Covalent immobilization of luminescent oxygen indicators reduces cytotoxicity. / Välimäki, Hannu; Hyvärinen, Tanja; Leivo, Joni; Iftikhar, Haider; Pekkanen-Mattila, Mari; Rajan, Dhanesh Kattipparambil; Verho, Jarmo; Kreutzer, Joose; Ryynänen, Tomi; Pirhonen, Jonatan; Aalto-Setälä, Katriina; Kallio, Pasi; Narkilahti, Susanna; Lekkala, Jukka.

julkaisussa: BIOMEDICAL MICRODEVICES, Vuosikerta 22, Nro 2, 41, 01.06.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Paclitaxel, carboplatin and 1,25-D3 inhibit proliferation of ovarian cancer cells in vitro. / Kuittinen, Tea; Rovio, Päivi; Luukkaala, Tiina; Laurila, Marita; Grénman, Seija; Kallioniemi, Anne; Mäenpää, Johanna.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 40, Nro 6, 01.06.2020, s. 3129-3138.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

All-Optical Electrophysiology Refines Populations of In Silico Human iPSC-CMs for Drug Evaluation. / Paci, Michelangelo; Passini, Elisa; Klimas, Aleksandra; Severi, Stefano; Hyttinen, Jari; Rodriguez, Blanca; Entcheva, Emilia.

julkaisussa: Biophysical Journal, Vuosikerta 118, Nro 10, 19.05.2020, s. 2596-2611.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dissecting the in vivo dynamics of transcription locking due to positive supercoiling buildup. / Palma, Cristina S.D.; Kandavalli, Vinodh; Bahrudeen, Mohamed N.M.; Minoia, Marco; Chauhan, Vatsala; Dash, Suchintak; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1863, Nro 5, 194515, 01.05.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

High-content imaging and structure-based predictions reveal functional differences between Niemann-Pick C1 variants. / Vanharanta, Lauri; Peränen, Johan; Pfisterer, Simon G.; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Ikonen, Elina.

julkaisussa: Traffic, Vuosikerta 21, Nro 5, 01.05.2020, s. 386-397.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Salivary cortisol reactivity to psychological stressors in infancy : A meta-analysis. / Puhakka, Ilmari J.A.; Peltola, Mikko J.

julkaisussa: PSYCHONEUROENDOCRINOLOGY, Vuosikerta 115, 104603, 01.05.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Utilizing Gelatinized Starchy Waste from Rice Noodle Factory as Substrate for L(+)-Lactic Acid Production by Amylolytic Lactic Acid Bacterium Enterococcus faecium K-1. / Unban, Kridsada; Khanongnuch, Ramita; Kanpiengjai, Apinun; Shetty, Kalidas; Khanongnuch, Chartchai.

julkaisussa: Applied Biochemistry and Biotechnology, 05.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evaluation of scaffold microstructure and comparison of cell seeding methods using micro-computed tomography-based tools. / Palmroth, Aleksi; Pitkänen, Sanna; Hannula, Markus; Paakinaho, Kaarlo; Hyttinen, Jari; Miettinen, Susanna; Kellomäki, Minna.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 17, Nro 165, 20200102, 01.04.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mixed carbon substrates : a necessary nuisance or a missed opportunity? / Liu, Nian; Santala, Suvi; Stephanopoulos, Gregory.

julkaisussa: CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY, Vuosikerta 62, 01.04.2020, s. 15-21.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The effect of start-up on energy recovery and compositional changes in brewery wastewater in bioelectrochemical systems. / Haavisto, Johanna M.; Kokko, Marika E.; Lakaniemi, Aino Maija; Sulonen, Mira L.K.; Puhakka, Jaakko A.

julkaisussa: BIOELECTROCHEMISTRY, Vuosikerta 132, 107402, 01.04.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Utilizing Neurons for Digital Logic Circuits : A Molecular Communications Analysis. / Adonias, Geoflly L.; Yastrebova, Anastasia; Barros, Michael Taynnan; Koucheryavy, Yevgeni; Cleary, Frances; Balasubramaniam, Sasitharan.

julkaisussa: IEEE Transactions on Nanobioscience, Vuosikerta 19, Nro 2, 01.04.2020, s. 224-236.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sequential Collinear Photofragmentation and Atomic Absorption Spectroscopy for Online Laser Monitoring of Triatomic Metal Species. / Viljanen, Jan; Kalmankoski, Kim; Contreras, Victor; Sarin, Jaakko K.; Sorvajärvi, Tapio; Kinnunen, Hanna; Enestam, Sonja; Toivonen, Juha.

julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland), Vuosikerta 20, Nro 2, 533, 18.01.2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A concise synthesis of carbasugars isolated from Streptomyces lincolnensis. / Holmstedt, Suvi; Candeias, Nuno R.

julkaisussa: Tetrahedron, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Co-culture of human induced pluripotent stem cell-derived retinal pigment epithelial cells and endothelial cells on double collagen-coated honeycomb films. / Rebelo Calejo, Teresa; Vuorenpää, Hanna; Vuorimaa-Laukkanen, Elina; Kallio, Pasi; Aalto-Setälä, Katriina; Miettinen, Susanna; Skottman, Heli; Kellomäki, Minna; Juuti-Uusitalo, Kati.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 101, 2020, s. 327-343.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Membrane-Dependent Binding and Entry Mechanism of Dopamine into Its Receptor. / Lolicato, Fabio; Juhola, Hanna; Zak, Agata; Postila, Pekka A.; Saukko, Annina; Rissanen, Sami; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multiphoton microscopy of the dermoepidermal junction and automated identification of dysplastic tissues with deep learning. / Huttunen, Mikko J.; Hristu, Radu; Dumitru, Adrian; Floroiu, Iustin; Costache, Mariana; Stanciu, Stefan G.

julkaisussa: Biomedical Optics Express, Vuosikerta 11, Nro 1, 2020, s. 186-199.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Pulmonary Surfactant Lipid Reorganization Induced by the Adsorption of the Oligomeric Surfactant Protein B Complex. / Liekkinen, Juho; Enkavi, Giray; Javanainen, Matti; Olmeda, Barbara; Pérez-Gil, Jesús; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, Vuosikerta 432, Nro 10, 2020, s. 3251-3268.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Surface Stabilization and Dissolution Rate Improvement of Amorphous Compacts with Thin Polymer Coatings : Can We Have It All? / Novakovic, Dunja; Peltonen, Leena; Isomäki, Antti; Fraser-Miller, Sara J.; Nielsen, Line Hagner; Laaksonen, Timo; Strachan, Clare J.

julkaisussa: Molecular Pharmaceutics, Vuosikerta 17, Nro 4, 2020, s. 1248-1260.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Na,K-ATPase acts upstream of phosphoinositide PI(4,5)P2 facilitating unconventional secretion of Fibroblast Growth Factor 2. / Legrand, Cyril; Saleppico, Roberto; Sticht, Jana; Lolicato, Fabio; Müller, Hans Michael; Wegehingel, Sabine; Dimou, Eleni; Steringer, Julia P.; Ewers, Helge; Vattulainen, Ilpo; Freund, Christian; Nickel, Walter.

julkaisussa: Communications biology, Vuosikerta 3, Nro 1, 141, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Tidal breathing flow profiles during sleep in wheezing children measured by impedance pneumography. / Gracia-Tabuenca, Javier; Seppä, Ville-Pekka; Jauhiainen, Milla; Paassilta, Marita; Viik, Jari; Karjalainen, Jussi.

julkaisussa: Respiratory Physiology and Neurobiology, Vuosikerta 271, 103312, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Toward Rigorous Materials Production : New Approach Methodologies Have Extensive Potential to Improve Current Safety Assessment Practices. / Nymark, Penny; Bakker, Martine; Dekkers, Susan; Franken, Remy; Fransman, Wouter; García-Bilbao, Amaia; Greco, Dario; Gulumian, Mary; Hadrup, Niels; Halappanavar, Sabina; Hongisto, Vesa; Hougaard, Karin Sørig; Jensen, Keld Alstrup; Kohonen, Pekka; Koivisto, Antti Joonas; Dal Maso, Miikka; Oosterwijk, Thies; Poikkimäki, Mikko; Rodriguez-Llopis, Isabel; Stierum, Rob; Sørli, Jorid Birkelund; Grafström, Roland.

julkaisussa: Small, Vuosikerta 16, Nro 6, 1904749, 2020.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Enhanced Population Control in a Synthetic Bacterial Consortium by Interconnected Carbon Cross-Feeding. / Losoi, Pauli S.; Santala, Ville P.; Santala, Suvi M.

julkaisussa: ACS Synthetic Biology, Vuosikerta 8, Nro 12, 20.12.2019, s. 2642-2650.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Data-driven multiscale modeling reveals the role of metabolic coupling for the spatio-temporal growth dynamics of yeast colonies. / Intosalmi, Jukka; Scott, Adrian C.; Hays, Michelle; Flann, Nicholas; Yli-Harja, Olli; Lähdesmäki, Harri; Dudley, Aimée M.; Skupin, Alexander.

julkaisussa: BMC Molecular and Cell Biology, Vuosikerta 20, Nro 1, 59, 19.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Ensuring Quality Standards and Reproducible Research for Data Analysis Services in Oncology : A Cooperative Service Model. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias; Yli-Harja, Olli.

julkaisussa: Frontiers in cell and developmental biology, Vuosikerta 7, 349, 17.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Environmental monitoring with distributed mesh networks : An overview and practical implementation perspective for urban scenario. / Ometov, Aleksandr; Bezzateev, Sergey; Voloshina, Natalia; Masek, Pavel; Komarov, Mikhail.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 24, 5548, 02.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Key drivers of cloud response to surface-active organics. / Lowe, S. J.; Partridge, D. G.; Davies, J. F.; Wilson, K. R.; Topping, D.; Riipinen, I.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 10, Nro 1, 5214, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Programmable responsive hydrogels inspired by classical conditioning algorithm. / Zhang, Hang; Zeng, Hao; Priimägi, Arri; Ikkala, Olli.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 10, Nro 1, 3267, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The role of highly oxygenated organic molecules in the Boreal aerosol-cloud-climate system. / Roldin, Pontus; Ehn, Mikael; Kurtén, Theo; Olenius, Tinja; Rissanen, Matti P.; Sarnela, Nina; Elm, Jonas; Rantala, Pekka; Hao, Liqing; Hyttinen, Noora; Heikkinen, Liine; Worsnop, Douglas R.; Pichelstorfer, Lukas; Xavier, Carlton; Clusius, Petri; Öström, Emilie; Petäjä, Tuukka; Kulmala, Markku; Vehkamäki, Hanna; Virtanen, Annele; Riipinen, Ilona; Boy, Michael.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 10, Nro 1, 4370, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Transcription closed and open complex formation coordinate expression of genes with a shared promoter region. / Häkkinen, Antti; Oliveira, Samuel M.D.; Neeli-Venkata, Ramakanth; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Journal of the Royal Society Interface, Vuosikerta 16, Nro 161, 20190507, 01.12.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Spectral object recognition in hyperspectral holography with complex-domain denoising. / Shevkunov, Igor; Katkovnik, Vladimir; Claus, Daniel; Pedrini, Giancarlo; Petrov, Nikolay V.; Egiazarian, Karen.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 23, 5188, 26.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Phosphorylation of NFATC1 at PIM1 target sites is essential for its ability to promote prostate cancer cell migration and invasion. / Eerola, Sini K.; Santio, Niina M.; Rinne, Sanni; Kouvonen, Petri; Corthals, Garry L.; Scaravilli, Mauro; Scala, Giovanni; Serra, Angela; Greco, Dario; Ruusuvuori, Pekka; Latonen, Leena; Rainio, Eeva Marja; Visakorpi, Tapio; Koskinen, Päivi J.

julkaisussa: CELL COMMUNICATION AND SIGNALING, Vuosikerta 17, Nro 1, 148, 15.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Statistical evaluation of barkhausen noise testing (BNT) for ground samples. / Tomkowski, Robert; Sorsa, Aki; Santa-Aho, Suvi; Lundin, Per; Vippola, Minnamari.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 21, 4716, 01.11.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimating RNA numbers in single cells by RNA fluorescent tagging and flow cytometry. / Bahrudeen, Mohamed N.M.; Chauhan, Vatsala; Palma, Cristina S.D.; Oliveira, Samuel M.D.; Kandavalli, Vinodh K.; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Journal of Microbiological Methods, Vuosikerta 166, 105745, 22.10.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Improved water services cooperation through clarification of rules and roles. / Inha, Laura M.; Katko, Tapio S.; Rajala, Riikka P.

julkaisussa: Water (Switzerland), Vuosikerta 11, Nro 10, 2172, 19.10.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of elevated pressures on the activity of acidophilic bioleaching microorganisms. / Hajdu-Rahkama, Réka; Ahoranta, Sarita; Lakaniemi, Aino-Maija; Puhakka, Jaakko A.

julkaisussa: Biochemical Engineering Journal, Vuosikerta 150, 107286, 15.10.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Controlled Orientations of Neighboring Tetracene Units by Mixed Self-Assembled Monolayers on Gold Nanoclusters for High-Yield and Long-Lived Triplet Excited States through Singlet Fission. / Saegusa, Toshiyuki; Sakai, Hayato; Nagashima, Hiroki; Kobori, Yasuhiro; Tkachenko, Nikolai V.; Hasobe, Taku.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 141, Nro 37, 18.09.2019, s. 14720-14727.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of nanofibrillated cellulose hydrogels on adipose tissue extract and hepatocellular carcinoma cell spheroids in freeze-drying. / Auvinen, Vili-Veli; Merivaara, Arto; Kiiskinen, Jasmi; Paukkonen, Heli; Laurén, Patrick; Hakkarainen, Tiina; Koivuniemi, Raili; Sarkanen, Riina; Ylikomi, Timo; Laaksonen, Timo; Yliperttula, Marjo.

julkaisussa: Cryobiology, 15.09.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An efficient auxin-inducible degron system with low basal degradation in human cells. / Li, Shiqian; Prasanna, Xavier; Salo, Veijo T.; Vattulainen, Ilpo; Ikonen, Elina.

julkaisussa: Nature Methods, Vuosikerta 16, Nro 9, 01.09.2019, s. 866-869.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Behavior of the DPH fluorescence probe in membranes perturbed by drugs. / Poojari, Chetan; Wilkosz, Natalia; Lira, Rafael B.; Dimova, Rumiana; Jurkiewicz, Piotr; Petka, Rafał; Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids, Vuosikerta 223, 104784, 01.09.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Pneumatic unidirectional cell stretching device for mechanobiological studies of cardiomyocytes. / Kreutzer, Joose; Viehrig, Marlitt; Pölönen, Risto Pekka; Zhao, Feihu; Ojala, Marisa; Aalto-Setälä, Katriina; Kallio, Pasi.

julkaisussa: BIOMECHANICS AND MODELING IN MECHANOBIOLOGY, 23.08.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Influence of ions to modulate hydrazone and oxime reaction kinetics to obtain dynamically cross-linked hyaluronic acid hydrogels. / Wang, Shujiang; Nawale, Ganesh N.; Oommen, Oommen P.; Hilborn, Jöns; Varghese, Oommen P.

julkaisussa: Polymer Chemistry, Vuosikerta 10, Nro 31, 21.08.2019, s. 4322-4327.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sodium channels enable fast electrical signaling and regulate phagocytosis in the retinal pigment epithelium. / Johansson, Julia K.; Karema-Jokinen, Viivi I.; Hakanen, Satu; Jylhä, Antti; Uusitalo, Hannu; Vihinen-Ranta, Maija; Skottman, Heli; Ihalainen, Teemu O.; Nymark, Soile.

julkaisussa: BMC BIOLOGY, Vuosikerta 17, Nro 1, 63, 15.08.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterisation and in vitro and in vivo evaluation of supercritical-CO2-foamed β-TCP/PLCL composites for bone applications. / Pitkänen, S.; Paakinaho, K.; Pihlman, H.; Ahola, N.; Hannula, M.; Asikainen, S.; Manninen, M.; Morelius, M.; Keränen, P.; Hyttinen, J.; Kellomäki, M.; Laitinen-Vapaavuori, O.; Miettinen, S.

julkaisussa: European cells & materials, Vuosikerta 38, 05.08.2019, s. 35-50.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Alkane and wax ester production from lignin-related aromatic compounds. / Salmela, Milla; Lehtinen, Tapio; Efimova, Elena; Santala, Suvi; Santala, Ville.

julkaisussa: Biotechnology and Bioengineering, Vuosikerta 116, Nro 8, 01.08.2019, s. 1934-1945.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparing deep belief networks with support vector machines for classifying gene expression data from complex disorders. / Smolander, Johannes; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: FEBS Open Bio, Vuosikerta 9, Nro 7, 01.07.2019, s. 1232-1248.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An architectural understanding of natural sway frequencies in trees. / Jackson, T.; Shenkin, A.; Moore, J.; Bunce, A.; van Emmerik, T.; Kane, B.; Burcham, D.; James, K.; Selker, J.; Calders, K.; Origo, N.; Disney, M.; Burt, A.; Wilkes, P.; Raumonen, P.; Gonzalez de Tanago Menaca, J.; Lau, A.; Herold, M.; Goodman, R. C.; Fourcaud, T.; Malhi, Y.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 16, Nro 155, 28.06.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Synthetic Design of Asymmetric miRNA with an Engineered 3′ Overhang to Improve Strand Selection. / Kadekar, Sandeep; Nawale, Ganesh N.; Karlsson, Kira; Ålander, Cecilia; Oommen, Oommen P.; Varghese, Oommen P.

julkaisussa: Molecular Therapy - Nucleic Acids, Vuosikerta 16, 07.06.2019, s. 597-604.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Role of Temperature and Lipid Charge on Intake/Uptake of Cationic Gold Nanoparticles into Lipid Bilayers. / Lolicato, Fabio; Joly, Loic; Martinez-Seara, Hector; Fragneto, Giovanna; Scoppola, Ernesto; Baldelli Bombelli, Francesca; Vattulainen, Ilpo; Akola, Jaakko; Maccarini, Marco.

julkaisussa: Small, Vuosikerta 15, Nro 23, 1805046, 07.06.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Methods for simultaneous robot-world-hand–eye calibration : A comparative study. / Ali, Ihtisham; Suominen, Olli; Gotchev, Atanas; Morales, Emilio Ruiz.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 12, 2837, 02.06.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Technical Note : Noise models for virtual clinical trials of digital breast tomosynthesis. / Borges, Lucas R.; Barufaldi, Bruno; Caron, Renato F.; Bakic, Predrag R.; Foi, Alessandro; Maidment, Andrew D.A.; Vieira, Marcelo A.C.

julkaisussa: Medical Physics, Vuosikerta 46, Nro 6, 01.06.2019, s. 2683-2689.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Connection of Collimation, Asymmetric Beaming, and Independent Transmission-Reflection Processes in Concentric-Groove Gratings Supporting Spoof Surface Plasmons. / Habib, Mohsin; Serebryannikov, Andriy E.; Caglayan, Humeyra; Vandenbosch, Guy A.E.; Ozbay, Ekmel.

julkaisussa: Plasmonics, Vuosikerta 14, Nro 3, 06.2019, s. 721-729.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioimpedance Sensor Array for Long-Term Monitoring of Wound Healing from Beneath the Primary Dressings and Controlled Formation of H2O2 Using Low-Intensity Direct Current. / Kekonen, Atte; Bergelin, Mikael; Johansson, Max; Kumar Joon, Narender; Bobacka, Johan; Viik, Jari.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 19, Nro 11, 31.05.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes. / Manna, Moutusi; Nieminen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS, Vuosikerta 48, 06.05.2019, s. 421-439.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Reduced level of docosahexaenoic acid shifts GPCR neuroreceptors to less ordered membrane regions. / Javanainen, Matti; Enkavi, Giray; Guixà-Gonzaléz, Ramon; Kulig, Waldemar; Martinez-Seara, Hector; Levental, Ilya; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: PLoS Computational Biology, Vuosikerta 15, Nro 5, e1007033, 01.05.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of percutaneous transluminal angioplasty of superficial femoral artery on photoplethysmographic pulse transit times. / Peltokangas, Mikko; Suominen, Velipekka; Vakhitov, Damir; Korhonen, Janne; Verho, Jarmo; Mattila, Ville M.; Romsi, Pekka; Lekkala, Jukka; Vehkaoja, Antti; Oksala, Niku.

julkaisussa: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, Vuosikerta 23, Nro 3, 05.2019, s. 1058-1065.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Alpha radiation-induced luminescence by am-241 in aqueous nitric acid solution. / Kerst, Thomas; Malmbeck, Rikard; lal Banik, Nidhu L.; Toivonen, Juha.

julkaisussa: Sensors (Switzerland), Vuosikerta 19, Nro 7, 1602, 01.04.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Positioning information privacy in intelligent transportation systems : An overview and future perspective. / Ometov, Aleksandr; Bezzateev, Sergey; Davydov, Vadim; Shchesniak, Anna; Masek, Pavel; Lohan, Elena Simona; Koucheryavy, Yevgeni.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 19, Nro 7, 1603, 01.04.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Deep Learning in Image Cytometry : A Review. / Gupta, Anindya; Harrison, Philip J.; Wieslander, Håkan; Pielawski, Nicolas; Kartasalo, Kimmo; Partel, Gabriele; Solorzano, Leslie; Suveer, Amit; Klemm, Anna H.; Spjuth, Ola; Sintorn, Ida Maria; Wählby, Carolina.

julkaisussa: Cytometry Part A, Vuosikerta 95, Nro 4, 04.2019, s. 366-380.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Synthetic metabolic pathway for the production of 1-alkenes from lignin-derived molecules. / Luo, Jin; Lehtinen, Tapio; Efimova, Elena; Santala, Ville; Santala, Suvi.

julkaisussa: Microbial Cell Factories, Vuosikerta 18, Nro 1, 48, 11.03.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Vertical stratification of bacteria and archaea in sediments of a small boreal humic lake. / Rissanen, Antti J.; Peura, Sari; Mpamah, Promise A.; Taipale, Sami; Tiirola, Marja; Biasi, Christina; Mäki, Anita; Nykänen, Hannu.

julkaisussa: FEMS Microbiology Letters, Vuosikerta 366, Nro 5, 01.03.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metabolic syndrome is associated with decreased heart rate variability in a sex-dependent manner : a comparison between 252 men and 249 women. / Kangas, Pauliina; Tikkakoski, Antti; Uitto, Marko; Viik, Jari; Bouquin, Heidi; Niemelä, Onni; Mustonen, Jukka; Pörsti, Ilkka.

julkaisussa: Clinical Physiology and Functional Imaging, Vuosikerta 39, Nro 2, 03.2019, s. 160-167.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks. / Liimatainen, Kaisa; Kananen, Lauri; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 20, Nro 1, 80, 15.02.2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression. / Startceva, Sofia; Kandavalli, Vinodh K.; Visa, Ari; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1862, Nro 2, 01.02.2019, s. 119-128.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Detection of Pancreatic Cancer by Urine Volatile Organic Compound Analysis. / Nissinen, Samuli I.; Roine, Antti; Hokkinen, Lauri; Karjalainen, Markus; Venäläinen, Markus; Helminen, Heli; Niemi, Riikka; Lehtimäki, Terho; Rantanen, Tuomo; Oksala, Niku.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 39, Nro 1, 01.2019, s. 73-79.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Advances in Human Stem Cell-Derived Neuronal Cell Culturing and Analysis. / Ylä-Outinen, Laura; Tanskanen, Jarno M.A.; Kapucu, Fikret E.; Hyysalo, Anu; Hyttinen, Jari A.K.; Narkilahti, Susanna.

In Vitro Neuronal Networks: From Culturing Methods to Neuro-Technological Applications. Springer New York LLC, 2019. s. 299-329 (Advances in Neurobiology; Vuosikerta 22).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioactive glass-ceramics : From macro to nano. / Massera, Jonathan.

Nanostructured Biomaterials for Regenerative Medicine. Woodhead Publishing, 2019. s. 275-292.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Disease modeling of a mutation in α-actinin 2 guides clinical therapy in hypertrophic cardiomyopathy. / Prondzynski, Maksymilian; Lemoine, Marc D.; Zech, Antonia T.L.; Horváth, András; Di Mauro, Vittoria; Koivumäki, Jussi T.; Kresin, Nico; Busch, Josefine; Krause, Tobias; Krämer, Elisabeth; Schlossarek, Saskia; Spohn, Michael; Friedrich, Felix W.; Münch, Julia; Laufer, Sandra D.; Redwood, Charles; Volk, Alexander E.; Hansen, Arne; Mearini, Giulia; Catalucci, Daniele; Meyer, Christian; Christ, Torsten; Patten, Monica; Eschenhagen, Thomas; Carrier, Lucie.

julkaisussa: EMBO Molecular Medicine, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Do bone geometric properties of the proximal femoral diaphysis reflect loading history, muscle properties, or body dimensions? / Niinimäki, Sirpa; Narra, Nathaniel; Härkönen, Laura; Abe, Shinya; Nikander, Riku; Hyttinen, Jari; Knüsel, Christopher J.; Sievänen, Harri.

julkaisussa: American Journal of Human Biology, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

L1000 viewer : A search engine and Web interface for the LINCS data repository. / Musa, Aliyu; Tripathi, Shailesh; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 10, Nro JUN, 557, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mechanical impact stimulation platform tailored for high-resolution light microscopy. / Halonen, Heidi T.; Hyttinen, Jari A.K.; Ihalainen, Teemu O.

julkaisussa: HEALTH AND TECHNOLOGY, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metabolic profiling of water-soluble compounds from the extracts of dark septate endophytic fungi (DSE) isolated from scots pine (Pinus sylvestris L.) seedlings using UPLC–orbitrap–MS. / Tienaho, Jenni; Karonen, Maarit; Muilu–Mäkelä, Riina; Wähälä, Kristiina; Denegri, Eduardo Leon; Franzén, Robert; Karp, Matti; Santala, Ville; Sarjala, Tytti.

julkaisussa: Molecules, Vuosikerta 24, Nro 12, 2330, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Optical wireless cochlear implants. / Trevlakis, Stylianos E.; Boulogeorgos, Alexandros Apostolos A.; Sofotasios, Paschalis C.; Muhaidat, Sami; Karagiannidis, George K.

julkaisussa: Biomedical Optics Express, Vuosikerta 10, Nro 2, 2019, s. 707-730.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

O2-requiring molecular reporters of gene expression for anaerobic microorganisms. / Guglielmetti, Simone; Santala, Ville; Mangayil, Rahul; Ciranna, Alessandro; Karp, Matti T.

julkaisussa: Biosensors and Bioelectronics, Vuosikerta 123, 2019, s. 1-6.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Prostate cancer gene regulatory network inferred from RNA-seq data. / Moore, Daniel; Simoes, Ricardo de Matos; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: CURRENT GENOMICS, Vuosikerta 20, Nro 1, 2019, s. 38-48.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Proteome-transcriptome alignment of molecular portraits achieved by self-contained gene set analysis : Consensus colon cancer subtypes case study. / Glazko, Galina; Zybailov, Boris; Emmert-Streib, Frank; Baranova, Ancha; Rahmatallah, Yasir.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 14, Nro 8, e0221444, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Quality and Capacity Analysis of Molecular Communications in Bacterial Synthetic Logic Circuits. / Martins, Daniel P.; Barros, Michael Taynnan; Balasubramaniam, Sasitharan.

julkaisussa: IEEE Transactions on Nanobioscience, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Recurrent moderate-risk mutations in Finnish breast and ovarian cancer patients. / Nurmi, Anna; Muranen, Taru A.; Pelttari, Liisa M.; Kiiski, Johanna I.; Heikkinen, Tuomas; Lehto, Sini; Kallioniemi, Anne; Schleutker, Johanna; Bützow, Ralf; Blomqvist, Carl; Aittomäki, Kristiina; Nevanlinna, Heli.

julkaisussa: International Journal of Cancer, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Robocasting of Bioactive SiO2-P2O5-CaO-MgO-Na2O-K2O Glass Scaffolds. / Baino, Francesco; Barberi, Jacopo; Fiume, Elisa; Orlygsson, Gissur; Massera, Jonathan; Verné, Enrica.

julkaisussa: Journal of Healthcare Engineering, Vuosikerta 2019, 5153136, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Synthesis of 6,12-disubstituted methanodibenzo[b,f ][1,5]dioxocins : Pyrrolidine catalyzed self-condensation of 2′-Hydroxyacetophenones. / Assoah, Benedicta; Riihonen, Vesa; Vale, João R.; Valkonen, Arto; Candeias, Nuno R.

julkaisussa: Molecules, Vuosikerta 24, Nro 13, 2405, 2019.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

SCIP : a single-cell image processor toolbox. / Martins, Leonardo; Neeli-Venkata, Ramakanth; Oliveira, Samuel M.D.; Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.; Fonseca, José M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 24, 15.12.2018, s. 4318-4320.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Beaming random lasers with soliton control. / Perumbilavil, Sreekanth; Piccardi, Armando; Barboza, Raouf; Buchnev, Oleksandr; Kauranen, Martti; Strangi, Giuseppe; Assanto, Gaetano.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 9, Nro 1, 3863, 01.12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamic decoupling of biomass and wax ester biosynthesis in Acinetobacter baylyi by an autonomously regulated switch. / Santala, Suvi; Efimova, Elena; Santala, Ville.

julkaisussa: Metabolic Engineering Communications, Vuosikerta 7, e00078, 01.12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Machine learning plastic deformation of crystals. / Salmenjoki, Henri; Alava, Mikko J.; Laurson, Lasse.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 9, Nro 1, 5307, 01.12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Normalization of force to muscle cross-sectional area : A helpful attempt to reduce data scattering in contractility studies? / Pecha, Simon; Koivumäki, Jussi; Geelhoed, Bastiaan; Kempe, Romy; Berk, Emanuel; Engel, Andreas; Reichenspurner, Hermann; Eschenhagen, Thomas; Ravens, Ursula; Kaumann, Alberto; Christ, Torsten.

julkaisussa: Acta Physiologica, Vuosikerta 224, Nro 4, e13202, 01.12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural basis of actin monomer re-charging by cyclase-Associated protein. / Kotila, Tommi; Kogan, Konstantin; Enkavi, Giray; Guo, Siyang; Vattulainen, Ilpo; Goode, Bruce L.; Lappalainen, Pekka.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 9, Nro 1, 1892, 01.12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bi-directional cell-pericellular matrix interactions direct stem cell fate. / Ferreira, Silvia A.; Motwani, Meghna S.; Faull, Peter A.; Seymour, Alexis J.; Yu, Tracy T.L.; Enayati, Marjan; Taheem, Dheraj K.; Salzlechner, Christoph; Haghighi, Tabasom; Kania, Ewa M.; Oommen, Oommen P.; Ahmed, Tarek; Loaiza, Sandra; Parzych, Katarzyna; Dazzi, Francesco; Varghese, Oommen P.; Festy, Frederic; Grigoriadis, Agamemnon E.; Auner, Holger W.; Snijders, Ambrosius P.; Bozec, Laurent; Gentleman, Eileen.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 9, Nro 1, 4049, 12.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The importance of controlled mismatch of biomechanical compliances of implantable scaffolds and native tissue for articular cartilage regeneration. / Gasik, Michael; Zühlke, Alexandra; Haaparanta, Anne-Marie; Muhonen, Virpi; Laine, Kaisa; Bilotsky, Yevgen; Kellomäki, Minna; Kiviranta, Ilkka.

julkaisussa: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Vuosikerta 6, Nro NOV, 187, 30.11.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Machine learning analysis of extreme events in optical fibre modulation instability. / Närhi, Mikko; Salmela, Lauri; Toivonen, Juha; Billet, Cyril; Dudley, John M.; Genty, Goëry.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 9, Nro 1, 22.11.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

M2M Communication Assessment in Energy-Harvesting and Wake-Up Radio Assisted Scenarios Using Practical Components. / Rinne, Jukka; Keskinen, Jari; Berger, Paul R.; Lupo, Donald; Valkama, Mikko.

julkaisussa: Sensors (Basel, Switzerland), Vuosikerta 18, Nro 11, 16.11.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular-Scale Ligand Effects in Small Gold-Thiolate Nanoclusters. / Chevrier, Daniel M.; Raich, Lluís; Rovira, Carme; Das, Anindita; Luo, Zhentao; Yao, Qiaofeng; Chatt, Amares; Xie, Jianping; Jin, Rongchao; Akola, Jaakko; Zhang, Peng.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 140, Nro 45, 14.11.2018, s. 15430-15436.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Understanding Dissolution and Crystallization with Imaging : A Surface Point of View. / Novakovic, Dunja; Isomäki, Antti; Pleunis, Bibi; Fraser-Miller, Sara J.; Peltonen, Leena; Laaksonen, Timo; Strachan, Clare J.

julkaisussa: Molecular Pharmaceutics, Vuosikerta 15, Nro 11, 05.11.2018, s. 5361-5373.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Super-resolution microscopy for biological specimens : Lensless phase retrieval in noisy conditions. / Shevkunov, Igor; Katkovnik, Vladimir; Petrov, Nikolay V.; Egiazarian, Karen.

julkaisussa: Biomedical Optics Express, Vuosikerta 9, Nro 11, #340805, 01.11.2018, s. 5511-5523.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

How to minimize dye-induced perturbations while studying biomembrane structure and dynamics : PEG linkers as a rational alternative. / Mobarak, Edouard; Javanainen, Matti; Kulig, Waldemar; Honigmann, Alf; Sezgin, Erdinc; Aho, Noora; Eggeling, Christian; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, Vuosikerta 1860, Nro 11, 11.2018, s. 2436-2445.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Alzheimer's disease and alpha-synuclein pathology in the olfactory bulbs of infants, children, teens and adults ≤ 40 years in Metropolitan Mexico City. APOE4 carriers at higher risk of suicide accelerate their olfactory bulb pathology. / Calderón-Garcidueñas, Lilian; González-Maciel, Angélica; Reynoso-Robles, Rafael; Kulesza, Randy J.; Mukherjee, Partha S.; Torres-Jardón, Ricardo; Rönkkö, Topi; Doty, Richard L.

julkaisussa: Environmental Research, Vuosikerta 166, 01.10.2018, s. 348-362.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel osteoconductive β-tricalcium phosphate/poly(L-lactide-co-e-caprolactone) scaffold for bone regeneration : a study in a rabbit calvarial defect. / Pihlman, Hanna; Keränen, Pauli; Paakinaho, Kaarlo; Linden, Jere; Hannula, Markus; Manninen, Iida Kaisa; Hyttinen, Jari; Manninen, Mikko; Laitinen-Vapaavuori, Outi.

julkaisussa: Journal of Materials Science: Materials in Medicine, Vuosikerta 29, Nro 10, 156, 01.10.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular Communications Pulse-based Jamming Model for Bacterial Biofilm Suppression. / Martins, Daniel P.; Leetanasaksakul, Kantinan; Barros, Michael Taynnan; Thamchaipenet, Arinthip; Donnelly, William; Balasubramaniam, Sasitharan.

julkaisussa: IEEE Transactions on Nanobioscience, Vuosikerta 17, Nro 4, 10.2018, s. 533-542.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Quantifying branch architecture of tropical trees using terrestrial LiDAR and 3D modelling. / Lau, Alvaro; Bentley, Lisa Patrick; Martius, Christopher; Shenkin, Alexander; Bartholomeus, Harm; Raumonen, Pasi; Malhi, Yadvinder; Jackson, Tobias; Herold, Martin.

julkaisussa: Trees - Structure and Function, Vuosikerta 32, Nro 5, 10.2018, s. 1219-1231.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Temperature control as key factor for optimal biohydrogen production from thermomechanical pulping wastewater. / Dessì, Paolo; Porca, Estefania; Lakaniemi, Aino-Maija; Collins, Gavin; Lens, Piet N.L.

julkaisussa: Biochemical Engineering Journal, Vuosikerta 137, 15.09.2018, s. 214-221.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Assessment of mutation probabilities of KRAS G12 missense mutants and their long-timescale dynamics by atomistic molecular simulations and Markov state modeling. / Pantsar, Tatu; Rissanen, Sami; Dauch, Daniel; Laitinen, Tuomo; Vattulainen, Ilpo; Poso, Antti.

julkaisussa: PLoS Computational Biology, Vuosikerta 14, Nro 9, e1006458, 10.09.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Computational modeling of electrophysiology and pharmacotherapy of atrial fibrillation : Recent advances and future challenges. / Vagos, Márcia R.S.S.; van Herck, Ilsbeth G.M.; Sundnes, Joakim; Arevalo, Hermenegild J.; Edwards, Andrew G.; Koivumäki, Jussi T.

julkaisussa: Frontiers in Physiology, Vuosikerta 9, Nro SEP, 1221, 04.09.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology. / Kartasalo, Kimmo; Latonen, Leena; Vihinen, Jorma; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 34, Nro 17, 01.09.2018, s. 3013-3021.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Nocturnal Heart Rate Variability Spectrum Characterization in Preschool Children with Asthmatic Symptoms. / Milagro, Javier; Gil, Eduardo; Lazaro, Jesus; Seppae, Ville Pekka; Malmberg, Leo Pekka; Pelkonen, Anna Susanna; Kotaniemi-Syrjanen, Anne; Makela, Mika; Viik, Jari; Bailon, Raquel.

julkaisussa: IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, Vuosikerta 22, Nro 5, 09.2018, s. 1332-1340.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Physiologically-relevant levels of sphingomyelin, but not GM1, induces a β-sheet-rich structure in the amyloid-β(1-42) monomer. / Owen, Michael C.; Kulig, Waldemar; Poojari, Chetan; Rog, Tomasz; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes, Vuosikerta 1860, Nro 9, 09.2018, s. 1709-1720.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of food frequency questionnaire data and shopping records for the assessment of food intake. / Kallonen, Antti; Nieminen, Hannu; Das, Soumya; Sallinen, Riitta.

Proceedings of Seventh International Conference on Well-Being in the Information Society: Fighting Inequalities (WIS 2018). 2018. s. 25-30 (TUCS Lecture Notes; Vuosikerta 28).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Production of alkanes from CO2 by engineered bacteria. / Lehtinen, Tapio; Virtanen, Henri; Santala, Suvi; Santala, Ville.

julkaisussa: Biotechnology for Biofuels, Vuosikerta 11, 228, 21.08.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The effect of S53P4-based borosilicate glasses and glass dissolution products on the osteogenic commitment of human adipose stem cells. / Ojansivu, Miina; Mishra, Ayush; Vanhatupa, Sari; Juntunen, Miia; Larionova, Antonina; Massera, Jonathan; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 13, Nro 8, e0202740, 01.08.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Selenate removal in biofilm systems : Effect of nitrate and sulfate on selenium removal efficiency, biofilm structure and microbial community. / Tan, Lea Chua; Espinosa-Ortiz, Erika J.; Nancharaiah, Yarlagadda V.; van Hullebusch, Eric D.; Gerlach, Robin; Lens, Piet Nl.

julkaisussa: Journal of Chemical Technology and Biotechnology, Vuosikerta 93, Nro 8, 08.2018, s. 2380-2389.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metabolic pairing of aerobic and anaerobic production in a one-pot batch cultivation. / Salmela, Milla; Lehtinen, Tapio; Efimova, Elena; Santala, Suvi; Mangayil, Rahul.

julkaisussa: Biotechnology for Biofuels, Vuosikerta 11, Nro 1, 187, 03.07.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Pectin and Mucin Enhance the Bioadhesion of Drug Loaded Nanofibrillated Cellulose Films. / Laurén, Patrick; Paukkonen, Heli; Lipiäinen, Tiina; Dong, Yujiao; Oksanen, Timo; Räikkönen, Heikki; Ehlers, Henrik; Laaksonen, Päivi; Yliperttula, Marjo; Laaksonen, Timo.

julkaisussa: Pharmaceutical Research, Vuosikerta 35, Nro 7, 145, 01.07.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Segmentation of vessel structures from photoacoustic images with reliability assessment. / Raumonen, Pasi; Tarvainen, Tanja.

julkaisussa: Biomedical Optics Express, Vuosikerta 9, Nro 7, 01.07.2018, s. 2887-2904.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Automatic optimization of an in silico model of human iPSC derived cardiomyocytes recapitulating calcium handling abnormalities. / Paci, Michelangelo; Pölönen, Risto-Pekka; Cori, Dario; Penttinen, Kirsi; Aalto-Setälä, Katriina; Severi, Stefano; Hyttinen, Jari.

julkaisussa: Frontiers in Physiology, Vuosikerta 9, Nro JUN, 709, 26.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Monitoring of heart rate and inter-beat intervals with wrist plethysmography in patients with atrial fibrillation. / Harju, Jarkko; Tarniceriu, Adrian; Parak, Jakub; Vehkaoja, Antti; Yli-Hankala, Arvi; Korhonen, Ilkka.

julkaisussa: Physiological Measurement, Vuosikerta 39, Nro 6, 065007, 26.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure and dynamics of a human myelin protein P2 portal region mutant indicate opening of the β barrel in fatty acid binding proteins. / Laulumaa, Saara; Nieminen, Tuomo; Raasakka, Arne; Krokengen, Oda C.; Safaryan, Anushik; Hallin, Erik I.; Brysbaert, Guillaume; Lensink, Marc F.; Ruskamo, Salla; Vattulainen, Ilpo; Kursula, Petri.

julkaisussa: BMC Structural Biology, Vuosikerta 18, Nro 1, 8, 25.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of surfactant type and sonication energy on the electrical conductivity properties of nanocellulose-CNT nanocomposite films. / Siljander, Sanna; Keinänen, Pasi; Räty, Anna; Ramakrishnan, Karthik Ram; Tuukkanen, Sampo; Kunnari, Vesa; Harlin, Ali; Vuorinen, Jyrki; Kanerva, Mikko.

julkaisussa: International Journal of Molecular Sciences, Vuosikerta 19, Nro 6, 1819, 20.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Acquiring respiration rate from photoplethysmographic signal by recursive bayesian tracking of intrinsic modes in time-frequency spectra. / Pirhonen, Mikko; Peltokangas, Mikko; Vehkaoja, Antti.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 6, 1693, 01.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Altered polyamine profiles in colorectal cancer. / Venäläinen, Markus K.; Roine, Antti N.; Häkkinen, Merja R.; Vepsäläinen, Jouko J.; Kumpulainen, Pekka S.; Kiviniemi, Mikko S.; Lehtimäki, Terho; Oksala, Niku K.; Rantanen, Tuomo K.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 38, Nro 6, 01.06.2018, s. 3601-3607.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Enhancing the usability of low-cost eye trackers for rehabilitation applications. / Gavas, Rahul Dasharath; Roy, Sangheeta; Chatterjee, Debatri; Tripathy, Soumya Ranjan; Chakravarty, Kingshuk; Sinha, Aniruddha.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 13, Nro 6, e0196348, 01.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evaluation of dry electrodes in canine heart rate monitoring. / Virtanen, Juhani; Somppi, Sanni; Törnqvist, Heini; Jeyhani, Vala; Fiedler, Patrique; Gizatdinova, Yulia; Majaranta, Päivi; Väätäjä, Heli; Cardó, Anna Valldeoriola; Lekkala, Jukka; Tuukkanen, Sampo; Surakka, Veikko; Vainio, Outi; Vehkaoja, Antti.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 6, 1757, 01.06.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Photo-antimicrobial efficacy of zinc complexes of porphyrin and phthalocyanine activated by inexpensive consumer LED lamp. / George, Lijo; Hiltunen, Arto; Santala, Ville; Efimov, Alexander.

julkaisussa: Journal of Inorganic Biochemistry, Vuosikerta 183, 01.06.2018, s. 94-100.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cholesterol Protects the Oxidized Lipid Bilayer from Water Injury : An All-Atom Molecular Dynamics Study. / Owen, Michael C.; Kulig, Waldemar; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Journal of Membrane Biology, Vuosikerta 251, Nro 3, 06.2018, s. 521-534.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The precision of the symmetry in Z-ring placement in Escherichia coli is hampered at critical temperatures. / Neeli-Venkata, Ramakanth; Oliveira, Samuel M.D.; Martins, Leonardo; Startceva, Sofia; Bahrudeen, Mohamed; Fonseca, Jose M.; Minoia, Marco; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Physical Biology, Vuosikerta 15, Nro 5, 056002, 18.05.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Crystallization Kinetics of an Amorphous Pharmaceutical Compound Using Fluorescence-Lifetime-Imaging Microscopy. / Rautaniemi, Kaisa; Vuorimaa-Laukkanen, Elina; Strachan, Clare J.; Laaksonen, Timo.

julkaisussa: Molecular Pharmaceutics, Vuosikerta 15, Nro 5, 07.05.2018, s. 1964-1971.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Switchable light reflectance in dilute magneto-optical colloids based on nickel ferrite nanowires. / Sutka, Andris; Timusk, Martin; Joost, Urmas; Ignatans, Reinis; Maiorov, Mikhail.

julkaisussa: e-Journal of Surface Science and Nanotechnology, Vuosikerta 16, 02.05.2018, s. 119-121.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A review of connectivity map and computational approaches in pharmacogenomics. / Musa, Aliyu; Ghoraie, Laleh Soltan; Zhang, Shu Dong; Glazko, Galina; Yli-Harja, Olli; Dehmer, Matthias; Haibe-Kains, Benjamin; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Briefings in Bioinformatics, Vuosikerta 19, Nro 3, 01.05.2018, s. 506-523.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-intersecting leaf insertion algorithm for tree structure models. / Åkerblom, Markku; Raumonen, Pasi; Casella, Eric; Disney, Mathias I.; Danson, F. Mark; Gaulton, Rachel; Schofield, Lucy A.; Kaasalainen, Mikko.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170045, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Uncertainty in multispectral lidar signals caused by incidence angle effects. / Kaasalainen, Sanna; Åkerblom, Markku; Nevalainen, Olli; Hakala, Teemu; Kaasalainen, Mikko.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170033, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Weighing trees with lasers : Advances, challenges and opportunities. / Disney, M. I.; Boni Vicari, M.; Burt, A.; Calders, K.; Lewis, S. L.; Raumonen, P.; Wilkes, P.

julkaisussa: Interface Focus, Vuosikerta 8, Nro 2, 20170048, 06.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Driver Fusions and Their Implications in the Development and Treatment of Human Cancers. / Gao, Qingsong; Liang, Wen Wei; Foltz, Steven M.; Mutharasu, Gnanavel; Jayasinghe, Reyka G.; Cao, Song; Liao, Wen Wei; Reynolds, Sheila M.; Wyczalkowski, Matthew A.; Yao, Lijun; Yu, Lihua; Sun, Sam Q.; Caesar-Johnson, Samantha J.; Demchok, John A.; Felau, Ina; Kasapi, Melpomeni; Ferguson, Martin L.; Hutter, Carolyn M.; Sofia, Heidi J.; Tarnuzzer, Roy; Wang, Zhining; Yang, Liming; Zenklusen, Jean C.; Zhang, Jiashan (Julia); Chudamani, Sudha; Liu, Jia; Lolla, Laxmi; Naresh, Rashi; Pihl, Todd; Sun, Qiang; Wan, Yunhu; Wu, Ye; Cho, Juok; DeFreitas, Timothy; Frazer, Scott; Gehlenborg, Nils; Getz, Gad; Heiman, David I.; Kim, Jaegil; Lawrence, Michael S.; Lin, Pei; Meier, Sam; Noble, Michael S.; Saksena, Gordon; Voet, Doug; Zhang, Hailei; Bernard, Brady; Chambwe, Nyasha; Dhankani, Varsha; Knijnenburg, Theo.

julkaisussa: Cell Reports, Vuosikerta 23, Nro 1, 03.04.2018, s. 227-238.e3.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The characterization of surgical smoke from various tissues and its implications for occupational safety. / Karjalainen, Markus; Kontunen, Anton; Saari, Sampo; Rönkkö, Topi; Lekkala, Jukka; Roine, Antti; Oksala, Niku.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 13, Nro 4, e0195274, 01.04.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Depletion of nuclear import protein karyopherin alpha 7 (KPNA7) induces mitotic defects and deformation of nuclei in cancer cells. / Vuorinen, Elisa M.; Rajala, Nina K.; Ihalainen, Teemu O.; Kallioniemi, Anne.

julkaisussa: BMC Cancer, Vuosikerta 18, Nro 1, 325, 27.03.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functional Outcome of Human Adipose Stem Cell Injections in Rat Anal Sphincter Acute Injury Model. / Kuismanen, Kirsi; Juntunen, Miia; Narra Girish, Nathaniel; Tuominen, Heikki; Huhtala, Heini; Nieminen, Kari; Hyttinen, Jari; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Stem Cells Translational Medicine, Vuosikerta 7, Nro 3, 01.03.2018, s. 295-304.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Soft hydrazone crosslinked hyaluronan- and alginate-based hydrogels as 3D supportive matrices for human pluripotent stem cell-derived neuronal cells. / Karvinen, Jennika; Joki, Tiina; Ylä-Outinen, Laura; Koivisto, Janne T.; Narkilahti, Susanna; Kellomäki, Minna.

julkaisussa: Reactive and Functional Polymers, Vuosikerta 124, 01.03.2018, s. 29-39.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An activity recognition framework deploying the random forest classifier and a single optical heart rate monitoring and triaxial accelerometer wrist-band. / Mehrang, Saeed; Pietilä, Julia; Korhonen, Ilkka.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 18, Nro 2, 613, 22.02.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

In a quest for engineering acidophiles for biomining applications : Challenges and opportunities. / Gumulya, Yosephine; Boxall, Naomi J.; Khaleque, Himel N.; Santala, Ville; Carlson, Ross P.; Kaksonen, Anna H.

julkaisussa: Genes, Vuosikerta 9, Nro 2, 116, 21.02.2018.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Improved fatty aldehyde and wax ester production by overexpression of fatty acyl-CoA reductases. / Lehtinen, Tapio; Efimova, Elena; Santala, Suvi; Santala, Ville.

julkaisussa: Microbial Cell Factories, Vuosikerta 17, Nro 1, 19, 08.02.2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanism for inhibition of twinfilin by phosphoinositides. / Hakala, Markku; Kalimeri, Maria; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Lappalainen, Pekka.

julkaisussa: Journal of Biological Chemistry, Vuosikerta 293, Nro 13, 01.01.2018, s. 4818-4829.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Bioscreening Technique for Ultraviolet Irradiation Protective Natural Substances. / Tienaho, Jenni; Poikulainen, Emmi; Sarjala, Tytti; Muilu-Mäkelä, Riina; Santala, Ville; Karp, Matti.

julkaisussa: Photochemistry and Photobiology, Vuosikerta 94, Nro 6, 2018, s. 1273-1280.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Archaea are prominent members of the prokaryotic communities colonizing common forest mushrooms. / Rinta-Kanto, J. M.; Pehkonen, K.; Sinkko, H.; Tamminen, M. V.; Timonen, S.

julkaisussa: Canadian Journal of Microbiology, Vuosikerta 64, Nro 10, 2018, s. 716-726.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioactive glass induced osteogenic differentiation of human adipose stem cells is dependent on cell attachment mechanism and mitogen-activated protein kinases. / Ojansivu, M.; Wang, X.; Hyväri, L.; Kellomäki, M.; Hupa, L.; Vanhatupa, S.; Miettinen, S.

julkaisussa: European Cells and Materials, Vuosikerta 35, 2018, s. 53-71.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Differential processing in modality-specific Mauthner cell dendrites. / Medan, Violeta; Mäki-Marttunen, Tuomo; Sztarker, Julieta; Preuss, Thomas.

julkaisussa: Journal of Physiology, Vuosikerta 596, Nro 4, 2018, s. 667-689.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of N/S ratio on anoxic thiosulfate oxidation in a fluidized bed reactor : Experimental and artificial neural network model analysis. / Khanongnuch, Ramita; Di Capua, Francesco; Lakaniemi, Aino-Maija; Rene, Eldon R.; Lens, Piet N.L.

julkaisussa: Process Biochemistry, Vuosikerta 68, 2018, s. 171-181.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gloriosa superba Mediated Synthesis of Platinum and Palladium Nanoparticles for Induction of Apoptosis in Breast Cancer. / Rokade, Shalaka S.; Joshi, Komal A.; Mahajan, Ketakee; Patil, Saniya; Tomar, Geetanjali; Dubal, Dnyanesh S.; Parihar, Vijay Singh; Kitture, Rohini; Bellare, Jayesh R.; Ghosh, Sougata.

julkaisussa: Bioinorganic Chemistry and Applications, Vuosikerta 2018, 4924186, 2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Knitted 3D Scaffolds of Polybutylene Succinate Support Human Mesenchymal Stem Cell Growth and Osteogenesis. / Ojansivu, Miina; Johansson, Laura; Vanhatupa, Sari; Tamminen, Ilmari; Hannula, Markus; Hyttinen, Jari; Kellomäki, Minna; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Stem Cells International, Vuosikerta 2018, 5928935, 2018.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mapping microscale wetting variations on biological and synthetic water-repellent surfaces. / Liimatainen, Ville; Vuckovac, Maja; Jokinen, Ville; Sariola, Veikko; Hokkanen, Matti J.; Zhou, Quan; Ras, Robin H.A.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 8, Nro 1, 1798, 01.12.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Lessons from the human genome project : Modesty, honesty, and realism. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias; Yli-Harja, Olli.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 8, Nro NOV, 184, 23.11.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evaluation of optogenetic electrophysiology tools in human stem cell-derived cardiomyocytes. / Björk, Susann; Ojala, Elina A.; Nordström, Tommy; Ahola, Antti; Liljeström, Mikko; Hyttinen, Jari; Kankuri, Esko; Mervaala, Eero.

julkaisussa: Frontiers in Physiology, Vuosikerta 8, Nro NOV, 884, 02.11.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Azopolymer photopatterning for directional control of angiogenesis. / Fedele, Chiara; De Gregorio, Maria; Netti, Paolo A.; Cavalli, Silvia; Attanasio, Chiara.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 63, 01.11.2017, s. 317-325.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Excessive aggregation of membrane proteins in the Martini model. / Javanainen, Matti; Martinez-Seara, Hector; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 12, Nro 11, e0187936, 01.11.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films. / Ferreira, Ana R.V.; Haapanen, Janne; Mäkelä, Jyrki M.; Bratvold, Jon E.; Nilsen, Ola; Tuominen, Mikko; Alves, Vítor D.; Coelhoso, Isabel M.

julkaisussa: International Journal of Biological Macromolecules, Vuosikerta 103, 01.10.2017, s. 268-274.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Concerted regulation of npc2 binding to endosomal/lysosomal membranes by bis(monoacylglycero)phosphate and sphingomyelin. / Enkavi, Giray; Mikkolainen, Heikki; Güngör, Burçin; Ikonen, Elina; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: PLoS Computational Biology, Vuosikerta 13, Nro 10, e1005831, 01.10.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Strong FGFR3 staining is a marker for FGFR3 fusions in diffuse gliomas. / Granberg, Kirsi J.; Annala, Matti; Lehtinen, Birgitta; Kesseli, Juha; Haapasalo, Joonas; Ruusuvuori, Pekka; Yli-Harja, Olli; Visakorpi, Tapio; Haapasalo, Hannu; Nykter, Matti; Zhang, Wei.

julkaisussa: Neuro-Oncology, Vuosikerta 19, Nro 9, 01.09.2017, s. 1206-1216.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Inhibition of Aβ Amyloid Growth and Toxicity by Silybins : The Crucial Role of Stereochemistry. / Sciacca, Michele F.M.; Romanucci, Valeria; Zarrelli, Armando; Monaco, Irene; Lolicato, Fabio; Spinella, Natalia; Galati, Clelia; Grasso, Giuseppe; D'Urso, Luisa; Romeo, Margherita; Diomede, Luisa; Salmona, Mario; Bongiorno, Corrado; Di Fabio, Giovanni; La Rosa, Carmelo; Milardi, Danilo.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, Vuosikerta 8, Nro 8, 16.08.2017, s. 1767-1778.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Nanofibrillar cellulose-alginate hydrogel coated surgical sutures as cell-carrier systems. / Laurén, Patrick; Somersalo, Petter; Pitkänen, Irina; Lou, Yan Ru; Urtti, Arto; Partanen, Jouni; Seppälä, Jukka; Madetoja, Mari; Laaksonen, Timo; Mäkitie, Antti; Yliperttula, Marjo.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 12, Nro 8, e0183487, 01.08.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

How management intensity and neighborhood composition affect the structure of beech (Fagus sylvatica L.) trees. / Juchheim, Julia; Annighöfer, Peter; Ammer, Christian; Calders, Kim; Raumonen, Pasi; Seidel, Dominik.

julkaisussa: TREES-STRUCTURE AND FUNCTION, Vuosikerta 31, Nro 5, 14.07.2017, s. 1723–1735.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

sgnesR : An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters. / Tripathi, Shailesh; Lloyd-Price, Jason; Ribeiro, Andre; Yli-Harja, Olli; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 325, 04.07.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Atomistic fingerprint of hyaluronan–CD44 binding. / Vuorio, Joni; Vattulainen, Ilpo; Martinez-Seara, Hector.

