SCIP: a single-cell image processor toolbox

Martins, L., Neeli-Venkata, R., Oliveira, S. M. D., Häkkinen, A., Ribeiro, A. S. & Fonseca, J. M., 15 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 24, s. 4318-4320 3 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

High-Reynolds-number turbulent cavity flow using the lattice Boltzmann method

Hegele, L. A., Scagliarini, A., Sbragaglia, M., Mattila, K. K., Philippi, P. C., Puleri, D. F., Gounley, J. & Randles, A., 4 lokakuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 98, 4, 13 Sivumäärä, 043302.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology

Kartasalo, K., Latonen, L., Vihinen, J., Visakorpi, T., Nykter, M. & Ruusuvuori, P., 1 syyskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 17, s. 3013-3021 9 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Nonlinear continuous-wave optical propagation in nematic liquid crystals: Interplay between reorientational and thermal effects

Alberucci, A., Laudyn, U. A., Piccardi, A., Kwasny, M., Klus, B., Karpierz, M. A. & Assanto, G., 11 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Physical Review E. 96, 1, 012703.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SamExploreR: Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

Stupnikov, A., Tripathi, S., De Matos Simoes, R., McArt, D., Salto-Tellez, M., Glazko, G., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3345-3347 3 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Search reliability and search efficiency of combined Lévy-Brownian motion: Long relocations mingled with thorough local exploration

Palyulin, V. V., Chechkin, A. V., Klages, R. & Metzler, R., 8 syyskuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 49, 39, 394002.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Introducing libeemd: a program package for performing the ensemble empirical mode decomposition

Luukko, P. J. J., Helske, J. & Räsänen, E., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Computational Statistics. 31, 2, s. 545-557 13 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells

Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1346-1352 7 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Diffusion through thin membranes: Modeling across scales

Aho, V., Mattila, K., Kühn, T., Kekäläinen, P., Pulkkinen, O., Minussi, R. B., Vihinen-Ranta, M. & Timonen, J., 12 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 4, 043309.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

First-principles data set of 45,892 isolated and cation-coordinated conformers of 20 proteinogenic amino acids

Ropo, M., Schneider, M., Baldauf, C. & Blum, V., 16 helmikuuta 2016, julkaisussa : Scientific Data. 3, 160009.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Using multi-step proposal distribution for improved MCMC convergence in Bayesian network structure learning

Larjo, A. & Lähdesmäki, H., 27 joulukuuta 2015, julkaisussa : Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology. 2015, 1, 6.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hermitian one-particle density matrix through a semiclassical gradient expansion

Bencheikh, K. & Räsänen, E., 9 joulukuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 49, 1, 015205.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Forecasting mortality rate by singular spectrum analysis

Mahmoudvand, R., Alehosseini, F. & Rodrigues, P. C., 1 marraskuuta 2015, julkaisussa : REVSTAT STATISTICAL JOURNAL. 13, 3, s. 193-206 14 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Quantifying the non-ergodicity of scaled Brownian motion

Safdari, H., Cherstvy, A. G., Chechkin, A. V., Thiel, F., Sokolov, I. M. & Metzler, R., 18 syyskuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 37, 375002.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Parity-time-symmetric solitons in trapped Bose-Einstein condensates and the influence of varying complex potentials: A variational approach

Devassy, L., Jisha, C. P., Alberucci, A. & Kuriakose, V. C., 19 elokuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 92, 2, 12 Sivumäärä, 022914.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Ageing first passage time density in continuous time random walks and quenched energy landscapes

Krüsemann, H., Godec, A. & Metzler, R., 17 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 28, 285001.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Signal focusing through active transport

Godec, A. & Metzler, R., 2 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 92, 1, 6 Sivumäärä, 010701.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data

Rodrigues, P. C., Monteiro, A. & Lourenço, V. M., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 1, s. 58-66 9 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Investigation of an entropic stabilizer for the lattice-Boltzmann method

Mattila, K. K., Hegele, L. A. & Philippi, P. C., 19 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 6, 063010.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Optimization and universality of Brownian search in a basic model of quenched heterogeneous media

Godec, A. & Metzler, R., 21 toukokuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 5, 052134.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Ergodicity breaking, ageing, and confinement in generalized diffusion processes with position and time dependent diffusivity

Cherstvy, A. G. & Metzler, R., 15 toukokuuta 2015, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2015, 5, P05010.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Aging scaled Brownian motion

Safdari, H., Chechkin, A. V., Jafari, G. R. & Metzler, R., 7 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 4, 042107.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Conformational properties of complex polymers: Rosette versus star-like structures

Blavatska, V. & Metzler, R., 7 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 13, 135001.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics of intracranial electroencephalographic recordings from epilepsy patients using univariate and bivariate recurrence networks

Subramaniyam, N. P. & Hyttinen, J., 27 helmikuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 2, 022927.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data

Julkaisun otsikon käännös: : Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal flourescence intensity data
Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 tammikuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 1, s. 69-75 7 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Majorization-minimization for manifold embedding

Yang, Z., Peltonen, J. & Kaski, S., 2015, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 38, s. 1088-1097 10 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

NetBioV: An R package for visualizing large network data in biology and medicine

Tripathi, S., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2 huhtikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 19, s. 2834-2836 3 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA): A multivariate differential coexpression test for gene sets

Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 1 helmikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 3, s. 360-368 9 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structured orthogonal families of one and two strata prime basis factorial models

Rodrigues, P. C., Moreira, E. E., Jesus, V. M. & Mexia, J. T., 2014, julkaisussa : Statistical Papers. 55, 3, s. 603-614 12 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Information retrieval perspective to meta-visualization

Peltonen, J. & Lin, Z., 2013, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 29, s. 165-180 16 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene set analysis for self-contained tests: Complex null and specific alternative hypotheses

Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., joulukuuta 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 23, s. 3073-3080 8 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A comparison between joint regression analysis and the AMMI model: A case study with barley

Pereira, D. G., Rodrigues, P. C., Mejza, S. & Mexia, J. T., helmikuuta 2012, julkaisussa : JOURNAL OF STATISTICAL COMPUTATION AND SIMULATION. 82, 2, s. 193-207 15 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A stochastic model for survival of early prostate cancer with adjustments for leadtime, length bias, and over-detection

Wu, G. H. M., Auvinen, A., Yen, A. M. F., Hakama, M., Walter, S. D. & Chen, H. H., tammikuuta 2012, julkaisussa : Biometrical Journal. 54, 1, s. 20-44 25 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Clustering-based method for developing a genomic copy number alteration signature for predicting the metastatic potential of prostate cancer

Pearlman, A., Campbell, C., Brooks, E., Genshaft, A., Shajahan, S., Ittman, M., Bova, G. S., Melamed, J., Holcomb, I., Schneider, R. J. & Ostrer, H., 2012, julkaisussa : JOURNAL OF PROBABILITY AND STATISTICS. 873570.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Reorientational versus Kerr dark and gray solitary waves using modulation theory

Assanto, G., Marchant, T. R., Minzoni, A. A. & Smyth, N. F., 9 joulukuuta 2011, julkaisussa : Physical Review E. 84, 6, 066602.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

BACOM: In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data

Yu, G., Zhang, B., Bova, G. S., Xu, J., Shih, I. M. & Wang, Y., kesäkuuta 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 11, s. 1473-1480 8 Sivumäärä, btr183.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics of coupled repressilators: The role of mRNA kinetics and transcription cooperativity

Potapov, I., Volkov, E. & Kuznetsov, A., 4 maaliskuuta 2011, julkaisussa : Physical Review E. 83, 3, 031901.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Generative modeling for maximizing precision and recall in information visualization

Peltonen, J. & Kaski, S., 2011, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 15, s. 579-587 9 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods

Altay, G. & Emmert-Streib, F., 25 toukokuuta 2010, julkaisussa : Bioinformatics. 26, 14, s. 1738-1744 7 Sivumäärä, btq259.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Exploratory analysis of spatiotemporal patterns of cellular automata by clustering compressibility

Emmert-Streib, F., 8 helmikuuta 2010, julkaisussa : Physical Review E. 81, 2, 026103.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Unite and conquer: Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets

Glazko, G. V. & Emmert-Streib, F., syyskuuta 2009, julkaisussa : Bioinformatics. 25, 18, s. 2348-2354 7 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Fault tolerance of information processing in gene networks

Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 15 helmikuuta 2009, julkaisussa : Physica A: Statistical Mechanics and Its Applications. 388, 4, s. 541-548 8 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Performance of Variable Partial Factor approach in a slope design

Knuuti, M. & Länsivaara, T., 2019, 13th International Conference on Applications of Statistics and Probability in Civil Engineering(ICASP13), Seoul, South Korea, May 26-30, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu