Sodium channels enable fast electrical signaling and regulate phagocytosis in the retinal pigment epithelium. / Johansson, Julia K.; Karema-Jokinen, Viivi I.; Hakanen, Satu; Jylhä, Antti; Uusitalo, Hannu; Vihinen-Ranta, Maija; Skottman, Heli; Ihalainen, Teemu O.; Nymark, Soile.

julkaisussa: BMC BIOLOGY, Vuosikerta 17, Nro 1, 63, 15.08.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes. / Manna, Moutusi; Nieminen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS, Vuosikerta 48, 06.05.2019, s. 421-439.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks. / Liimatainen, Kaisa; Kananen, Lauri; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 20, Nro 1, 80, 15.02.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression. / Startceva, Sofia; Kandavalli, Vinodh K.; Visa, Ari; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1862, Nro 2, 01.02.2019, s. 119-128.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure and dynamics of a human myelin protein P2 portal region mutant indicate opening of the β barrel in fatty acid binding proteins. / Laulumaa, Saara; Nieminen, Tuomo; Raasakka, Arne; Krokengen, Oda C.; Safaryan, Anushik; Hallin, Erik I.; Brysbaert, Guillaume; Lensink, Marc F.; Ruskamo, Salla; Vattulainen, Ilpo; Kursula, Petri.

julkaisussa: BMC Structural Biology, Vuosikerta 18, Nro 1, 8, 25.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The precision of the symmetry in Z-ring placement in Escherichia coli is hampered at critical temperatures. / Neeli-Venkata, Ramakanth; Oliveira, Samuel M.D.; Martins, Leonardo; Startceva, Sofia; Bahrudeen, Mohamed; Fonseca, Jose M.; Minoia, Marco; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Physical Biology, Vuosikerta 15, Nro 5, 056002, 18.05.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films. / Ferreira, Ana R.V.; Haapanen, Janne; Mäkelä, Jyrki M.; Bratvold, Jon E.; Nilsen, Ola; Tuominen, Mikko; Alves, Vítor D.; Coelhoso, Isabel M.

julkaisussa: International Journal of Biological Macromolecules, Vuosikerta 103, 01.10.2017, s. 268-274.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

sgnesR : An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters. / Tripathi, Shailesh; Lloyd-Price, Jason; Ribeiro, Andre; Yli-Harja, Olli; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 325, 04.07.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

GSAR : Bioconductor package for Gene Set analysis in R. / Rahmatallah, Yasir; Zybailov, Boris; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 61, 24.01.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent. / Kandavalli, Vinodh K.; Tran, Huy; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1859, Nro 10, 01.10.2016, s. 1281-1288.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biogenesis of Nascent High Density Lipoprotein Particles. / Koivuniemi, Artturi; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Structure, Vuosikerta 23, Nro 7, 3212, 09.07.2015, s. 1153-1154.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Urothelial cancer gene regulatory networks inferred from large-scale RNAseq, Bead and Oligo gene expression data. / Matos Simoes, Ricardo de; Dalleau, Sabine; Williamson, Kate E.; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 9, 21, 14.05.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Bayesian approach for suppression of limited angular sampling artifacts in single particle 3D reconstruction. / Moriya, Toshio; Acar, Erman; Cheng, R. Holland; Ruotsalainen, Ulla.

julkaisussa: Journal of Structural Biology, Vuosikerta 191, Nro 3, 03.04.2015, s. 318–331.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro 1, 397, 05.12.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

AROS has a context-dependent effect on SIRT1. / Kokkola, Tarja; Suuronen, Tiina; Molnár, Ferdinand; Määttä, Juha; Salminen, Antero; Jarho, Elina M.; Lahtela-Kakkonen, Maija.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 588, Nro 9, 02.05.2014, s. 1523-1528.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Investigating the binding behaviour of two avidin-based testosterone binders using molecular recognition force spectroscopy. / Rangl, Martina; Leitner, Michael; Riihimäki, Tiina; Lehtonen, Soili; Hytönen, Vesa P.; Gruber, Hermann J.; Kulomaa, Markku; Hinterdorfer, Peter; Ebner, Andreas.

julkaisussa: Journal of Molecular Recognition, Vuosikerta 27, Nro 2, 02.2014, s. 92-97.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functional and genetic analysis of the colon cancer network. / Emmert-Streib, Frank; de Matos Simoes, Ricardo; Glazko, Galina; McDade, Simon; Haibe-Kains, Benjamin; Holzinger, Andreas; Dehmer, Matthias; Campbell, Frederick.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro Suppl 6, S6, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The structural motifs for substrate binding and dimerization of the α subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase. / Anantharajan, Jothi; Koski, M. Kristian; Kursula, Petri; Hieta, Reija; Bergmann, Ulrich; Myllyharju, Johanna; Wierenga, Rik K.

julkaisussa: Structure, Vuosikerta 21, Nro 12, 03.12.2013, s. 2107-2118.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-coding RNAs in DNA damage and repair. / Sharma, Vivek; Misteli, Tom.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 587, Nro 13, 27.06.2013, s. 1832-1839.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms. / Tossavainen, Helena; Helppolainen, Satu H.; Määttä, Juha A E; Pihlajamaa, Tero; Hytönen, Vesa P.; Kulomaa, Markku S.; Permi, Perttu.

julkaisussa: BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS, Vuosikerta 7, Nro 1, 04.2013, s. 35-38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characteristics of complex formation between monomeric and dimeric bisbenzimidazoles and AT-containing polynucleotide. / Lisitsyna, E. S.; Durandin, N. A.; Ivanov, A. A.; Streltsov, S. A.; Susova, O. Yu; Shtil, A. A.; Zhuze, A. L.; Kuzmin, V. A.

julkaisussa: MOLECULAR BIOLOGY, Vuosikerta 46, Nro 6, 11.2012, s. 823-827.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Organizational structure and the periphery of the gene regulatory network in B-cell lymphoma. / de Matos Simoes, Ricardo; Tripathi, Shailesh; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 6, 38, 14.05.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural Measures for Network Biology Using QuACN. / Mueller, Laurin A. J.; Kugler, Karl G.; Graber, Armin; Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 12, Nro 1, 492, 24.12.2011.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Inferring the conservative causal core of gene regulatory networks. / Altay, Gökmen; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 4, 132, 28.09.2010.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hierarchical coordination of periodic genes in the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 3, 76, 20.07.2009.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Information processing in the transcriptional regulatory network of yeast : Functional robustness. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 3, 35, 19.03.2009.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural information content of networks : Graph entropy based on local vertex functionals. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Computational Biology and Chemistry, Vuosikerta 32, Nro 2, 04.2008, s. 131-138.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A topological algorithm for identification of structural domains of proteins. / Emmert-Streib, Frank; Mushegian, Arcady.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 8, 237, 03.07.2007.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu