TUTCRIS - Tampereen teknillinen yliopisto

TUTCRIS

Julkaisut

  1. 2017
  2. Julkaistu

    Polarization resolved photoluminescence in GaAs1−xBix/GaAs quantum wells

    Balanta, M. A. G., Orsi Gordo, V., Carvalho, A. R. H., Puustinen, J., Alghamdi, H. M., Henini, M., Galeti, H. V. A., Guina, M. & Galvão Gobato, Y., helmikuuta 2017, julkaisussa : Journal of Luminescence. 182, s. 49-52 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  3. Julkaistu

    GSAR: Bioconductor package for Gene Set analysis in R

    Rahmatallah, Y., Zybailov, B., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 24 tammikuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, 1, 61.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  4. Julkaistu

    Dynamics and energetics of the mammalian phosphatidylinositol transfer protein phospholipid exchange cycle

    Grabon, A., Orłowski, A., Tripathi, A., Vuorio, J., Javanainen, M., Róg, T., Lönnfors, M., McDermott, M. I., Siebert, G., Somerharju, P., Vattulainen, I. & Bankaitis, V. A., 2017, julkaisussa : Journal of Biological Chemistry. 292, 35, s. 14438-14455 18 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  5. Julkaistu

    Synthesis, Structural Characterization, Hirshfeld Surface and Antioxidant Activity Analysis of a Novel Organic Cation Antimonate Complex

    Lahbib, I., Valkonen, A., Rzaigui, M. & Smirani, W., 2017, julkaisussa : Journal of Cluster Science. 28, 4, s. 2239–2252 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  6. 2016
  7. Julkaistu

    SamExploreR: Exploring reproducibility and robustness of RNA-seq results based on SAM files

    Stupnikov, A., Tripathi, S., De Matos Simoes, R., McArt, D., Salto-Tellez, M., Glazko, G., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 1 marraskuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 21, s. 3345-3347 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  8. Julkaistu

    Effects of σ factor competition are promoter initiation kinetics dependent

    Kandavalli, V. K., Tran, H. & Ribeiro, A. S., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Gene Regulatory Mechanisms. 1859, 10, s. 1281-1288 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  9. Julkaistu

    Identifying involvement of Lys251/Asp252 pair in electron transfer and associated proton transfer at the quinone reduction site of Rhodobacter capsulatus cytochrome bc1

    Kuleta, P., Sarewicz, M., Postila, P., Róg, T. & Osyczka, A., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1857, 10, s. 1661-1668 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  10. Julkaistu

    Lipid membranes: Theory and simulations bridged to experiments

    Vattulainen, I. & Róg, T., 1 lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 10, s. 2251-2253 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  11. Julkaistu

    Efficient preparation and analysis of membrane and membrane protein systems

    Javanainen, M. & Martinez-Seara, H., lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 10, s. 2468-2482

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  12. Julkaistu

    Functionalized lipids and surfactants for specific applications

    Kepczynski, M. & Róg, T., lokakuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 10, s. 2362-2379

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  13. Julkaistu

    Distribution and dynamics of quinones in the lipid bilayer mimicking the inner membrane of mitochondria

    Kaurola, P., Sharma, V., Vonk, A., Vattulainen, I. & Róg, T., 1 syyskuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 9, s. 2116-2122 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  14. Julkaistu

    The role of the K-channel and the active-site tyrosine in the catalytic mechanism of cytochrome c oxidase

    Sharma, V. & Wikström, M., elokuuta 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1857, 8, s. 1111-1115

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  15. Julkaistu

    Robust statistical approaches for RSS-based floor detection in indoor localization

    Razavi, A., Valkama, M. & Lohan, E. S., 1 kesäkuuta 2016, julkaisussa : Sensors. 16, 6, 793.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  16. Julkaistu

    Characterizing rate limiting steps in transcription from RNA production times in live cells

    Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 toukokuuta 2016, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 9, s. 1346-1352 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  17. Julkaistu

    Human Adipose Stem Cells Differentiated on Braided Polylactide Scaffolds is a Potential Approach for Tendon Tissue Engineering

    Vuornos, K., Björninen, M., Talvitie, E., Paakinaho, K., Kellomäki, M., Huhtala, H., Miettinen, S., Seppänen-Kaijansinkko, R. & Haimi, S., 1 maaliskuuta 2016, julkaisussa : Tissue Engineering Part A. 22, 5-6, s. 513-523 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  18. Julkaistu

    Cholesterol oxidation products and their biological importance

    Kulig, W., Cwiklik, L., Jurkiewicz, P., Rog, T. & Vattulainen, I., 2016, julkaisussa : Chemistry and Physics of Lipids. 199, s. 144-160 17 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  19. Julkaistu

    Morphological Differentiation Towards Neuronal Phenotype of SH-SY5Y Neuroblastoma Cells by Estradiol, Retinoic Acid and Cholesterol

    Teppola, H., Sarkanen, J. R., Jalonen, T. O. & Linne, M-L., 2016, julkaisussa : Neurochemical Research. 41, 4, s. 731-747

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  20. Julkaistu

    Non-Brownian diffusion in lipid membranes: Experiments and simulations

    Metzler, R., Jeon, J. H. & Cherstvy, A. G., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 215, s. 173–185

    Tutkimustuotos: Katsausartikkelivertaisarvioitu

  21. Julkaistu

    Role of charged lipids in membrane structures: Insight given by simulations

    Pöyry, S. & Vattulainen, I., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. s. 2322–2333 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  22. Julkaistu

    The biophysical properties of ethanolamine plasmalogens revealed by atomistic molecular dynamics simulations

    Rog, T. & Koivuniemi, A., 2016, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1858, 1, s. 97-103 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  23. 2015
  24. Julkaistu

    Gene expression analysis upon lncRNA DDSR1 knockdown in human fibroblasts

    Jia, L., Sun, Z., Wu, X., Misteli, T. & Sharma, V., 1 joulukuuta 2015, julkaisussa : Genomics Data. 6, s. 277-279 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  25. Julkaistu

    Tuning the Plasmonic Extinction Resonances of Hexagonal Arrays of Ag Nanoparticles

    Ravi, A., Luthra, A., Teixeira, F. L., Berger, P. R. & Coe, J. V., 1 joulukuuta 2015, julkaisussa : Plasmonics. 10, 6, s. 1505-1512 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  26. Julkaistu

    A BRCA1-interacting lncRNA regulates homologous recombination

    Sharma, V., Khurana, S., Kubben, N., Abdelmohsen, K., Oberdoerffer, P., Gorospe, M. & Misteli, T., 1 marraskuuta 2015, julkaisussa : EMBO REPORTS. 16, 11, s. 1520-1534 15 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  27. Julkaistu

    Submolecular Plasticization Induced by Photons in Azobenzene Materials

    Vapaavuori, J., Laventure, A., Bazuin, C. G., Lebel, O. & Pellerin, C., 28 lokakuuta 2015, julkaisussa : Journal of the American Chemical Society. 137, 42, s. 13510-13517 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  28. Julkaistu

    Cancer incidence and mortality in patients treated either with RAI or thyroidectomy for hyperthyroidism

    Ryödi, E., Metso, S., Jaatinen, P., Huhtala, H., Saaristo, R., Välimäki, M. & Auvinen, A., 1 lokakuuta 2015, julkaisussa : Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 100, 10, s. 3710-3717 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  29. Julkaistu

    Surface Modified Biodegradable Electrospun Membranes as a Carrier for Human Embryonic Stem Cell-Derived Retinal Pigment Epithelial Cells

    Sorkio, A., Porter, P. J., Juuti-Uusitalo, K., Meenan, B. J., Skottman, H. & Burke, G. A., 1 syyskuuta 2015, julkaisussa : Tissue Engineering Part A. 21, 17-18, s. 2301-2314 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  30. Julkaistu

    Bioactive glass ions as strong enhancers of osteogenic differentiation in human adipose stem cells

    Ojansivu, M., Vanhatupa, S., Björkvik, L., Häkkänen, H., Kellomäki, M., Autio, R., Ihalainen, J. A., Hupa, L. & Miettinen, S., 15 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Acta Biomaterialia. 21, s. 190-203 14 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  31. Julkaistu

    A robust AMMI model for the analysis of genotype-by-environment data

    Rodrigues, P. C., Monteiro, A. & Lourenço, V. M., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 32, 1, s. 58-66 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  32. Julkaistu

    Cholesterol under oxidative stress: How lipid membranes sense oxidation as cholesterol is being replaced by oxysterols

    Kulig, W., Olzyńska, A., Jurkiewicz, P., Kantola, A. M., Komulainen, S., Manna, M., Pourmousa, M., Vazdar, M., Cwiklik, L., Rog, T., Khelashvili, G., Harries, D., Telkki, V. V., Hof, M., Vattulainen, I. & Jungwirth, P., 1 heinäkuuta 2015, julkaisussa : Free Radical Biology and Medicine. 84, s. 30-41 12 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  33. Julkaistu

    Apolipoprotein A-I mimetic peptide 4F blocks sphingomyelinase-induced LDL aggregation

    Nguyen, S. D., Javanainen, M., Rissanen, S., Zhao, H., Huusko, J., Kivelä, A. M., Ylä-Herttuala, S., Navab, M., Fogelman, A. M., Vattulainen, I., Kovanen, P. T. & Öörni, K., 1 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Journal of Lipid Research. 56, 6, s. 1206-1221 16 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  34. Julkaistu

    Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks

    Olsen, C., Fleming, K., Prendergast, N., Rubio, R., Emmert-Streib, F., Bontempi, G., Quackenbush, J. & Haibe-Kains, B., 1 kesäkuuta 2015, julkaisussa : Genomics Data. 4, s. 123-126 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  35. Julkaistu

    Role of subunit III and its lipids in the molecular mechanism of cytochrome c oxidase

    Sharma, V., Ala-Vannesluoma, P., Vattulainen, I., Wikström, M. & Róg, T., 17 huhtikuuta 2015, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Bioenergetics. 1847, 8, s. 690-697 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  36. Julkaistu

    Multi-stable dynamics of the non-adiabatic repressilator

    Potapov, I., Zhurov, B. & Volkov, E., 6 maaliskuuta 2015, julkaisussa : Journal of the Royal Society. Interface. 12, 104, 20141315.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  37. Julkaistu

    Oxidation half-reaction of aqueous nucleosides and nucleotides via photoelectron spectroscopy augmented by ab initio calculations

    Schroeder, C. A., Pluharová, E., Seidel, R., Schroeder, W. P., Faubel, M., Slavíçek, P., Winter, B., Jungwirth, P. & Bradforth, S. E., 14 tammikuuta 2015, julkaisussa : Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 201-209 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  38. Julkaistu

    Estimation of GFP-tagged RNA numbers from temporal fluorescence intensity data

    Häkkinen, A. & Ribeiro, A. S., 1 tammikuuta 2015, julkaisussa : Bioinformatics. 31, 1, s. 69-75 7 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  39. Julkaistu

    Efficient preparation of shuffled DNA libraries through recombination (Gateway) cloning

    Lehtonen, S. I., Taskinen, B., Ojala, E., Kukkurainen, S., Rahikainen, R., Riihimäki, T. A., Laitinen, O. H., Kulomaa, M. S. & Hytönen, V. P., 2015, julkaisussa : Protein Engineering Design and Selection. 28, 1, s. 23-28 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  40. Julkaistu

    Experimental determination and computational interpretation of biophysical properties of lipid bilayers enriched by cholesteryl hemisuccinate

    Kulig, W., Jurkiewicz, P., Olzyńska, A., Tynkkynen, J., Javanainen, M., Manna, M., Rog, T., Hof, M., Vattulainen, I. & Jungwirth, P., 2015, julkaisussa : Biochimica et Biophysica Acta: Biomembranes. 1848, 2, s. 422-432 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  41. Interaction with serum albumin as a factor of the photodynamic efficacy of novel bacteriopurpurinimide derivatives

    Akimova, A. V., Rychkov, G. N., Grin, M. A., Filippova, N. A., Golovina, G. V., Durandin, N. A., Vinogradov, A. M., Kokrashvili, T. A., Mironov, A. F., Shtil, A. A. & Kuzmin, V. A., 2015, julkaisussa : ACTA NATURAE. 7, 1, s. 109-116 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  42. 2014
  43. Julkaistu

    Comparative evaluation of gene set analysis approaches for RNA-Seq data

    Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 5 joulukuuta 2014, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 15, 1, 397.

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  44. Julkaistu

    Connection between absorption properties and conformational changes in Deinococcus radiodurans phytochrome

    Takala, H., Lehtivuori, H., Hammarén, H., Hytönen, V. P. & Ihalainen, J. A., 18 marraskuuta 2014, julkaisussa : Biochemistry. 53, 45, s. 7076-7085 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  45. Julkaistu

    Global analysis of human nonreceptor tyrosine kinase specificity using high-density peptide microarrays

    Deng, Y., Alicea-Velázquez, N. L., Bannwarth, L., Lehtonen, S. I., Boggon, T. J., Cheng, H. C., Hytönen, V. P. & Turk, B. E., 3 lokakuuta 2014, julkaisussa : Journal of Proteome Research. 13, 10, s. 4339-4346 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  46. Julkaistu

    Calcium transients closely reflect prolonged action potentials in iPSC models of inherited cardiac arrhythmia

    Spencer, C. I., Baba, S., Nakamura, K., Hua, E. A., Sears, M. A. F., Fu, C. C., Zhang, J., Balijepalli, S., Tomoda, K., Hayashi, Y., Lizarraga, P., Wojciak, J., Scheinman, M. M., Aalto-Setälä, K., Makielski, J. C., January, C. T., Healy, K. E., Kamp, T. J., Yamanaka, S. & Conklin, B. R., 12 elokuuta 2014, julkaisussa : Stem Cell Reports. 3, 2, s. 269-281 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  47. Julkaistu

    Blood microRNA profile associates with the levels of serum lipids and metabolites associated with glucose metabolism and insulin resistance and pinpoints pathways underlying metabolic syndrome. The cardiovascular risk in Young Finns Study.

    Raitoharju, E., Seppälä, I., Oksala, N., Lyytikäinen, L. P., Raitakari, O., Viikari, J., Ala-Korpela, M., Soininen, P., Kangas, A. J., Waldenberger, M., Klopp, N., Illig, T., Leiviskä, J., Loo, B. M., Hutri-Kähönen, N., Kähönen, M., Laaksonen, R. & Lehtimäki, T., 25 kesäkuuta 2014, julkaisussa : Molecular and Cellular Endocrinology. 391, 1-2, s. 41-49 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  48. Julkaistu

    Light-fuelled transport of large dendrimers and proteins

    Koskela, J. E., Liljeström, V., Lim, J., Simanek, E. E., Ras, R. H. A., Priimagi, A. & Kostiainen, M. A., 14 toukokuuta 2014, julkaisussa : Journal of the American Chemical Society. 136, 19, s. 6850-6853 4 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  49. Julkaistu

    AROS has a context-dependent effect on SIRT1

    Kokkola, T., Suuronen, T., Molnár, F., Määttä, J., Salminen, A., Jarho, E. M. & Lahtela-Kakkonen, M., 2 toukokuuta 2014, julkaisussa : FEBS Letters. 588, 9, s. 1523-1528 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  50. Julkaistu

    NetBioV: An R package for visualizing large network data in biology and medicine

    Tripathi, S., Dehmer, M. & Emmert-Streib, F., 2 huhtikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 19, s. 2834-2836 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  51. Julkaistu

    Small-molecule induction promotes corneal epithelial cell differentiation from human induced pluripotent stem cells

    Mikhailova, A., Ilmarinen, T., Uusitalo, H. & Skottman, H., 11 helmikuuta 2014, julkaisussa : Stem Cell Reports. 2, 2, s. 219-231 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  52. Julkaistu

    Gene Sets Net Correlations Analysis (GSNCA): A multivariate differential coexpression test for gene sets

    Rahmatallah, Y., Emmert-Streib, F. & Glazko, G., 1 helmikuuta 2014, julkaisussa : Bioinformatics. 30, 3, s. 360-368 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  53. Julkaistu

    Structure and barrier properties of human embryonic stem cell-derived retinal pigment epithelial cells are affected by extracellular matrix protein coating

    Sorkio, A., Hongisto, H., Kaarniranta, K., Uusitalo, H., Juuti-Uusitalo, K. & Skottman, H., 1 helmikuuta 2014, julkaisussa : Tissue Engineering Part A. 20, 3-4, s. 622-634 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu

  54. Julkaistu

    Antioxidant supplementation reduces genomic aberrations in human induced pluripotent stem cells

    Ji, J., Sharma, V., Qi, S., Guarch, M. E., Zhao, P., Luo, Z., Fan, W., Wang, Y., Mbabaali, F., Neculai, D., Esteban, M. A., McPherson, J. D. & Batada, N. N., 14 tammikuuta 2014, julkaisussa : Stem Cell Reports. 2, 1, s. 44-51 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotosvertaisarvioitu