Johansson, Julia K. ; Karema-Jokinen, Viivi I. ; Hakanen, Satu ; Jylhä, Antti ; Uusitalo, Hannu ; Vihinen-Ranta, Maija ; Skottman, Heli ; Ihalainen, Teemu O. ; Nymark, Soile. / Sodium channels enable fast electrical signaling and regulate phagocytosis in the retinal pigment epithelium. Julkaisussa: BMC BIOLOGY. 2019 ; Vuosikerta 17, Nro 1.

Manna, Moutusi ; Nieminen, Tuomo ; Vattulainen, Ilpo. / Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes. Julkaisussa: ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS. 2019 ; Vuosikerta 48. Sivut 421-439.

Liimatainen, Kaisa ; Kananen, Lauri ; Latonen, Leena ; Ruusuvuori, Pekka. / Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2019 ; Vuosikerta 20, Nro 1.

Startceva, Sofia ; Kandavalli, Vinodh K. ; Visa, Ari ; Ribeiro, Andre S. / Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 2019 ; Vuosikerta 1862, Nro 2. Sivut 119-128.

Laulumaa, Saara ; Nieminen, Tuomo ; Raasakka, Arne ; Krokengen, Oda C. ; Safaryan, Anushik ; Hallin, Erik I. ; Brysbaert, Guillaume ; Lensink, Marc F. ; Ruskamo, Salla ; Vattulainen, Ilpo ; Kursula, Petri. / Structure and dynamics of a human myelin protein P2 portal region mutant indicate opening of the β barrel in fatty acid binding proteins. Julkaisussa: BMC Structural Biology. 2018 ; Vuosikerta 18, Nro 1.

Neeli-Venkata, Ramakanth ; Oliveira, Samuel M.D. ; Martins, Leonardo ; Startceva, Sofia ; Bahrudeen, Mohamed ; Fonseca, Jose M. ; Minoia, Marco ; Ribeiro, Andre S. / The precision of the symmetry in Z-ring placement in Escherichia coli is hampered at critical temperatures. Julkaisussa: Physical Biology. 2018 ; Vuosikerta 15, Nro 5.

Ferreira, Ana R.V. ; Haapanen, Janne ; Mäkelä, Jyrki M. ; Bratvold, Jon E. ; Nilsen, Ola ; Tuominen, Mikko ; Alves, Vítor D. ; Coelhoso, Isabel M. / Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films. Julkaisussa: International Journal of Biological Macromolecules. 2017 ; Vuosikerta 103. Sivut 268-274.

Tripathi, Shailesh ; Lloyd-Price, Jason ; Ribeiro, Andre ; Yli-Harja, Olli ; Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / sgnesR : An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro 1.

Rahmatallah, Yasir ; Zybailov, Boris ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / GSAR : Bioconductor package for Gene Set analysis in R. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2017 ; Vuosikerta 18, Nro 1.

Kandavalli, Vinodh K. ; Tran, Huy ; Ribeiro, Andre S. / Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent. Julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms. 2016 ; Vuosikerta 1859, Nro 10. Sivut 1281-1288.

Koivuniemi, Artturi ; Vattulainen, Ilpo. / Biogenesis of Nascent High Density Lipoprotein Particles. Julkaisussa: Structure. 2015 ; Vuosikerta 23, Nro 7. Sivut 1153-1154.

Matos Simoes, Ricardo de ; Dalleau, Sabine ; Williamson, Kate E. ; Emmert-Streib, Frank. / Urothelial cancer gene regulatory networks inferred from large-scale RNAseq, Bead and Oligo gene expression data. Julkaisussa: BMC Systems Biology. 2015 ; Vuosikerta 9.

Moriya, Toshio ; Acar, Erman ; Cheng, R. Holland ; Ruotsalainen, Ulla. / A Bayesian approach for suppression of limited angular sampling artifacts in single particle 3D reconstruction. Julkaisussa: Journal of Structural Biology. 2015 ; Vuosikerta 191, Nro 3. Sivut 318–331.

Rahmatallah, Yasir ; Emmert-Streib, Frank ; Glazko, Galina. / Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 15, Nro 1.

Kokkola, Tarja ; Suuronen, Tiina ; Molnár, Ferdinand ; Määttä, Juha ; Salminen, Antero ; Jarho, Elina M. ; Lahtela-Kakkonen, Maija. / AROS has a context-dependent effect on SIRT1. Julkaisussa: FEBS Letters. 2014 ; Vuosikerta 588, Nro 9. Sivut 1523-1528.

Rangl, Martina ; Leitner, Michael ; Riihimäki, Tiina ; Lehtonen, Soili ; Hytönen, Vesa P. ; Gruber, Hermann J. ; Kulomaa, Markku ; Hinterdorfer, Peter ; Ebner, Andreas. / Investigating the binding behaviour of two avidin-based testosterone binders using molecular recognition force spectroscopy. Julkaisussa: Journal of Molecular Recognition. 2014 ; Vuosikerta 27, Nro 2. Sivut 92-97.

Emmert-Streib, Frank ; de Matos Simoes, Ricardo ; Glazko, Galina ; McDade, Simon ; Haibe-Kains, Benjamin ; Holzinger, Andreas ; Dehmer, Matthias ; Campbell, Frederick. / Functional and genetic analysis of the colon cancer network. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2014 ; Vuosikerta 15, Nro Suppl 6.

Anantharajan, Jothi ; Koski, M. Kristian ; Kursula, Petri ; Hieta, Reija ; Bergmann, Ulrich ; Myllyharju, Johanna ; Wierenga, Rik K. / The structural motifs for substrate binding and dimerization of the α subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase. Julkaisussa: Structure. 2013 ; Vuosikerta 21, Nro 12. Sivut 2107-2118.

Sharma, Vivek ; Misteli, Tom. / Non-coding RNAs in DNA damage and repair. Julkaisussa: FEBS Letters. 2013 ; Vuosikerta 587, Nro 13. Sivut 1832-1839.

Tossavainen, Helena ; Helppolainen, Satu H. ; Määttä, Juha A E ; Pihlajamaa, Tero ; Hytönen, Vesa P. ; Kulomaa, Markku S. ; Permi, Perttu. / Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms. Julkaisussa: BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS. 2013 ; Vuosikerta 7, Nro 1. Sivut 35-38.

Lisitsyna, E. S. ; Durandin, N. A. ; Ivanov, A. A. ; Streltsov, S. A. ; Susova, O. Yu ; Shtil, A. A. ; Zhuze, A. L. ; Kuzmin, V. A. / Characteristics of complex formation between monomeric and dimeric bisbenzimidazoles and AT-containing polynucleotide. Julkaisussa: MOLECULAR BIOLOGY. 2012 ; Vuosikerta 46, Nro 6. Sivut 823-827.

de Matos Simoes, Ricardo ; Tripathi, Shailesh ; Emmert-Streib, Frank. / Organizational structure and the periphery of the gene regulatory network in B-cell lymphoma. Julkaisussa: BMC Systems Biology. 2012 ; Vuosikerta 6.

Mueller, Laurin A. J. ; Kugler, Karl G. ; Graber, Armin ; Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Structural Measures for Network Biology Using QuACN. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2011 ; Vuosikerta 12, Nro 1.

Altay, Gökmen ; Emmert-Streib, Frank. / Inferring the conservative causal core of gene regulatory networks. Julkaisussa: BMC Systems Biology. 2010 ; Vuosikerta 4.

Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Hierarchical coordination of periodic genes in the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae. Julkaisussa: BMC Systems Biology. 2009 ; Vuosikerta 3.

Emmert-Streib, Frank ; Dehmer, Matthias. / Information processing in the transcriptional regulatory network of yeast : Functional robustness. Julkaisussa: BMC Systems Biology. 2009 ; Vuosikerta 3.

Dehmer, Matthias ; Emmert-Streib, Frank. / Structural information content of networks : Graph entropy based on local vertex functionals. Julkaisussa: Computational Biology and Chemistry. 2008 ; Vuosikerta 32, Nro 2. Sivut 131-138.

Emmert-Streib, Frank ; Mushegian, Arcady. / A topological algorithm for identification of structural domains of proteins. Julkaisussa: BMC Bioinformatics. 2007 ; Vuosikerta 8.