TUTCRIS - Tampereen teknillinen yliopisto

TUTCRIS

Julkaisut

  1. A1 Alkuperäisartikkeli
  2. Julkaistu

    Dissecting the in vivo dynamics of transcription locking due to positive supercoiling buildup

    Palma, C. S. D., Kandavalli, V., Bahrudeen, M. N. M., Minoia, M., Chauhan, V., Dash, S. & Ribeiro, A. S., 2020, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 1863, 5, 13 Sivumäärä, 194515.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    Pulmonary Surfactant Lipid Reorganization Induced by the Adsorption of the Oligomeric Surfactant Protein B Complex

    Liekkinen, J., Enkavi, G., Javanainen, M., Olmeda, B., Pérez-Gil, J. & Vattulainen, I., 2020, julkaisussa : JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 432, 10, s. 3251-3268 18 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    High-content imaging and structure-based predictions reveal functional differences between Niemann-Pick C1 variants

    Vanharanta, L., Peränen, J., Pfisterer, S. G., Enkavi, G., Vattulainen, I. & Ikonen, E., 2020, julkaisussa : Traffic. 21, 5, s. 386-397 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Sodium channels enable fast electrical signaling and regulate phagocytosis in the retinal pigment epithelium

    Johansson, J. K., Karema-Jokinen, V. I., Hakanen, S., Jylhä, A., Uusitalo, H., Vihinen-Ranta, M., Skottman, H., Ihalainen, T. O. & Nymark, S., 15 elokuuta 2019, julkaisussa : BMC BIOLOGY. 17, 1, 63.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  6. Julkaistu

    Iterative unsupervised domain adaptation for generalized cell detection from brightfield z-stacks

    Liimatainen, K., Kananen, L., Latonen, L. & Ruusuvuori, P., 15 helmikuuta 2019, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 20, 1, 80.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    Regulation of asymmetries in the kinetics and protein numbers of bacterial gene expression

    Startceva, S., Kandavalli, V. K., Visa, A. & Ribeiro, A. S., 1 helmikuuta 2019, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. 1862, 2, s. 119-128 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Structure and dynamics of a human myelin protein P2 portal region mutant indicate opening of the β barrel in fatty acid binding proteins

    Laulumaa, S., Nieminen, T., Raasakka, A., Krokengen, O. C., Safaryan, A., Hallin, E. I., Brysbaert, G., Lensink, M. F., Ruskamo, S., Vattulainen, I. & Kursula, P., 25 kesäkuuta 2018, julkaisussa : BMC Structural Biology. 18, 1, 8.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    The precision of the symmetry in Z-ring placement in Escherichia coli is hampered at critical temperatures

    Neeli-Venkata, R., Oliveira, S. M. D., Martins, L., Startceva, S., Bahrudeen, M., Fonseca, J. M., Minoia, M. & Ribeiro, A. S., 18 toukokuuta 2018, julkaisussa : Physical Biology. 15, 5, 056002.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Comparison of different coating techniques on the properties of FucoPol films

    Ferreira, A. R. V., Haapanen, J., Mäkelä, J. M., Bratvold, J. E., Nilsen, O., Tuominen, M., Alves, V. D. & Coelhoso, I. M., 1 lokakuuta 2017, julkaisussa : International Journal of Biological Macromolecules. 103, s. 268-274 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    sgnesR: An R package for simulating gene expression data from an underlying real gene network structure considering delay parameters

    Tripathi, S., Lloyd-Price, J., Ribeiro, A., Yli-Harja, O., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 4 heinäkuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 325.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    GSAR: Bioconductor package for Gene Set analysis in R

    Rahmatallah, Y., Zybailov, B., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 24 tammikuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 61.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent

    Kandavalli, V. K., Tran, H. & Ribeiro, A. S., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms. 1859, 10, s. 1281-1288 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    Biogenesis of Nascent High Density Lipoprotein Particles

    Koivuniemi, A. & Vattulainen, I., 9 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Structure. 23, 7, s. 1153-1154 2 Sivumäärä, 3212.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Urothelial cancer gene regulatory networks inferred from large-scale RNAseq, Bead and Oligo gene expression data

    Matos Simoes, R. D., Dalleau, S., Williamson, K. E. & Emmert-Streib, F., 14 toukokuuta 2015, julkaisussa : BMC Systems Biology. 9, 21.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    A Bayesian approach for suppression of limited angular sampling artifacts in single particle 3D reconstruction

    Moriya, T., Acar, E., Cheng, R. H. & Ruotsalainen, U., 3 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Journal of Structural Biology. 191, 3, s. 318–331 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

    Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 5 joulukuuta 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, 1, 397.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    AROS has a context-dependent effect on SIRT1

    Kokkola, T., Suuronen, T., Molnár, F., Määttä, J., Salminen, A., Jarho, E. M. & Lahtela-Kakkonen, M., 2 toukokuuta 2014, julkaisussa : FEBS Letters. 588, 9, s. 1523-1528 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Investigating the binding behaviour of two avidin-based testosterone binders using molecular recognition force spectroscopy

    Rangl, M., Leitner, M., Riihimäki, T., Lehtonen, S., Hytönen, V. P., Gruber, H. J., Kulomaa, M., Hinterdorfer, P. & Ebner, A., helmikuuta 2014, julkaisussa : Journal of Molecular Recognition. 27, 2, s. 92-97 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Functional and genetic analysis of the colon cancer network.

    Emmert-Streib, F., de Matos Simoes, R., Glazko, G., McDade, S., Haibe-Kains, B., Holzinger, A., Dehmer, M. & Campbell, F., 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, Suppl 6, S6.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    The structural motifs for substrate binding and dimerization of the α subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase

    Anantharajan, J., Koski, M. K., Kursula, P., Hieta, R., Bergmann, U., Myllyharju, J. & Wierenga, R. K., 3 joulukuuta 2013, julkaisussa : Structure. 21, 12, s. 2107-2118 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Resonance assignments of the 56 kDa chimeric avidin in the biotin-bound and free forms

    Tossavainen, H., Helppolainen, S. H., Määttä, J. A. E., Pihlajamaa, T., Hytönen, V. P., Kulomaa, M. S. & Permi, P., huhtikuuta 2013, julkaisussa : BIOMOLECULAR NMR ASSIGNMENTS. 7, 1, s. 35-38 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Characteristics of complex formation between monomeric and dimeric bisbenzimidazoles and AT-containing polynucleotide

    Lisitsyna, E. S., Durandin, N. A., Ivanov, A. A., Streltsov, S. A., Susova, O. Y., Shtil, A. A., Zhuze, A. L. & Kuzmin, V. A., marraskuuta 2012, julkaisussa : MOLECULAR BIOLOGY. 46, 6, s. 823-827 5 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Organizational structure and the periphery of the gene regulatory network in B-cell lymphoma.

    de Matos Simoes, R., Tripathi, S. & Emmert-Streib, F., 14 toukokuuta 2012, julkaisussa : BMC Systems Biology. 6, 38.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    Structural Measures for Network Biology Using QuACN

    Mueller, L. A. J., Kugler, K. G., Graber, A., Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 24 joulukuuta 2011, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 12, 1, 492.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  26. Inferring the conservative causal core of gene regulatory networks

    Altay, G. & Emmert-Streib, F., 28 syyskuuta 2010, julkaisussa : BMC Systems Biology. 4, 132.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  27. Hierarchical coordination of periodic genes in the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae

    Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 20 heinäkuuta 2009, julkaisussa : BMC Systems Biology. 3, 76.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  28. Information processing in the transcriptional regulatory network of yeast: Functional robustness

    Emmert-Streib, F. & Dehmer, M., 19 maaliskuuta 2009, julkaisussa : BMC Systems Biology. 3, 35.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  29. Structural information content of networks: Graph entropy based on local vertex functionals

    Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., huhtikuuta 2008, julkaisussa : Computational Biology and Chemistry. 32, 2, s. 131-138 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  30. A topological algorithm for identification of structural domains of proteins

    Emmert-Streib, F. & Mushegian, A., 3 heinäkuuta 2007, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 8, 237.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  31. A2 Katsausartikkeli
  32. Julkaistu

    Understanding the Role of Lipids in Signaling Through Atomistic and Multiscale Simulations of Cell Membranes

    Manna, M., Nieminen, T. & Vattulainen, I., 6 toukokuuta 2019, julkaisussa : ANNUAL REVIEW OF BIOPHYSICS. 48, s. 421-439 19 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Non-coding RNAs in DNA damage and repair

    Sharma, V. & Misteli, T., 27 kesäkuuta 2013, julkaisussa : FEBS Letters. 587, 13, s. 1832-1839 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu