TUTCRIS - Tampereen teknillinen yliopisto

TUTCRIS

Julkaisut

  1. Julkaistu

    Loss of SUFU function in familial multiple meningioma

    Aavikko, M., Li, S. P., Saarinen, S., Alhopuro, P., Kaasinen, E., Morgunova, E., Li, Y., Vesanen, K., Smith, M. J., Evans, D. G. R., Pöyhönen, M., Kiuru, A., Auvinen, A., Aaltonen, L. A., Taipale, J. & Vahteristo, P., 7 syyskuuta 2012, julkaisussa : AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 91, 3, s. 520-526 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  2. Julkaistu

    Multiple novel prostate cancer susceptibility signals identified by fine-mapping of known risk loci among Europeans

    Al Olama, A. A., Dadaev, T., Hazelett, D. J., Li, Q., Leongamornlert, D., Saunders, E. J., Stephens, S., Cieza-Borrella, C., Whitmore, I., Garcia, S. B., Giles, G. G., Southey, M. C., Fitzgerald, L., Gronberg, H., Wiklund, F., Aly, M., Henderson, B. E., Schumacher, F., Haiman, C. A., Schleutker, J., Wahlfors, T., Tammela, T. L., Nordestgaard, B. G., Key, T. J., Travis, R. C., Neal, D. E., Donovan, J. L., Hamdy, F. C., Pharoah, P., Pashayan, N., Khaw, K. T., Stanford, J. L., Thibodeau, S. N., Mcdonnell, S. K., Schaid, D. J., Maier, C., Vogel, W., Luedeke, M., Herkommer, K., Kibel, A. S., Cybulski, C., Wokolorczyk, D., Kluzniak, W., Cannon-Albright, L., Brenner, H., Butterbach, K., Arndt, V., Park, J. Y., Sellers, T., Lin, H. Y., Slavov, C., Kaneva, R., Mitev, V., Batra, J., Clements, J. A., Spurdle, A., Teixeira, M. R., Paulo, P., Maia, S., Pandha, H., Michael, A., Kierzek, A., Govindasami, K., Guy, M., Lophatonanon, A., Muir, K., Viñuela, A., Brown, A. A., Freedman, M., Conti, D. V., Easton, D., Coetzee, G. A., Eeles, R. A. & Kote-Jarai, Z., 1 lokakuuta 2015, julkaisussa : HUMAN MOLECULAR GENETICS. 24, 19, s. 5589-5602 14 Sivumäärä, ddv203.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    A meta-analysis of genome-wide association studies to identify prostate cancer susceptibility loci associated with aggressive and non-aggressive disease

    Al Olama, A. A., Kote-Jarai, Z., Schumacher, F. R., Wiklund, F., Berndt, S. I., Benlloch, S., Giles, G. G., Severi, G., Neal, D. E., Hamdy, F. C., Donovan, J. L., Hunter, D. J., Henderson, B. E., Thun, M. J., Gaziano, M., Giovannucci, E. L., Siddiq, A., Travis, R. C., Cox, D. G., Canzian, F., Riboli, E., Key, T. J., Andriole, G., Albanes, D., Hayes, R. B., Schleutker, J., Auvinen, A., Tammela, T. L. J., Weischer, M., Stanford, J. L., Ostrander, E. A., Cybulski, C., Lubinski, J., Thibodeau, S. N., Schaid, D. J., Sorensen, K. D., Batra, J., Clements, J. A., Chambers, S., Aitken, J., Gardiner, R. A., Maier, C., Vogel, W., Dörk, T., Brenner, H., Habuchi, T., Ingles, S., John, E. M., Dickinson, J. L., Cannon-Albright, L., Teixeira, M. R., Kaneva, R., Zhang, H. W., Lu, Y. J., Park, J. Y., Cooney, K. A., Muir, K. R., Leongamornlert, D. A., Saunders, E., Tymrakiewicz, M., Mahmud, N., Guy, M., Govindasami, K., O'Brien, L. T., Wilkinson, R. A., Hall, A. L., Sawyer, E. J., Dadaev, T., Morrison, J., Dearnaley, D. P., Horwich, A., Huddart, R. A., Khoo, V. S., Parker, C. C., Van As, N., Woodhouse, C. J., Thompson, A., Dudderidge, T., Ogden, C., Cooper, C. S., Lophatonanon, A., Southey, M. C., Hopper, J. L., English, D., Virtamo, J., Marchand, L. L., Campa, D., Kaaks, R., Lindstrom, S., Diver, W. R., Gapstur, S., Yeager, M., Cox, A., Stern, M. C., Corral, R., Aly, M., Isaacs, W., Adolfsson, J., Xu, J., Zheng, S. L., Wahlfors, T., Taari, K., Kujala, P., Klarskov, P., Nordestgaard, B. G., Røder, M. A., Frikke-Schmidt, R., Bojesen, S. E., FitzGerald, L. M., Kolb, S., Kwon, E. M., Karyadi, D. M., Orntoft, T. F., Borre, M., Rinckleb, A., Luedeke, M., Herkommer, K., Meyer, A., Serth, J. R., Marthick, J. R., Patterson, B., Wokolorczyk, D., Spurdle, A., Lose, F., McDonnell, S. K., Joshi, A. D., Shahabi, A., Pinto, P., Santos, J., Ray, A., Sellers, T. A., Lin, H. Y., Stephenson, R. A., Teerlink, C., Muller, H., Rothenbacher, D., Tsuchiya, N., Narita, S., Cao, G. W., Slavov, C., Mitev, V., Chanock, S., Gronberg, H., Haiman, C. A., Kraft, P., Easton, D. F. & Eeles, R. A., tammikuuta 2013, julkaisussa : HUMAN MOLECULAR GENETICS. 22, 2, s. 408-415 8 Sivumäärä, dds425.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Analysis of Xq27-28 linkage in the international consortium for prostate cancer genetics (ICPCG) families

    Bailey-Wilson, J. E., Childs, E. J., Cropp, C. D., Schaid, D. J., Xu, J., Camp, N. J., Cannon-Albright, L. A., Farnham, J. M., George, A., Powell, I., Carpten, J. D., Giles, G. G., Hopper, J. L., Severi, G., English, D. R., Foulkes, W. D., Mæhle, L., Møller, P., Eeles, R., Easton, D., Guy, M., Edwards, S., Badzioch, M. D., Whittemore, A. S., Oakley-Girvan, I., Hsieh, C. L., Dimitrov, L., Stanford, J. L., Karyadi, D. M., Deutsch, K., McIntosh, L., Ostrander, E. A., Wiley, K. E., Isaacs, S. D., Walsh, P. C., Thibodeau, S. N., McDonnell, S. K., Hebbring, S., Lange, E. M., Cooney, K. A., Tammela, T. L. J., Schleutker, J., Maier, C., Bochum, S., Hoegel, J., Grönberg, H., Wiklund, F., Emanuelsson, M., Cancel-Tassin, G., Valeri, A., Cussenot, O. & Isaacs, W. B., 19 kesäkuuta 2012, julkaisussa : BMC MEDICAL GENETICS. 13, 46.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Untangling statistical and biological models to understand network inference: The need for a genomics network ontology

    Emmert-Streib, F., Dehmer, M. & Haibe-Kains, B., 2014, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 5, AUG, article 229.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  6. Enhancing our understanding of ways to analyze metagenomes

    Emmert-Streib, F., 2014, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 5, APR, Article 108.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  7. Julkaistu

    The gene regulatory network for breast cancer: Integrated regulatory landscape of cancer hallmarks

    Emmert-Streib, F., Simoes, R. D. M., Mullan, P., Haibe-Kains, B. & Dehmer, M., 2014, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 5, FEB, Article 15.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  8. Personalized medicine: Has it started yet? A reconstruction of the early history

    Emmert-Streib, F., 2013, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 3, JAN, Article 313.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Statistical inference and reverse engineering of gene regulatory networks from observational expression data

    Emmert-Streib, F., Glazko, G. V., Altay, G. & Simoes, R. D. M., 2012, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 3, FEB, Article 8.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    The need for formally defining "modern medicine" by means of experimental design

    Emmert-Streib, F., Tuomisto, L. & Yli-Harja, O., 20 huhtikuuta 2016, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 7, APR, 60.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Against dataism and for data sharing of big biomedical and clinical data with research parasites

    Emmert-Streib, F., Dehmer, M. & Yli-Harja, O., 31 elokuuta 2016, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 7, AUG, 154.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Lessons from the human genome project: Modesty, honesty, and realism

    Emmert-Streib, F., Dehmer, M. & Yli-Harja, O., 23 marraskuuta 2017, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 8, NOV, 184.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  13. Induction of genotoxic effects by chlorohydroxyfuranones, byproducts of water disinfection, in E. coli K-12 cells recovered from various organs of mice

    Fekadu, K., Parzefall, W., Kronberg, L., Franzen, R., Schulte-Hermann, R. & Knasmüller, S., 1994, julkaisussa : Environmental and Molecular Mutagenesis. 24, 4, s. 317-324 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    In a quest for engineering acidophiles for biomining applications: Challenges and opportunities

    Gumulya, Y., Boxall, N. J., Khaleque, H. N., Santala, V., Carlson, R. P. & Kaksonen, A. H., 21 helmikuuta 2018, julkaisussa : Genes. 9, 2, 116.

    Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Baculovirus-mediated vascular endothelial growth factor-DΔNΔC gene transfer induces angiogenesis in rabbit skeletal muscle

    Heikura, T., Nieminen, T., Roschier, M. M., Karvinen, H., Kaikkonen, M. U., Mähönen, A. J., Lesch, H. P., Rissanen, T. T., Laitinen, O. H., Airenne, K. J. & Ylä-Herttuala, S., tammikuuta 2012, julkaisussa : JOURNAL OF GENE MEDICINE. 14, 1, s. 35-43 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Novel Loci for Metabolic Networks and Multi-Tissue Expression Studies Reveal Genes for Atherosclerosis

    Inouye, M., Ripatti, S., Kettunen, J., Lyytikäinen, L. P., Oksala, N., Laurila, P. P., Kangas, A. J., Soininen, P., Savolainen, M. J., Viikari, J., Kähönen, M., Perola, M., Salomaa, V., Raitakari, O., Lehtimäki, T., Taskinen, M. R., Järvelin, M. R., Ala-Korpela, M., Palotie, A. & de Bakker, P. I. W., elokuuta 2012, julkaisussa : PLOS GENETICS. 8, 8, e1002907.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Validation of prostate cancer risk-related loci identified from genome-wide association studies using family-based association analysis: Evidence from the International Consortium for Prostate Cancer Genetics (ICPCG)

    Jin, G., Lu, L., Cooney, K. A., Ray, A. M., Zuhlke, K. A., Lange, E. M., Cannon-Albright, L. A., Camp, N. J., Teerlink, C. C., Fitzgerald, L. M., Stanford, J. L., Wiley, K. E., Isaacs, S. D., Walsh, P. C., Foulkes, W. D., Giles, G. G., Hopper, J. L., Severi, G., Eeles, R., Easton, D., Kote-Jarai, Z., Guy, M., Rinckleb, A., Maier, C., Vogel, W., Cancel-Tassin, G., Egrot, C., Cussenot, O., Thibodeau, S. N., McDonnell, S. K., Schaid, D. J., Wiklund, F., Grönberg, H., Emanuelsson, M., Whittemore, A. S., Oakley-Girvan, I., Hsieh, C. L., Wahlfors, T., Tammela, T., Schleutker, J., Catalona, W. J., Zheng, S. L., Ostrander, E. A., Isaacs, W. B. & Xu, J., heinäkuuta 2012, julkaisussa : HUMAN GENETICS. 131, 7, s. 1095-1103 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    Genome-wide association study identifies 3 genomic loci significantly associated with serum levels of homoarginine: The atheroremo consortium

    Kleber, M. E., Seppälä, I., Pilz, S., Hoffmann, M. M., Tomaschitz, A., Oksala, N., Raitoharju, E., Lyytikäinen, L. P., Mäkelä, K. M., Laaksonen, R., Kähönen, M., Raitakari, O. T., Huang, J., Kienreich, K., Fahrleitner-Pammer, A., Drechsler, C., Krane, V., Boehm, B. O., Koenig, W., Wanner, C., Lehtimäki, T., März, W. & Meinitzer, A., lokakuuta 2013, julkaisussa : Circulation: Cardiovascular Genetics. 6, 5, s. 505-513 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Prostate cancer gene regulatory network inferred from RNA-seq data

    Moore, D., Simoes, R. D. M., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2019, julkaisussa : CURRENT GENOMICS. 20, 1, s. 38-48 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    L1000 viewer: A search engine and Web interface for the LINCS data repository

    Musa, A., Tripathi, S., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2019, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 10, JUN, 557.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Somatic alterations contributing to metastasis of a castration-resistant prostate cancer

    Nickerson, M. L., Im, K. M., Misner, K. J., Tan, W., Lou, H., Gold, B., Wells, D. W., Bravo, H. C., Fredrikson, K. M., Harkins, T. T., Milos, P., Zbar, B., Linehan, W. M., Yeager, M., Andresson, T., Dean, M. & Bova, G. S., syyskuuta 2013, julkaisussa : HUMAN MUTATION. 34, 9, s. 1231-1241 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    Association of neuroimmune guidance cue netrin-1 and its chemorepulsive receptor UNC5B with atherosclerotic plaque expression signatures and stability in human(s) Tampere Vascular Study (TVS)

    Oksala, N., Pärssinen, J., Seppälä, I., Raitoharju, E., Ivana, K., Hernesniemi, J., Lyytikäinen, L. P., Levula, M., Mäkelä, K. M., Sioris, T., Kähönen, M., Laaksonen, R., Hytönen, V. & Lehtimäki, T., joulukuuta 2013, julkaisussa : Circulation: Cardiovascular Genetics. 6, 6, s. 579-587 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  23. Julkaistu

    Relevance of different prior knowledge sources for inferring gene interaction networks

    Olsen, C., Bontempi, G., Emmert-Streib, F., Quackenbush, J. & Haibe-Kains, B., 2014, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 5, JUN, Article 177.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  24. Julkaistu

    Ras regulates interleukin-1β-induced HIF-1α transcriptional activity in glioblastoma

    Sharma, V., Dixit, D., Koul, N., Mehta, V. S. & Sen, E., helmikuuta 2011, julkaisussa : JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE: JMM. 89, 2, s. 123-136 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  25. Mutation spectra of the drinking water mutagen 3-chloro-4-methyl-5- hydroxy-2(5H)-furanone (MCF) in Salmonella TA100 and TA104: Comparison to MX

    Shaughnessy, D. T., Ohe, T., Landi, S., Warren, S. H., Richard, A. M., Munter, T., Franzén, R., Kronberg, L. & DeMarini, D. M., 2000, julkaisussa : Environmental and Molecular Mutagenesis. 35, 2, s. 106-113 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    B-cell lymphoma gene regulatory networks: Biological consistency among inference methods

    Simoes, R. D. M., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2013, julkaisussa : Frontiers in Genetics. 4, DEC, 00281.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Genetic heterogeneity in Finnish hereditary prostate cancer using ordered subset analysis

    Simpson, C. L., Cropp, C. D., Wahlfors, T., George, A., Jones, M. S., Harper, U., Ponciano-Jackson, D., Tammela, T., Schleutker, J. & Bailey-Wilson, J. E., huhtikuuta 2013, julkaisussa : EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 21, 4, s. 437-443 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Association analysis of 9,560 prostate cancer cases from the International Consortium of Prostate Cancer Genetics confirms the role of reported prostate cancer associated SNPs for familial disease

    Teerlink, C. C., Thibodeau, S. N., McDonnell, S. K., Schaid, D. J., Rinckleb, A., Maier, C., Vogel, W., Cancel-Tassin, G., Egrot, C., Cussenot, O., Foulkes, W. D., Giles, G. G., Hopper, J. L., Severi, G., Eeles, R., Easton, D., Kote-Jarai, Z., Guy, M., Cooney, K. A., Ray, A. M., Zuhlke, K. A., Lange, E. M., Fitzgerald, L. M., Stanford, J. L., Ostrander, E. A., Wiley, K. E., Isaacs, S. D., Walsh, P. C., Isaacs, W. B., Wahlfors, T., Tammela, T., Schleutker, J., Wiklund, F., Grönberg, H., Emanuelsson, M., Carpten, J., Bailey-Wilson, J., Whittemore, A. S., Oakley-Girvan, I., Hsieh, C. L., Catalona, W. J., Zheng, S. L., Jin, G., Lu, L., Xu, J., Camp, N. J. & Cannon-Albright, L. A., maaliskuuta 2014, julkaisussa : HUMAN GENETICS. 133, 3, s. 347-356 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    A Novel MMP12 Locus Is Associated with Large Artery Atherosclerotic Stroke Using a Genome-Wide Age-at-Onset Informed Approach

    Traylor, M., Mäkelä, K. M., Kilarski, L. L., Holliday, E. G., Devan, W. J., Nalls, M. A., Wiggins, K. L., Zhao, W., Cheng, Y. C., Achterberg, S., Malik, R., Sudlow, C., Bevan, S., Raitoharju, E., Oksala, N., Thijs, V., Lemmens, R., Lindgren, A., Slowik, A., Maguire, J. M., Walters, M., Algra, A., Sharma, P., Attia, J. R., Boncoraglio, G. B., Rothwell, P. M., de Bakker, P. I. W., Bis, J. C., Saleheen, D., Kittner, S. J., Mitchell, B. D., Rosand, J., Meschia, J. F., Levi, C., Dichgans, M., Lehtimäki, T., Lewis, C. M. & Markus, H. S., 2014, julkaisussa : PLOS GENETICS. 10, 7, e1004469.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    A genome-wide expression quantitative trait loci analysis of proprotein convertase subtilisin/kexin enzymes identifies a novel regulatory gene variant for FURIN expression and blood pressure

    Turpeinen, H., Seppälä, I., Lyytikäinen, L. P., Raitoharju, E., Hutri-Kähönen, N., Levula, M., Oksala, N., Waldenberger, M., Klopp, N., Illig, T., Mononen, N., Laaksonen, R., Raitakari, O., Kähönen, M., Lehtimäki, T. & Pesu, M., 1 kesäkuuta 2015, julkaisussa : HUMAN GENETICS. 134, 6, s. 627-636 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    HOXB13 is a susceptibility gene for prostate cancer: Results from the International Consortium for Prostate Cancer Genetics (ICPCG)

    Xu, J., Lange, E. M., Lu, L., Zheng, S. L., Wang, Z., Thibodeau, S. N., Cannon-Albright, L. A., Teerlink, C. C., Camp, N. J., Johnson, A. M., Zuhlke, K. A., Stanford, J. L., Ostrander, E. A., Wiley, K. E., Isaacs, S. D., Walsh, P. C., Maier, C., Luedeke, M., Vogel, W., Schleutker, J., Wahlfors, T., Tammela, T., Schaid, D., McDonnell, S. K., Derycke, M. S., Cancel-Tassin, G., Cussenot, O., Wiklund, F., Grönberg, H., Eeles, R., Easton, D., Kote-Jarai, Z., Whittemore, A. S., Hsieh, C. L., Giles, G. G., Hopper, J. L., Severi, G., Catalona, W. J., Mandal, D., Ledet, E., Foulkes, W. D., Hamel, N., Mahle, L., Moller, P., Powell, I., Bailey-Wilson, J. E., Carpten, J. D., Seminara, D., Cooney, K. A. & Isaacs, W. B., tammikuuta 2013, julkaisussa : HUMAN GENETICS. 132, 1, s. 5-14 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu