnology, Vuosikerta 109, Nro 1-3, 04.2003, s. 15-32.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Preparation of 5-substituted 2-carboxyindoles on solid support. / Tois, Jan; Franzén, Robert; Aitio, Olli; Huikko, Katri; Taskinen, Jyrki.

julkaisussa: Tetrahedron Letters, Vuosikerta 41, Nro 14, 01.04.2000, s. 2443-2446.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Solution structure of nodularin : An inhibitor of serine/threonine- specific protein phosphatases. / Annila, Arto; Lehtimäki, Jaana; Mattila, Kimmo; Eriksson, John E.; Sivonen, Kaarina; Rantala, Tapio T.; Drakenberg, Torbjörn.

julkaisussa: Journal of Biological Chemistry, Vuosikerta 271, Nro 28, 1996, s. 16695-16702.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Synthesis of chlorinated 5-hydroxy 4-methyl-2(5H)-furanones and mucochloric acid. / Franzén, Robert; Kronberg, Leif.

julkaisussa: Tetrahedron Letters, Vuosikerta 36, Nro 22, 29.05.1995, s. 3905-3908.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes. / Manna, Moutusi; Nieminen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS, Vuosikerta 48, 06.05.2019, s. 421-439.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-Brownian diffusion in lipid membranes : Experiments and simulations. / Metzler, R.; Jeon, J. H.; Cherstvy, A. G.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 215, 2016, s. 173–185.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Non-coding RNAs in DNA damage and repair. / Sharma, Vivek; Misteli, Tom.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 587, Nro 13, 27.06.2013, s. 1832-1839.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biophysics of lipid bilayers containing oxidatively modified phospholipids : Insights from fluorescence and EPR experiments and from MD simulations. / Jurkiewicz, Piotr; Olzyńska, Agnieszka; Cwiklik, Lukasz; Conte, Elena; Jungwirth, Pavel; Megli, Francesco M.; Hof, Martin.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1818, Nro 10, 10.2012, s. 2388-2402.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Endocrine prevention and treatment of prostate cancer. / Tammela, Teuvo L J.

julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology, Vuosikerta 360, Nro 1-2, 05.09.2012, s. 59-67.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Lipid hydration and mobility : An interplay between fluorescence solvent relaxation experiments and molecular dynamics simulations. / Jurkiewicz, P.; Cwiklik, L.; Jungwirth, P.; Hof, M.

julkaisussa: Biochimie, Vuosikerta 94, Nro 1, 01.2012, s. 26-32.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Modification of olivomycin A at the side chain of the aglycon yields the derivative with perspective antitumor characteristics. / Tevyashova, Anna N.; Shtil, Alexander A.; Olsufyeva, Eugenia N.; Luzikov, Yury N.; Reznikova, Marina I.; Dezhenkova, Lyubov G.; Isakova, Elena B.; Bukhman, Vladimir M.; Durandin, Nikita A.; Vinogradov, Alexander M.; Kuzmin, Vladimir A.; Preobrazhenskaya, Maria N.

julkaisussa: BIOORGANIC AND MEDICINAL CHEMISTRY, Vuosikerta 19, Nro 24, 15.12.2011, s. 7387-7393.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Utilization of Grignard reagents in solid-phase synthesis : A review of the literature. / Franzén, Robert G.

julkaisussa: Tetrahedron, Vuosikerta 56, Nro 5, 28.01.2000, s. 685-691.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Advances in Human Stem Cell-Derived Neuronal Cell Culturing and Analysis. / Ylä-Outinen, Laura; Tanskanen, Jarno M.A.; Kapucu, Fikret E.; Hyysalo, Anu; Hyttinen, Jari A.K.; Narkilahti, Susanna.

In Vitro Neuronal Networks: From Culturing Methods to Neuro-Technological Applications. Springer New York LLC, 2019. s. 299-329 (Advances in Neurobiology; Vuosikerta 22).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu