TUTCRIS - Tampereen teknillinen yliopisto

TUTCRIS

Julkaisut

  1. Vertaisarvioitu
  2. Julkaistu

    A comparison between joint regression analysis and the AMMI model: A case study with barley

    Pereira, D. G., Rodrigues, P. C., Mejza, S. & Mexia, J. T., helmikuuta 2012, julkaisussa : JOURNAL OF STATISTICAL COMPUTATION AND SIMULATION. 82, 2, s. 193-207 15 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Ageing first passage time density in continuous time random walks and quenched energy landscapes

    Krüsemann, H., Godec, A. & Metzler, R., 17 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 28, 285001.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Aging scaled Brownian motion

    Safdari, H., Chechkin, A. V., Jafari, G. R. & Metzler, R., 7 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 4, 042107.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data

    Rodrigues, P. C., Monteiro, A. & Lourenço, V. M., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 1, s. 58-66 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    A stochastic model for survival of early prostate cancer with adjustments for leadtime, length bias, and over-detection

    Wu, G. H. M., Auvinen, A., Yen, A. M. F., Hakama, M., Walter, S. D. & Chen, H. H., tammikuuta 2012, julkaisussa : Biometrical Journal. 54, 1, s. 20-44 25 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    BACOM: In silico detection of genomic deletion types and correction of normal cell contamination in copy number data

    Yu, G., Zhang, B., Bova, G. S., Xu, J., Shih, I. M. & Wang, Y., kesäkuuta 2011, julkaisussa : Bioinformatics. 27, 11, s. 1473-1480 8 Sivumäärä, btr183.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells

    Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1346-1352 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Clustering-based method for developing a genomic copy number alteration signature for predicting the metastatic potential of prostate cancer

    Pearlman, A., Campbell, C., Brooks, E., Genshaft, A., Shajahan, S., Ittman, M., Bova, G. S., Melamed, J., Holcomb, I., Schneider, R. J. & Ostrer, H., 2012, julkaisussa : JOURNAL OF PROBABILITY AND STATISTICS. 873570.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Comparative analysis of tissue reconstruction algorithms for 3D histology

    Kartasalo, K., Latonen, L., Vihinen, J., Visakorpi, T., Nykter, M. & Ruusuvuori, P., 1 syyskuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 17, s. 3013-3021 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Conformational properties of complex polymers: Rosette versus star-like structures

    Blavatska, V. & Metzler, R., 7 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 13, 135001.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Diffusion through thin membranes: Modeling across scales

    Aho, V., Mattila, K., Kühn, T., Kekäläinen, P., Pulkkinen, O., Minussi, R. B., Vihinen-Ranta, M. & Timonen, J., 12 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Physical Review E. 93, 4, 043309.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Dynamics of coupled repressilators: The role of mRNA kinetics and transcription cooperativity

    Potapov, I., Volkov, E. & Kuznetsov, A., 4 maaliskuuta 2011, julkaisussa : Physical Review E. 83, 3, 031901.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Dynamics of intracranial electroencephalographic recordings from epilepsy patients using univariate and bivariate recurrence networks

    Subramaniyam, N. P. & Hyttinen, J., 27 helmikuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 2, 022927.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Ergodicity breaking, ageing, and confinement in generalized diffusion processes with position and time dependent diffusivity

    Cherstvy, A. G. & Metzler, R., 15 toukokuuta 2015, julkaisussa : Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment. 2015, 5, P05010.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data

    Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 tammikuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 1, s. 69-75 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  17. Exploratory analysis of spatiotemporal patterns of cellular automata by clustering compressibility

    Emmert-Streib, F., 8 helmikuuta 2010, julkaisussa : Physical Review E. 81, 2, 026103.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  18. Fault tolerance of information processing in gene networks

    Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 15 helmikuuta 2009, julkaisussa : Physica A: Statistical Mechanics and Its Applications. 388, 4, s. 541-548 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    First-principles data set of 45,892 isolated and cation-coordinated conformers of 20 proteinogenic amino acids

    Ropo, M., Schneider, M., Baldauf, C. & Blum, V., 16 helmikuuta 2016, julkaisussa : Scientific Data. 3, 160009.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Forecasting mortality rate by singular spectrum analysis

    Mahmoudvand, R., Alehosseini, F. & Rodrigues, P. C., 1 marraskuuta 2015, julkaisussa : REVSTAT STATISTICAL JOURNAL. 13, 3, s. 193-206 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Generative modeling for maximizing precision and recall in information visualization

    Peltonen, J. & Kaski, S., 2011, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 15, s. 579-587 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Gene set analysis for self-contained tests: Complex null and specific alternative hypotheses

    Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., joulukuuta 2012, julkaisussa : Bioinformatics. 28, 23, s. 3073-3080 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA): A multivariate differential coexpression test for gene sets

    Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 1 helmikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 3, s. 360-368 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Hermitian one-particle density matrix through a semiclassical gradient expansion

    Bencheikh, K. & Räsänen, E., 9 joulukuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 49, 1, 015205.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    High-Reynolds-number turbulent cavity flow using the lattice Boltzmann method

    Hegele, L. A., Scagliarini, A., Sbragaglia, M., Mattila, K. K., Philippi, P. C., Puleri, D. F., Gounley, J. & Randles, A., 4 lokakuuta 2018, julkaisussa : Physical Review E. 98, 4, 13 Sivumäärä, 043302.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    Information retrieval perspective to meta-visualization

    Peltonen, J. & Lin, Z., 2013, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 29, s. 165-180 16 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Introducing libeemd: a program package for performing the ensemble empirical mode decomposition

    Luukko, P. J. J., Helske, J. & Räsänen, E., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Computational Statistics. 31, 2, s. 545-557 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Investigation of an entropic stabilizer for the lattice-Boltzmann method

    Mattila, K. K., Hegele, L. A. & Philippi, P. C., 19 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 6, 063010.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Majorization-minimization for manifold embedding

    Yang, Z., Peltonen, J. & Kaski, S., 2015, julkaisussa : Journal of Machine Learning Research. 38, s. 1088-1097 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    NetBioV: An R package for visualizing large network data in biology and medicine

    Tripathi, S., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2 huhtikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 19, s. 2834-2836 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    Nonlinear continuous-wave optical propagation in nematic liquid crystals: Interplay between reorientational and thermal effects

    Alberucci, A., Laudyn, U. A., Piccardi, A., Kwasny, M., Klus, B., Karpierz, M. A. & Assanto, G., 11 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Physical Review E. 96, 1, 012703.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Optimization and universality of Brownian search in a basic model of quenched heterogeneous media

    Godec, A. & Metzler, R., 21 toukokuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 91, 5, 052134.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Parity-time-symmetric solitons in trapped Bose-Einstein condensates and the influence of varying complex potentials: A variational approach

    Devassy, L., Jisha, C. P., Alberucci, A. & Kuriakose, V. C., 19 elokuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 92, 2, 12 Sivumäärä, 022914.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  34. Julkaistu

    Quantifying the non-ergodicity of scaled Brownian motion

    Safdari, H., Cherstvy, A. G., Chechkin, A. V., Thiel, F., Sokolov, I. M. & Metzler, R., 18 syyskuuta 2015, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 48, 37, 375002.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Reorientational versus Kerr dark and gray solitary waves using modulation theory

    Assanto, G., Marchant, T. R., Minzoni, A. A. & Smyth, N. F., 9 joulukuuta 2011, julkaisussa : Physical Review E. 84, 6, 066602.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  36. Revealing differences in gene network inference algorithms on the network level by ensemble methods

    Altay, G. & Emmert-Streib, F., 25 toukokuuta 2010, julkaisussa : Bioinformatics. 26, 14, s. 1738-1744 7 Sivumäärä, btq259.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    SamExploreR: Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

    Stupnikov, A., Tripathi, S., De Matos Simoes, R., McArt, D., Salto-Tellez, M., Glazko, G., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3345-3347 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    SCIP: a single-cell image processor toolbox

    Martins, L., Neeli-Venkata, R., Oliveira, S. M. D., Häkkinen, A., Ribeiro, A. S. & Fonseca, J. M., 15 joulukuuta 2018, julkaisussa : Bioinformatics. 34, 24, s. 4318-4320 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Search reliability and search efficiency of combined Lévy-Brownian motion: Long relocations mingled with thorough local exploration

    Palyulin, V. V., Chechkin, A. V., Klages, R. & Metzler, R., 8 syyskuuta 2016, julkaisussa : Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical. 49, 39, 394002.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Signal focusing through active transport

    Godec, A. & Metzler, R., 2 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Physical Review E. 92, 1, 6 Sivumäärä, 010701.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  41. Julkaistu

    Structured orthogonal families of one and two strata prime basis factorial models

    Rodrigues, P. C., Moreira, E. E., Jesus, V. M. & Mexia, J. T., 2014, julkaisussa : Statistical Papers. 55, 3, s. 603-614 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  42. Unite and conquer: Univariate and multivariate approaches for finding differentially expressed gene sets

    Glazko, G. V. & Emmert-Streib, F., syyskuuta 2009, julkaisussa : Bioinformatics. 25, 18, s. 2348-2354 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  43. Julkaistu

    Using multi-step proposal distribution for improved MCMC convergence in Bayesian network structure learning

    Larjo, A. & Lähdesmäki, H., 27 joulukuuta 2015, julkaisussa : Eurasip Journal on Bioinformatics and Systems Biology. 2015, 1, 6.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Performance of Variable Partial Factor approach in a slope design

    Knuuti, M. & Länsivaara, T., 2019, 13th International Conference on Applications of Statistics and Probability in Civil Engineering(ICASP13), Seoul, South Korea, May 26-30, 2019.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu