Martins, Leonardo ; Neeli-Venkata, Ramakanth ; Oliveira, Samuel M.D. ; Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. ; Fonseca, José M. / SCIP : a single-cell image processor toolbox. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 24. Sivut 4318-4320.

Hegele, L. A. ; Scagliarini, A. ; Sbragaglia, M. ; Mattila, K. K. ; Philippi, P. C. ; Puleri, D. F. ; Gounley, J. ; Randles, A. / High-Reynolds-number turbulent cavity flow using the lattice Boltzmann method. Julkaisussa: Physical Review E. 2018 ; Vuosikerta 98, Nro 4.

Kartasalo, Kimmo ; Latonen, Leena ; Vihinen, Jorma ; Visakorpi, Tapio ; Nykter, Matti ; Ruusuvuori, Pekka. / Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. Julkaisussa: Bioinformatics. 2018 ; Vuosikerta 34, Nro 17. Sivut 3013-3021.

Alberucci, Alessandro ; Laudyn, Urszula A. ; Piccardi, Armando ; Kwasny, Michał ; Klus, Bartlomiej ; Karpierz, Mirosław A. ; Assanto, Gaetano. / Nonlinear continuous-wave optical propagation in nematic liquid crystals : Interplay between reorientational and thermal effects. Julkaisussa: Physical Review E. 2017 ; Vuosikerta 96, Nro 1.

Stupnikov, Alexey ; Tripathi, Shailesh ; De Matos Simoes, Ricardo ; McArt, Darragh ; Salto-Tellez, Manuel ; Glazko, Galina ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 21. Sivut 3345-3347.

Palyulin, Vladimir V. ; Chechkin, Aleksei V. ; Klages, Rainer ; Metzler, Ralf. / Search reliability and search efficiency of combined Lévy-Brownian motion : Long relocations mingled with thorough local exploration. Julkaisussa: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 2016 ; Vuosikerta 49, Nro 39.

Luukko, P. J. J. ; Helske, J. ; Räsänen, E. / Introducing libeemd : a program package for performing the ensemble empirical mode decomposition. Julkaisussa: Computational Statistics. 2016 ; Vuosikerta 31, Nro 2. Sivut 545-557.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. Julkaisussa: Bioinformatics. 2016 ; Vuosikerta 32, Nro 9. Sivut 1346-1352.

Aho, Vesa ; Mattila, Keijo ; Kühn, Thomas ; Kekäläinen, Pekka ; Pulkkinen, Otto ; Minussi, Roberta Brondani ; Vihinen-Ranta, Maija ; Timonen, Jussi. / Diffusion through thin membranes : Modeling across scales. Julkaisussa: Physical Review E. 2016 ; Vuosikerta 93, Nro 4.

Ropo, Matti ; Schneider, Markus ; Baldauf, Carsten ; Blum, Volker. / First-principles data set of 45,892 isolated and cation-coordinated conformers of 20 proteinogenic amino acids. Julkaisussa: Scientific Data. 2016 ; Vuosikerta 3.

Larjo, Antti ; Lähdesmäki, Harri. / Using multi-step proposal distribution for improved MCMC convergence in Bayesian network structure learning. Julkaisussa: Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology. 2015 ; Vuosikerta 2015, Nro 1.

Bencheikh, K. ; Räsänen, E. / Hermitian one-particle density matrix through a semiclassical gradient expansion. Julkaisussa: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 2015 ; Vuosikerta 49, Nro 1.

Mahmoudvand, Rahim ; Alehosseini, Fatemeh ; Rodrigues, Paulo Canas. / Forecasting mortality rate by singular spectrum analysis. Julkaisussa: REVSTAT STATISTICAL JOURNAL. 2015 ; Vuosikerta 13, Nro 3. Sivut 193-206.

Safdari, Hadiseh ; Cherstvy, Andrey G. ; Chechkin, Aleksei V. ; Thiel, Felix ; Sokolov, Igor M. ; Metzler, Ralf. / Quantifying the non-ergodicity of scaled Brownian motion. Julkaisussa: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 2015 ; Vuosikerta 48, Nro 37.

Devassy, Lini ; Jisha, Chandroth P. ; Alberucci, Alessandro ; Kuriakose, V. C. / Parity-time-symmetric solitons in trapped Bose-Einstein condensates and the influence of varying complex potentials : A variational approach. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 92, Nro 2.

Krüsemann, Henning ; Godec, Aljaž ; Metzler, Ralf. / Ageing first passage time density in continuous time random walks and quenched energy landscapes. Julkaisussa: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 2015 ; Vuosikerta 48, Nro 28.

Godec, Aljaž ; Metzler, Ralf. / Signal focusing through active transport. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 92, Nro 1.

Rodrigues, Paulo C. ; Monteiro, Andreia ; Lourenço, Vanda M. / A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 32, Nro 1. Sivut 58-66.

Mattila, Keijo K. ; Hegele, Luiz A. ; Philippi, Paulo C. / Investigation of an entropic stabilizer for the lattice-Boltzmann method. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 91, Nro 6.

Godec, Aljaž ; Metzler, Ralf. / Optimization and universality of Brownian search in a basic model of quenched heterogeneous media. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 91, Nro 5.

Cherstvy, Andrey G. ; Metzler, Ralf. / Ergodicity breaking, ageing, and confinement in generalized diffusion processes with position and time dependent diffusivity. Julkaisussa: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2015 ; Vuosikerta 2015, Nro 5.

Safdari, Hadiseh ; Chechkin, Aleksei V. ; Jafari, Gholamreza R. ; Metzler, Ralf. / Aging scaled Brownian motion. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 91, Nro 4.

Blavatska, V. ; Metzler, R. / Conformational properties of complex polymers : Rosette versus star-like structures. Julkaisussa: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 2015 ; Vuosikerta 48, Nro 13.

Subramaniyam, Narayan Puthanmadam ; Hyttinen, Jari. / Dynamics of intracranial electroencephalographic recordings from epilepsy patients using univariate and bivariate recurrence networks. Julkaisussa: Physical Review E. 2015 ; Vuosikerta 91, Nro 2.

Häkkinen, Antti ; Ribeiro, Andre S. / Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2015 ; Vuosikerta 31, Nro 1. Sivut 69-75.

Yang, Zhirong ; Peltonen, Jaakko ; Kaski, Samuel. / Majorization-minimization for manifold embedding. Julkaisussa: Journal of Machine Learning Research. 2015 ; Vuosikerta 38. Sivut 1088-1097.

Tripathi, Shailesh ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 19. Sivut 2834-2836.

Rahmatallah, Yasir ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 30, Nro 3. Sivut 360-368.

Rodrigues, Paulo C. ; Moreira, Elsa E. ; Jesus, Vera M. ; Mexia, João T. / Structured orthogonal families of one and two strata prime basis factorial models. Julkaisussa: Statistical Papers. 2014 ; Vuosikerta 55, Nro 3. Sivut 603-614.

Peltonen, Jaakko ; Lin, Ziyuan. / Information retrieval perspective to meta-visualization. Julkaisussa: Journal of Machine Learning Research. 2013 ; Vuosikerta 29. Sivut 165-180.

Rahmatallah, Y. ; Emmert-Streib, F. ; Glazko, G. / Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. Julkaisussa: Bioinformatics. 2012 ; Vuosikerta 28, Nro 23. Sivut 3073-3080.

Pereira, Dulce G. ; Rodrigues, Paulo C. ; Mejza, Stanislaw ; Mexia, João T. / A comparison between joint regression analysis and the AMMI model : A case study with barley. Julkaisussa: JOURNAL OF STATISTICAL COMPUTATION AND SIMULATION. 2012 ; Vuosikerta 82, Nro 2. Sivut 193-207.

Wu, Grace Hui Min ; Auvinen, Anssi ; Yen, Amy Ming Fang ; Hakama, Matti ; Walter, Stephen D. ; Chen, Hsiu Hsi. / A stochastic model for survival of early prostate cancer with adjustments for leadtime, length bias, and over-detection. Julkaisussa: Biometrical Journal. 2012 ; Vuosikerta 54, Nro 1. Sivut 20-44.

Pearlman, Alexander ; Campbell, Christopher ; Brooks, Eric ; Genshaft, Alex ; Shajahan, Shahin ; Ittman, Michael ; Bova, G. Steven ; Melamed, Jonathan ; Holcomb, Ilona ; Schneider, Robert J. ; Ostrer, Harry. / Clustering-based method for developing a genomic copy number alteration signature for predicting the metastatic potential of prostate cancer. Julkaisussa: JOURNAL OF PROBABILITY AND STATISTICS. 2012.

Assanto, Gaetano ; Marchant, T. R. ; Minzoni, Antonmaria A. ; Smyth, Noel F. / Reorientational versus Kerr dark and gray solitary waves using modulation theory. Julkaisussa: Physical Review E. 2011 ; Vuosikerta 84, Nro 6.

Yu, Guoqiang ; Zhang, Bai ; Bova, G. Steven ; Xu, Jianfeng ; Shih, Ie Ming ; Wang, Yue. / BACOM : In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data. Julkaisussa: Bioinformatics. 2011 ; Vuosikerta 27, Nro 11. Sivut 1473-1480.

Potapov, I. ; Volkov, E. ; Kuznetsov, A. / Dynamics of coupled repressilators : The role of mRNA kinetics and transcription cooperativity. Julkaisussa: Physical Review E. 2011 ; Vuosikerta 83, Nro 3.

Peltonen, Jaakko ; Kaski, Samuel. / Generative modeling for maximizing precision and recall in information visualization. Julkaisussa: Journal of Machine Learning Research. 2011 ; Vuosikerta 15. Sivut 579-587.

Altay, Gökmen ; Emmert-Streib, Frank. / Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods. Julkaisussa: Bioinformatics. 2010 ; Vuosikerta 26, Nro 14. Sivut 1738-1744.

Emmert-Streib, Frank. / Exploratory analysis of spatiotemporal patterns of cellular automata by clustering compressibility. Julkaisussa: Physical Review E. 2010 ; Vuosikerta 81, Nro 2.

Glazko, Galina V. ; Emmert-Streib, Frank. / Unite and conquer : Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets. Julkaisussa: Bioinformatics. 2009 ; Vuosikerta 25, Nro 18. Sivut 2348-2354.

Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Fault tolerance of information processing in gene networks. Julkaisussa: Physica A: Statistical Mechanics and Its Applications. 2009 ; Vuosikerta 388, Nro 4. Sivut 541-548.

Knuuti, Mika ; Länsivaara, Tim. / Performance of Variable Partial Factor approach in a slope design. 13th International Conference on Applications of Statistics and Probability in Civil Engineering(ICASP13), Seoul, South Korea, May 26-30, 2019. 2019.