TUTCRIS - Tampereen teknillinen yliopisto

TUTCRIS

Julkaisut

  1. Vertaisarvioitu
  2. Julkaistu

    Physiologically-relevant levels of sphingomyelin, but not GM1, induces a β-sheet-rich structure in the amyloid-β(1-42) monomer

    Owen, M. C., Kulig, W., Poojari, C., Rog, T. & Strodel, B., syyskuuta 2018, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 1860, 9, s. 1709-1720

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Polarization resolved photoluminescence in GaAs1−xBix/GaAs quantum wells

    Balanta, M. A. G., Orsi Gordo, V., Carvalho, A. R. H., Puustinen, J., Alghamdi, H. M., Henini, M., Galeti, H. V. A., Guina, M. & Galvão Gobato, Y., helmikuuta 2017, julkaisussa : Journal of Luminescence. 182, s. 49-52 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Positioning information privacy in intelligent transportation systems: An overview and future perspective

    Ometov, A., Bezzateev, S., Davydov, V., Shchesniak, A., Masek, P., Lohan, E. S. & Koucheryavy, Y., 1 huhtikuuta 2019, julkaisussa : Sensors. 19, 7, 1603.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  5. Preparation of 5-substituted 2-carboxyindoles on solid support

    Tois, J., Franzén, R., Aitio, O., Huikko, K. & Taskinen, J., 1 huhtikuuta 2000, julkaisussa : Tetrahedron Letters. 41, 14, s. 2443-2446 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    Production of l-xylose from l-xylulose using Escherichia coli l-fucose isomerase

    Usvalampi, A., Turunen, O., Valjakka, J., Pastinen, O., Leisola, M. & Nyyssölä, A., 5 tammikuuta 2012, julkaisussa : ENZYME AND MICROBIAL TECHNOLOGY. 50, 1, s. 71-76 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    Recurrent thyroid cancers have more peritumoural lymphatic vasculature than nonrecurrent thyroid cancers

    Hakala, T., Sand, J., Kellokumpu-Lehtinen, P. L., Huhtala, H., Leinonen, R. & Kholová, I., 2014, julkaisussa : European Journal of Clinical Investigation. 44, 9, s. 825-832 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression

    Startceva, S., Kandavalli, V. K., Visa, A. & Ribeiro, A. S., 1 helmikuuta 2019, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 1862, 2, s. 119-128 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Report from the 2nd Summer School in Computational Biology organized by the Queen's University of Belfast

    Emmert-Streib, F., Zhang, S. D. & Hamilton, P., 2014, julkaisussa : Genomics Data. 2, s. 37-39 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms

    Tossavainen, H., Helppolainen, S. H., Määttä, J. A. E., Pihlajamaa, T., Hytönen, V. P., Kulomaa, M. S. & Permi, P., huhtikuuta 2013, julkaisussa : BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS. 7, 1, s. 35-38 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  11. Responses of methane oxidation to temperature and water content in cover soil of a boreal landfill

    Einola, J. K. M., Kettunen, R. H. & Rintala, J. A., toukokuuta 2007, julkaisussa : Soil Biology and Biochemistry. 39, 5, s. 1156-1164 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  12. Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods

    Altay, G. & Emmert-Streib, F., 25 toukokuuta 2010, julkaisussa : Bioinformatics. 26, 14, s. 1738-1744 7 Sivumäärä, btq259.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Robust statistical approaches for RSS-based floor detection in indoor localization

    Razavi, A., Valkama, M. & Lohan, E. S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Sensors. 16, 6, 793.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Role of charged lipids in membrane structures: Insight given by simulations

    Pöyry, S. & Vattulainen, I., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. s. 2322–2333 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Role of subunit III and its lipids in the molecular mechanism of cytochrome c oxidase

    Sharma, V., Ala-Vannesluoma, P., Vattulainen, I., Wikström, M. & Róg, T., 17 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1847, 8, s. 690-697 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    SamExploreR: Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

    Stupnikov, A., Tripathi, S., De Matos Simoes, R., McArt, D., Salto-Tellez, M., Glazko, G., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3345-3347 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    SCIP: a single-cell image processor toolbox

    Martins, L., Neeli-Venkata, R., Oliveira, S. M. D., Häkkinen, A., Ribeiro, A. S. & Fonseca, J. M., 15 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 24, s. 4318-4320 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    Sequential Collinear Photofragmentation and Atomic Absorption Spectroscopy for Online Laser Monitoring of Triatomic Metal Species

    Viljanen, J., Kalmankoski, K., Contreras, V., Sarin, J. K., Sorvajärvi, T., Kinnunen, H., Enestam, S. & Toivonen, J., 18 tammikuuta 2020, julkaisussa : Sensors (Basel, Switzerland). 20, 2, 14 Sivumäärä, 533.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    sgnesR: An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters

    Tripathi, S., Lloyd-Price, J., Ribeiro, A., Yli-Harja, O., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 4 heinäkuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 325.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Shiga-like toxin binds with high avidity to multivalent O-linked blood group P1 determinants on mucin-type fusion proteins

    Maria Cherian, R., Gaunitz, S., Nilsson, A., Liu, J., Karlsson, N. G. & Holgersson, J., tammikuuta 2014, julkaisussa : GLYCOBIOLOGY. 24, 1, s. 26-38 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Small-molecule induction promotes corneal epithelial cell differentiation from human induced pluripotent stem cells

    Mikhailova, A., Ilmarinen, T., Uusitalo, H. & Skottman, H., 11 helmikuuta 2014, julkaisussa : Stem Cell Reports. 2, 2, s. 219-231 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Soft hydrazone crosslinked hyaluronan- and alginate-based hydrogels as 3D supportive matrices for human pluripotent stem cell-derived neuronal cells

    Karvinen, J., Joki, T., Ylä-Outinen, L., Koivisto, J. T., Narkilahti, S. & Kellomäki, M., 1 maaliskuuta 2018, julkaisussa : Reactive and Functional Polymers. 124, s. 29-39 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  23. Solution structure of nodularin: An inhibitor of serine/threonine- specific protein phosphatases

    Annila, A., Lehtimäki, J., Mattila, K., Eriksson, J. E., Sivonen, K., Rantala, T. T. & Drakenberg, T., 1996, julkaisussa : Journal of Biological Chemistry. 271, 28, s. 16695-16702 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Spectral object recognition in hyperspectral holography with complex-domain denoising

    Shevkunov, I., Katkovnik, V., Claus, D., Pedrini, G., Petrov, N. V. & Egiazarian, K., 26 marraskuuta 2019, julkaisussa : Sensors (Switzerland). 19, 23, 10 Sivumäärä, 5188.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    Stabilization of the peroxy intermediate in the oxygen splitting reaction of cytochrome cbb3

    Sharma, V., Wikström, M. & Kaila, V. R. I., heinäkuuta 2011, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1807, 7, s. 813-818 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    Statistical evaluation of barkhausen noise testing (BNT) for ground samples

    Tomkowski, R., Sorsa, A., Santa-Aho, S., Lundin, P. & Vippola, M., 1 marraskuuta 2019, julkaisussa : Sensors (Switzerland). 19, 21, 4716.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  27. Structural information content of networks: Graph entropy based on local vertex functionals

    Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., huhtikuuta 2008, julkaisussa : Computational Biology and Chemistry. 32, 2, s. 131-138 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Structural Measures for Network Biology Using QuACN

    Mueller, L. A. J., Kugler, K. G., Graber, A., Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 24 joulukuuta 2011, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 12, 1, 492.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Structure and barrier properties of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells are affected by extracellular matrix protein coating

    Sorkio, A., Hongisto, H., Kaarniranta, K., Uusitalo, H., Juuti-Uusitalo, K. & Skottman, H., 1 helmikuuta 2014, julkaisussa : Tissue Engineering Part A. 20, 3-4, s. 622-634 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Structure-function analysis indicates that sumoylation modulates DNA-binding activity of STAT1

    Grönholm, J., Vanhatupa, S., Ungureanu, D., Väliaho, J., Laitinen, T., Valjakka, J. & Silvennoinen, O., 2012, julkaisussa : BMC BIOCHEMISTRY. 13, 1, 20.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Submolecular Plasticization Induced by Photons in Azobenzene Materials

    Vapaavuori, J., Laventure, A., Bazuin, C. G., Lebel, O. & Pellerin, C., 28 lokakuuta 2015, julkaisussa : Journal of the American Chemical Society. 137, 42, s. 13510-13517 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Surface Modified Biodegradable Electrospun Membranes as a Carrier for Human Embryonic Stem Cell-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells

    Sorkio, A., Porter, P. J., Juuti-Uusitalo, K., Meenan, B. J., Skottman, H. & Burke, G. A., 1 syyskuuta 2015, julkaisussa : Tissue Engineering Part A. 21, 17-18, s. 2301-2314 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Surface science analysis and surface modification methods for biomaterials research

    Kanninen, L., Jokinen, N., Lahtonen, K., Jussila, P., Ali-Löytty, H., Hirsimäki, M., Leppiniemi, J., Hytönen, V., Kulomaa, M., Ahola, N., Paakinaho, K., Kellomäki, M. & Valden, M., 1 tammikuuta 2010, julkaisussa : European Cells and Materials. 20, SUPPL. 3, s. 133 1 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  34. Synthesis of chlorinated 5-hydroxy 4-methyl-2(5H)-furanones and mucochloric acid

    Franzén, R. & Kronberg, L., 29 toukokuuta 1995, julkaisussa : Tetrahedron Letters. 36, 22, s. 3905-3908 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Synthesis, Structural Characterization, Hirshfeld Surface and Antioxidant Activity Analysis of a Novel Organic Cation Antimonate Complex

    Lahbib, I., Valkonen, A., Rzaigui, M. & Smirani, W., 2017, julkaisussa : Journal of Cluster Science. 28, 4, s. 2239–2252 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  36. Julkaistu

    The biophysical properties of ethanolamine plasmalogens revealed by atomistic molecular dynamics simulations

    Rog, T. & Koivuniemi, A., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 1, s. 97-103 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    The highly dynamic oligomeric structure of bradavidin II is unique among avidin proteins

    Leppiniemi, J., Meir, A., Kahkonen, N., Kukkurainen, S., Maatta, J. A., Ojanen, M., Janis, J., Kulomaa, M. S., Livnah, O. & Hytonen, V. P., heinäkuuta 2013, julkaisussa : PROTEIN SCIENCE. 22, 7, s. 980-994 15 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    The identity of the transient proton loading site of the proton-pumping mechanism of cytochrome c oxidase

    Kaila, V. R. I., Sharma, V. & Wikström, M., tammikuuta 2011, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1807, 1, s. 80-84 5 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    The role of the K-channel and the active-site tyrosine in the catalytic mechanism of cytochrome c oxidase

    Sharma, V. & Wikström, M., elokuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1857, 8, s. 1111-1115

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Transcription closed and open complex formation coordinate expression of genes with a shared promoter region

    Häkkinen, A., Oliveira, S. M. D., Neeli-Venkata, R. & Ribeiro, A. S., 1 joulukuuta 2019, julkaisussa : Journal of the Royal Society Interface. 16, 161, 11 Sivumäärä, 20190507.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  41. Julkaistu

    Trans-interaction of nephrin and Neph1/Neph3 induces cell adhesion that associates with decreased tyrosine phosphorylation of nephrin

    Heikkilä, E., Ristola, M., Havana, M., Jones, N., Holthöfer, H. & Lehtonen, S., 1 toukokuuta 2011, julkaisussa : BIOCHEMICAL JOURNAL. 435, 3, s. 619-628 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  42. Tunable Plasmonic Silver Nanodomes for Surface-Enhanced Raman Scattering

    Kahraman, M., Ozbay, A., Yuksel, H., Solmaz, R., Demir, B. & Caglayan, H., 5 huhtikuuta 2017, (Hyväksytty/In press) julkaisussa : Plasmonics. s. 1-11 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Tuning the Plasmonic Extinction Resonances of Hexagonal Arrays of Ag Nanoparticles

    Ravi, A., Luthra, A., Teixeira, F. L., Berger, P. R. & Coe, J. V., 1 joulukuuta 2015, julkaisussa : Plasmonics. 10, 6, s. 1505-1512 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Uncertainty in multispectral lidar signals caused by incidence angle effects

    Kaasalainen, S., Åkerblom, M., Nevalainen, O., Hakala, T. & Kaasalainen, M., 6 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Interface Focus. 8, 2, 20170033.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  45. Unite and conquer: Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets

    Glazko, G. V. & Emmert-Streib, F., syyskuuta 2009, julkaisussa : Bioinformatics. 25, 18, s. 2348-2354 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  46. Julkaistu

    Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks

    Olsen, C., Fleming, K., Prendergast, N., Rubio, R., Emmert-Streib, F., Bontempi, G., Quackenbush, J. & Haibe-Kains, B., 1 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Genomics Data. 4, s. 123-126 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Visualizing functional motions of membrane transporters with molecular dynamics simulations

    Shaikh, S. A., Li, J., Enkavi, G., Wen, P. C., Huang, Z. & Tajkhorshid, E., 29 tammikuuta 2013, julkaisussa : Biochemistry. 52, 4, s. 569-587 19 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    Weighing trees with lasers: Advances, challenges and opportunities

    Disney, M. I., Boni Vicari, M., Burt, A., Calders, K., Lewis, S. L., Raumonen, P. & Wilkes, P., 6 huhtikuuta 2018, julkaisussa : Interface Focus. 8, 2, 20170048.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  49. Katsausartikkeli › Vertaisarvioitu
  50. Julkaistu

    Non-Brownian diffusion in lipid membranes: Experiments and simulations

    Metzler, R., Jeon, J. H. & Cherstvy, A. G., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 215, s. 173–185

    Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

  51. Utilization of Grignard reagents in solid-phase synthesis: A review of the literature

    Franzén, R. G., 28 tammikuuta 2000, julkaisussa : Tetrahedron. 56, 5, s. 685-691 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

  52. Vertaisarvioitu
  53. Julkaistu

    Lipid membranes: Theory and simulations bridged to experiments

    Vattulainen, I. & Róg, T., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 10, s. 2251-2253 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  54. Julkaistu

    Advances in Human Stem Cell-Derived Neuronal Cell Culturing and Analysis

    Ylä-Outinen, L., Tanskanen, J. M. A., Kapucu, F. E., Hyysalo, A., Hyttinen, J. A. K. & Narkilahti, S., 2019, In Vitro Neuronal Networks: From Culturing Methods to Neuro-Technological Applications. Springer New York LLC, s. 299-329 31 Sivumäärä (Advances in Neurobiology; painos 22).

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  55. Julkaistu

    Biophysics of lipid bilayers containing oxidatively modified phospholipids: Insights from fluorescence and EPR experiments and from MD simulations

    Jurkiewicz, P., Olzyńska, A., Cwiklik, L., Conte, E., Jungwirth, P., Megli, F. M. & Hof, M., lokakuuta 2012, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1818, 10, s. 2388-2402 15 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  56. Julkaistu

    Endocrine prevention and treatment of prostate cancer

    Tammela, T. L. J., 5 syyskuuta 2012, julkaisussa : Molecular and Cellular Endocrinology. 360, 1-2, s. 59-67 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  57. Julkaistu

    Lipid hydration and mobility: An interplay between fluorescence solvent relaxation experiments and molecular dynamics simulations

    Jurkiewicz, P., Cwiklik, L., Jungwirth, P. & Hof, M., tammikuuta 2012, julkaisussa : Biochimie. 94, 1, s. 26-32 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  58. Julkaistu

    Modification of olivomycin A at the side chain of the aglycon yields the derivative with perspective antitumor characteristics

    Tevyashova, A. N., Shtil, A. A., Olsufyeva, E. N., Luzikov, Y. N., Reznikova, M. I., Dezhenkova, L. G., Isakova, E. B., Bukhman, V. M., Durandin, N. A., Vinogradov, A. M., Kuzmin, V. A. & Preobrazhenskaya, M. N., 15 joulukuuta 2011, julkaisussa : BIOORGANIC AND MEDICINAL CHEMISTRY. 19, 24, s. 7387-7393 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  59. Julkaistu

    Non-coding RNAs in DNA damage and repair

    Sharma, V. & Misteli, T., 27 kesäkuuta 2013, julkaisussa : FEBS Letters. 587, 13, s. 1832-1839 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  60. Julkaistu

    Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes

    Manna, M., Nieminen, T. & Vattulainen, I., 6 toukokuuta 2019, julkaisussa : ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS. 48, s. 421-439 19 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

Edellinen 1 2 Seuraava