julkaisussa: PLoS Computational Biology, Vuosikerta 13, Nro 7, e1005663, 01.07.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The relationship between loading history and proximal femoral diaphysis cross-sectional geometry. / Niinimäki, Sirpa; Narra, Nathaniel; Härkönen, Laura; Abe, Shinya; Nikander, Riku; Hyttinen, Jari; Knüsel, Christopher; Sievänen, Harri.

julkaisussa: American Journal of Human Biology, Vuosikerta 29, Nro 4, e22965, 01.07.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics of a True Moving Bed separation process : Linear model identification and advanced process control. / Nogueira, Idelfonso B.R.; Ribeiro, Ana M.; Martins, Márcio A.F.; Rodrigues, Alírio E.; Koivisto, Hannu; Loureiro, José M.

julkaisussa: Journal of Chromatography A, Vuosikerta 1504, 30.06.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium Assists Dopamine Release by Preventing Aggregation on the Inner Leaflet of Presynaptic Vesicles. / Mokkila, Sini; Postila, Pekka A.; Rissanen, Sami; Juhola, Hanna; Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: ACS Chemical Neuroscience, Vuosikerta 8, Nro 6, 21.06.2017, s. 1242-1250.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Androgen Receptor Deregulation Drives Bromodomain-Mediated Chromatin Alterations in Prostate Cancer. / Urbanucci, Alfonso; Barfeld, Stefan J.; Kytölä, Ville; Itkonen, Harri M.; Coleman, Ilsa M.; Vodák, Daniel; Sjöblom, Liisa; Sheng, Xia; Tolonen, Teemu; Minner, Sarah; Burdelski, Christoph; Kivinummi, Kati K.; Kohvakka, Annika; Kregel, Steven; Takhar, Mandeep; Alshalalfa, Mohammed; Davicioni, Elai; Erho, Nicholas; Lloyd, Paul; Karnes, R. Jeffrey; Ross, Ashley E.; Schaeffer, Edward M.; Vander Griend, Donald J.; Knapp, Stefan; Corey, Eva; Feng, Felix Y.; Nelson, Peter S.; Saatcioglu, Fahri; Knudsen, Karen E.; Tammela, Teuvo L.J.; Sauter, Guido; Schlomm, Thorsten; Nykter, Matti; Visakorpi, Tapio; Mills, Ian G.

julkaisussa: Cell Reports, Vuosikerta 19, Nro 10, 06.06.2017, s. 2045-2059.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Phase partitioning of GM1 and its bodipy-labeled analog determine their different binding to Cholera Toxin. / Rissanen, Sami; Grzybek, Michal; Orlowski, Adam; Róg, Tomasz; Cramariuc, Oana; Levental, Ilya; Eggeling, Christian; Sezgin, Erdinc; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Frontiers in Physiology, Vuosikerta 8, Nro MAY, 252, 09.05.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Clinical association analysis of ependymomas and pilocytic astrocytomas reveals elevated FGFR3 and FGFR1 expression in aggressive ependymomas. / Lehtinen, Birgitta; Raita, Annina; Kesseli, Juha; Annala, Matti; Nordfors, Kristiina; Yli-Harja, Olli; Zhang, Wei; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Haapasalo, Hannu; Granberg, Kirsi J.

julkaisussa: BMC Cancer, Vuosikerta 17, Nro 1, 310, 03.05.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Long-chain GM1 gangliosides alter transmembrane domain registration through interdigitation. / Manna, Moutusi; Javanainen, Matti; Martinez-Seara Monne, Hector; Gabius, Hans-Joachim; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1859, Nro 5, 01.05.2017, s. 870-878.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Elucidation of Compression-Induced Surface Crystallization in Amorphous Tablets Using Sum Frequency Generation (SFG) Microscopy. / Mah, Pei T.; Novakovic, Dunja; Saarinen, Jukka; van Landeghem, Stijn; Peltonen, Leena; Laaksonen, Timo; Isomäki, Antti; Strachan, Clare J.

julkaisussa: Pharmaceutical Research, Vuosikerta 34, Nro 5, 05.2017, s. 957-970.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Tunable Plasmonic Silver Nanodomes for Surface-Enhanced Raman Scattering. / Kahraman, Mehmet; Ozbay, Ayse; Yuksel, Handan; Solmaz, Ramazan; Demir, Baran; Caglayan, Humeyra.

julkaisussa: Plasmonics, 05.04.2017, s. 1-11.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hexaphyrin as a Potential Theranostic Dye for Photothermal Therapy and 19F Magnetic Resonance Imaging. / Higashino, Tomohiro; Nakatsuji, Hirotaka; Fukuda, Ryosuke; Okamoto, Haruki; Imai, Hirohiko; Matsuda, Tetsuya; Tochio, Hidehito; Shirakawa, Masahiro; Tkachenko, Nikolai V.; Hashida, Mitsuru; Murakami, Tatsuya; Imahori, Hiroshi.

julkaisussa: ChemBioChem, Vuosikerta 18, Nro 10, 24.03.2017, s. 951-959.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium Directly Regulates Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Headgroup Conformation and Recognition. / Bilkova, Eva; Pleskot, Roman; Rissanen, Sami; Sun, Simou; Czogalla, Aleksander; Cwiklik, Lukasz; Róg, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Cremer, Paul S.; Jungwirth, Pavel; Coskun, Ünal.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 139, Nro 11, 22.03.2017, s. 4019-4024.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hierarchical Self-Assembly of Halogen-Bonded Block Copolymer Complexes into Upright Cylindrical Domains. / Milani, Roberto; Houbenov, Nikolay; Fernandez-Palacio, Francisco; Cavallo, Gabriella; Luzio, Alessandro; Haataja, Johannes; Giancane, Gabriele; Saccone, Marco; Priimägi, Arri; Metrangolo, Pierangelo; Ikkala, Olli.

julkaisussa: CheM, Vuosikerta 2, Nro 3, 09.03.2017, s. 417-426.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Atomistic Molecular Dynamics Simulations of Mitochondrial DNA Polymerase γ : Novel Mechanisms of Function and Pathogenesis. / Euro, Liliya; Haapanen, Outi; Róg, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Suomalainen, Anu; Sharma, Vivek.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 56, Nro 9, 07.03.2017, s. 1227-1238.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Twin-layer biosensor for real-time monitoring of alkane metabolism. / Lehtinen, Tapio; Santala, Ville; Santala, Suvi.

julkaisussa: FEMS Microbiology Letters, Vuosikerta 364, Nro 6, fnx053, 01.03.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Membrane cholesterol access into a G-protein-coupled receptor. / Guixà-González, Ramon; Albasanz, José L.; Rodriguez-Espigares, Ismael; Pastor, Manuel; Sanz, Ferran; Martí-Solano, Maria; Manna, Moutusi; Martinez-Seara, Hector; Hildebrand, Peter W.; Martín, Mairena; Selent, Jana.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 8, 14505, 21.02.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Magnetic routing of light-induced waveguides. / Izdebskaya, Yana; Shvedov, Vladlen; Assanto, Gaetano; Krolikowski, Wieslaw.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 8, 14452, 15.02.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The use of mathematical modeling for the development of a low cost fuzzy gain schedule neutralization control system. / Sislian, Rodrigo; da Silva, Flávio Vasconcelos; Gedraite, Rubens; Jokinen, Heikki; Rajan, Dhanesh Kattipparambil.

Transactions on Engineering Technologies: World Congress on Engineering and Computer Science 2015. Springer Singapore, 2017. s. 525-539.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multivariate statistical analysis for the identification of potential seafood spoilage indicators. / Kuuliala, L.; Abatih, E.; Ioannidis, A. G.; Vanderroost, M.; De Meulenaer, B.; Ragaert, P.; Devlieghere, F.

julkaisussa: Food Control, Vuosikerta 84, 01.02.2017, s. 49-60.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Polarization resolved photoluminescence in GaAs1−xBix/GaAs quantum wells. / Balanta, M. A G; Orsi Gordo, V.; Carvalho, A. R H; Puustinen, J.; Alghamdi, H. M.; Henini, M.; Galeti, H. V A; Guina, M.; Galvão Gobato, Y.

julkaisussa: Journal of Luminescence, Vuosikerta 182, 02.2017, s. 49-52.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

GSAR : Bioconductor package for Gene Set analysis in R. / Rahmatallah, Yasir; Zybailov, Boris; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 18, Nro 1, 61, 24.01.2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Aligned Poly(ε-caprolactone) Nanofibers Guide the Orientation and Migration of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Neurons, Astrocytes, and Oligodendrocyte Precursor Cells In Vitro. / Hyysalo, Anu; Ristola, Mervi; Joki, Tiina; Honkanen, Mari; Vippola, Minnamari; Narkilahti, Susanna.

julkaisussa: MACROMOLECULAR BIOSCIENCE, Vuosikerta 17, Nro 7, 1600517, 2017.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics and energetics of the mammalian phosphatidylinositol transfer protein phospholipid exchange cycle. / Grabon, Aby; Orłowski, Adam; Tripathi, Ashutosh; Vuorio, Joni; Javanainen, Matti; Róg, Tomasz; Lönnfors, Max; McDermott, Mark I.; Siebert, Garland; Somerharju, Pentti; Vattulainen, Ilpo; Bankaitis, Vytas A.

julkaisussa: Journal of Biological Chemistry, Vuosikerta 292, Nro 35, 2017, s. 14438-14455.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Electrical Contacts in SOI MEMS Using Aerosol Jet Printing. / Khorramdel, Behnam; Torkkeli, Altti; Mäntysalo, Matti.

julkaisussa: IEEE Journal of the Electron Devices Society, Vuosikerta 6, 2017, s. 34-40.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Extracting the strongest signals from omics data : Differentially expressed pathways and beyond. / Glazko, Galina; Rahmatallah, Yasir; Zybailov, Boris; Emmert-Streib, Frank.

Methods in Molecular Biology. HUMANA PRESS INC, 2017. s. 125-159 (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 1613).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metastasis detection from whole slide images using local features and random forests. / Valkonen, Mira; Kartasalo, Kimmo; Liimatainen, Kaisa; Nykter, Matti; Latonen, Leena; Ruusuvuori, Pekka.

julkaisussa: Cytometry Part A, Vuosikerta 91, Nro 6, 2017, s. 555-565.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Oxysterols Versus Cholesterol in Model Neuronal Membrane. I. The Case of 7-Ketocholesterol. The Langmuir Monolayer Study. / Wnętrzak, Anita; Makyła-Juzak, Katarzyna; Filiczkowska, Anna; Kulig, Waldemar; Dynarowicz-Łątka, Patrycja.

julkaisussa: Journal of Membrane Biology, Vuosikerta 250, Nro 5, 2017, s. 553–564.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Synthesis, Structural Characterization, Hirshfeld Surface and Antioxidant Activity Analysis of a Novel Organic Cation Antimonate Complex. / Lahbib, Ikram; Valkonen, Arto; Rzaigui, Mohamed; Smirani, Wajda.

julkaisussa: Journal of Cluster Science, Vuosikerta 28, Nro 4, 2017, s. 2239–2252.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Association Between Liver and Tumor [18F]FDG Uptake in Patients with Diffuse Large B Cell Lymphoma During Chemotherapy. / Wu, Xingchen; Bhattarai, Abhisek; Korkola, Pasi; Pertovaara, Hannu; Eskola, Hannu; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Molecular Imaging and Biology, Vuosikerta 19, Nro 5, 2017, s. 787–794.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Integrin Receptor in Biologically Relevant Bilayers : Insights from Molecular Dynamics Simulations. / Kalli, Antreas C.; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo; Campbell, Iain D.; Sansom, Mark S P.

julkaisussa: Journal of Membrane Biology, Vuosikerta 250, 2017, s. 337-351.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Transcription Initiation Controls Skewness of the Distribution of Intervals Between RNA Productions. / Kandavalli, Vinodh; Startceva, Sofia; Sanches Ribeiro, Andre.

31st European Simulation and Modelling Conference: ESM'2017. toim. / Goncalves Paulo J.S. Portugal : EUROSIS, 2017. s. 397-403.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Abstract: Direction as a vibration loading parameter in bone tissue engineering. / Halonen, Heidi; Kyllönen, Laura; Ihalainen, Teemu O.; Miettinen, Susanna; Hyttinen, Jari.

2016. Julkaisun esittämispaikka: BioMediTech Research Day 2016, Tampere, Suomi.

Tutkimustuotos: Konferenssiesitys, posteri tai abstrakti

SamExploreR : Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files. / Stupnikov, Alexey; Tripathi, Shailesh; De Matos Simoes, Ricardo; McArt, Darragh; Salto-Tellez, Manuel; Glazko, Galina; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 21, 01.11.2016, s. 3345-3347.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Increased survival rate by local release of diclofenac in a murine model of recurrent oral carcinoma. / Will, Olga Maria; Purcz, Nicolai; Chalaris, Athena; Heneweer, Carola; Boretius, Susann; Purcz, Larissa; Nikkola, Lila; Ashammakhi, Nureddin; Kalthoff, Holger; Glüer, Claus Christian; Wiltfang, Jörg; Açil, Yahya; Tiwari, Sanjay.

julkaisussa: International Journal of Nanomedicine, Vuosikerta 11, 12.10.2016, s. 5311-5321.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent. / Kandavalli, Vinodh K.; Tran, Huy; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms, Vuosikerta 1859, Nro 10, 01.10.2016, s. 1281-1288.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identifying involvement of Lys251/Asp252 pair in electron transfer and associated proton transfer at the quinone reduction site of Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1. / Kuleta, Patryk; Sarewicz, Marcin; Postila, Pekka; Róg, Tomasz; Osyczka, Artur.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1857, Nro 10, 01.10.2016, s. 1661-1668.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Lipid membranes : Theory and simulations bridged to experiments. / Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 01.10.2016, s. 2251-2253.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficient preparation and analysis of membrane and membrane protein systems. / Javanainen, Matti; Martinez-Seara, Hector.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 10.2016, s. 2468-2482.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functionalized lipids and surfactants for specific applications. / Kepczynski, Mariusz; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 10, 10.2016, s. 2362-2379.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Controlling the motion of multiple objects on a Chladni plate. / Zhou, Quan; Sariola, Veikko; Latifi, Kourosh; Liimatainen, Ville.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 7, 12764, 09.09.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Current densities and total contact currents during forest clearing tasks under 400kV power lines. / Korpinen, Leena; Kuisti, Harri; Elovaara, Jarmo.

julkaisussa: Bioelectromagnetics, Vuosikerta 37, Nro 6, 01.09.2016, s. 423-428.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Distribution and dynamics of quinones in the lipid bilayer mimicking the inner membrane of mitochondria. / Kaurola, Petri; Sharma, Vivek; Vonk, Amanda; Vattulainen, Ilpo; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 9, 01.09.2016, s. 2116-2122.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Selenium : environmental significance, pollution, and biological treatment technologies. / Tan, Lea Chua; Nancharaiah, Yarlagadda V.; van Hullebusch, Eric D.; Lens, Piet N L.

julkaisussa: Biotechnology Advances, Vuosikerta 34, Nro 5, 01.09.2016, s. 886-907.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Against dataism and for data sharing of big biomedical and clinical data with research parasites. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias; Yli-Harja, Olli.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 7, Nro AUG, 154, 31.08.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The role of the K-channel and the active-site tyrosine in the catalytic mechanism of cytochrome c oxidase. / Sharma, Vivek; Wikström, Mårten.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1857, Nro 8, 08.2016, s. 1111-1115.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Abstract: Direction as a vibration loading parameter in osteogenic differentiation of adipose stem cells. / Halonen, Heidi; Kyllönen, Laura; Ihalainen, Teemu O.; Miettinen, Susanna; Hyttinen, Jari.

2016. Julkaisun esittämispaikka: Congress of the European Society of biomechanics ESB2016, Lyon, Ranska.

Tutkimustuotos: Konferenssiesitys, posteri tai abstrakti

Bioluminescence-based system for rapid detection of natural transformation. / Santala, Ville; Karp, Matti; Santala, Suvi.

julkaisussa: FEMS Microbiology Letters, Vuosikerta 363, Nro 13, fnw125, 01.07.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of particle size and dispersion status on cytotoxicity and genotoxicity of zinc oxide in human bronchial epithelial cells. / Roszak, Joanna; Catalán, Julia; Järventaus, Hilkka; Lindberg, Hanna K.; Suhonen, Satu; Vippola, Minnamari; Stepnik, Maciej; Norppa, Hannu.

julkaisussa: Mutation Research: Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis, Vuosikerta 805, 01.07.2016, s. 7-18.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Indocyanine Green-Loaded Liposomes for Light-Triggered Drug Release. / Lajunen, Tatu; Kontturi, Leena-Stiina; Viitala, Lauri; Manna, Moutusi; Cramariuc, Oana; Róg, Tomasz; Bunker, Alex; Laaksonen, Timo; Viitala, Tapani; Murtomäki, Lasse; Urtti, Arto.

julkaisussa: Molecular Pharmaceutics, Vuosikerta 13, Nro 6, 06.06.2016, s. 2095-2107.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Robust statistical approaches for RSS-based floor detection in indoor localization. / Razavi, Alireza; Valkama, Mikko; Lohan, Elena Simona.

julkaisussa: Sensors, Vuosikerta 16, Nro 6, 793, 01.06.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 9, 01.05.2016, s. 1346-1352.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The need for formally defining "modern medicine" by means of experimental design. / Emmert-Streib, Frank; Tuomisto, Lauri; Yli-Harja, Olli.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 7, Nro APR, 60, 20.04.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Human Adipose Stem Cells Differentiated on Braided Polylactide Scaffolds is a Potential Approach for Tendon Tissue Engineering. / Vuornos, Kaisa; Björninen, Miina; Talvitie, Elina; Paakinaho, Kaarlo; Kellomäki, Minna; Huhtala, Heini; Miettinen, Susanna; Seppänen-Kaijansinkko, Riitta; Haimi, Suvi.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 22, Nro 5-6, 01.03.2016, s. 513-523.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Texture descriptors ensembles enable image-based classification of maturation of human stem cell-derived retinal pigmented epithelium. / Nanni, Loris; Paci, Michelangelo; Dos Santos, Florentino Luciano Caetano; Skottman, Heli; Juuti-Uusitalo, Kati; Hyttinen, Jari.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 11, Nro 2, e0149399, 01.02.2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cell-based bioreporter assay coupled to HPLC micro-fractionation in the evaluation of antimicrobial properties of the basidiomycete fungus Pycnoporus cinnabarinus. / Järvinen, Päivi; Nybond, Susanna; Marcourt, Laurence; Ferreira Queiroz, Emerson; Wolfender, Jean Luc; Mettälä, Aila; Karp, Matti; Vuorela, Heikki; Vuorela, Pia; Hatakka, Annele; Tammela, Päivi.

julkaisussa: Pharmaceutical Biology, Vuosikerta 54, Nro 6, 21.01.2016, s. 1-8.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biological and Bioelectrochemical Recovery of Critical and Scarce Metals. / Nancharaiah, Y. V.; Mohan, S. Venkata; Lens, P. N L.

julkaisussa: Trends in Biotechnology, Vuosikerta 34, Nro 2, 2016, s. 137-155.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cholesterol oxidation products and their biological importance. / Kulig, Waldemar; Cwiklik, Lukasz; Jurkiewicz, Piotr; Rog, Tomasz; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Chemistry and Physics of Lipids, Vuosikerta 199, 2016, s. 144-160.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Improved properties for packaging materials by nanoscale surface modification and ALD barrier coating. / Lahti, Johanna; Lavonen, Juho; Lahtinen, Kimmo; Johansson, Petri; Seppänen, Tarja; Cameron, David C.

TAPPI International Conference on Nanotechnology for Renewable Materials 2016. Vuosikerta 2 TAPPI Press, 2016. s. 684-706.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Morphological Differentiation Towards Neuronal Phenotype of SH-SY5Y Neuroblastoma Cells by Estradiol, Retinoic Acid and Cholesterol. / Teppola, Heidi; Sarkanen, Jertta Riina; Jalonen, Tuula O.; Linne, Marja-Leena.

julkaisussa: Neurochemical Research, Vuosikerta 41, Nro 4, 2016, s. 731-747.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-Brownian diffusion in lipid membranes : Experiments and simulations. / Metzler, R.; Jeon, J. H.; Cherstvy, A. G.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 215, 2016, s. 173–185.

Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

Robustness of the process of nucleoid exclusion of protein aggregates in Escherichia coli. / Neeli-Venkata, Ramakanth; Martikainen, Antti; Gupta, Abhishekh; Goncalves, Nadia; Fonseca, Jose; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Journal of Bacteriology, Vuosikerta 198, Nro 6, 2016, s. 898-906.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Role of charged lipids in membrane structures : Insight given by simulations. / Pöyry, Sanja; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, 2016, s. 2322–2333.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Roll-to-roll application of photocatalytic TiO2 nanoparticles for printed functionality. / Saarinen, J. J.; Valtakari, D.; Bollström, R.; Stepien, M.; Haapanen, J.; Mäkelä, J. M.; Toivakka, M.

Advanced Manufacturing, Electronics and Microsystems: TechConnect Briefs 2016. Vuosikerta 4 TechConnect, 2016. s. 47-50.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The biophysical properties of ethanolamine plasmalogens revealed by atomistic molecular dynamics simulations. / Rog, Tomasz; Koivuniemi, Artturi.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1858, Nro 1, 2016, s. 97-103.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Effects of Pharmacological Compounds on Beat Rate Variations in Human Long QT-Syndrome Cardiomyocytes. / Kuusela, Jukka; Kim, Jiyeong; Räsänen, Esa; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: Stem Cell Reviews and Reports, Vuosikerta 12, Nro 6, 2016, s. 698–707.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Urinary thrombomodulin levels were significantly higher following occupational exposure to chemicals, in the presence of dipstick protein, but not in the presence of dipstick blood. / Ruddock, Mark W.; De Matos Simoes, Ricardo; O'Rourke, Declan; Duggan, Brian; Stevenson, Michael; O'Kane, Hugh F.; Curry, David; Abogunrin, Funso; Emmert-Streib, Frank; Reid, Cherith N.; Maxwell, Perry; Arthur, Ken; Mallon, Michael; Carson, Gail; Kennedy, Grace; Williamson, Kate E.

julkaisussa: Biology and Medicine, Vuosikerta 8, Nro 1, 1000260, 2016.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Validity of parameters in static linear testing of flexor tendon repair. / Linnanmäki, Lasse; Göransson, Harry; Havulinna, Jouni; Sippola, Petteri; Karjalainen, Teemu; Leppänen, Olli V.

julkaisussa: Journal of Biomechanics, Vuosikerta 49, Nro 13, 2016, s. 2785–2790.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Comparative View on Easy to Deploy non-Integrating Methods for Patient-Specific iPSC Production. / Manzini, Stefano; Viiri, Leena E.; Marttila, Suvi; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: Stem Cell Reviews and Reports, Vuosikerta 11, Nro 6, 01.12.2015, s. 900-908.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A new algorithm to improve assessment of cortical bone geometry in pQCT. / Cervinka, Tomas; Sievänen, Harri; Lala, Deena; Cheung, Angela M.; Giangregorio, Lora; Hyttinen, Jari.

julkaisussa: Bone, Vuosikerta 81, 01.12.2015, s. 721-730.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bone morphogenetic protein-2 induces donor-dependent osteogenic and adipogenic differentiation in human adipose stem cells. / Vanhatupa, Sari; Ojansivu, Miina; Autio, Reija; Juntunen, Miia; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Stem Cells Translational Medicine, Vuosikerta 4, Nro 12, 01.12.2015, s. 1391-1402.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

European Code against Cancer 4th Edition : Medical exposures, including hormone therapy, and cancer. / Friis, Søren; Kesminiene, Ausrele; Espina, Carolina; Auvinen, Anssi; Straif, Kurt; Schüz, Joachim.

julkaisussa: CANCER EPIDEMIOLOGY, Vuosikerta 39, 01.12.2015, s. S107-S119.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

European Code against Cancer 4th Edition : Ionising and non-ionising radiation and cancer. / McColl, Neil; Auvinen, Anssi; Kesminiene, Ausrele; Espina, Carolina; Erdmann, Friederike; de Vries, Esther; Greinert, Rüdiger; Harrison, John; Schüz, Joachim.

julkaisussa: CANCER EPIDEMIOLOGY, Vuosikerta 39, 01.12.2015, s. S93-S100.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

European Code against Cancer 4th Edition : Ultraviolet radiation and cancer. / Greinert, Rüdiger; de Vries, Esther; Erdmann, Friederike; Espina, Carolina; Auvinen, Anssi; Kesminiene, Ausrele; Schüz, Joachim.

julkaisussa: CANCER EPIDEMIOLOGY, Vuosikerta 39, 01.12.2015, s. S75-S83.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene expression analysis upon lncRNA DDSR1 knockdown in human fibroblasts. / Jia, Li; Sun, Zhonghe; Wu, Xiaolin; Misteli, Tom; Sharma, Vivek.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 6, 01.12.2015, s. 277-279.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Improving the Immunogenicity of the Mycobacterium bovis BCG Vaccine by Non-Genetic Bacterial Surface Decoration Using the Avidin-Biotin System. / Liao, Ting Yu Angela; Lau, Alice; Joseph, Sunil; Hytönen, Vesa; Hmama, Zakaria.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 12, e0145833, 01.12.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metabolic engineering of Acinetobacter baylyi ADP1 for removal of Clostridium butyricum growth inhibitors produced from lignocellulosic hydrolysates. / Kannisto, Matti S.; Mangayil, Rahul K.; Shrivastava-Bhattacharya, Ankita; Pletschke, Brett I.; Karp, Matti T.; Santala, Ville P.

julkaisussa: Biotechnology for Biofuels, Vuosikerta 8, Nro 1, 198, 01.12.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Tuning the Plasmonic Extinction Resonances of Hexagonal Arrays of Ag Nanoparticles. / Ravi, Aruna; Luthra, Antriksh; Teixeira, Fernando L.; Berger, Paul R.; Coe, James V.

julkaisussa: Plasmonics, Vuosikerta 10, Nro 6, 01.12.2015, s. 1505-1512.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Simultaneous nutrient removal and lipid production with Chlorella vulgaris on sterilized and non-sterilized anaerobically pretreated piggery wastewater. / Marjakangas, Jatta M.; Chen, Chun Yen; Lakaniemi, Aino Maija; Puhakka, Jaakko A.; Whang, Liang Ming; Chang, Jo Shu.

julkaisussa: Biochemical Engineering Journal, Vuosikerta 103, 05.11.2015, s. 177-184.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Molecular Taxonomy of Primary Prostate Cancer. / Abeshouse, Adam; Ahn, Jaeil; Akbani, Rehan; Ally, Adrian; Amin, Samirkumar; Andry, Christopher D.; Annala, Matti; Aprikian, Armen; Armenia, Joshua; Arora, Arshi; Auman, J. Todd; Balasundaram, Miruna; Balu, Saianand; Barbieri, Christopher E.; Bauer, Thomas; Benz, Christopher C.; Bergeron, Alain; Beroukhim, Rameen; Berrios, Mario; Bivol, Adrian; Bodenheimer, Tom; Boice, Lori; Bootwalla, Moiz S.; Borges Dos Reis, Rodolfo; Boutros, Paul C.; Bowen, Jay; Bowlby, Reanne; Boyd, Jeffrey; Bradley, Robert K.; Breggia, Anne; Brimo, Fadi; Bristow, Christopher A.; Brooks, Denise; Broom, Bradley M.; Bryce, Alan H.; Bubley, Glenn; Burks, Eric; Butterfield, Yaron S N; Button, Michael; Canes, David; Carlotti, Carlos G.; Carlsen, Rebecca; Carmel, Michel; Carroll, Peter R.; Carter, Scott L.; Cartun, Richard; Carver, Brett S.; Chan, June M.; Chang, Matthew T.; Chen, Yu; Cherniack, Andrew D.; Chevalier, Simone; Chin, Lynda; Cho, Juok; Chu, Andy; Chuah, Eric; Chudamani, Sudha; Cibulskis, Kristian; Ciriello, Giovanni; Clarke, Amanda; Cooperberg, Matthew R.; Corcoran, Niall M.; Costello, Anthony J.; Cowan, Janet; Crain, Daniel; Curley, Erin; David, Kerstin; Demchok, John A.; Demichelis, Francesca; Dhalla, Noreen; Dhir, Rajiv; Doueik, Alexandre; Drake, Bettina; Dvinge, Heidi; Dyakova, Natalya; Felau, Ina; Ferguson, Martin L.; Frazer, Scott; Freedland, Stephen; Fu, Yao; Gabriel, Stacey B.; Gao, Jianjiong; Gardner, Johanna; Gastier-Foster, Julie M.; Gehlenborg, Nils; Gerken, Mark; Gerstein, Mark B.; Getz, Gad; Godwin, Andrew K.; Gopalan, Anuradha; Graefen, Markus; Graim, Kiley; Gribbin, Thomas; Guin, Ranabir; Gupta, Manaswi; Hadjipanayis, Angela; Haider, Syed; Hamel, Lucie; Hayes, D. Neil; Heiman, David I.; Hess, Julian; Hoadley, Katherine A.; Holbrook, Andrea H.; Holt, Robert A.; Holway, Antonia; Hovens, Christopher M.; Hoyle, Alan P.; Huang, Mei; Hutter, Carolyn M.; Ittmann, Michael; Iype, Lisa; Jefferys, Stuart R.; Jones, Corbin D.; Jones, Steven J M; Juhl, Hartmut; Kahles, Andre; Kane, Christopher J.; Kasaian, Katayoon; Kerger, Michael; Khurana, Ekta; Kim, Jaegil; Klein, Robert J.; Kucherlapati, Raju; Lacombe, Louis; Ladanyi, Marc; Lai, Phillip H.; Laird, Peter W.; Lander, Eric S.; Latour, Mathieu; Lawrence, Michael S.; Lau, Kevin; Lebien, Tucker; Lee, Darlene; Lee, Semin; Lehmann, Kjong Van; Leraas, Kristen M.; Leshchiner, Ignaty; Leung, Robert; Libertino, John A.; Lichtenberg, Tara M.; Lin, Pei; Linehan, W. Marston; Ling, Shiyun; Lippman, Scott M.; Liu, Jia; Liu, Wenbin; Lochovsky, Lucas; Loda, Massimo; Logothetis, Christopher; Lolla, Laxmi; Longacre, Teri; Lu, Yiling; Luo, Jianhua; Ma, Yussanne; Mahadeshwar, Harshad S.; Mallery, David; Mariamidze, Armaz; Marra, Marco A.; Mayo, Michael; McCall, Shannon; McKercher, Ginette; Meng, Shaowu; Mes-Masson, Anne Marie; Merino, Maria J.; Meyerson, Matthew; Mieczkowski, Piotr A.; Mills, Gordon B.; Shaw, Kenna R Mills; Minner, Sarah; Moinzadeh, Alireza; Moore, Richard A.; Morris, Scott; Morrison, Carl; Mose, Lisle E.; Mungall, Andrew J.; Murray, Bradley A.; Myers, Jerome B.; Naresh, Rashi; Nelson, Joel; Nelson, Mark A.; Nelson, Peter S.; Newton, Yulia; Noble, Michael S.; Noushmehr, Houtan; Nykter, Matti; Pantazi, Angeliki; Parfenov, Michael; Park, Peter J.; Parker, Joel S.; Paulauskis, Joseph; Penny, Robert; Perou, Charles M.; Piché, Alain; Pihl, Todd; Pinto, Peter A.; Prandi, Davide; Protopopov, Alexei; Ramirez, Nilsa C.; Rao, Arvind; Rathmell, W. Kimryn; Rätsch, Gunnar; Ren, Xiaojia; Reuter, Victor E.; Reynolds, Sheila M.; Rhie, Suhn K.; Rieger-Christ, Kimberly; Roach, Jeffrey; Robertson, A. Gordon; Robinson, Brian; Rubin, Mark A.; Saad, Fred; Sadeghi, Sara; Saksena, Gordon; Saller, Charles; Salner, Andrew; Sanchez-Vega, Francisco; Sander, Chris; Sandusky, George; Sauter, Guido; Sboner, Andrea; Scardino, Peter T.; Scarlata, Eleonora; Schein, Jacqueline E.; Schlomm, Thorsten; Schmidt, Laura S.; Schultz, Nikolaus; Schumacher, Steven E.; Seidman, Jonathan; Neder, Luciano; Seth, Sahil; Sharp, Alexis; Shelton, Candace; Shelton, Troy; Shen, Hui; Shen, Ronglai; Sherman, Mark; Sheth, Margi; Shi, Yan; Shih, Juliann; Shmulevich, Ilya; Simko, Jeffry; Simon, Ronald; Simons, Janae V.; Sipahimalani, Payal; Skelly, Tara; Sofia, Heidi J.; Soloway, Matthew G.; Song, Xingzhi; Sorcini, Andrea; Sougnez, Carrie; Stepa, Serghei; Stewart, Chip; Stewart, John; Stuart, Joshua M.; Sullivan, Travis B.; Sun, Charlie; Sun, Huandong; Tam, Angela; Tan, Donghui; Tang, Jiabin; Tarnuzzer, Roy; Tarvin, Katherine; Taylor, Barry S.; Teebagy, Patrick; Tenggara, Imelda; Têtu, Bernard; Tewari, Ashutosh; Thiessen, Nina; Thompson, Timothy; Thorne, Leigh B.; Tirapelli, Daniela P.; Tomlins, Scott A.; Trevisan, Felipe Amstalden; Troncoso, Patricia; True, Lawrence D.; Tsourlakis, Maria Christina; Tyekucheva, Svitlana; Van Allen, Eliezer; Van Den Berg, David J.; Veluvolu, Umadevi; Verhaak, Roel; Vocke, Cathy D.; Voet, Doug; Wan, Yunhu; Wang, Qingguo; Wang, Wenyi; Wang, Zhining; Weinhold, Nils; Weinstein, John N.; Weisenberger, Daniel J.; Wilkerson, Matthew D.; Wise, Lisa; Witte, John; Wu, Chia Chin; Wu, Junyuan; Wu, Ye; Xu, Andrew W.; Yadav, Shalini S.; Yang, Liming; Yang, Lixing; Yau, Christina; Ye, Huihui; Yena, Peggy; Zeng, Thomas; Zenklusen, Jean C.; Zhang, Hailei; Zhang, Jianhua; Zhang, Jiashan; Zhang, Wei; Zhong, Yi; Zhu, Kelsey; Zmuda, Erik.

julkaisussa: Cell, Vuosikerta 163, Nro 4, 05.11.2015, s. 1011-1025.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A BRCA1-interacting lncRNA regulates homologous recombination. / Sharma, Vivek; Khurana, Simran; Kubben, Nard; Abdelmohsen, Kotb; Oberdoerffer, Philipp; Gorospe, Myriam; Misteli, Tom.

julkaisussa: EMBO REPORTS, Vuosikerta 16, Nro 11, 01.11.2015, s. 1520-1534.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparison of different cationized proteins as biomaterials for nanoparticle-based ocular gene delivery. / Zorzi, Giovanni K.; Párraga, Jenny E.; Seijo, Begoña; Sanchez, Alejandro.

julkaisussa: Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, Vuosikerta 135, 01.11.2015, s. 533-541.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Submolecular Plasticization Induced by Photons in Azobenzene Materials. / Vapaavuori, Jaana; Laventure, Audrey; Bazuin, C. Geraldine; Lebel, Olivier; Pellerin, Christian.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 137, Nro 42, 28.10.2015, s. 13510-13517.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cancer incidence and mortality in patients treated either with RAI or thyroidectomy for hyperthyroidism. / Ryödi, Essi; Metso, Saara; Jaatinen, Pia; Huhtala, Heini; Saaristo, Rauni; Välimäki, Matti; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, Vuosikerta 100, Nro 10, 01.10.2015, s. 3710-3717.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of single and fractionated irradiation on natural killer cell populations : Radiobiological characteristics of viability and cytotoxicity in vitro. / Hietanen, Tenho; Pitkänen, Maunu; Kapanen, Mika; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 35, Nro 10, 01.10.2015, s. 5193-5200.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

ESD qualification data used as the basis for building electrostatic discharge protected areas. / Tamminen, Pasi; Viheriäkoski, Toni; Sydänheimo, Lauri; Ukkonen, Leena.

julkaisussa: Journal of Electrostatics, Vuosikerta 77, 3024, 01.10.2015, s. 174-181.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multiple novel prostate cancer susceptibility signals identified by fine-mapping of known risk loci among Europeans. / Al Olama, Ali Amin; Dadaev, Tokhir; Hazelett, Dennis J.; Li, Qiuyan; Leongamornlert, Daniel; Saunders, Edward J.; Stephens, Sarah; Cieza-Borrella, Clara; Whitmore, Ian; Garcia, Sara Benlloch; Giles, Graham G.; Southey, Melissa C.; Fitzgerald, Liesel; Gronberg, Henrik; Wiklund, Fredrik; Aly, Markus; Henderson, Brian E.; Schumacher, Fredrick; Haiman, Christopher A.; Schleutker, Johanna; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo L.; Nordestgaard, Børge G.; Key, Tim J.; Travis, Ruth C.; Neal, David E.; Donovan, Jenny L.; Hamdy, Freddie C.; Pharoah, Paul; Pashayan, Nora; Khaw, Kay Tee; Stanford, Janet L.; Thibodeau, Stephen N.; Mcdonnell, Shannon K.; Schaid, Daniel J.; Maier, Christiane; Vogel, Walther; Luedeke, Manuel; Herkommer, Kathleen; Kibel, Adam S.; Cybulski, Cezary; Wokolorczyk, Dominika; Kluzniak, Wojciech; Cannon-Albright, Lisa; Brenner, Hermann; Butterbach, Katja; Arndt, Volker; Park, Jong Y.; Sellers, Thomas; Lin, Hui Yi; Slavov, Chavdar; Kaneva, Radka; Mitev, Vanio; Batra, Jyotsna; Clements, Judith A.; Spurdle, Amanda; Teixeira, Manuel R.; Paulo, Paula; Maia, Sofia; Pandha, Hardev; Michael, Agnieszka; Kierzek, Andrzej; Govindasami, Koveela; Guy, Michelle; Lophatonanon, Artitaya; Muir, Kenneth; Viñuela, Ana; Brown, Andrew A.; Freedman, Mathew; Conti, David V.; Easton, Douglas; Coetzee, Gerhard A.; Eeles, Rosalind A.; Kote-Jarai, Zsofia.

julkaisussa: HUMAN MOLECULAR GENETICS, Vuosikerta 24, Nro 19, ddv203, 01.10.2015, s. 5589-5602.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Transcriptome sequencing reveals PCAT5 as a Novel ERG-Regulated long Noncoding RNA in prostate cancer. / Ylipää, Antti; Kivinummi, Kati; Kohvakka, Annika; Annala, Matti; Latonen, Leena; Scaravilli, Mauro; Kartasalo, Kimmo; Leppänen, Simo Pekka; Karakurt, Serdar; Seppäla, Janne; Yli-Harja, Olli; Tammela, Teuvo L J; Zhang, Wei; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti.

julkaisussa: Cancer Research, Vuosikerta 75, Nro 19, 01.10.2015, s. 4026-4031.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Atomic-level characterization of transport cycle thermodynamics in the glycerol-3-phosphate : Phosphate antiporter. / Moradi, Mahmoud; Enkavi, Giray; Tajkhorshid, Emad.

julkaisussa: Nature Communications, Vuosikerta 6, 8393, 29.09.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Reducing overdiagnosis by polygenic risk-stratified screening : Findings from the Finnish section of the ERSPC. / Pashayan, Nora; Pharoah, Paul D P; Schleutker, Johanna; Talala, Kirsi; Tammela, Teuvo L J; Määttänen, Liisa; Harrington, Patricia; Tyrer, Jonathan; Eeles, Rosalind; Duffy, Stephen W.; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: British Journal of Cancer, Vuosikerta 113, Nro 7, 29.09.2015, s. 1086-1093.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Intraprostatic inflammation is positively associated with serum PSA in men with PSA <4 ngml-1, normal DRE and negative for prostate cancer. / Umbehr, M. H.; Gurel, B.; Murtola, T. J.; Sutcliffe, S.; Peskoe, S. B.; Tangen, C. M.; Goodman, P. J.; Thompson, I. M.; Lippman, S. M.; Lucia, M. S.; Parnes, H. L.; Drake, C. G.; Nelson, W. G.; De Marzo, A. M.; Platz, E. A.

julkaisussa: PROSTATE CANCER AND PROSTATIC DISEASES, Vuosikerta 18, Nro 3, 14.09.2015, s. 264-269.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of anode potentials on bioelectrogenic conversion of xylose and microbial community compositions. / Kokko, Marika E.; Mäkinen, Annukka E.; Sulonen, Mira L K; Puhakka, Jaakko A.

julkaisussa: Biochemical Engineering Journal, Vuosikerta 101, 05.09.2015, s. 248-252.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Is Daylight-PDT a good treatment option during solar eclipse? / Vicentini, C.; Tylcz, J. B.; Betrouni, N.; Mortier, L.; Mordon, S.

julkaisussa: PHOTODIAGNOSIS AND PHOTODYNAMIC THERAPY, Vuosikerta 12, Nro 3, 01.09.2015, s. 376-377.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sotalol, but not digoxin is associated with decreased prostate cancer risk : A population-based case-control study. / Kaapu, Kalle J.; Ahti, Janne; Tammela, Teuvo L J; Auvinen, Anssi; Murtola, Teemu J.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 137, Nro 5, 01.09.2015, s. 1187-1195.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Surface Modified Biodegradable Electrospun Membranes as a Carrier for Human Embryonic Stem Cell-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells. / Sorkio, Anni; Porter, Patrick J.; Juuti-Uusitalo, Kati; Meenan, Brian J.; Skottman, Heli; Burke, George A.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 21, Nro 17-18, 01.09.2015, s. 2301-2314.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel analysis software for detecting and classifying Ca2+ transient abnormalities in stem cell-derived cardiomyocytes. / Penttinen, Kirsi; Siirtola, Harri; Àvalos-Salguero, Jorge; Vainio, Tiina; Juhola, Martti; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 8, e0135806, 26.08.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Construction of therapeutically relevant human prostate epithelial fate map by utilising miRNA and mRNA microarray expression data. / Rane, Jayant K.; Ylipää, Antti; Adamson, Rachel; Mann, Vincent M.; Simms, Matthew S.; Collins, Anne T.; Visakorpi, Tapio; Nykter, Matti; Maitland, Norman J.

julkaisussa: British Journal of Cancer, Vuosikerta 113, Nro 4, 11.08.2015, s. 611-615.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Human breast cancer cells educate macrophages toward the M2 activation status. / Sousa, Sofia; Brion, Régis; Lintunen, Minnamaija; Kronqvist, Pauliina; Sandholm, Jouko; Mönkkönen, Jukka; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Lauttia, Susanna; Tynninen, Olli; Joensuu, Heikki; Heymann, Dominique; Määttä, Jorma A.

julkaisussa: BREAST CANCER RESEARCH, Vuosikerta 17, Nro 1, 101, 05.08.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

His-tagged norovirus-like particles : A versatile platform for cellular delivery and surface display. / Koho, Tiia; Ihalainen, Teemu O.; Stark, Marie; Uusi-Kerttula, Hanni; Wieneke, Ralph; Rahikainen, Rolle; Blazevic, Vesna; Marjomäki, Varpu; Tampé, Robert; Kulomaa, Markku S.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics, Vuosikerta 96, 21.07.2015, s. 22-31.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Kinetics of the cellular intake of a gene expression inducer at high concentrations. / Tran, Huy; Oliveira, Samuel M.D. Dias; Goncalves, Nadia; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Molecular Biosystems, Vuosikerta 11, Nro 9, 20.07.2015, s. 2579-2587.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

In-vivo deformation measurements of the human heart by 3D Digital Image Correlation. / Hokka, Mikko; Mirow, Nikolas; Nagel, Horst; Irqsusi, Marc; Vogt, Sebastian; Kuokkala, Veli Tapani.

julkaisussa: Journal of Biomechanics, Vuosikerta 48, Nro 10, 16.07.2015, s. 2217-2220.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioactive glass ions as strong enhancers of osteogenic differentiation in human adipose stem cells. / Ojansivu, Miina; Vanhatupa, Sari; Björkvik, Leena; Häkkänen, Heikki; Kellomäki, Minna; Autio, Reija; Ihalainen, Janne A.; Hupa, Leena; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 21, 15.07.2015, s. 190-203.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biogenesis of Nascent High Density Lipoprotein Particles. / Koivuniemi, Artturi; Vattulainen, Ilpo.

julkaisussa: Structure, Vuosikerta 23, Nro 7, 3212, 09.07.2015, s. 1153-1154.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Lipid production by eukaryotic microorganisms isolated from palm oil mill effluent. / Marjakangas, Jatta M.; Lakaniemi, Aino Maija; Koskinen, Perttu E. P.; Chang, Jo Shu; Puhakka, Jaakko A.

julkaisussa: Biochemical Engineering Journal, Vuosikerta 99, 05.07.2015, s. 48-54.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

μCT based assessment of mechanical deformation of designed PTMC scaffolds. / Narra, Nathaniel; Blanquer, Sebastien B G; Haimi, Suvi P.; Grijpma, Dirk W.; Hyttinen, Jari.

julkaisussa: Clinical Hemorheology and Microcirculation, Vuosikerta 60, Nro 1, 02.07.2015, s. 99-108.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data. / Rodrigues, Paulo C.; Monteiro, Andreia; Lourenço, Vanda M.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 32, Nro 1, 01.07.2015, s. 58-66.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bioluminescent whole-cell reporter gene assays as screening tools in the identification of antimicrobial natural product extracts. / Nybond, Susanna; Karp, Matti; Yrjönen, Teijo; Tammela, Päivi.

julkaisussa: Journal of Microbiological Methods, Vuosikerta 114, 01.07.2015, s. 54-56.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cholesterol under oxidative stress : How lipid membranes sense oxidation as cholesterol is being replaced by oxysterols. / Kulig, Waldemar; Olzyńska, Agnieszka; Jurkiewicz, Piotr; Kantola, Anu M.; Komulainen, Sanna; Manna, Moutusi; Pourmousa, Mohsen; Vazdar, Mario; Cwiklik, Lukasz; Rog, Tomasz; Khelashvili, George; Harries, Daniel; Telkki, Ville Veikko; Hof, Martin; Vattulainen, Ilpo; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: Free Radical Biology and Medicine, Vuosikerta 84, 01.07.2015, s. 30-41.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of remedies made in patient setup process on residual setup errors and margins in head and neck cancer radiotherapy based on 2D image guidance. / Kapanen, Mika; Laaksomaa, Marko; Tulijoki, Tapio; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Hyödynmaa, Simo.

julkaisussa: Reports of Practical Oncology and Radiotherapy, Vuosikerta 20, Nro 4, 01.07.2015, s. 292-298.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Single-cell kinetics of a repressilator when implemented in a single-copy plasmid. / Oliveira, Samuel M. D.; Chandraseelan, Jerome G.; Häkkinen, Antti; Goncalves, Nadia S. M.; Yli-Harja, Olli; Startceva, Sofia; S. Ribeiro, Andre.

julkaisussa: Molecular Biosystems, Vuosikerta 11, Nro 7, 01.07.2015, s. 1939-1945.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The influence of SrO and CaO in silicate and phosphate bioactive glasses on human gingival fibroblasts. / Massera, J.; Kokkari, A.; Närhi, T.; Hupa, L.

julkaisussa: Journal of Materials Science: Materials in Medicine, Vuosikerta 26, Nro 6, 196, 25.06.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dynamics of the peripheral membrane protein P2 from human myelin measured by neutron scattering : A Comparison between wild-type protein and a hinge mutant. / Laulumaa, Saara; Nieminen, Tuomo; Lehtimäki, Mari; Aggarwal, Shweta; Simons, Mikael; Koza, Michael M.; Vattulainen, Ilpo; Kursula, Petri; Natali, Francesca.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 6, e128954, 11.06.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A genome-wide expression quantitative trait loci analysis of proprotein convertase subtilisin/kexin enzymes identifies a novel regulatory gene variant for FURIN expression and blood pressure. / Turpeinen, Hannu; Seppälä, Ilkka; Lyytikäinen, Leo Pekka; Raitoharju, Emma; Hutri-Kähönen, Nina; Levula, Mari; Oksala, Niku; Waldenberger, Melanie; Klopp, Norman; Illig, Thomas; Mononen, Nina; Laaksonen, Reijo; Raitakari, Olli; Kähönen, Mika; Lehtimäki, Terho; Pesu, Marko.

julkaisussa: HUMAN GENETICS, Vuosikerta 134, Nro 6, 01.06.2015, s. 627-636.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Apolipoprotein A-I mimetic peptide 4F blocks sphingomyelinase-induced LDL aggregation. / Nguyen, Su Duy; Javanainen, Matti; Rissanen, Sami; Zhao, Hongxia; Huusko, Jenni; Kivelä, Annukka M.; Ylä-Herttuala, Seppo; Navab, Mohamad; Fogelman, Alan M.; Vattulainen, Ilpo; Kovanen, Petri T.; Öörni, Katariina.

julkaisussa: Journal of Lipid Research, Vuosikerta 56, Nro 6, 01.06.2015, s. 1206-1221.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

MIR-25 modulates invasivenessand dissemination of human prostate cancer cells via regulation of αv-and α6-integrin expression. / Zoni, E.; Van Der Horst, G.; Van De Merbel, A. F.; Chen, L.; Rane, J. K.; Pelger, R. C M; Collins, A. T.; Visakorpi, T.; Snaar-Jagalska, B. E.; Maitland, N. J.; Van Der Pluijm, G.

julkaisussa: Cancer Research, Vuosikerta 75, Nro 11, 01.06.2015, s. 2326-2336.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural analysis of treatment cycles representing transitions between nursing organizational units inferred from diabetes. / Dehmer, Matthias; Kurt, Zeyneb; Emmert-Streib, Frank; Them, Christa; Schulc, Eva; Hofer, Sabine.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 6, e0127152, 01.06.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks. / Olsen, Catharina; Fleming, Kathleen; Prendergast, Niall; Rubio, Renee; Emmert-Streib, Frank; Bontempi, Gianluca; Quackenbush, John; Haibe-Kains, Benjamin.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 4, 01.06.2015, s. 123-126.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Survival benefit of early androgen receptor inhibitor therapy in locally advanced prostate cancer : Long-term follow-up of the SPCG-6 study. / Thomsen, Frederik B.; Brasso, Klaus; Christensen, Ib J.; Johansson, Jan Erik; Angelsen, Anders; Tammela, Teuvo L J; Iversen, Peter.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Vuosikerta 51, Nro 10, 30.05.2015, s. 1283-1292.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

MiRNA profiles in lymphoblastoid cell lines of finnish prostate cancer families. / Fischer, Daniel; Wahlfors, Tiina; Mattila, Henna; Oja, Hannu; Tammela, Teuvo L J; Schleutker, Johanna.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 5, e0127427, 28.05.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Fine-mapping the 2q37 and 17q11.2-q22 loci for novel genes and sequence variants associated with a genetic predisposition to prostate cancer. / Laitinen, Virpi H.; Rantapero, Tommi; Fischer, Daniel; Vuorinen, Elisa M.; Tammela, Teuvo L J; Wahlfors, Tiina; Schleutker, Johanna.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 136, Nro 10, 15.05.2015, s. 2316-2327.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The Finnish prostate cancer screening trial : Analyses on the screening failures. / Kilpeläinen, Tuomas P.; Tammela, Teuvo L J; Malila, Nea; Hakama, Matti; Santti, Henrikki; Määttänen, Liisa; Stenman, U. H.; Kujala, Paula; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 136, Nro 10, 15.05.2015, s. 2437-2443.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Urothelial cancer gene regulatory networks inferred from large-scale RNAseq, Bead and Oligo gene expression data. / Matos Simoes, Ricardo de; Dalleau, Sabine; Williamson, Kate E.; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Systems Biology, Vuosikerta 9, 21, 14.05.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Antiarrhythmic effects of dantrolene in patients with catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia and replication of the responses using iPSC models. / Penttinen, Kirsi; Swan, Heikki; Vanninen, Sari; Paavola, Jere; Lahtinen, Annukka M.; Kontula, Kimmo; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 5, e0125366, 01.05.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biomimetic collagen I and IV double layer Langmuir-Schaefer films asmicroenvironment for human pluripotent stem cell derived retinal pigment epithelial cells. / Sorkio, Anni E.; Vuorimaa-Laukkanen, Elina P.; Hakola, Hanna M.; Liang, Huamin; Ujula, Tiina A.; Valle-Delgado, Juan José; Österberg, Monika; Yliperttula, Marjo L.; Skottman, Heli.

julkaisussa: Biomaterials, Vuosikerta 51, 01.05.2015, s. 257-269.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Family history in the finnish prostate cancer screening trial. / Saarimäki, Lasse; Tammela, Teuvo L.; Määttänen, Liisa; Taari, Kimmo; Kujala, Paula M.; Raitanen, Jani; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 136, Nro 9, 01.05.2015, s. 2172-2177.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Microarray analysis of differentially expressed genes in ovarian and fallopian tube epithelium from risk-reducing salpingo-oophorectomies. / Veskimäe, Kristina; Staff, Synnöve; Tabaro, Francesco; Nykter, Matti; Isola, Jorma; Mäenpää, Johanna.

julkaisussa: Genes Chromosomes and Cancer, Vuosikerta 54, Nro 5, 01.05.2015, s. 276-287.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Podocyte apoptosis is prevented by blocking the Toll-like receptor pathway. / Saurus, P.; Kuusela, S.; Lehtonen, E.; Hyvönen, M. E.; Ristola, M.; Fogarty, C. L.; Tienari, J.; Lassenius, M. I.; Forsblom, C.; Lehto, M.; Saleem, M. A.; Groop, P. H.; Holthöfer, H.; Lehtonen, S.

julkaisussa: CELL DEATH AND DISEASE, Vuosikerta 6, Nro 5, e1752, 01.05.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sec14-nodulin proteins and the patterning of phosphoinositide landmarks for developmental control of membrane morphogenesis. / Ghosh, Ratna; De Campos, Marília K F; Huang, Jin; Huh, Seong K.; Orlowski, Adam; Yang, Yuan; Tripathi, Ashutosh; Nile, Aaron; Lee, Hsin-Chieh; Dynowski, Marek; Schäfer, Helen; Róg, Tomasz; Lete, Marta G.; Ahyayauch, Hasna; Alonso, Alicia; Vattulainen, Ilpo; Igumenova, Tatyana I.; Schaaf, Gabriel; Bankaitis, Vytas A.

julkaisussa: Molecular Biology of the Cell, Vuosikerta 26, Nro 9, 01.05.2015, s. 1764-1781.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Transbilayer lipid interactions mediate nanoclustering of lipid-anchored proteins. / Raghupathy, Riya; Anilkumar, Anupama Ambika; Polley, Anirban; Singh, Parvinder Pal; Yadav, Mahipal; Johnson, Charles; Suryawanshi, Sharad; Saikam, Varma; Sawant, Sanghapal D.; Panda, Aniruddha; Guo, Zhongwu; Vishwakarma, Ram A.; Rao, Madan; Mayor, Satyajit.

julkaisussa: Cell, Vuosikerta 161, Nro 3, 23.04.2015, s. 581-594.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Role of subunit III and its lipids in the molecular mechanism of cytochrome c oxidase. / Sharma, Vivek; Ala-Vannesluoma, Pauliina; Vattulainen, Ilpo; Wikström, Mårten; Róg, Tomasz.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics, Vuosikerta 1847, Nro 8, 17.04.2015, s. 690-697.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

European code against cancer 4th edition : 12 ways to reduce your cancer risk. / Schüz, Joachim; Espina, Carolina; Villain, Patricia; Herrero, Rolando; Leon, Maria E.; Minozzi, Silvia; Romieu, Isabelle; Segnan, Nereo; Wardle, Jane; Wiseman, Martin; Belardelli, Filippo; Bettcher, Douglas; Cavalli, Franco; Galea, Gauden; Lenoir, Gilbert; Martin-Moreno, Jose M.; Nicula, Florian Alexandru; Olsen, Jørgen H.; Patnick, Julietta; Primic-Zakelj, Maja; Puska, Pekka; Van Leeuwen, Flora E.; Wiestler, Otmar; Zatonski, Witold; Guha, Neela; Kralikova, Eva; McNeill, Anne; Peruga, Armando; Anderson, Annie; Berrino, Franco; Boutron-Ruault, Marie Christine; Cecchini, Michele; Key, Tim J.; Leitzmann, Michael; Norat, Teresa; Powers, Hilary J.; Scoccianti, Chiara; Auvinen, Anssi; de Vries, Esther; Erdmann, Friederike; Greinert, Rüdiger; Harrison, John; Kesminiene, Ausrele; McColl, Neil; Friis, Søen; Kogevinas, Manolis; Saracci, Rodolfo; Straif, Kurt; Vainio, Harri; Almonte, Maribel; Anttila, Ahti; De Vuyst, Hugo; Dillner, Joakim; Franceschi, Silvia; Gonzalez, Paula; Hall, Andrew; Park, Jin Young; Armaroli, Paola; Atkin, Wendy; Dean, Peter B.; de Koning, Harry; Dillner, Lena; Kuipers, Ernst; Lansdorp-Vogelaar, Iris; Paci, Eugenio; Regula, Jaroslaw; Suonio, Eero; Törnberg, Sven; Wood, Lynn Faulds; Gaudin, Nicolas; Frie, Kirstin Grosse; Terrasse, Veronique; Winstanley, Kelly; Bellisario, Cristina; Biagioli, Elena; Cinquini, Michela; Gianola, Silvia; Lorenzo, Marien Gonzalez; von Karsa, Lawrence; Lignini, Tracy.

julkaisussa: CANCER EPIDEMIOLOGY, Vuosikerta 39, 09.04.2015, s. S1-S10.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Bayesian approach for suppression of limited angular sampling artifacts in single particle 3D reconstruction. / Moriya, Toshio; Acar, Erman; Cheng, R. Holland; Ruotsalainen, Ulla.

julkaisussa: Journal of Structural Biology, Vuosikerta 191, Nro 3, 03.04.2015, s. 318–331.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Early effects of adjuvant breast cancer radiotherapy on right ventricular systolic and diastolic function. / Tuohinen, Suvi Sirkku; Skyttä, Tanja; Virtanen, Vesa; Luukkaala, Tiina; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Raatikainen, Pekka.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 35, Nro 4, 01.04.2015, s. 2141-2147.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Low-dose ionising radiation and cardiovascular diseases - Strategies for molecular epidemiological studies in Europe. / Kreuzer, Michaela; Auvinen, Anssi; Cardis, Elisabeth; Hall, Janet; Jourdain, Jean Rene; Laurier, Dominique; Little, Mark P.; Peters, Annette; Raj, Ken; Russell, Nicola S.; Tapio, Soile; Zhang, Wei; Gomolka, Maria.

julkaisussa: MUTATION RESEARCH: REVIEWS IN MUTATION RESEARCH, Vuosikerta 764, 01.04.2015, s. 90-100.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

O-glycan repertoires on a mucin-type reporter protein expressed in CHO cell pools transiently transfected with O-glycan core enzyme cDNAs. / Liu, Jining; Jin, Chunsheng; Cherian, Reeja Maria; Karlsson, Niclas G.; Holgersson, Jan.

julkaisussa: Journal of Biotechnology, Vuosikerta 199, 01.04.2015, s. 77-89.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Ageing-associated changes in the human DNA methylome : Genomic locations and effects on gene expression. / Marttila, Saara; Kananen, Laura; Häyrynen, Sergei; Jylhävä, Juulia; Nevalainen, Tapio; Hervonen, Antti; Jylhä, Marja; Nykter, Matti; Hurme, Mikko.

julkaisussa: BMC Genomics, Vuosikerta 16, Nro 1, 179, 14.03.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multi-stable dynamics of the non-adiabatic repressilator. / Potapov, Ilya; Zhurov, Boris; Volkov, Evgeny.

julkaisussa: Journal of the Royal Society. Interface, Vuosikerta 12, Nro 104, 20141315, 06.03.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Light emitting fabric technologies for photodynamic therapy. / Mordon, Serge; Cochrane, Cédric; Tylcz, Jean Baptiste; Betrouni, Nacim; Mortier, Laurent; Koncar, Vladan.

julkaisussa: PHOTODIAGNOSIS AND PHOTODYNAMIC THERAPY, Vuosikerta 12, Nro 1, 01.03.2015, s. 1-8.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The concurrent use of aromatase inhibitors and radiotherapy induces echocardiographic changes in patients with breast cancer. / Skyttä, Tanja; Tuohinen, Suvi; Virtanen, Vesa; Raatikainen, Pekka; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 35, Nro 3, 01.03.2015, s. 1559-1566.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Thermal transport characteristics of human skin measured in vivo using ultrathin conformal arrays of thermal sensors and actuators. / Webb, R. Chad; Pielak, Rafal M.; Bastien, Philippe; Ayers, Joshua; Niittynen, Juha; Kurniawan, Jonas; Manco, Megan; Lin, Athena; Cho, Nam Heon; Malyrchuk, Viktor; Balooch, Guive; Rogers, John A.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 10, Nro 2, e0118131, 06.02.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Integrated in vitro-in silico screening strategy for the discovery of antibacterial compounds. / Nybond, Susanna; Ghemtio, Leo; Nawrot, Dorota A.; Karp, Matti; Xhaard, Henri; Tammela, Päivi.

julkaisussa: Assay and Drug Development Technologies, Vuosikerta 13, Nro 1, 01.02.2015, s. 25-33.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

VEGFR3 and CD31 as prognostic factors in renal cell cancer. / Virman, Juha Pekka; Bono, Petri; Luukkaala, Tiina; Sunela, Kaisa; Kujala, Paula; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 35, Nro 2, 01.02.2015, s. 921-927.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

UniProt : A hub for protein information. / Bateman, Alex; Martin, Maria Jesus; O'Donovan, Claire; Magrane, Michele; Apweiler, Rolf; Alpi, Emanuele; Antunes, Ricardo; Arganiska, Joanna; Bely, Benoit; Bingley, Mark; Bonilla, Carlos; Britto, Ramona; Bursteinas, Borisas; Chavali, Gayatri; Cibrian-Uhalte, Elena; Da Silva, Alan; De Giorgi, Maurizio; Dogan, Tunca; Fazzini, Francesco; Gane, Paul; Castro, Leyla Garcia; Garmiri, Penelope; Hatton-Ellis, Emma; Hieta, Reija; Huntley, Rachael; Legge, Duncan; Liu, Wudong; Luo, Jie; Macdougall, Alistair; Mutowo, Prudence; Nightingale, Andrew; Orchard, Sandra; Pichler, Klemens; Poggioli, Diego; Pundir, Sangya; Pureza, Luis; Qi, Guoying; Rosanoff, Steven; Saidi, Rabie; Sawford, Tony; Shypitsyna, Aleksandra; Turner, Edward; Volynkin, Vladimir; Wardell, Tony; Watkins, Xavier; Zellner, Hermann; Cowley, Andrew; Figueira, Luis; Li, Weizhong; McWilliam, Hamish; Lopez, Rodrigo; Xenarios, Ioannis; Bougueleret, Lydie; Bridge, Alan; Poux, Sylvain; Redaschi, Nicole; Aimo, Lucila; Argoud-Puy, Ghislaine; Auchincloss, Andrea; Axelsen, Kristian; Bansal, Parit; Baratin, Delphine; Blatter, Marie Claude; Boeckmann, Brigitte; Bolleman, Jerven; Boutet, Emmanuel; Breuza, Lionel; Casal-Casas, Cristina; De Castro, Edouard; Coudert, Elisabeth; Cuche, Beatrice; Doche, Mikael; Dornevil, Dolnide; Duvaud, Severine; Estreicher, Anne; Famiglietti, Livia; Feuermann, Marc; Gasteiger, Elisabeth; Gehant, Sebastien; Gerritsen, Vivienne; Gos, Arnaud; Gruaz-Gumowski, Nadine; Hinz, Ursula; Hulo, Chantal; Jungo, Florence; Keller, Guillaume; Lara, Vicente; Lemercier, Philippe; Lieberherr, Damien; Lombardot, Thierry; Martin, Xavier; Masson, Patrick; Morgat, Anne; Neto, Teresa; Nouspikel, Nevila; Paesano, Salvo; Pedruzzi, Ivo; Pilbout, Sandrine; Pozzato, Monica; Pruess, Manuela; Rivoire, Catherine; Roechert, Bernd; Schneider, Michel; Sigrist, Christian; Sonesson, Karin; Staehli, Sylvie; Stutz, Andre; Sundaram, Shyamala; Tognolli, Michael; Verbregue, Laure; Veuthey, Anne Lise; Wu, Cathy H.; Arighi, Cecilia N.; Arminski, Leslie; Chen, Chuming; Chen, Yongxing; Garavelli, John S.; Huang, Hongzhan; Laiho, Kati; McGarvey, Peter; Natale, Darren A.; Suzek, Baris E.; Vinayaka, C. R.; Wang, Qinghua; Wang, Yuqi; Yeh, Lai Su; Yerramalla, Meher Shruti; Zhang, Jian.

julkaisussa: Nucleic Acids Research, Vuosikerta 43, Nro D1, 28.01.2015, s. D204-D212.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Computational cancer biology : education is a natural key to many locks. / Emmert-Streib, Frank; Zhang, Shu Dong; Hamilton, Peter.

julkaisussa: BMC Cancer, Vuosikerta 15, Nro 1, 7, 15.01.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Oxidation half-reaction of aqueous nucleosides and nucleotides via photoelectron spectroscopy augmented by ab initio calculations. / Schroeder, Christi A.; Pluharová, Eva; Seidel, Robert; Schroeder, William P.; Faubel, Manfred; Slavíçek, Petr; Winter, Bernd; Jungwirth, Pavel; Bradforth, Stephen E.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 137, Nro 1, 14.01.2015, s. 201-209.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A motion artifact generation and assessment system for the rapid testing of surface biopotential electrodes. / Cömert, Alper; Hyttinen, Jari.

julkaisussa: Physiological Measurement, Vuosikerta 36, Nro 1, 1, 01.01.2015, s. 1-25.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cost-effectiveness of prostate cancer screening : A simulation study based on ERSPC data. / Heijnsdijk, E. A M; De Carvalho, T. M D; Auvinen, A.; Zappa, M.; Nelen, V.; Kwiatkowski, M.; Villers, A.; Páez, A.; Moss, S. M.; Tammela, T. L J; Recker, F.; Denis, L.; Carlsson, S. V.; Wever, E. M.; Bangma, C. H.; Schröder, F. H.; Roobol, M. J.; Hugosson, J.; De Koning, H. J.

julkaisussa: JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE, Vuosikerta 107, Nro 1, dju366, 01.01.2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data. / Häkkinen, Antti; Ribeiro, Andre S.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 31, Nro 1, 01.01.2015, s. 69-75.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Adaptive autoregressive model for reduction of noise in SPECT. / Takalo, Reijo; Hytti, Heli; Ihalainen, Heimo; Sohlberg, Antti.

julkaisussa: Computational and Mathematical Methods in Medicine, Vuosikerta 2015, 494691, 2015.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficient preparation of shuffled DNA libraries through recombination (Gateway) cloning. / Lehtonen, Soili I.; Taskinen, Barbara; Ojala, Elina; Kukkurainen, Sampo; Rahikainen, Rolle; Riihimäki, Tiina A.; Laitinen, Olli H.; Kulomaa, Markku S.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: Protein Engineering Design and Selection, Vuosikerta 28, Nro 1, 2015, s. 23-28.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Experimental determination and computational interpretation of biophysical properties of lipid bilayers enriched by cholesteryl hemisuccinate. / Kulig, Waldemar; Jurkiewicz, Piotr; Olzyńska, Agnieszka; Tynkkynen, Joona; Javanainen, Matti; Manna, Moutusi; Rog, Tomasz; Hof, Martin; Vattulainen, Ilpo; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1848, Nro 2, 2015, s. 422-432.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

I microRNA nella placca aterosclerotica. / Raitoharju, Emma; Oksala, Niku; Lehtimäki, Terho.

julkaisussa: Biochimica Clinica, Vuosikerta 39, Nro 1, 2015, s. 56-67.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Interaction with serum albumin as a factor of the photodynamic efficacy of novel bacteriopurpurinimide derivatives. / Akimova, A. V.; Rychkov, G. N.; Grin, M. A.; Filippova, N. A.; Golovina, G. V.; Durandin, N. A.; Vinogradov, A. M.; Kokrashvili, T. A.; Mironov, A. F.; Shtil, A. A.; Kuzmin, V. A.

julkaisussa: ACTA NATURAE, Vuosikerta 7, Nro 1, 2015, s. 109-116.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Method with high-throughput screening potential for antioxidative substances using Escherichia coli biosensor katG'::lux. / Tienaho, Jenni; Sarjala, Tytti; Franzén, Robert; Karp, Matti.

julkaisussa: Journal of Microbiological Methods, Vuosikerta 118, 4723, 2015, s. 78-80.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multifunctional ultrasmall nanoplatforms for vascular-targeted interstitial photodynamic therapy of brain tumors guided by real-time MRI. / Bechet, Denise; Auger, Florent; Couleaud, Pierre; Marty, Eric; Ravasi, Laura; Durieux, Nicolas; Bonnet, Corinne; Plénat, François; Frochot, Céline; Mordon, Serge; Tillement, Olivier; Vanderesse, Régis; Lux, François; Perriat, Pascal; Guillemin, François; Barberi-Heyob, Muriel.

julkaisussa: NANOMEDICINE: NANOTECHNOLOGY BIOLOGY AND MEDICINE, Vuosikerta 11, Nro 3, 2015, s. 657-670.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Switchavidin : Reversible biotin-avidin-biotin bridges with high affinity and specificity. / Taskinen, Barbara; Zauner, Dominik; Lehtonen, Soili I.; Koskinen, Masi; Thomson, Chloe; Kähkönen, Niklas; Kukkurainen, Sampo; Määttä, Juha A E; Ihalainen, Teemu O.; Kulomaa, Markku S.; Gruber, Hermann J.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: Bioconjugate Chemistry, Vuosikerta 25, Nro 12, 17.12.2014, s. 2233-2243.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro 1, 397, 05.12.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Rationally engineered synthetic coculture for improved biomass and product formation. / Santala, Suvi; Karp, Matti; Santala, Ville.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 12, e113786, 03.12.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

FRα : une cible pour la thérapie photodynamique prophylactique des métastases péritonéales ovariennes? / Azaïs, Henri; Moussaron, Albert; Bach, Soraya Khodja; Bassil, Alfred; Betrouni, Nacim; Frochot, Céline; Collinet, Pierre; Mordon, Serge.

julkaisussa: BULLETIN DU CANCER, Vuosikerta 101, Nro 12, 01.12.2014, s. 1109-1113.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Interface matters : The stiffness route to stability of a thermophilic tetrameric malate dehydrogenase. / Kalimeri, Maria; Girard, Eric; Madern, Dominique; Sterpone, Fabio.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 12, e113895, 01.12.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The talin-integrin interface under mechanical stress. / Kukkurainen, Sampo; Määttä, Juha A.; Saeger, John; Valjakka, Jarkko; Vogel, Viola; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: Molecular Biosystems, Vuosikerta 10, Nro 12, 01.12.2014, s. 3217-3228.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Toward computational cumulative biology by combining models of biological datasets. / Faisal, Ali; Peltonen, Jaakko; Georgii, Elisabeth; Rung, Johan; Kaski, Samuel.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 11, e113053, 26.11.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Connection between absorption properties and conformational changes in Deinococcus radiodurans phytochrome. / Takala, Heikki; Lehtivuori, Heli; Hammarén, Henrik; Hytönen, Vesa P.; Ihalainen, Janne A.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 53, Nro 45, 18.11.2014, s. 7076-7085.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A framework for estimating radiation-related cancer risks in Japan from the 2011 Fukushima nuclear accident. / Walsh, L.; Zhang, W.; Shore, R. E.; Auvinen, A.; Laurier, D.; Wakeford, R.; Jacob, P.; Gent, N.; Anspaugh, L. R.; Schüz, J.; Kesminiene, A.; Van Deventer, E.; Tritscher, A.; Del Rosarion Pérez, M.

julkaisussa: RADIATION RESEARCH, Vuosikerta 182, Nro 5, 01.11.2014, s. 556-572.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Estimation of optimal matching position for orthogonal kV setup images and minimal setup margins in radiotherapy of whole breast and lymph node areas. / Laaksomaa, Marko; Kapanen, Mika; Skyttä, Tanja; Peltola, Seppo; Hyödynmaa, Simo; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Reports of Practical Oncology and Radiotherapy, Vuosikerta 19, Nro 6, 01.11.2014, s. 369-375.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Statin use and breast cancer survival : A nationwide cohort study from Finland. / Murtola, Teemu J.; Visvanathan, Kala; Artama, Miia; Vainio, Harri; Pukkala, Eero.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 10, e110231, 20.10.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Global analysis of human nonreceptor tyrosine kinase specificity using high-density peptide microarrays. / Deng, Yang; Alicea-Velázquez, Nilda L.; Bannwarth, Ludovic; Lehtonen, Soili I.; Boggon, Titus J.; Cheng, Heung Chin; Hytönen, Vesa P.; Turk, Benjamin E.

julkaisussa: Journal of Proteome Research, Vuosikerta 13, Nro 10, 03.10.2014, s. 4339-4346.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Different culture conditions modulate the immunological properties of adipose stem cells. / Patrikoski, Mimmi; Sivula, Jyrki; Huhtala, Heini; Helminen, Mika; Salo, Fanny; Mannerström, Bettina; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: Stem Cells Translational Medicine, Vuosikerta 3, Nro 10, 02.10.2014, s. 1220-1230.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Rapid, Brushless Self-assembly of a PS-b-PDMS Block Copolymer for Nanolithography. / Rasappa, Sozaraj; Schulte, Lars; Borah, Dipu; Morris, Michael A.; Ndoni, Sokol.

julkaisussa: Colloids and Interface Science Communications, Vuosikerta 2, 01.10.2014, s. 1-5.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A meta-analysis of 87,040 individuals identifies 23 new susceptibility loci for prostate cancer. / Al Olama, Ali Amin; Kote-Jarai, Zsofia; Berndt, Sonja I.; Conti, David V.; Schumacher, Fredrick; Han, Ying; Benlloch, Sara; Hazelett, Dennis J.; Wang, Zhaoming; Saunders, Ed; Leongamornlert, Daniel; Lindstrom, Sara; Jugurnauth-Little, Sara; Dadaev, Tokhir; Tymrakiewicz, Malgorzata; Stram, Daniel O.; Rand, Kristin; Wan, Peggy; Stram, Alex; Sheng, Xin; Pooler, Loreall C.; Park, Karen; Xia, Lucy; Tyrer, Jonathan; Kolonel, Laurence N.; Le Marchand, Loic; Hoover, Robert N.; Machiela, Mitchell J.; Yeager, Merideth; Burdette, Laurie; Chung, Charles C.; Hutchinson, Amy; Yu, Kai; Goh, Chee; Ahmed, Mahbubl; Govindasami, Koveela; Guy, Michelle; Tammela, Teuvo L J; Auvinen, Anssi; Wahlfors, Tiina; Schleutker, Johanna; Visakorpi, Tapio; Leinonen, Katri A.; Xu, Jianfeng; Aly, Markus; Donovan, Jenny; Travis, Ruth C.; Key, Tim J.; Siddiq, Afshan; Canzian, Federico; Khaw, Kay Tee; Takahashi, Atsushi; Kubo, Michiaki; Pharoah, Paul; Pashayan, Nora; Weischer, Maren; Nordestgaard, Borge G.; Nielsen, Sune F.; Klarskov, Peter; Røder, Martin Andreas; Iversen, Peter; Thibodeau, Stephen N.; McDonnell, Shannon K.; Schaid, Daniel J.; Stanford, Janet L.; Kolb, Suzanne; Holt, Sarah; Knudsen, Beatrice; Coll, Antonio Hurtado; Gapstur, Susan M.; Diver, W. Ryan; Stevens, Victoria L.; Maier, Christiane; Luedeke, Manuel; Herkommer, Kathleen; Rinckleb, Antje E.; Strom, Sara S.; Pettaway, Curtis; Yeboah, Edward D.; Tettey, Yao; Biritwum, Richard B.; Adjei, Andrew A.; Tay, Evelyn; Truelove, Ann; Niwa, Shelley; Chokkalingam, Anand P.; Cannon-Albright, Lisa; Cybulski, Cezary; Wokołorczyk, Dominika; Kluzniak, Wojciech; Park, Jong; Sellers, Thomas; Lin, Hui Yi; Isaacs, William B.; Partin, Alan W.; Brenner, Hermann; Dieffenbach, Aida Karina; Stegmaier, Christa; Chen, Constance; Giovannucci, Edward L.; Ma, Jing; Stampfer, Meir; Penney, Kathryn L.; Mucci, Lorelei; John, Esther M.; Ingles, Sue A.; Kittles, Rick A.; Murphy, Adam B.; Pandha, Hardev; Michael, Agnieszka; Kierzek, Andrzej M.; Blot, William; Signorello, Lisa B.; Zheng, Wei; Albanes, Demetrius; Virtamo, Jarmo; Weinstein, Stephanie; Nemesure, Barbara; Carpten, John; Leske, Cristina; Wu, Suh Yuh; Hennis, Anselm; Kibel, Adam S.; Rybicki, Benjamin A.; Neslund-Dudas, Christine; Hsing, Ann W.; Chu, Lisa; Goodman, Phyllis J.; Klein, Eric A.; Lilly Zheng, S.; Batra, Jyotsna; Clements, Judith; Spurdle, Amanda; Teixeira, Manuel R.; Paulo, Paula; Maia, Sofia; Slavov, Chavdar; Kaneva, Radka; Mitev, Vanio; Witte, John S.; Casey, Graham; Gillanders, Elizabeth M.; Seminara, Daniella; Riboli, Elio; Hamdy, Freddie C.; Coetzee, Gerhard A.; Li, Qiyuan; Freedman, Matthew L.; Hunter, David J.; Muir, Kenneth; Gronberg, Henrik; Neal, David E.; Southey, Melissa; Giles, Graham G.; Severi, Gianluca; Cook, Michael B.; Nakagawa, Hidewaki; Wiklund, Fredrik; Kraft, Peter; Chanock, Stephen J.; Henderson, Brian E.; Easton, Douglas F.; Eeles, Rosalind A.; Haiman, Christopher A.

julkaisussa: Nature Genetics, Vuosikerta 46, Nro 10, 26.09.2014, s. 1103-1109.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mixotrophic cultivation of oleaginous Chlorella sp. KR-1 mediated by actual coal-fired flue gas for biodiesel production. / Praveenkumar, Ramasamy; Kim, Bohwa; Choi, Eunji; Lee, Kyubock; Cho, Sunja; Hyun, Ju Soo; Park, Ji Yeon; Lee, Young Chul; Lee, Hyun Uk; Lee, Jin Suk; Oh, You Kwan.

julkaisussa: Bioprocess and Biosystems Engineering, Vuosikerta 37, Nro 10, 12.09.2014, s. 2083-2094.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Pharmacokinetics of an injectable modified-release 2-hydroxyflutamide formulation in the human prostate gland using a semiphysiologically based biopharmaceutical model. / Sjögren, Erik; Tammela, Teuvo L.; Lennernäs, Bo; Taari, Kimmo; Isotalo, Taina; Malmsten, Lars Åke; Axén, Niklas; Lennernäs, Hans.

julkaisussa: Molecular Pharmaceutics, Vuosikerta 11, Nro 9, 02.09.2014, s. 3097-3111.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Advanced Material-Based Sensing Structures. / Tentzeris, Manos M.; Kim, Sangkil; Lakafosis, Vasileios; Lee, Hoseon; Le, Taoran; Vyas, Rushi; Mukala, Sagar; Traille, Anya.

Handbook of Biomedical Telemetry. Wiley-Blackwell, 2014. s. 633-689.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Power Issues in Biomedical Telemetry. / Tentzeris, Manos M.; Vyas, Rushi; Wei, Wei; Kawahara, Yoshihiro; Yang, Li; Georgakopoulos, Stavros; Lakafosis, Vasileios; Kim, Sangkil; Lee, Hoseon; Le, Taoran; Mukala, Sagar; Traille, Anya.

Handbook of Biomedical Telemetry. Wiley-Blackwell, 2014. s. 108-130.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cruciate ligament reconstruction and risk of knee osteoarthritis : The association between cruciate ligament injury and post-traumatic osteoarthritis. a population based nationwide study in Sweden, 1987-2009. / Nordenvall, Richard; Bahmanyar, Shahram; Adami, Johanna; Mattila, Ville M.; Felländer-Tsai, Li.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 8, e104681, 22.08.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of Omeprazole Dose, Nonsteroidal Anti-inflammatory Agents, and Smoking on Repair Mechanisms in Acute Peptic Ulcer Bleeding. / Rantanen, Tuomo; Udd, Marianne; Honkanen, Teemu; Miettinen, Pekka; Kärjä, Vesa; Rantanen, Lassi; Julkunen, Risto; Mustonen, Harri; Paavonen, Timo; Oksala, Niku.

julkaisussa: Digestive Diseases and Sciences, Vuosikerta 59, Nro 11, 20.08.2014, s. 2666-2674.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mapping of the chromosomal amplification 1p21-22 in bladder cancer. / Scaravilli, Mauro; Asero, Paola; Tammela, Teuvo Lj; Visakorpi, Tapio; Saramäki, Outi R.

julkaisussa: BMC RESEARCH NOTES, Vuosikerta 7, Nro 1, 547, 18.08.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Calcium transients closely reflect prolonged action potentials in iPSC models of inherited cardiac arrhythmia. / Spencer, C. Ian; Baba, Shiro; Nakamura, Kenta; Hua, Ethan A.; Sears, Marie A F; Fu, Chi Cheng; Zhang, Jianhua; Balijepalli, Sadguna; Tomoda, Kiichiro; Hayashi, Yohei; Lizarraga, Paweena; Wojciak, Julianne; Scheinman, Melvin M.; Aalto-Setälä, Katriina; Makielski, Jonathan C.; January, Craig T.; Healy, Kevin E.; Kamp, Timothy J.; Yamanaka, Shinya; Conklin, Bruce R.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 3, Nro 2, 12.08.2014, s. 269-281.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Claudins as prognostic factors for renal cell cancer. / Virman, Juha Pekka; Soini, Ylermi; Kujala, Paula; Luukkaala, Tiina; Salminen, Tapio; Sunela, Kaisa; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 34, Nro 8, 01.08.2014, s. 4181-4188.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular engineering of avidin and hydrophobin for functional self-assembling interfaces. / Kurppa, Katri; Hytönen, Vesa P.; Nakari-Setälä, Tiina; Kulomaa, Markku S.; Linder, Markus B.

julkaisussa: Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, Vuosikerta 120, 01.08.2014, s. 102-109.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

ERBB4 promoter polymorphism is associated with poor distant disease-free survival in high-risk early breast cancer. / Kurppa, Kari J.; Rokavec, Matjaz; Sundvall, Maria; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Joensuu, Heikki; Brauch, Hiltrud; Elenius, Klaus.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 7, e102388, 18.07.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Blood microRNA profile associates with the levels of serum lipids and metabolites associated with glucose metabolism and insulin resistance and pinpoints pathways underlying metabolic syndrome. The cardiovascular risk in Young Finns Study. / Raitoharju, Emma; Seppälä, Ilkka; Oksala, Niku; Lyytikäinen, Leo Pekka; Raitakari, Olli; Viikari, Jorma; Ala-Korpela, Mika; Soininen, Pasi; Kangas, Antti J.; Waldenberger, Melanie; Klopp, Norman; Illig, Thomas; Leiviskä, Jaana; Loo, Britt Marie; Hutri-Kähönen, Nina; Kähönen, Mika; Laaksonen, Reijo; Lehtimäki, Terho.

julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology, Vuosikerta 391, Nro 1-2, 25.06.2014, s. 41-49.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Chimeric avidin - NMR structure and dynamics of a 56 kDa homotetrameric thermostable protein. / Tossavainen, Helena; Kukkurainen, Sampo; Määttä, Juha A E; Kähkönen, Niklas; Pihlajamaa, Tero; Hytönen, Vesa P.; Kulomaa, Markku S.; Permi, Perttu.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 6, e100564, 24.06.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hydration of the chloride ion in concentrated aqueous solutions using neutron scattering and molecular dynamics. / Pluhařová, Eva; Fischer, Henry E.; Mason, Philip E.; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: Molecular Physics, Vuosikerta 112, Nro 9-10, 19.05.2014, s. 1230-1240.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Light-fuelled transport of large dendrimers and proteins. / Koskela, Jenni E.; Liljeström, Ville; Lim, Jongdoo; Simanek, Eric E.; Ras, Robin H A; Priimagi, Arri; Kostiainen, Mauri A.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 136, Nro 19, 14.05.2014, s. 6850-6853.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

RE : Prostate-specific antigen screening trials and prostate cancer deaths: The androgen deprivation connection. / Carlsson, Sigrid; Roobol, Monique J.; Schröder, Fritz H.; Hugosson, Jonas; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE, Vuosikerta 106, Nro 5, dju079, 14.05.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

AROS has a context-dependent effect on SIRT1. / Kokkola, Tarja; Suuronen, Tiina; Molnár, Ferdinand; Määttä, Juha; Salminen, Antero; Jarho, Elina M.; Lahtela-Kakkonen, Maija.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 588, Nro 9, 02.05.2014, s. 1523-1528.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Chernobyl fallout and cancer incidence in Finland 1988-2007. / Auvinen, Anssi; Seppä, Karri; Pasanen, Kari; Kurttio, Päivi; Patama, Toni; Pukkala, Eero; Heinävaara, Sirpa; Arvela, Hannu; Verkasalo, Pia; Hakulinen, Timo.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 134, Nro 9, 01.05.2014, s. 2253-2263.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Impact of epoetin-beta on anemia and health-related quality of life in cancer patients : A prospective observational study using the generic 15D instrument. / Mäenpa, Johannna; Puistola, Ulla; Riska, Henrik; Sintonen, Harri; Saarni, Outi; Juvonen, Eeva; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 34, Nro 5, 01.05.2014, s. 2325-2330.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Interrelations of graph distance measures based on topological indices. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Shi, Yongtang.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 4, e94985, 23.04.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hypermethylation of the GABRẼmiR-452̃miR-224 promoter in prostate cancer predicts biochemical recurrence after radical prostatectomy. / Kristensen, Helle; Haldrup, Christa; Strand, Siri; Mundbjerg, Kamilla; Mortensen, Martin M.; Thorsen, Kasper; Ostenfeld, Marie Stampe; Wild, Peter J.; Arsov, Christian; Goering, Wolfgang; Visakorpi, Tapio; Egevad, Lars; Lindberg, Johan; Grönberg, Henrik; Høyer, Søren; Borre, Michael; Orntoft, Torben F.; Sørensen, Karina D.

julkaisussa: Clinical Cancer Research, Vuosikerta 20, Nro 8, 15.04.2014, s. 2169-2181.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

NetBioV : An R package for visualizing large network data in biology and medicine. / Tripathi, Shailesh; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 19, 02.04.2014, s. 2834-2836.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Assessment of metabolic flux distribution in the thermophilic hydrogen producer Caloramator celer as affected by external pH and hydrogen partial pressure. / Ciranna, Alessandro; Pawar, Sudhanshu S.; Santala, Ville; Karp, Matti; van Niel, Ed W J.

julkaisussa: Microbial Cell Factories, Vuosikerta 13, Nro 1, 48, 28.03.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Rewiring the wax ester production pathway of acinetobacter baylyi ADP1. / Santala, Suvi; Efimova, Elena; Koskinen, Perttu; Karp, Matti Tapani; Santala, Ville.

julkaisussa: ACS Synthetic Biology, Vuosikerta 3, Nro 3, 21.03.2014, s. 145-151.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A novel chimeric avidin with increased thermal stability using DNA shuffling. / Taskinen, Barbara; Airenne, Tomi T.; Jänis, Janne; Rahikainen, Rolle; Johnson, Mark S.; Kulomaa, Markku S.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 3, e92058, 14.03.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

KPNA7, a nuclear transport receptor, promotes malignant properties of pancreatic cancer cells in vitro. / Laurila, Eeva; Vuorinen, Elisa; Savinainen, Kimmo; Rauhala, Hanna; Kallioniemi, Anne.

julkaisussa: Experimental Cell Research, Vuosikerta 322, Nro 1, 10.03.2014, s. 159-167.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Network-based methods for computational diagnostics by means of R. / Mueller, Laurin A J; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

Computational Medicine: Tools and Challenges. Springer-Verlag Wien, 2014. s. 185-197.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Quality of life of recently treated patients with breast cancer. / Penttinen, Heidi; Rautalin, Mervi; Roine, Risto; Jahkola, Tiina; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Huovinen, Riikka; Kautiainen, Hannu; Järvenpää, Salme; Hakamies-Blomqvist, Liisa; Blomqvist, Carl; Saarto, Tiina.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 34, Nro 3, 01.03.2014, s. 1201-1206.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Association analysis of 9,560 prostate cancer cases from the International Consortium of Prostate Cancer Genetics confirms the role of reported prostate cancer associated SNPs for familial disease. / Teerlink, Craig C.; Thibodeau, Stephen N.; McDonnell, Shannon K.; Schaid, Daniel J.; Rinckleb, Antje; Maier, Christiane; Vogel, Walther; Cancel-Tassin, Geraldine; Egrot, Christophe; Cussenot, Olivier; Foulkes, William D.; Giles, Graham G.; Hopper, John L.; Severi, Gianluca; Eeles, Ros; Easton, Douglas; Kote-Jarai, Zsofia; Guy, Michelle; Cooney, Kathleen A.; Ray, Anna M.; Zuhlke, Kimberly A.; Lange, Ethan M.; Fitzgerald, Liesel M.; Stanford, Janet L.; Ostrander, Elaine A.; Wiley, Kathleen E.; Isaacs, Sarah D.; Walsh, Patrick C.; Isaacs, William B.; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo; Schleutker, Johanna; Wiklund, Fredrik; Grönberg, Henrik; Emanuelsson, Monica; Carpten, John; Bailey-Wilson, Joan; Whittemore, Alice S.; Oakley-Girvan, Ingrid; Hsieh, Chih Lin; Catalona, William J.; Zheng, S. Lilly; Jin, Guangfu; Lu, Lingyi; Xu, Jianfeng; Camp, Nicola J.; Cannon-Albright, Lisa A.

julkaisussa: HUMAN GENETICS, Vuosikerta 133, Nro 3, 03.2014, s. 347-356.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Assessing interactions of two loci (rs4242382 and rs10486567) in familial prostate cancer : Statistical evaluation of epistasis. / Chen, Li Sheng; Fann, Jean Ching Yuan; Chiu, Sherry Yueh Hsia; Yen, Amy Ming Fang; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo L.; Chen, Hsiu Hsi; Auvinen, Anssi; Schleutker, Johanna.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 9, Nro 2, e89508, 25.02.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Small-molecule induction promotes corneal epithelial cell differentiation from human induced pluripotent stem cells. / Mikhailova, Alexandra; Ilmarinen, Tanja; Uusitalo, Hannu; Skottman, Heli.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 2, Nro 2, 11.02.2014, s. 219-231.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Aberrant DNA methylation reprogramming during induced pluripotent stem cell generation is dependent on the choice of reprogramming factors. / Planello, Aline C.; Ji, Junfeng; Sharma, Vivek; Singhania, Rajat; Mbabaali, Faridah; Müller, Fabian; Alfaro, Javier A.; Bock, Christoph; De Carvalho, Daniel D.; Batada, Nizar N.

julkaisussa: Cell Regeneration, Vuosikerta 3, Nro 1, 4, 07.02.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

MicroRNAs in atherosclerosis. / Hosin, Ali A.; Prasad, Anoop; Viiri, Leena E.; Davies, Alun H.; Shalhoub, Joseph.

julkaisussa: Journal of Vascular Research, Vuosikerta 51, Nro 5, 06.02.2014, s. 338-349.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA) : A multivariate differential coexpression test for gene sets. / Rahmatallah, Yasir; Emmert-Streib, Frank; Glazko, Galina.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 30, Nro 3, 01.02.2014, s. 360-368.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structure and barrier properties of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells are affected by extracellular matrix protein coating. / Sorkio, Anni; Hongisto, Heidi; Kaarniranta, Kai; Uusitalo, Hannu; Juuti-Uusitalo, Kati; Skottman, Heli.

julkaisussa: Tissue Engineering Part A, Vuosikerta 20, Nro 3-4, 01.02.2014, s. 622-634.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A 3D Alzheimer's disease culture model and the induction of P21-activated kinase mediated sensing in iPSC derived neurons. / Zhang, Dawei; Pekkanen-Mattila, Mari; Shahsavani, Mansoureh; Falk, Anna; Teixeira, Ana I.; Herland, Anna.

julkaisussa: Biomaterials, Vuosikerta 35, Nro 5, 02.2014, s. 1420-1428.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Investigating the binding behaviour of two avidin-based testosterone binders using molecular recognition force spectroscopy. / Rangl, Martina; Leitner, Michael; Riihimäki, Tiina; Lehtonen, Soili; Hytönen, Vesa P.; Gruber, Hermann J.; Kulomaa, Markku; Hinterdorfer, Peter; Ebner, Andreas.

julkaisussa: Journal of Molecular Recognition, Vuosikerta 27, Nro 2, 02.2014, s. 92-97.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Dry computational approaches for wet medical problems. / Emmert-Streib, Frank; Zhang, Shu Dong; Hamilton, Peter.

julkaisussa: Journal of Translational Medicine, Vuosikerta 12, Nro 1, 26, 25.01.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Antioxidant supplementation reduces genomic aberrations in human induced pluripotent stem cells. / Ji, Junfeng; Sharma, Vivek; Qi, Suxia; Guarch, Meritxell Espino; Zhao, Ping; Luo, Zhiwei; Fan, Wenxia; Wang, Yu; Mbabaali, Faridah; Neculai, Dante; Esteban, Miguel Angel; McPherson, John D.; Batada, Nizar N.

julkaisussa: Stem Cell Reports, Vuosikerta 2, Nro 1, 14.01.2014, s. 44-51.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Activities at the Universal Protein Resource (UniProt). / Apweiler, Rolf; Bateman, Alex; Martin, Maria Jesus; O'Donovan, Claire; Magrane, Michele; Alam-Faruque, Yasmin; Alpi, Emanuele; Antunes, Ricardo; Arganiska, Joanna; Casanova, Elisabet Barrera; Bely, Benoit; Bingley, Mark; Bonilla, Carlos; Britto, Ramona; Bursteinas, Borisas; Chan, Wei Mun; Chavali, Gayatri; Cibrian-Uhalte, Elena; Da Silva, Alan; De Giorgi, Maurizio; Fazzini, Francesco; Gane, Paul; Castro, Leyla Garcia; Garmiri, Penelope; Hatton-Ellis, Emma; Hieta, Reija; Huntley, Rachael; Legge, Duncan; Liu, Wudong; Luo, Jie; MacDougall, Alistair; Mutowo, Prudence; Nightingale, Andrew; Orchard, Sandra; Pichler, Klemens; Poggioli, Diego; Pundir, Sangya; Pureza, Luis; Qi, Guoying; Rosanoff, Steven; Sawford, Tony; Shypitsyna, Aleksandra; Turner, Edward; Volynkin, Vladimir; Wardell, Tony; Watkins, Xavier; Corbett, Matt; Donnelly, Mike; Van Rensburg, Pieter; Goujon, Mickael; McWilliam, Hamish; Lopez, Rodrigo; Xenarios, Ioannis; Bougueleret, Lydie; Bridge, Alan; Poux, Sylvain; Redaschi, Nicole; Aimo, Lucila; Auchincloss, Andrea; Axelsen, Kristian; Bansal, Parit; Baratin, Delphine; Binz, Pierre Alain; Blatter, Marie Claude; Boeckmann, Brigitte; Bolleman, Jerven; Boutet, Emmanuel; Breuza, Lionel; Casal-Casas, Cristina; De Castro, Edouard; Cerutti, Lorenzo; Coudert, Elisabeth; Cuche, Beatrice; Doche, Mikael; Dornevil, Dolnide; Duvaud, Severine; Estreicher, Anne; Famiglietti, Livia; Feuermann, Marc; Gasteiger, Elisabeth; Gehant, Sebastien; Gerritsen, Vivienne; Gos, Arnaud; Gruaz-Gumowski, Nadine; Hinz, Ursula; Hulo, Chantal; James, Janet; Jungo, Florence; Keller, Guillaume; Lara, Vicente; Lemercier, Philippe; Lew, Jocelyne; Lieberherr, Damien; Lombardot, Thierry; Martin, Xavier; Masson, Patrick; Morgat, Anne; Neto, Teresa; Paesano, Salvo; Pedruzzi, Ivo; Pilbout, Sandrine; Pozzato, Monica; Pruess, Manuela; Rivoire, Catherine; Roechert, Bernd; Schneider, Michel; Sigrist, Christian; Sonesson, Karin; Staehli, Sylvie; Stutz, Andre; Sundaram, Shyamala; Tognolli, Michael; Verbregue, Laure; Veuthey, Anne Lise; Wu, Cathy H.; Arighi, Cecilia N.; Arminski, Leslie; Chen, Chuming; Chen, Yongxing; Garavelli, John S.; Huang, Hongzhan; Laiho, Kati; McGarvey, Peter; Natale, Darren A.; Suzek, Baris E.; Vinayaka, C. R.; Wang, Qinghua; Wang, Yuqi; Yeh, Lai Su; Yerramalla, Meher Shruti; Zhang, Jian.

julkaisussa: Nucleic Acids Research, Vuosikerta 42, Nro D1, 01.01.2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Natural thermal adaptation increases heat shock protein levels and decreases oxidative stress. / Oksala, Niku K J; Ekmekçi, F. Güler; Özsoy, Ergi; Kirankaya, Şerife; Kokkola, Tarja; Emecen, Güzin; Lappalainen, Jani; Kaarniranta, Kai; Atalay, Mustafa.

julkaisussa: REDOX BIOLOGY, Vuosikerta 3, 01.01.2014, s. 25-28.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

USP22 regulates oncogenic signaling pathways to drive lethal cancer progression. / Schrecengost, Randy S.; Dean, Jeffry L.; Goodwin, Jonathan F.; Schiewer, Matthew J.; Urban, Mark W.; Stanek, Timothy J.; Sussman, Robyn T.; Hicks, Jessica L.; Birbe, Ruth C.; Draganova-Tacheva, Rossitza A.; Visakorpi, Tapio; DeMarzo, Angelo M.; McMahon, Steven B.; Knudsen, Karen E.

julkaisussa: Cancer Research, Vuosikerta 74, Nro 1, 01.01.2014, s. 272-286.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Shiga-like toxin binds with high avidity to multivalent O-linked blood group P1 determinants on mucin-type fusion proteins. / Maria Cherian, Reeja; Gaunitz, Stefan; Nilsson, Anki; Liu, Jining; Karlsson, Niclas G.; Holgersson, Jan.

julkaisussa: GLYCOBIOLOGY, Vuosikerta 24, Nro 1, 01.2014, s. 26-38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A Novel MMP12 Locus Is Associated with Large Artery Atherosclerotic Stroke Using a Genome-Wide Age-at-Onset Informed Approach. / Traylor, Matthew; Mäkelä, Kari Matti; Kilarski, Laura L.; Holliday, Elizabeth G.; Devan, William J.; Nalls, Mike A.; Wiggins, Kerri L.; Zhao, Wei; Cheng, Yu Ching; Achterberg, Sefanja; Malik, Rainer; Sudlow, Cathie; Bevan, Steve; Raitoharju, Emma; Oksala, Niku; Thijs, Vincent; Lemmens, Robin; Lindgren, Arne; Slowik, Agnieszka; Maguire, Jane M.; Walters, Matthew; Algra, Ale; Sharma, Pankaj; Attia, John R.; Boncoraglio, Giorgio B.; Rothwell, Peter M.; de Bakker, Paul I W; Bis, Joshua C.; Saleheen, Danish; Kittner, Steven J.; Mitchell, Braxton D.; Rosand, Jonathan; Meschia, James F.; Levi, Christopher; Dichgans, Martin; Lehtimäki, Terho; Lewis, Cathryn M.; Markus, Hugh S.

julkaisussa: PLOS GENETICS, Vuosikerta 10, Nro 7, e1004469, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A prostate cancer susceptibility allele at 6q22 increases RFX6 expression by modulating HOXB13 chromatin binding. / Huang, Qilai; Whitington, Thomas; Gao, Ping; Lindberg, Johan F.; Yang, Yuehong; Sun, Jielin; Väisänen, Marja Riitta; Szulkin, Robert; Annala, Matti; Yan, Jian; Egevad, Lars A.; Zhang, Kai; Lin, Ruizhu; Jolma, Arttu; Nykter, Matti; Manninen, Aki; Wiklund, Fredrik; Vaarala, Markku H.; Visakorpi, Tapio; Xu, Jianfeng; Taipale, Jussi; Wei, Gong Hong.

julkaisussa: Nature Genetics, Vuosikerta 46, Nro 2, 2014, s. 126-135.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Autologous adipose stem cells in treatment of female stress urinary incontinence : Results of a pilot study. / Kuismanen, Kirsi; Sartoneva, Reetta; Haimi, Suvi; Mannerström, Bettina; Tomás, Eija; Miettinen, Susanna; Nieminen, Kari.

julkaisussa: Stem Cells Translational Medicine, Vuosikerta 3, Nro 8, 2014, s. 936-941.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Common features of chromatin in aging and cancer : Cause or coincidence? / Zane, Linda; Sharma, Vivek; Misteli, Tom.

julkaisussa: TRENDS IN CELL BIOLOGY, Vuosikerta 24, Nro 11, 2014, s. 686-694.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Electrophoretic mobilities of neutral analytes and electroosmotic flow markers in aqueous solutions of Hofmeister salts. / Křížek, Tomáš; Kubíčková, Anna; Hladílková, Jana; Coufal, Pavel; Heyda, Jan; Jungwirth, Pavel.

julkaisussa: ELECTROPHORESIS, Vuosikerta 35, Nro 5, 2014, s. 617-624.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Enhancing our understanding of ways to analyze metagenomes. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 5, Nro APR, Article 108, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Evidence-based analysis of a novel symbiotic and epiphytic cyanobacteria associated with Azolla by cyto and molecular taxonomy. / Kannan, K.; Vijayan, D.; MubarakAli, D.; Praveenkumar, R.; Ahamed, A. Parveez; Thajuddin, N.

julkaisussa: Biotechnology, Vuosikerta 13, Nro 2, 2014, s. 46-53.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Functional and genetic analysis of the colon cancer network. / Emmert-Streib, Frank; de Matos Simoes, Ricardo; Glazko, Galina; McDade, Simon; Haibe-Kains, Benjamin; Holzinger, Andreas; Dehmer, Matthias; Campbell, Frederick.

julkaisussa: BMC Bioinformatics, Vuosikerta 15, Nro Suppl 6, S6, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Indocyanine green : Photosensitizer or chromophore? Still a debate. / Giraudeau, Camille; Moussaron, Albert; Stallivieri, Aurélie; Mordon, Serge; Frochot, Céline.

julkaisussa: CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY, Vuosikerta 21, Nro 16, 2014, s. 1871-1897.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Inference and validation of predictive gene networks from biomedical literature and gene expression data. / Olsen, Catharina; Fleming, Kathleen; Prendergast, Niall; Rubio, Renee; Emmert-Streib, Frank; Bontempi, Gianluca; Haibe-Kains, Benjamin; Quackenbush, John.

julkaisussa: Genomics, Vuosikerta 103, Nro 5-6, 2014, s. 329-336.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Kinetics of bioconjugate nanoparticle label binding in a sandwich-type immunoassay. / Näreoja, Tuomas; Ebner, Andreas; Gruber, Hermann J.; Taskinen, Barbara; Kienberger, Ferry; Hänninen, Pekka E.; Hytönen, Vesa P.; Hinterdorfer, Peter; Härmä, Harri.

julkaisussa: Analytical and Bioanalytical Chemistry, Vuosikerta 406, Nro 2, 2014, s. 493-503.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Metabolic engineering of Acinetobacter baylyi ADP1 for improved growth on gluconate and glucose. / Kannisto, Matti; Aho, Tommi; Karp, Matti; Santala, Ville.

julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology, Vuosikerta 80, Nro 22, 2014, s. 7021-7027.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Murein lytic enzyme TgaA of Bifidobacterium bifidum MIMBb75 modulates dendritic cell maturation through its cysteine- and histidine-dependent amidohydrolase/peptidase (CHAP) amidase domain. / Guglielmetti, Simone; Zanoni, Ivan; Balzaretti, Silvia; Miriani, Matteo; Taverniti, Valentina; de Noni, Ivano; Presti, Ilaria; Stuknyte, Milda; Scarafoni, Alessio; Arioli, Stefania; Iametti, Stefania; Bonomi, Francesco; Mora, Diego; Karp, Matti; Granucci, Francesca.

julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology, Vuosikerta 80, Nro 17, 2014, s. 5170-5177.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel derivatives of bacteriochlorophyll a : Complex formation with albumin and the mechanism of tumor cell photodamage. / Akimova, A. V.; Grin, M. A.; Golovina, G. V.; Kokrashvili, T. A.; Vinogradov, A. M.; Mironov, A. F.; Rychkov, G. N.; Shtil, A. A.; Kuzmin, V. A.; Durandin, N. A.

julkaisussa: DOKLADY BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, Vuosikerta 454, Nro 1, 2014, s. 17-20.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel in vitro cardiovascular constructs composed of vascular-like networks and cardiomyocytes. / Vuorenpää, Hanna; Ikonen, Liisa; Kujala, Kirsi; Huttala, Outi; Sarkanen, Jertta Riina; Ylikomi, Timo; Aalto-Setälä, Katriina; Heinonen, Tuula.

julkaisussa: IN VITRO CELLULAR AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY: ANIMAL, Vuosikerta 50, Nro 4, 2014, s. 275-286.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Optimal management of metastatic castration-resistant prostate cancer : Highlights from a European Expert Consensus Panel. / Fitzpatrick, John M.; Bellmunt, Joaquim; Fizazi, Karim; Heidenreich, Axel; Sternberg, Cora N.; Tombal, Bertrand; Alcaraz, Antonio; Bahl, Amit; Bracarda, Sergio; Di Lorenzo, Giuseppe; Efstathiou, Eleni; Finn, Stephen P.; Fosså, Sophie; Gillessen, Silke; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Lecouvet, Frédéric E.; Oudard, Stephane; De Reijke, Theo M.; Robson, Craig N.; De Santis, Maria; Seruga, Bostjan; De Wit, Ronald.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Vuosikerta 50, Nro 9, 2014, s. 1617-1627.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Origins and functional consequences of somatic mitochondrial DNA mutations in human cancer. / Ju, Young S.eok; Alexandrov, Ludmil B.; Gerstung, Moritz; Martincorena, Inigo; Nik-Zainal, Serena; Ramakrishna, Manasa; Davies, Helen R.; Papaemmanuil, Elli; Gundem, Gunes; Shlien, Adam; Bolli, Niccolo; Behjati, Sam; Tarpey, Patrick S.; Nangalia, Jyoti; Massie, Charles E.; Butler, Adam P.; Teague, Jon W.; Vassiliou, George S.; Green, Anthony R.; Du, Ming Qing; Unnikrishnan, Ashwin; Pimanda, John E.; Teh, Bin T.ean; Munshi, Nikhil; Greaves, Mel; Vyas, Paresh; El-Naggar, Adel K.; Santarius, Tom; Collins, V. Peter; Grundy, Richard; Taylor, Jack A.; Hayes, D. Neil; Malkin, David; Foster, Christopher S.; Warren, Anne Y.; Whitaker, Hayley C.; Brewer, Daniel; Eeles, Rosalind; Cooper, Colin; Neal, David; Visakorpi, Tapio; Isaacs, William B.; Bova, G. Steven; Flanagan, Adrienne M.; Futreal, P. Andrew; Lynch, Andy G.; Chinnery, Patrick F.; McDermott, Ultan; Stratton, Michael R.; Campbell, Peter J.

julkaisussa: eLIFE, Vuosikerta 3, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Prostate cancer risk and nonsteroidal antiinflammatory drug use in the Finnish prostate cancer screening trial. / Veitonmäki, T.; Murtola, T. J.; Määttänen, L.; Taari, K.; Stenman, U. H.; Tammela, T. L.; Auvinen, A.

julkaisussa: British Journal of Cancer, Vuosikerta 111, Nro 7, 2014, s. 1421-1431.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Recurrent thyroid cancers have more peritumoural lymphatic vasculature than nonrecurrent thyroid cancers. / Hakala, Tommi; Sand, Juhani; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Huhtala, Heini; Leinonen, Rauha; Kholová, Ivana.

julkaisussa: European Journal of Clinical Investigation, Vuosikerta 44, Nro 9, 2014, s. 825-832.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Relevance of different prior knowledge sources for inferring gene interaction networks. / Olsen, Catharina; Bontempi, Gianluca; Emmert-Streib, Frank; Quackenbush, John; Haibe-Kains, Benjamin.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 5, Nro JUN, Article 177, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Report from the 2nd Summer School in Computational Biology organized by the Queen's University of Belfast. / Emmert-Streib, Frank; Zhang, Shu Dong; Hamilton, Peter.

julkaisussa: Genomics Data, Vuosikerta 2, 2014, s. 37-39.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Talin-bound NPLY motif recruits integrin-signaling adapters to regulate cell spreading and mechanosensing. / Pinon, Perrine; Pärssinen, Jenita; Vazquez, Patricia; Bachmann, Michael; Rahikainen, Rolle; Jacquier, Marie Claude; Azizi, Latifeh; Määttä, Juha A.; Bastmeyer, Martin; Hytönen, Vesa P.; Wehrle-Haller, Bernhard.

julkaisussa: Journal of Cell Biology, Vuosikerta 205, Nro 2, 2014, s. 265-281.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

TgaA, a VirB1-like component belonging to a putative type IV secretion system of Bifidobacterium bifidum MIMBb75. / Guglielmetti, Simone; Balzaretti, Silvia; Taverniti, Valentina; Miriani, Matteo; Milani, Christian; Scarafoni, Alessio; Corona, Silvia; Ciranna, Alessandro; Arioli, Stefania; Santala, Ville; Iametti, Stefania; Bonomi, Francesco; Ventura, Marco; Mora, Diego; Karp, Matti.

julkaisussa: Applied and Environmental Microbiology, Vuosikerta 80, Nro 17, 2014, s. 5161-5169.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The gene regulatory network for breast cancer : Integrated regulatory landscape of cancer hallmarks. / Emmert-Streib, Frank; Simoes, Ricardo de Matos; Mullan, Paul; Haibe-Kains, Benjamin; Dehmer, Matthias.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 5, Nro FEB, Article 15, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Untangling statistical and biological models to understand network inference : The need for a genomics network ontology. / Emmert-Streib, Frank; Dehmer, Matthias; Haibe-Kains, Benjamin.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 5, Nro AUG, article 229, 2014.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Large-scale evaluation of molecular descriptors by means of clustering. / Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank; Tripathi, Shailesh.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 8, Nro 12, e83956, 31.12.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Analysis of free, mono- and diacetylated polyamines from human urine by LC-MS/MS. / Häkkinen, Merja R.; Roine, Antti; Auriola, Seppo; Tuokko, Antti; Veskimäe, Erik; Keinänen, Tuomo A.; Lehtimäki, Terho; Oksala, Niku; Vepsäläinen, Jouko.

julkaisussa: JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY B: ANALYTICAL TECHNOLOGIES IN THE BIOMEDICAL AND LIFE SCIENCES, Vuosikerta 941, 15.12.2013, s. 81-89.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Netmes : Assessing gene network inference algorithms by network-based measures. / Altay, Gökmen; Kurt, Zeyneb; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Evolutionary Bioinformatics, Vuosikerta 10, 07.12.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The structural motifs for substrate binding and dimerization of the α subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase. / Anantharajan, Jothi; Koski, M. Kristian; Kursula, Petri; Hieta, Reija; Bergmann, Ulrich; Myllyharju, Johanna; Wierenga, Rik K.

julkaisussa: Structure, Vuosikerta 21, Nro 12, 03.12.2013, s. 2107-2118.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Association of neuroimmune guidance cue netrin-1 and its chemorepulsive receptor UNC5B with atherosclerotic plaque expression signatures and stability in human(s) Tampere Vascular Study (TVS). / Oksala, Niku; Pärssinen, Jenita; Seppälä, Ilkka; Raitoharju, Emma; Ivana, Kholova; Hernesniemi, Jussi; Lyytikäinen, Leo Pekka; Levula, Mari; Mäkelä, Kari Matti; Sioris, Thanos; Kähönen, Mika; Laaksonen, Reijo; Hytönen, Vesa; Lehtimäki, Terho.

julkaisussa: Circulation: Cardiovascular Genetics, Vuosikerta 6, Nro 6, 12.2013, s. 579-587.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

MicroRNAs in the atherosclerotic plaque. / Raitoharju, Emma; Oksala, Niku; Lehtimäki, Terho.

julkaisussa: Clinical Chemistry, Vuosikerta 59, Nro 12, 12.2013, s. 1708-1721.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The diverse role of miR-31 in regulating cancer associated phenotypes. / Laurila, Eeva M.; Kallioniemi, Anne.

julkaisussa: Genes Chromosomes and Cancer, Vuosikerta 52, Nro 12, 12.2013, s. 1103-1113.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Membrane permeation induced by aggregates of human islet amyloid polypeptides. / Poojari, Chetan; Xiao, Dequan; Batista, Victor S.; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Biophysical Journal, Vuosikerta 105, Nro 10, 19.11.2013, s. 2323-2332.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Chk1 targeting reactivates PP2A tumor suppressor activity in cancer cells. / Khanna, Anchit; Kauko, Otto; Böckelman, Camilla; Laine, Anni; Schreck, Ilona; Partanen, Johanna I.; Szwajda, Agnieszka; Bormann, Stefanie; Bilgen, Turker; Helenius, Merja; Pokharel, Yuba R.; Pimanda, John; Russel, Mike R.; Haglund, Caj; Cole, Kristina A.; Klefström, Juha; Aittokallio, Tero; Weiss, Carsten; Ristimäki, Ari; Visakorpi, Tapio; Westermarck, Jukka.

julkaisussa: Cancer Research, Vuosikerta 73, Nro 22, 15.11.2013, s. 6757-6769.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Stability of transmembrane amyloid β-peptide and membrane integrity tested by molecular modeling of site-specific Aβ42 mutations. / Poojari, Chetan; Strodel, Birgit.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 8, Nro 11, e78399, 07.11.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bi-weekly paclitaxel and capecitabine as a second- Or third-line treatment for advanced breast cancer : A pilot study. / Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liiisa; Tuunanen, Tuija; Kautio, Anna Liisa; Lehtinen, Ilari; Tanner, Minna.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 33, Nro 11, 11.2013, s. 4941-4945.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Zebavidin - An Avidin-Like Protein from Zebrafish. / Taskinen, Barbara; Zmurko, Joanna; Ojanen, Markus; Kukkurainen, Sampo; Parthiban, Marimuthu; Määttä, Juha A E; Leppiniemi, Jenni; Jänis, Janne; Parikka, Mataleena; Turpeinen, Hannu; Rämet, Mika; Pesu, Marko; Johnson, Mark S.; Kulomaa, Markku S.; Airenne, Tomi T.; Hytönen, Vesa P.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 8, Nro 10, e77207, 24.10.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Reversible biofunctionalization of surfaces with a switchable mutant of avidin. / Pollheimer, Philipp; Taskinen, Barbara; Scherfler, Andreas; Gusenkov, Sergey; Creus, Marc; Wiesauer, Philipp; Zauner, Dominik; Schöfberger, Wolfgang; Schwarzinger, Clemens; Ebner, Andreas; Tampé, Robert; Stutz, Hanno; Hytönen, Vesa P.; Gruber, Hermann J.

julkaisussa: Bioconjugate Chemistry, Vuosikerta 24, Nro 10, 16.10.2013, s. 1656-1668.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Exogenously added BMP-6, BMP-7 and VEGF may not enhance the osteogenic differentiation of human adipose stem cells. / Kyllönen, Laura; Haimi, Suvi; Säkkinen, Janne; Kuokkanen, Hannu; Mannerström, Bettina; Sándor, George K B; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: GROWTH FACTORS, Vuosikerta 31, Nro 5, 10.2013, s. 141-153.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Fallout from the Chernobyl accident and overall cancer incidence in Finland. / Kurttio, Päivi; Seppä, Karri; Pasanen, Kari; Patama, Toni; Auvinen, Anssi; Pukkala, Eero; Heinävaara, Sirpa; Arvela, Hannu; Hakulinen, Timo.

julkaisussa: CANCER EPIDEMIOLOGY, Vuosikerta 37, Nro 5, 10.2013, s. 585-592.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Fine mapping of 11q13.5 identifies regions associated with prostate cancer and prostate cancer death. / Nurminen, Riikka; Lehtonen, Rainer; Auvinen, Anssi; Tammela, Teuvo L J; Wahlfors, Tiina; Schleutker, Johanna.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Vuosikerta 49, Nro 15, 10.2013, s. 3335-3343.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Genome-wide association study identifies 3 genomic loci significantly associated with serum levels of homoarginine : The atheroremo consortium. / Kleber, Marcus E.; Seppälä, Ilkka; Pilz, Stefan; Hoffmann, Michael M.; Tomaschitz, Andreas; Oksala, Niku; Raitoharju, Emma; Lyytikäinen, Leo Pekka; Mäkelä, Kari Matti; Laaksonen, Reijo; Kähönen, Mika; Raitakari, Olli T.; Huang, Jie; Kienreich, Katharina; Fahrleitner-Pammer, Astrid; Drechsler, Christiane; Krane, Vera; Boehm, Bernhard O.; Koenig, Wolfgang; Wanner, Christoph; Lehtimäki, Terho; März, Winfried; Meinitzer, Andreas.

julkaisussa: Circulation: Cardiovascular Genetics, Vuosikerta 6, Nro 5, 10.2013, s. 505-513.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

BMP4 inhibits the proliferation of breast cancer cells and induces an MMP-dependent migratory phenotype in MDA-MB-231 cells in 3D environment. / Ampuja, Minna; Jokimäki, Riikka; Juuti-Uusitalo, Kati; Rodriguez-Martinez, Alejandra; Alarmo, Emma Leena; Kallioniemi, Anne.

julkaisussa: BMC Cancer, Vuosikerta 13, 429, 22.09.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The nucleolus as a stress response organelle. / Lindström, Mikael S.; Latonen, Leena.

Proteins of the Nucleolus: Regulation, Translocation, & Biomedical Functions. Vuosikerta 9789400758186 Springer Netherlands, 2013. s. 251-273.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Aneuploidy facilitates oncogenic transformation via specific genetic alterations, including Twist2 upregulation. / Högnäs, Gunilla; Hämälistö, Saara; Rilla, Kirsi; Laine, Jukka O.; Vilkki, Vesa; Murumägi, Astrid; Edgren, Henrik; Kallioniemi, Olli; Ivaska, Johanna.

julkaisussa: Carcinogenesis, Vuosikerta 34, Nro 9, 09.2013, s. 2000-2009.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Efficiency of 5-ALA mediated photodynamic therapy on hypoxic prostate cancer : A preclinical study on the dunning R3327-AT2 rat tumor model. / Bozzini, G.; Colin, P.; Betrouni, N.; Maurage, C. A.; Leroy, X.; Simonin, S.; Martin-Schmitt, C.; Villers, A.; Mordon, S.

julkaisussa: PHOTODIAGNOSIS AND PHOTODYNAMIC THERAPY, Vuosikerta 10, Nro 3, 09.2013, s. 296-303.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Site-specific cancer risk in the Baltic cohort of Chernobyl cleanup workers, 1986-2007. / Rahu, Kaja; Hakulinen, Timo; Smailyte, Giedre; Stengrevics, Aivars; Auvinen, Anssi; Inskip, Peter D.; Boice, John D.; Rahu, Mati.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Vuosikerta 49, Nro 13, 09.2013, s. 2926-2933.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Somatic alterations contributing to metastasis of a castration-resistant prostate cancer. / Nickerson, Michael L.; Im, Kate M.; Misner, Kevin J.; Tan, Wei; Lou, Hong; Gold, Bert; Wells, David W.; Bravo, Hector C.; Fredrikson, Karin M.; Harkins, Timothy T.; Milos, Patrice; Zbar, Berton; Linehan, W. Marston; Yeager, Meredith; Andresson, Thorkell; Dean, Michael; Bova, G. Steven.

julkaisussa: HUMAN MUTATION, Vuosikerta 34, Nro 9, 09.2013, s. 1231-1241.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Guggulsterone sensitizes glioblastoma cells to Sonic hedgehog inhibitor SANT-1 induced apoptosis in a Ras/NFκB dependent manner. / Dixit, Deobrat; Ghildiyal, Ruchi; Anto, Nikhil Ponnor; Ghosh, Sourav; Sharma, Vivek; Sen, Ellora.

julkaisussa: Cancer Letters, Vuosikerta 336, Nro 2, 19.08.2013, s. 347-358.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Mechanisms of acceleration and retardation of water dynamics by ions. / Stirnemann, Guillaume; Wernersson, Erik; Jungwirth, Pavel; Laage, Damien.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 135, Nro 32, 14.08.2013, s. 11824-11831.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identification, prioritization, and evaluation of glycoproteins for aggressive prostate cancer using quantitative glycoproteomics and antibody-based assays on tissue specimens. / Chen, Jing; Xi, Jiefeng; Tian, Yuan; Bova, George Steven; Zhang, Hui.

julkaisussa: Proteomics, Vuosikerta 13, Nro 15, 08.2013, s. 2268-2277.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Stress Proteins and Heat Shock Proteins : Role in Muscle Building and Sports Nutrition. / Venojärvi, Mika; Oksala, Niku; Kinnunen, Susanna; Atalay, Mustafa.

Nutrition and Enhanced Sports Performance: Muscle Building, Endurance, and Strength. Elsevier Inc., 2013. s. 229-235.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Somatic mutation profiling and associations with prognosis and trastuzumab benefit in early breast cancer. / Loi, Sherene; Michiels, Stefan; Lambrechts, Diether; Fumagalli, Debora; Claes, Bart; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Bono, Petri; Kataja, Vesa; Piccart, Martine J.; Joensuu, Heikki; Sotiriou, Christos.

julkaisussa: JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE, Vuosikerta 105, Nro 13, 03.07.2013, s. 960-967.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Development and characterization of poly(ε-caprolactone) hollow fiber membranes for vascular tissue engineering. / Diban, Nazely; Haimi, Suvi; Bolhuis-Versteeg, Lydia; Teixeira, Sandra; Miettinen, Susanna; Poot, André; Grijpma, Dirk; Stamatialis, Dimitrios.

julkaisussa: Journal of Membrane Science, Vuosikerta 438, 01.07.2013, s. 29-37.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Genetic markers associated with early cancer-specific mortality following prostatectomy. / Liu, Wennuan; Xie, Chunmei C.; Thomas, Christopher Y.; Kim, Seong Tae; Lindberg, Johan; Egevad, Lars; Wang, Zhong; Zhang, Zheng; Sun, Jishan; Sun, Jielin; Koty, Patrick P.; Kader, A. Karim; Cramer, Scott D.; Bova, G. Steven; Zheng, S. Lilly; Grönberg, Henrik; Isaacs, William B.; Xu, Jianfeng.

julkaisussa: Cancer, Vuosikerta 119, Nro 13, 01.07.2013, s. 2405-2412.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Elevated concentration of oxidized LDL together with poor cardiorespiratory and abdominal muscle fitness predicts metabolic syndrome in young men. / Kosola, Jussi; Vaara, Jani P.; Ahotupa, Markku; Kyröläinen, Heikki; Santtila, Matti; Oksala, Niku; Atalay, Mustafa; Vasankari, Tommi.

julkaisussa: METABOLISM: CLINICAL AND EXPERIMENTAL, Vuosikerta 62, Nro 7, 07.2013, s. 992-999.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The highly dynamic oligomeric structure of bradavidin II is unique among avidin proteins. / Leppiniemi, Jenni; Meir, Amit; Kahkonen, Niklas; Kukkurainen, Sampo; Maatta, Juha A.; Ojanen, Markus; Janis, Janne; Kulomaa, Markku S.; Livnah, Oded; Hytonen, Vesa P.

julkaisussa: PROTEIN SCIENCE, Vuosikerta 22, Nro 7, 07.2013, s. 980-994.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Non-coding RNAs in DNA damage and repair. / Sharma, Vivek; Misteli, Tom.

julkaisussa: FEBS Letters, Vuosikerta 587, Nro 13, 27.06.2013, s. 1832-1839.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Healthy human CSF promotes glial differentiation of hESC-derived neural cells while retaining spontaneous activity in existing neuronal networks. / Kiiski, Heikki; Äänismaa, Riikka; Tenhunen, Jyrki; Hagman, Sanna; Ylä-Outinen, Laura; Aho, Antti; Yli-Hankala, Arvi; Bendel, Stepani; Skottman, Heli; Narkilahti, Susanna.

julkaisussa: Biology Open, Vuosikerta 2, Nro 6, 15.06.2013, s. 605-612.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Movement of NH3 through the human urea transporter B : A new gas channel. / Ryan Geyer, R.; Musa-Aziz, Raif; Enkavi, Giray; Mahinthichaichan, P.; Tajkhorshid, Emad; Boron, Walter F.

julkaisussa: AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-RENAL PHYSIOLOGY, Vuosikerta 304, Nro 12, 15.06.2013, s. 1447-1457.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Endovenous laser treatment of the great saphenous vein : Measurement of the pullback speed of the fiber by magnetic tracking. / Mordon, S. R.; Vuylsteke, M. E.; Mahieu, P.; Betrouni, N.

julkaisussa: IRBM, Vuosikerta 34, Nro 3, 06.2013, s. 252-256.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Weekly paclitaxel-An effective treatment for advanced breast cancer. / Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko; Tuunanen, Tuija; Asola, Raija; Elomaa, Liisa; Heikkinen, Mirja; Kokko, Riitta; Järvenpää, Ritva; Lehtinen, Ilari; Maiche, Abdel; Kaleva-Kerola, Jaana; Huusko, Mauri; Möykkynen, Kari; Ala-Luhtala, Timo.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 33, Nro 6, 06.2013, s. 2623-2628.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Prostate cancer mortality in the finnish randomized screening trial. / Kilpeläinen, Tuomas P.; Tammela, Teuvo L.; Malila, Nea; Hakama, Matti; Santti, Henrikki; Määttänen, Liisa; Stenman, Ulf Håkan; Kujala, Paula; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE, Vuosikerta 105, Nro 10, 15.05.2013, s. 719-725.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Interfacing cellular networks of S. cerevisiae and E. coli : Connecting dynamic and genetic information. / Matos Simoes, Ricardo de; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: BMC Genomics, Vuosikerta 14, Nro 1, 324, 11.05.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Overview of Public Cancer Databases, Resources, and Visualization Tools. / Emmert-Streib, Frank; De Matos Simoes, Ricardo; Tripathi, Shailesh; Dehmer, Matthias.

Statistical Diagnostics for Cancer: Analyzing High-Dimensional Data. Vuosikerta 3 Wiley-VCH, 2013. s. 27-40.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Statistical Diagnostics for Cancer : Analyzing High-Dimensional Data. / Emmert-Streib, Frank (Toimittaja); Dehmer, Matthias (Toimittaja).

Wiley-VCH, 2013. 292 s.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Ensuring the statistical soundness of competitive gene set approaches : Gene filtering and genome-scale coverage are essential. / Tripathi, Shailesh; Glazko, Galina V.; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Nucleic Acids Research, Vuosikerta 41, Nro 7, 04.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Genetic heterogeneity in Finnish hereditary prostate cancer using ordered subset analysis. / Simpson, Claire L.; Cropp, Cheryl D.; Wahlfors, Tiina; George, Asha; Jones, Marypat S.; Harper, Ursula; Ponciano-Jackson, Damaris; Tammela, Teuvo; Schleutker, Johanna; Bailey-Wilson, Joan E.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS, Vuosikerta 21, Nro 4, 04.2013, s. 437-443.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identification of 23 new prostate cancer susceptibility loci using the iCOGS custom genotyping array. / Eeles, Rosalind A.; Olama, Ali Amin Al; Benlloch, Sara; Saunders, Edward J.; Leongamornlert, Daniel A.; Tymrakiewicz, Malgorzata; Ghoussaini, Maya; Luccarini, Craig; Dennis, Joe; Jugurnauth-Little, Sarah; Dadaev, Tokhir; Neal, David E.; Hamdy, Freddie C.; Donovan, Jenny L.; Muir, Ken; Giles, Graham G.; Severi, Gianluca; Wiklund, Fredrik; Gronberg, Henrik; Haiman, Christopher A.; Schumacher, Fredrick; Henderson, Brian E.; Le Marchand, Loic; Lindstrom, Sara; Kraft, Peter; Hunter, David J.; Gapstur, Susan; Chanock, Stephen J.; Berndt, Sonja I.; Albanes, Demetrius; Andriole, Gerald; Schleutker, Johanna; Weischer, Maren; Canzian, Federico; Riboli, Elio; Key, Tim J.; Travis, Ruth C.; Campa, Daniele; Ingles, Sue A.; John, Esther M.; Hayes, Richard B.; Pharoah, Paul D.P.; Pashayan, Nora; Khaw, Kay Tee; Stanford, Janet L.; Ostrander, Elaine A.; Signorello, Lisa B.; Thibodeau, Stephen N.; Schaid, Dan; Maier, Christiane; Vogel, Walther; Kibel, Adam S.; Cybulski, Cezary; Lubinski, Jan; Cannon-Albright, Lisa; Brenner, Hermann; Park, Jong Y.; Kaneva, Radka; Batra, Jyotsna; Spurdle, Amanda B.; Clements, Judith A.; Teixeira, Manuel R.; Dicks, Ed; Lee, Andrew; Dunning, Alison M.; Baynes, Caroline; Conroy, Don; Maranian, Melanie J.; Ahmed, Shahana; Govindasami, Koveela; Guy, Michelle; Wilkinson, Rosemary A.; Sawyer, Emma J.; Morgan, Angela; Dearnaley, David P.; Horwich, Alan; Huddart, Robert A.; Khoo, Vincent S.; Parker, Christopher C.; Van As, Nicholas J.; Woodhouse, Christopher J.; Thompson, Alan; Dudderidge, Tim; Ogden, Chris; Cooper, Colin S.; Lophatananon, Artitaya; Cox, Angela; Southey, Melissa C.; Hopper, John L.; English, Dallas R.; Aly, Markus; Adolfsson, Jan; Xu, Jiangfeng; Zheng, Siqun L.; Yeager, Meredith; Kaaks, Rudolf; Diver, W. Ryan; Gaudet, Mia M.; Stern, Mariana C.; Corral, Roman; Joshi, Amit D.; Shahabi, Ahva; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo L.J.; Auvinen, Anssi; Virtamo, Jarmo; Klarskov, Peter; Nordestgaard, Børge G.; Røder, M. Andreas; Nielsen, Sune F.; Bojesen, Stig E.; Siddiq, Afshan; Fitzgerald, Liesel M.; Kolb, Suzanne; Kwon, Erika M.; Karyadi, Danielle M.; Blot, William J.; Zheng, Wei; Cai, Qiuyin; McDonnell, Shannon K.; Rinckleb, Antje E.; Drake, Bettina; Colditz, Graham; Wokolorczyk, Dominika; Stephenson, Robert A.; Teerlink, Craig; Muller, Heiko; Rothenbacher, Dietrich; Sellers, Thomas A.; Lin, Hui Yi; Slavov, Chavdar; Mitev, Vanio; Lose, Felicity; Srinivasan, Srilakshmi; Maia, Sofia; Paulo, Paula; Lange, Ethan; Cooney, Kathleen A.; Antoniou, Antonis C.; Vincent, Daniel; Bacot, François; Tessier, Daniel C.; Kote-Jarai, Zsofia; Easton, Douglas F.

julkaisussa: Nature Genetics, Vuosikerta 45, Nro 4, 04.2013, s. 385-391.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Obesity and physical inactivity are related to impaired physical health of breast cancer survivors. / Elme, Anneli; Utriainen, Meri; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko; Palva, Tiina; Luoto, Riitta; Nikander, Riku; Huovinen, Riikka; Kautiainen, Hannu; Järvenpää, Salme; Penttinen, Heidi M.; Vehmanen, Leena; Jääskeläinen, Anna Stina; Ruohola, Johanna; Blomqvist, Carl; Saarto, Tiina.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 33, Nro 4, 04.2013, s. 1595-1602.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms. / Tossavainen, Helena; Helppolainen, Satu H.; Määttä, Juha A E; Pihlajamaa, Tero; Hytönen, Vesa P.; Kulomaa, Markku S.; Permi, Perttu.

julkaisussa: BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS, Vuosikerta 7, Nro 1, 04.2013, s. 35-38.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Fatty Acid Ethyl Esters Induce Intestinal Epithelial Barrier Dysfunction via a Reactive Oxygen Species-Dependent Mechanism in a Three-Dimensional Cell Culture Model. / Elamin, Elhaseen; Masclee, Ad; Juuti-Uusitalo, Kati; van IJzendoorn, Sven; Troost, Freddy; Pieters, Harm Jan; Dekker, Jan; Jonkers, Daisy.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 8, Nro 3, e58561, 19.03.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Bcl-2 associated athanogene 5 (Bag5) is overexpressed in prostate cancer and inhibits ER-stress induced apoptosis. / Bruchmann, Anja; Roller, Corinna; Walther, Tamara Vanessa; Schäfer, Georg; Lehmusvaara, Sara; Visakorpi, Tapio; Klocker, Helmut; Cato, Andrew C B; Maddalo, Danilo.

julkaisussa: BMC Cancer, Vuosikerta 13, 96, 01.03.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Use of aspirin, but not other non-steroidal anti-inflammatory drugs is associated with decreased prostate cancer risk at the population level. / Veitonmäki, Thea; Tammela, Teuvo L J; Auvinen, Anssi; Murtola, Teemu J.

julkaisussa: EUROPEAN JOURNAL OF CANCER, Vuosikerta 49, Nro 4, 03.2013, s. 938-945.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Structural Properties and Complexity of a New Network Class : Collatz Step Graphs. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 8, Nro 2, e56461, 19.02.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

An anatomically realistic and adaptable prostate phantom for laser thermotherapy treatment planning. / Betrouni, N.; Nevoux, P.; Leroux, B.; Colin, P.; Puech, P.; Mordon, S.

julkaisussa: Medical Physics, Vuosikerta 40, Nro 2, 022701, 02.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

How the amyloid-β peptide and membranes affect each other : An extensive simulation study. / Poojari, Chetan; Kukol, Andreas; Strodel, Birgit.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1828, Nro 2, 02.2013, s. 327-339.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Image-guided laser therapies for prostate cancer. / Betrouni, N.; Colin, P.; Bozzini, G.; Mordon, S.

julkaisussa: IRBM, Vuosikerta 34, Nro 1, 02.2013, s. 28-32.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Visualizing functional motions of membrane transporters with molecular dynamics simulations. / Shaikh, Saher A.; Li, Jing; Enkavi, Giray; Wen, Po Chao; Huang, Zhijian; Tajkhorshid, Emad.

julkaisussa: Biochemistry, Vuosikerta 52, Nro 4, 29.01.2013, s. 569-587.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene ontology annotations and resources. / Blake, J. A.; Dolan, M.; Drabkin, H.; Hill, D. P.; Ni, Li; Sitnikov, D.; Bridges, S.; Burgess, S.; Buza, T.; McCarthy, F.; Peddinti, D.; Pillai, L.; Carbon, S.; Dietze, H.; Ireland, A.; Lewis, S. E.; Mungall, C. J.; Gaudet, P.; Chisholm, R. L.; Fey, P.; Kibbe, W. A.; Basu, S.; Siegele, D. A.; McIntosh, B. K.; Renfro, D. P.; Zweifel, A. E.; Hu, J. C.; Brown, N. H.; Tweedie, S.; Alam-Faruque, Y.; Apweiler, R.; Auchinchloss, A.; Axelsen, K.; Bely, B.; Blatter, M. C.; Bonilla, C.; Bougueleret, L.; Boutet, E.; Breuza, L.; Bridge, A.; Chan, W. M.; Chavali, G.; Coudert, E.; Dimmer, E.; Estreicher, A.; Famiglietti, L.; Feuermann, M.; Gos, A.; Gruaz-Gumowski, N.; Hieta, R.; Hinz, U.; Hulo, C.; Huntley, R.; James, J.; Jungo, F.; Keller, G.; Laiho, K.; Legge, D.; Lemercier, P.; Lieberherr, D.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Masson, P.; Mutowo-Muellenet, P.; O'Donovan, C.; Pedruzzi, I.; Pichler, K.; Poggioli, D.; Porras Millan, P.; Poux, S.; Rivoire, C.; Roechert, B.; Sawford, T.; Schneider, M.; Stutz, A.; Sundaram, S.; Tognolli, M.; Xenarios, I.; Foulger, R.; Lomax, J.; Roncaglia, P.; Khodiyar, V. K.; Lovering, R. C.; Talmud, P. J.; Chibucos, M.; Gwinn Giglio, M.; Chang, H. Y.; Hunter, S.; McAnulla, C.; Mitchell, A.; Sangrador, A.; Stephan, R.; Harris, M. A.; Oliver, S. G.; Rutherford, K.; Wood, V.; Bahler, J.; Lock, A.; Kersey, P. J.; McDowall, M. D.; Staines, D. M.; Dwinell, M.; Shimoyama, M.; Laulederkind, S.; Hayman, T.; Wang, S. J.; Petri, V.; Lowry, T.; D'Eustachio, P.; Matthews, L.; Balakrishnan, R.; Binkley, G.; Cherry, J. M.; Costanzo, M. C.; Dwight, S. S.; Engel, S. R.; Fisk, D. G.; Hitz, B. C.; Hong, E. L.; Karra, K.; Miyasato, S. R.; Nash, R. S.; Park, J.; Skrzypek, M. S.; Weng, S.; Wong, E. D.; Berardini, T. Z.; Li, D.; Huala, E.; Mi, H.; Thomas, P. D.; Chan, J.; Kishore, R.; Sternberg, P.; Van Auken, K.; Howe, D.; Westerfield, M.

julkaisussa: Nucleic Acids Research, Vuosikerta 41, Nro D1, 01.01.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Update on activities at the Universal Protein Resource (UniProt) in 2013. / Apweiler, Rolf; Martin, Maria Jesus; O'Donovan, Claire; Magrane, Michele; Alam-Faruque, Yasmin; Alpi, Emanuela; Antunes, Ricardo; Arganiska, Joanna; Casanova, Elisabet Barrera; Bely, Benoit; Bingley, Mark; Bonilla, Carlos; Britto, Ramona; Bursteinas, Borisas; Chan, Wei Mun; Chavali, Gayatri; Cibrian-Uhalte, Elena; Da Silva, Alan; De Giorgi, Maurizio; Dimmer, Emily; Fazzini, Francesco; Gane, Paul; Fedotov, Alexander; Castro, Leyla Garcia; Garmiri, Penelope; Hatton-Ellis, Emma; Hieta, Reija; Huntley, Rachael; Jacobsen, Julius; Jones, Rachel; Legge, Duncan; Liu, Wudong; Luo, Jie; MacDougall, Alistair; Mutowo, Prudence; Nightingale, Andrew; Orchard, Sandra; Patient, Samuel; Pichler, Klemens; Poggioli, Diego; Pundir, Sangya; Pureza, Luis; Qi, Guoying; Rosanoff, Steven; Sawford, Tony; Sehra, Harminder; Turner, Edward; Volynkin, Vladimir; Wardell, Tony; Watkins, Xavier; Zellner, Hermann; Corbett, Matt; Donnelly, Mike; Van Rensburg, Pieter; Goujon, Mickael; McWilliam, Hamish; Lopez, Rodrigo; Xenarios, Ioannis; Bougueleret, Lydie; Bridge, Alan; Poux, Sylvain; Redaschi, Nicole; Auchincloss, Andrea; Axelsen, Kristian; Bansal, Parit; Baratin, Delphine; Binz, Pierre Alain; Blatter, Marie Claude; Boeckmann, Brigitte; Bolleman, Jerven; Boutet, Emmanuel; Breuza, Lionel; De Castro, Edouard; Cerutti, Lorenzo; Coudert, Elisabeth; Cuche, Beatrice; Doche, Mikael; Dornevil, Dolnide; Duvaud, Severine; Estreicher, Anne; Famiglietti, Livia; Feuermann, Marc; Gasteiger, Elisabeth; Gehant, Sebastien; Gerritsen, Vivienne; Gos, Arnaud; Gruaz-Gumowski, Nadine; Hinz, Ursula; Hulo, Chantal; James, Janet; Jungo, Florence; Keller, Guillaume; Lara, Vicente; Lemercier, Philippe; Lew, Jocelyne; Lieberherr, Damien; Martin, Xavier; Masson, Patrick; Morgat, Anne; Neto, Teresa; Paesano, Salvo; Pedruzzi, Ivo; Pilbout, Sandrine; Pozzato, Monica; Pruess, Manuela; Rivoire, Catherine; Roechert, Bernd; Schneider, Michel; Sigrist, Christian; Sonesson, Karin; Staehli, Sylvie; Stutz, Andre; Sundaram, Shyamala; Tognolli, Michael; Verbregue, Laure; Veuthey, Anne Lise; Zerara, Mohamed; Wu, Cathy H.; Arighi, Cecilia N.; Arminski, Leslie; Chen, Chuming; Chen, Yongxing; Huang, Hongzhan; Kukreja, Abhishek; Laiho, Kati; McGarvey, Peter; Natale, Darren A.; Natarajan, Thanemozhi G.; Roberts, Natalia V.; Suzek, Baris E.; Vinayaka, C. R.; Wang, Qinghua; Wang, Yuqi; Yeh, Lai Su; Yerramalla, Meher Shruti; Zhang, Jian.

julkaisussa: Nucleic Acids Research, Vuosikerta 41, Nro D1, 01.01.2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

A meta-analysis of genome-wide association studies to identify prostate cancer susceptibility loci associated with aggressive and non-aggressive disease. / Al Olama, Ali Amin; Kote-Jarai, Zsofia; Schumacher, Fredrick R.; Wiklund, Fredrik; Berndt, Sonja I.; Benlloch, Sara; Giles, Graham G.; Severi, Gianluca; Neal, David E.; Hamdy, Freddie C.; Donovan, Jenny L.; Hunter, David J.; Henderson, Brian E.; Thun, Michael J.; Gaziano, Michael; Giovannucci, Edward L.; Siddiq, Afshan; Travis, Ruth C.; Cox, David G.; Canzian, Federico; Riboli, Elio; Key, Timothy J.; Andriole, Gerald; Albanes, Demetrius; Hayes, Richard B.; Schleutker, Johanna; Auvinen, Anssi; Tammela, Teuvo L J; Weischer, Maren; Stanford, Janet L.; Ostrander, Elaine A.; Cybulski, Cezary; Lubinski, Jan; Thibodeau, Stephen N.; Schaid, Daniel J.; Sorensen, Karina D.; Batra, Jyotsna; Clements, Judith A.; Chambers, Suzanne; Aitken, Joanne; Gardiner, Robert A.; Maier, Christiane; Vogel, Walther; Dörk, Thilo; Brenner, Hermann; Habuchi, Tomonori; Ingles, Sue; John, Esther M.; Dickinson, Joanne L.; Cannon-Albright, Lisa; Teixeira, Manuel R.; Kaneva, Radka; Zhang, Hong Wei; Lu, Yong Jie; Park, Jong Y.; Cooney, Kathleen A.; Muir, Kenneth R.; Leongamornlert, Daniel A.; Saunders, Edward; Tymrakiewicz, Malgorzata; Mahmud, Nadiya; Guy, Michelle; Govindasami, Koveela; O'Brien, Lynne T.; Wilkinson, Rosemary A.; Hall, Amanda L.; Sawyer, Emma J.; Dadaev, Tokhir; Morrison, Jonathan; Dearnaley, David P.; Horwich, Alan; Huddart, Robert A.; Khoo, Vincent S.; Parker, Christopher C.; Van As, Nicholas; Woodhouse, Christopher J.; Thompson, Alan; Dudderidge, Tim; Ogden, Chris; Cooper, Colin S.; Lophatonanon, Artitaya; Southey, Melissa C.; Hopper, John L.; English, Dallas; Virtamo, Jarmo; Marchand, Loic Le; Campa, Daniele; Kaaks, Rudolf; Lindstrom, Sara; Diver, W. Ryan; Gapstur, Susan; Yeager, Meredith; Cox, Angela; Stern, Mariana C.; Corral, Roman; Aly, Markus; Isaacs, William; Adolfsson, Jan; Xu, Jianfeng; Zheng, S. Lilly; Wahlfors, Tiina; Taari, Kimmo; Kujala, Paula; Klarskov, Peter; Nordestgaard, Børge G.; Røder, M. Andreas; Frikke-Schmidt, Ruth; Bojesen, Stig E.; FitzGerald, Liesel M.; Kolb, Suzanne; Kwon, Erika M.; Karyadi, Danielle M.; Orntoft, Torben Falck; Borre, Michael; Rinckleb, Antje; Luedeke, Manuel; Herkommer, Kathleen; Meyer, Andreas; Serth, Jü rgen; Marthick, James R.; Patterson, Briony; Wokolorczyk, Dominika; Spurdle, Amanda; Lose, Felicity; McDonnell, Shannon K.; Joshi, Amit D.; Shahabi, Ahva; Pinto, Pedro; Santos, Joana; Ray, Ana; Sellers, Thomas A.; Lin, Hui Yi; Stephenson, Robert A.; Teerlink, Craig; Muller, Heiko; Rothenbacher, Dietrich; Tsuchiya, Norihiko; Narita, Shintaro; Cao, Guang Wen; Slavov, Chavdar; Mitev, Vanio; Chanock, Stephen; Gronberg, Henrik; Haiman, Christopher A.; Kraft, Peter; Easton, Douglas F.; Eeles, Rosalind A.

julkaisussa: HUMAN MOLECULAR GENETICS, Vuosikerta 22, Nro 2, dds425, 01.2013, s. 408-415.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

HOXB13 is a susceptibility gene for prostate cancer : Results from the International Consortium for Prostate Cancer Genetics (ICPCG). / Xu, Jianfeng; Lange, Ethan M.; Lu, Lingyi; Zheng, Siqun L.; Wang, Zhong; Thibodeau, Stephen N.; Cannon-Albright, Lisa A.; Teerlink, Craig C.; Camp, Nicola J.; Johnson, Anna M.; Zuhlke, Kimberly A.; Stanford, Janet L.; Ostrander, Elaine A.; Wiley, Kathleen E.; Isaacs, Sarah D.; Walsh, Patrick C.; Maier, Christiane; Luedeke, Manuel; Vogel, Walther; Schleutker, Johanna; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo; Schaid, Daniel; McDonnell, Shannon K.; Derycke, Melissa S.; Cancel-Tassin, Geraldine; Cussenot, Olivier; Wiklund, Fredrik; Grönberg, Henrik; Eeles, Ros; Easton, Doug; Kote-Jarai, Zsofia; Whittemore, Alice S.; Hsieh, Chih Lin; Giles, Graham G.; Hopper, John L.; Severi, Gianluca; Catalona, William J.; Mandal, Diptasri; Ledet, Elisa; Foulkes, William D.; Hamel, Nancy; Mahle, Lovise; Moller, Pal; Powell, Isaac; Bailey-Wilson, Joan E.; Carpten, John D.; Seminara, Daniela; Cooney, Kathleen A.; Isaacs, William B.

julkaisussa: HUMAN GENETICS, Vuosikerta 132, Nro 1, 01.2013, s. 5-14.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Silencing of the arp2/3 complex disturbs pancreatic cancer cell migration. / Rauhala, Hanna E.; Teppo, Susanna; Niemelä, Sanna; Kallioniemi, Anne.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 33, Nro 1, 01.2013, s. 45-52.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

2D and 3D self-assembling nanofiber hydrogels for cardiomyocyte culture. / Ikonen, Liisa; Kerkelä, Erja; Metselaar, Gerald; Stuart, Marc C A; De Jong, Menno R.; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: BioMed Research International, Vuosikerta 2013, 285678, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

B-cell lymphoma gene regulatory networks : Biological consistency among inference methods. / Simoes, Ricardo de Matos; Dehmer, Matthias; Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 4, Nro DEC, 00281, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

CIP2A expression and prognostic role in patients with esophageal adenocarcinoma. / Rantanen, Tuomo; Kauttu, Tuuli; Åkerla, Jonne; Honkanen, Teemu; Krogerus, Leena; Salo, Jarmo; Paavonen, Timo; Oksala, Niku.

julkaisussa: MEDICAL ONCOLOGY, Vuosikerta 30, Nro 3, 684, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Comparative analysis of targeted differentiation of human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) and human embryonic stem cells reveals variability associated with incomplete transgene silencing in retrovirally derived hiPSCs lines. / Toivonen, Sanna; Ojala, Marisa; Hyysalo, Anu; Ilmarinen, Tanja; Rajala, Kristiina; Pekkanen-Mattila, Mari; Äänismaa, Riikka; Lundin, Karolina; Palgi, Jaan; Weltner, Jere; Trokovic, Ras; Silvennoinen, Olli; Skottman, Heli; Narkilahti, Susanna; Aalto-Setälä, Katriina; Otonkoski, Timo.

julkaisussa: Stem Cells Translational Medicine, Vuosikerta 2, Nro 2, 2013, s. 83-93.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

DBComposer : An R package for integrative analysis and management of gene expression microarray data. / Kong, Lingjia; Aho, Kaisa Leena; Granberg, Kirsi; Roos, Christophe; Autio, Reija.

2013 IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, GENSIPS 2013 - Proceedings. 2013. s. 92-93 6735944.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Development of fully defined xeno-free culture system for the preparation and propagation of cell therapy-compliant human adipose stem cells. / Patrikoski, Mimmi; Juntunen, Miia; Boucher, Shayne; Campbell, Andrew; Vemuri, Mohan C.; Mannerström, Bettina; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: STEM CELL RESEARCH & THERAPY, Vuosikerta 4, Nro 2, 27, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effects of different serum conditions on osteogenic differentiation of human adipose stem cells in vitro. / Kyllönen, Laura; Haimi, Suvi; Mannerström, Bettina; Huhtala, Heini; Rajala, Kristiina M.; Skottman, Heli; Sándor, George K.; Miettinen, Susanna.

julkaisussa: STEM CELL RESEARCH & THERAPY, Vuosikerta 4, Nro 1, 17, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Epithelium percentage estimation facilitates epithelial quantitative protein measurement in tissue specimens. / Chen, Jing; Eshghi, Shadi Toghi; Bova, George Steven; Li, Qing Kay; Li, Xingde; Zhang, Hui.

julkaisussa: CLINICAL PROTEOMICS, Vuosikerta 10, Nro 1, 18, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Genetic and QTL analyses of yield and a set of physiological traits in pepper. / Alimi, N. A.; Bink, M. C A M; Dieleman, J. A.; Nicolaï, M.; Wubs, M.; Heuvelink, E.; Magan, J.; Voorrips, R. E.; Jansen, J.; Rodrigues, P. C.; van der Heijden, G. W A M; Vercauteren, A.; Vuylsteke, M.; Song, Y.; Glasbey, C.; Barocsi, A.; Lefebvre, V.; Palloix, A.; van Eeuwijk, F. A.

julkaisussa: EUPHYTICA, Vuosikerta 190, Nro 2, 2013, s. 181-201.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Hollow fibers of poly(lactide-co-glycolide) and poly(ε-caprolactone) blends for vascular tissue engineering applications. / Diban, Nazely; Haimi, Suvi; Bolhuis-Versteeg, Lydia; Teixeira, Sandra; Miettinen, Susanna; Poot, André; Grijpma, Dirk; Stamatialis, Dimitrios.

julkaisussa: Acta Biomaterialia, Vuosikerta 9, Nro 5, 2013, s. 6450-6458.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Influence of the experimental design of gene expression studies on the inference of gene regulatory networks : Environmental factors. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: PeerJ, Vuosikerta 2013, Nro 1, e10, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanism of T-cell protein tyrosine phosphatase (TCPTP) activation by mitoxantrone. / Ylilauri, Mikko; Mattila, Elina; Nurminen, Elisa M.; Käpylä, Jarmo; Niinivehmas, Sanna P.; Määttä, Juha A.; Pentikäinen, Ulla; Ivaska, Johanna; Pentikäinen, Olli T.

julkaisussa: Biochimica et biophysica acta: proteins and proteomics, Vuosikerta 1834, Nro 10, 2013, s. 1988-1997.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular modeling of the PEGylated bilayer as a model for the PEGylated liposome surface in the bloodstream. / Magarkar, Aniket; Stepniewski, Michal; Karakas, Esra; Rog, Tomasz; Yliperttula, Marjo; Urtti, Arto; Bunker, Alex.

Technical Proceedings of the 2013 NSTI Nanotechnology Conference and Expo, NSTI-Nanotech 2013. Vuosikerta 2 2013. s. 576-578.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Multiple approaches and participation rate for a community based smoking cessation intervention trial in rural Kerala, India. / Jayakrishnan, Radhakrishnan; Mathew, Aleyamma; Uutela, Antti; Auvinen, Anssi; Sebastian, Paul.

julkaisussa: ASIAN PACIFIC JOURNAL OF CANCER PREVENTION, Vuosikerta 14, Nro 5, 2013, s. 2891-2896.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Optimal molecular profiling of tissue and tissue components : De fining the best processing and microdissection methods for biomedical applications. / Rodriguez-Canales, Jaime; Hanson, Jeffrey C.; Hipp, Jason D.; Balis, Ulysses J.; Tangrea, Michael A.; Emmert-Buck, Michael R.; Bova, G. Steven.

Pancreatic Cancer: Methods and Protocols. Vuosikerta 980 HUMANA PRESS INC, 2013. s. 61-120 (Methods in Molecular Biology; Vuosikerta 980).

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Personalized medicine : Has it started yet? A reconstruction of the early history. / Emmert-Streib, Frank.

julkaisussa: Frontiers in Genetics, Vuosikerta 3, Nro JAN, Article 313, 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Person identification from actions based on Artificial Neural Networks. / Iosifidis, Alexandros; Tefas, Anastasios; Pitas, Ioannis.

IEEE Workshop on Computational Intelligence in Biometrics and Identity Management, CIBIM. 2013. s. 7-13.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Person identification from actions based on dynemes and discriminant learning. / Iosifidis, Alexandros; Tefas, Anastasios; Pitas, Ioannis.

2013 International Workshop on Biometrics and Forensics, IWBF 2013. 2013.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Roll-to-roll atomic layer deposition for flexible substrates. / Lahtinen, K.; Maydannik, P.; Kääriäinen, T.; Seppänen, T.; Cameron, D. C.; Johansson, P.; Kraft, M.; Kuusipalo, J.

TAPPI International Conference on Nanotechnology 2013. TAPPI Press, 2013. s. 726-739.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Smoking cessation intervention in Rural Kerala, India : Findings of a randomised controlled trial. / Jayakrishnan, Radhakrishnan; Uutela, Antti; Mathew, Aleyamma; Auvinen, Anssi; Mathew, Preethi Sara; Sebastian, Paul.

julkaisussa: ASIAN PACIFIC JOURNAL OF CANCER PREVENTION, Vuosikerta 14, Nro 11, 2013, s. 6797-6802.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Undercut edges for robust capillary self-alignment in hybrid microassembly. / Liimatainen, Ville; Sariola, Veikko; Zhou, Quan.

8th Annual IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems, IEEE NEMS 2013. 2013. s. 1088-1091 6559911.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Wear resistance of nanoparticle coatings on paperboard. / Stepien, Milena; Chinga-Carrasco, Gary; Saarinen, Jarkko J.; Teisala, Hannu; Tuominen, Mikko; Aromaa, Mikko; Haapanen, Janne; Kuusipalo, Jurkka; Mäkelä, Jyrki M.; Toivakka, Martti.

TAPPI International Conference on Nanotechnology 2013. TAPPI Press, 2013. s. 821-829.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Standardization of Diagnostic Biomarker Concentrations in Urine : The Hematuria Caveat. / Reid, Cherith N.; Stevenson, Michael; Abogunrin, Funso; Ruddock, Mark W.; Emmert-Streib, Frank; Lamont, John V.; Williamson, Kate E.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 12, e53354, 31.12.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Aerobic Fitness Does Not Modify the Effect of FTO Variation on Body Composition Traits. / Huuskonen, Antti; Lappalainen, Jani; Oksala, Niku; Santtila, Matti; Häkkinen, Keijo; Kyröläinen, Heikki; Atalay, Mustafa.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 12, e51635, 17.12.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cancer incidence among Nordic airline cabin crew. / Pukkala, Eero; Helminen, Mika; Haldorsen, Tor; Hammar, Niklas; Kojo, Katja; Linnersjö, Anette; Rafnsson, Vilhjálmur; Tulinius, Hrafn; Tveten, Ulf; Auvinen, Anssi.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 131, Nro 12, 15.12.2012, s. 2886-2897.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Harnessing the complexity of gene expression data from cancer : From single gene to structural pathway methods. / Emmert-Streib, Frank; Tripathi, Shailesh; Matos Simoes, Ricardo D.

julkaisussa: Biology Direct, Vuosikerta 7, 44, 10.12.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Gene set analysis for self-contained tests : Complex null and specific alternative hypotheses. / Rahmatallah, Y.; Emmert-Streib, F.; Glazko, G.

julkaisussa: Bioinformatics, Vuosikerta 28, Nro 23, 12.2012, s. 3073-3080.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Characteristics of complex formation between monomeric and dimeric bisbenzimidazoles and AT-containing polynucleotide. / Lisitsyna, E. S.; Durandin, N. A.; Ivanov, A. A.; Streltsov, S. A.; Susova, O. Yu; Shtil, A. A.; Zhuze, A. L.; Kuzmin, V. A.

julkaisussa: MOLECULAR BIOLOGY, Vuosikerta 46, Nro 6, 11.2012, s. 823-827.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Culture Conditions Affect Cardiac Differentiation Potential of Human Pluripotent Stem Cells. / Ojala, Marisa; Rajala, Kristiina; Pekkanen-Mattila, Mari; Miettinen, Marinka; Huhtala, Heini; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 10, e48659, 31.10.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

GFP's Mechanical Intermediate States. / Saeger, John; Hytönen, Vesa P.; Klotzsch, Enrico; Vogel, Viola.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 10, e46962, 31.10.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Biophysics of lipid bilayers containing oxidatively modified phospholipids : Insights from fluorescence and EPR experiments and from MD simulations. / Jurkiewicz, Piotr; Olzyńska, Agnieszka; Cwiklik, Lukasz; Conte, Elena; Jungwirth, Pavel; Megli, Francesco M.; Hof, Martin.

julkaisussa: Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes, Vuosikerta 1818, Nro 10, 10.2012, s. 2388-2402.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Number of screens for overdetection as an indicator of absolute risk of overdiagnosis in prostate cancer screening. / Wu, Grace Hui Min; Auvinen, Anssi; Määttänen, Liisa; Tammela, Teuvo L J; Stenman, Ulf Hãkan; Hakama, Matti; Yen, Amy Ming Fang; Chen, Hsiu Hsi.

julkaisussa: International Journal of Cancer, Vuosikerta 131, Nro 6, 15.09.2012, s. 1367-1375.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Sarcopenia during androgen-deprivation therapy for prostate cancer. / Smith, Matthew R.; Saad, Fred; Egerdie, Blair; Sieber, Paul R.; Tammela, Teuvo L J; Ke, Chunlei; Leder, Benjamin Z.; Goessl, Carsten.

julkaisussa: Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology, Vuosikerta 30, Nro 26, 10.09.2012, s. 3271-3276.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Loss of SUFU function in familial multiple meningioma. / Aavikko, Mervi; Li, Song Ping; Saarinen, Silva; Alhopuro, Pia; Kaasinen, Eevi; Morgunova, Ekaterina; Li, Yilong; Vesanen, Kari; Smith, Miriam J.; Evans, D. Gareth R; Pöyhönen, Minna; Kiuru, Anne; Auvinen, Anssi; Aaltonen, Lauri A.; Taipale, Jussi; Vahteristo, Pia.

julkaisussa: AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS, Vuosikerta 91, Nro 3, 07.09.2012, s. 520-526.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Endocrine prevention and treatment of prostate cancer. / Tammela, Teuvo L J.

julkaisussa: Molecular and Cellular Endocrinology, Vuosikerta 360, Nro 1-2, 05.09.2012, s. 59-67.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cell Model of Catecholaminergic Polymorphic Ventricular Tachycardia Reveals Early and Delayed Afterdepolarizations. / Kujala, Kirsi; Paavola, Jere; Lahti, Anna; Larsson, Kim; Pekkanen-Mattila, Mari; Viitasalo, Matti; Lahtinen, Annukka M.; Toivonen, Lauri; Kontula, Kimmo; Swan, Heikki; Laine, Mika; Silvennoinen, Olli; Aalto-Setälä, Katriina.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 9, e44660, 04.09.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effectiveness of a 12-month exercise program on physical performance and quality of life of breast cancer survivors. / Saarto, Tiina; Penttinen, Heidi Marika; Sievänen, Harri; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko Liisa; Hakamies-Blomqvist, Liisa; Nikander, Riku; Huovinen, Riikka; Luoto, Riitta; Kautiainen, Hannu; Järvenpää, Salme; Idman, Irja; Utriainen, Meri; Vehmanen, Leena; Jääskeläinen, Anna Stina; Elme, Anneli; Ruohola, Johanna; Palva, Tiina; Vertio, Harri; Rautalahti, Matti; Fogelholm, Mikael; Blomqvist, Carl; Luoma, Minna Liisa.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 32, Nro 9, 09.2012, s. 3875-3884.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Effect of exercise on bone structural traits, physical performance and body composition in breast cancer patients - A 12-month RCT. / Nikander, R.; Sievänen, H.; Ojala, K.; Kellokumpu-Lehtinen, P. L.; Palva, T.; Blomqvist, C.; Luoto, R.; Saarto, T.

julkaisussa: Journal of Musculoskeletal and Neuronal Interactions, Vuosikerta 12, Nro 3, 09.2012, s. 127-135.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Photodynamic therapy in urology : What can we do now and where are we heading? / Bozzini, G.; Colin, P.; Betrouni, N.; Nevoux, P.; Ouzzane, A.; Puech, P.; Villers, A.; Mordon, S.

julkaisussa: PHOTODIAGNOSIS AND PHOTODYNAMIC THERAPY, Vuosikerta 9, Nro 3, 09.2012, s. 261-273.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Responder analysis of the effects of denosumab on bone mineral density in men receiving androgen deprivation therapy for prostate cancer. / Egerdie, R. B.; Saad, F.; Smith, M. R.; Tammela, T. L J; Heracek, J.; Sieber, P.; Ke, C.; Leder, B.; Dansey, R.; Goessl, C.

julkaisussa: PROSTATE CANCER AND PROSTATIC DISEASES, Vuosikerta 15, Nro 3, 09.2012, s. 308-312.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Toxicity in patients receiving adjuvant docetaxel hormonal treatment after radical radiotherapy for intermediate or high-risk prostate cancer : A preplanned safety report of the SPCG-13 trial. / Kellokumpu-Lehtinen, P. L.; Hjälm-Eriksson, M.; Thellenberg-Karlsson, C.; Åström, L.; Franzen, L.; Marttila, T.; Seke, M.; Taalikka, M.; Ginman, C.

julkaisussa: PROSTATE CANCER AND PROSTATIC DISEASES, Vuosikerta 15, Nro 3, 09.2012, s. 303-307.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Identification of novel CHD1-associated collaborative alterations of genomic structure and functional assessment of CHD1 in prostate cancer. / Liu, W.; Lindberg, J.; Sui, G.; Luo, J.; Egevad, L.; Li, T.; Xie, C.; Wan, M.; Kim, S. T.; Wang, Z.; Turner, A. R.; Zhang, Z.; Feng, J.; Yan, Y.; Sun, J.; Bova, G. S.; Ewing, C. M.; Yan, G.; Gielzak, M.; Cramer, S. D.; Vessella, R. L.; Zheng, S. L.; Grönberg, H.; Isaacs, W. B.; Xu, J.

julkaisussa: Oncogene, Vuosikerta 31, Nro 35, 30.08.2012, s. 3939-3948.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Cytokinesis failure due to derailed integrin traffic induces aneuploidy and oncogenic transformation in vitro and in vivo. / Högnäs, G.; Tuomi, S.; Veltel, S.; Mattila, E.; Murumägi, A.; Edgren, H.; Kallioniemi, O.; Ivaska, J.

julkaisussa: Oncogene, Vuosikerta 31, Nro 31, 02.08.2012, s. 3597-3606.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

No additional benefit of adding ifosfamide to docetaxel in castration-resistant metastatic prostate cancer. / Hervonen, Petteri; Tulijoki, Tapio; Kellokumpu-Lehtinen, Pirkko.

julkaisussa: Anticancer Research, Vuosikerta 32, Nro 8, 08.2012, s. 3305-3310.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Novel Loci for Metabolic Networks and Multi-Tissue Expression Studies Reveal Genes for Atherosclerosis. / Inouye, Michael; Ripatti, Samuli; Kettunen, Johannes; Lyytikäinen, Leo Pekka; Oksala, Niku; Laurila, Pirkka Pekka; Kangas, Antti J.; Soininen, Pasi; Savolainen, Markku J.; Viikari, Jorma; Kähönen, Mika; Perola, Markus; Salomaa, Veikko; Raitakari, Olli; Lehtimäki, Terho; Taskinen, Marja Riitta; Järvelin, Marjo Riitta; Ala-Korpela, Mika; Palotie, Aarno; de Bakker, Paul I W.

julkaisussa: PLOS GENETICS, Vuosikerta 8, Nro 8, e1002907, 08.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Validation of prostate cancer risk-related loci identified from genome-wide association studies using family-based association analysis : Evidence from the International Consortium for Prostate Cancer Genetics (ICPCG). / Jin, Guangfu; Lu, Lingyi; Cooney, Kathleen A.; Ray, Anna M.; Zuhlke, Kimberly A.; Lange, Ethan M.; Cannon-Albright, Lisa A.; Camp, Nicola J.; Teerlink, Craig C.; Fitzgerald, Liesel M.; Stanford, Janet L.; Wiley, Kathleen E.; Isaacs, Sarah D.; Walsh, Patrick C.; Foulkes, William D.; Giles, Graham G.; Hopper, John L.; Severi, Gianluca; Eeles, Ros; Easton, Doug; Kote-Jarai, Zsofia; Guy, Michelle; Rinckleb, Antje; Maier, Christiane; Vogel, Walther; Cancel-Tassin, Geraldine; Egrot, Christophe; Cussenot, Olivier; Thibodeau, Stephen N.; McDonnell, Shannon K.; Schaid, Daniel J.; Wiklund, Fredrik; Grönberg, Henrik; Emanuelsson, Monica; Whittemore, Alice S.; Oakley-Girvan, Ingrid; Hsieh, Chih Lin; Wahlfors, Tiina; Tammela, Teuvo; Schleutker, Johanna; Catalona, William J.; Zheng, S. Lilly; Ostrander, Elaine A.; Isaacs, William B.; Xu, Jianfeng.

julkaisussa: HUMAN GENETICS, Vuosikerta 131, Nro 7, 07.2012, s. 1095-1103.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

The importance of LDL and Cholesterol metabolism for prostate epithelial cell growth. / Murtola, Teemu J.; Syvälä, Heimo; Pennanen, Pasi; Bläuer, Merja; Solakivi, Tiina; Ylikomi, Timo; Tammela, Teuvo L J.

julkaisussa: PLoS ONE, Vuosikerta 7, Nro 6, e39445, 27.06.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Molecular mechanisms of ion-specific effects on proteins. / Rembert, Kelvin B.; Paterová, Jana; Heyda, Jan; Hilty, Christian; Jungwirth, Pavel; Cremer, Paul S.

julkaisussa: Journal of the American Chemical Society, Vuosikerta 134, Nro 24, 20.06.2012, s. 10039-10046.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Analysis of Xq27-28 linkage in the international consortium for prostate cancer genetics (ICPCG) families. / Bailey-Wilson, Joan E.; Childs, Erica J.; Cropp, Cheryl D.; Schaid, Daniel J.; Xu, Jianfeng; Camp, Nicola J.; Cannon-Albright, Lisa A.; Farnham, James M.; George, Asha; Powell, Isaac; Carpten, John D.; Giles, Graham G.; Hopper, John L.; Severi, Gianluca; English, Dallas R.; Foulkes, William D.; Mæhle, Lovise; Møller, Pål; Eeles, Rosalind; Easton, Douglas; Guy, Michelle; Edwards, Steve; Badzioch, Michael D.; Whittemore, Alice S.; Oakley-Girvan, Ingrid; Hsieh, Chih Lin; Dimitrov, Latchezar; Stanford, Janet L.; Karyadi, Danielle M.; Deutsch, Kerry; McIntosh, Laura; Ostrander, Elaine A.; Wiley, Kathleen E.; Isaacs, Sarah D.; Walsh, Patrick C.; Thibodeau, Stephen N.; McDonnell, Shannon K.; Hebbring, Scott; Lange, Ethan M.; Cooney, Kathleen A.; Tammela, Teuvo L J; Schleutker, Johanna; Maier, Christiane; Bochum, Sylvia; Hoegel, Josef; Grönberg, Henrik; Wiklund, Fredrik; Emanuelsson, Monica; Cancel-Tassin, Geraldine; Valeri, Antoine; Cussenot, Olivier; Isaacs, William B.

julkaisussa: BMC MEDICAL GENETICS, Vuosikerta 13, 46, 19.06.2012.

Tutkimustuotosvertaisarvioitu