Dissecting the in vivo dynamics of transcription locking due to positive supercoiling buildup

Palma, C. S. D., Kandavalli, V., Bahrudeen, M. N. M., Minoia, M., Chauhan, V., Dash, S. & Ribeiro, A. S., 2020, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 1863, 5, 13 Sivumäärä, 194515.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

High-content imaging and structure-based predictions reveal functional differences between Niemann-Pick C1 variants

Vanharanta, L., Peränen, J., Pfisterer, S. G., Enkavi, G., Vattulainen, I. & Ikonen, E., 2020, julkaisussa : Traffic. 21, 5, s. 386-397 12 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Pulmonary Surfactant Lipid Reorganization Induced by the Adsorption of the Oligomeric Surfactant Protein B Complex

Liekkinen, J., Enkavi, G., Javanainen, M., Olmeda, B., Pérez-Gil, J. & Vattulainen, I., 2020, julkaisussa : JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 432, 10, s. 3251-3268 18 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sodium channels enable fast electrical signaling and regulate phagocytosis in the retinal pigment epithelium

Johansson, J. K., Karema-Jokinen, V. I., Hakanen, S., Jylhä, A., Uusitalo, H., Vihinen-Ranta, M., Skottman, H., Ihalainen, T. O. & Nymark, S., 15 elokuuta 2019, julkaisussa : BMC BIOLOGY. 17, 1, 63.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes

Manna, M., Nieminen, T. & Vattulainen, I., 6 toukokuuta 2019, julkaisussa : ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS. 48, s. 421-439 19 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks

Liimatainen, K., Kananen, L., Latonen, L. & Ruusuvuori, P., 15 helmikuuta 2019, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 20, 1, 80.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression

Startceva, S., Kandavalli, V. K., Visa, A. & Ribeiro, A. S., 1 helmikuuta 2019, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 1862, 2, s. 119-128 10 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure and dynamics of a human myelin protein P2 portal region mutant indicate opening of the β barrel in fatty acid binding proteins

Laulumaa, S., Nieminen, T., Raasakka, A., Krokengen, O. C., Safaryan, A., Hallin, E. I., Brysbaert, G., Lensink, M. F., Ruskamo, S., Vattulainen, I. & Kursula, P., 25 kesäkuuta 2018, julkaisussa : BMC Structural Biology. 18, 1, 8.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The precision of the symmetry in Z-ring placement in Escherichia coli is hampered at critical temperatures

Neeli-Venkata, R., Oliveira, S. M. D., Martins, L., Startceva, S., Bahrudeen, M., Fonseca, J. M., Minoia, M. & Ribeiro, A. S., 18 toukokuuta 2018, julkaisussa : Physical Biology. 15, 5, 056002.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films

Ferreira, A. R. V., Haapanen, J., Mäkelä, J. M., Bratvold, J. E., Nilsen, O., Tuominen, M., Alves, V. D. & Coelhoso, I. M., 1 lokakuuta 2017, julkaisussa : International Journal of Biological Macromolecules. 103, s. 268-274 7 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

sgnesR: An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters

Tripathi, S., Lloyd-Price, J., Ribeiro, A., Yli-Harja, O., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 4 heinäkuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 325.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

GSAR: Bioconductor package for Gene Set analysis in R

Rahmatallah, Y., Zybailov, B., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 24 tammikuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 61.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent

Kandavalli, V. K., Tran, H. & Ribeiro, A. S., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms. 1859, 10, s. 1281-1288 8 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biogenesis of Nascent High Density Lipoprotein Particles

Koivuniemi, A. & Vattulainen, I., 9 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Structure. 23, 7, s. 1153-1154 2 Sivumäärä, 3212.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Urothelial cancer gene regulatory networks inferred from large-scale RNAseq, Bead and Oligo gene expression data

Matos Simoes, R. D., Dalleau, S., Williamson, K. E. & Emmert-Streib, F., 14 toukokuuta 2015, julkaisussa : BMC Systems Biology. 9, 21.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Bayesian approach for suppression of limited angular sampling artifacts in single particle 3D reconstruction

Moriya, T., Acar, E., Cheng, R. H. & Ruotsalainen, U., 3 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Structural Biology. 191, 3, s. 318–331 14 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 5 joulukuuta 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, 1, 397.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

AROS has a context-dependent effect on SIRT1

Kokkola, T., Suuronen, T., Molnár, F., Määttä, J., Salminen, A., Jarho, E. M. & Lahtela-Kakkonen, M., 2 toukokuuta 2014, julkaisussa : FEBS Letters. 588, 9, s. 1523-1528 6 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Investigating the binding behaviour of two avidin-based testosterone binders using molecular recognition force spectroscopy

Rangl, M., Leitner, M., Riihimäki, T., Lehtonen, S., Hytönen, V. P., Gruber, H. J., Kulomaa, M., Hinterdorfer, P. & Ebner, A., helmikuuta 2014, julkaisussa : Journal of Molecular Recognition. 27, 2, s. 92-97 6 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functional and genetic analysis of the colon cancer network.

Emmert-Streib, F., de Matos Simoes, R., Glazko, G., McDade, S., Haibe-Kains, B., Holzinger, A., Dehmer, M. & Campbell, F., 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, Suppl 6, S6.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The structural motifs for substrate binding and dimerization of the α subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase

Anantharajan, J., Koski, M. K., Kursula, P., Hieta, R., Bergmann, U., Myllyharju, J. & Wierenga, R. K., 3 joulukuuta 2013, julkaisussa : Structure. 21, 12, s. 2107-2118 12 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-coding RNAs in DNA damage and repair

Sharma, V. & Misteli, T., 27 kesäkuuta 2013, julkaisussa : FEBS Letters. 587, 13, s. 1832-1839 8 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms

Tossavainen, H., Helppolainen, S. H., Määttä, J. A. E., Pihlajamaa, T., Hytönen, V. P., Kulomaa, M. S. & Permi, P., huhtikuuta 2013, julkaisussa : BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS. 7, 1, s. 35-38 4 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characteristics of complex formation between monomeric and dimeric bisbenzimidazoles and AT-containing polynucleotide

Lisitsyna, E. S., Durandin, N. A., Ivanov, A. A., Streltsov, S. A., Susova, O. Y., Shtil, A. A., Zhuze, A. L. & Kuzmin, V. A., marraskuuta 2012, julkaisussa : MOLECULAR BIOLOGY. 46, 6, s. 823-827 5 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Organizational structure and the periphery of the gene regulatory network in B-cell lymphoma.

de Matos Simoes, R., Tripathi, S. & Emmert-Streib, F., 14 toukokuuta 2012, julkaisussa : BMC Systems Biology. 6, 38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural Measures for Network Biology Using QuACN

Mueller, L. A. J., Kugler, K. G., Graber, A., Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 24 joulukuuta 2011, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 12, 1, 492.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Inferring the conservative causal core of gene regulatory networks

Altay, G. & Emmert-Streib, F., 28 syyskuuta 2010, julkaisussa : BMC Systems Biology. 4, 132.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hierarchical coordination of periodic genes in the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae

Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 20 heinäkuuta 2009, julkaisussa : BMC Systems Biology. 3, 76.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Information processing in the transcriptional regulatory network of yeast: Functional robustness

Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 19 maaliskuuta 2009, julkaisussa : BMC Systems Biology. 3, 35.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural information content of networks: Graph entropy based on local vertex functionals

Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., huhtikuuta 2008, julkaisussa : Computational Biology and Chemistry. 32, 2, s. 131-138 8 Sivumäärä

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A topological algorithm for identification of structural domains of proteins

Emmert-Streib, F. & Mushegian, A., 3 heinäkuuta 2007, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 8, 237.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu